应用微卫星对大足黑山羊进行亲缘关系鉴定

为了确定大足黑山羊的亲缘关系,本试验选用24个微卫星位点对133只完全没有血缘记录的大足黑山羊基因组DNA进行扩增,扩增产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,银染显色后获得个体的基因型,用亲缘分析软件Cervus2.0进行个体关系分析,最终将子代个体以父权分为了11个群体,并对11只种公羊进行聚类分析,得出整个群体的亲缘关系,本实验结果对大足黑山羊的亲缘关系进行了初步分析,可为该群体的选育选配提供了参考.     

基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数

利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明,60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X,与参考基因组比对率平均为99.59%;在SNP检测过程中,3只母羊不符合基因型数据质控标准,将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153 046个SNPs位点和1 937个ROH片段;构建的湘东黑山羊8个家系,其中 9只公羊和6只母羊被分为7个家系,另42只母羊被单独分类;基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047,说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。     

基于RAPD的四川主要黑山羊品种的界定研究

从24个随机引物中筛选出16个重复性好的多态引物,对四川省9个主要地方黑山羊品种共计576只个体,进行随机扩增多态DNA分析。结果显示：16个引物扩增出125条谱带,其中102条表现出多态性,多态百分率为82.60%;不同引物所扩增出的DNA片断在各群体中的分布频率不同;9个黑山羊品种间的遗传距离指数在0.0365～0.2832,群体间的相似系数为0.7533～0.9642;由引物OPK-03550扩增出的片断在江安黑山羊中未出现,引物OPQ-06800和OPQ-06900扩增出的片断在乐至黑山羊中未出现,而分别其余8个受试群体均有出现,可各自作为区分该黑山羊群体与其余8个黑山羊品种的分子遗传标记。     

重庆本地山羊群体遗传关系的RAPD分析

采用RAPD技术分析了重庆本地的板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊基因组池DNA的多态性及其亲缘关系.通过100种随机引物扩增筛选,12种多态引物共获得了16个多态标记.各群体间的遗传距离指数和SPSS分层聚类树形图表明:板角山羊与川东白山羊之间的遗传距离较远;重庆黑山羊和板角山羊的遗传距离较近,2者有着密切的亲缘关系.结果还发现,板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊群体都具有一定的遗传稳定性.     

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化,了解其遗传背景,为山羊资源的合理利用提供基础资料,利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNAD-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析,发现了55个多态位点,单一多态位点11个,简约信息位点44个,确定了29种单倍型,单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支,角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明:4个黑山羊群体遗传多样性丰富,至少拥有3个不同的母系起源,角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

西南地区肉用山羊杂交组合效果研究及应用模式探讨

在舍饲饲养管理条件下,用黑色波尔山羊、努比亚山羊、简阳大耳羊、金堂黑山羊为父本,大足黑山羊、云南黑山羊为母本,设计4个杂交组合,对其生长性能开展研究,并与对照群体本土大足黑山羊群体进行比较。结果表明,该4种杂交改良模式的F1代群体在生长性能方面得到不同程度的提高,尤其是黑色波尔山羊与云南黑山羊杂交模式改良效果最明显;不同杂交组合模式下在4月龄至6月龄间生长速度均大幅变缓,结合重庆当地市场需求,设计了杂交仔羊4月龄适龄冬季出栏的模式,在满足市场需求的同时,进一步提高农民收入,为当地扶贫工作提供新的参考模式。本研究根据观察研究和调研情况,提出在西南地区重视回归放牧养殖模式,因地制宜地开展多种养殖模式参与生产,不可单一追求经济效益而影响环境,违背生物生存发展规律。     

大足黑山羊与波尔山羊杂交效果初探

大足黑山羊是我国优秀的地方山羊品种,其多胎性能十分突出,但是生长速度较慢、成年体重小。为了提高大足黑山羊生长速度并充分利用其优良繁殖性能,以大足黑山羊为母本、以黑色波尔山羊为父本进行杂交试验,并对杂交后代体重变化与同年龄纯种大足黑山羊进行比较分析。结果表明:杂交后代1～9月龄的体重一直高于纯种大足黑山羊后代,并且杂交母羊的日增重也一直高于大足黑山羊母羊的日增重,而杂交公羊除5～6月龄和7～9月龄外,日增重一直高于大足黑山羊公羊。因此,引进波尔山羊杂交改良大足黑山羊具有一定的可行性。     

重庆本地山羊群体遗传关系的RAPD分析

采用RAPD技术分析了重庆本地的板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊基因组池DNA的多态性及其亲缘关系。通过100种随机引物扩增筛选。12种多态引物共获得了16个多态标记。各群体间的遗传距离指数和SPSS分层聚类树形图表明：板角山羊与川东白山羊之间的遗传距离较远;重庆黑山羊和板角山羊的遗传距离较近,2者有着密切的亲缘关系。结果还发现,板角山羊、川东白山羊和重庆黑山羊群体都具有一定的遗传稳定性。     

大足人的致富之路

10年前,作为科技特派员的西南大学教授张家骅及团队,对重庆市大足区仅存的4000余只“大足黑山羊”进行普查的基础上,提出了保种和选育方案。10年后,大足黑山羊达到6万多只。光是黑山羊的买卖收入就有1亿元,计划到“十二五”末期。大足区每年生产种羊20万只,收入增至5亿元。     

蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊随机扩增多态DNA分析

从 2 4个随机引物中筛选出 5个引物 ,对蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊 3个绵羊品种共计 89个个体进行了随机扩增多态 DNA分析 ,根据扩增片段计算了蒙古羊、兰州大尾羊和哈萨克羊扩增 DNA指纹条带的平均带纹数分别为 5 .32 ,5 .2 8和 5 .78;平均带纹相似率分别为 0 .5 9,0 .6 0和 0 .6 2 ;平均杂合度分别为 0 .75 ,0 .78和 0 .77。用 Nei氏片段共享度公式计算了 3个群体的遗传距离 ,构建了其关系图 ,聚类分析结果表明 ,蒙古羊与兰州大尾羊的遗传距离最小 (0 .0 34) ,彼此亲缘关系较近。相对而言 ,兰州大尾羊与哈萨克羊的遗传距离最大(0 .10 4 ) ,彼此亲缘关系较远。     

应用牙釉质基因鉴定绒山羊早期胚胎的性别

采用酚-氯仿法和煮沸法从南疆绒山羊血液和早期胚胎中提取基因组DNA,分别以雄羊和雌羊的血液基因组DNA和早期胚胎基因组DNA(约20～30胚胎细胞)为模板,以AMEL引物进行PCR扩增和电泳分析.结果表明:绒山羊5ng量和10pg量血液基因组DNA经扩增后雌性只得到1条非特异性带,雄性得到1条非特异性带和1条特异性带;超微量血液基因组DNA样本(10pg)经巢式扩增和电泳分析能够鉴定绒山羊性别;32枚绒山羊胚胎鉴定结果,雄雌性别比17/15;移植胚胎产羔雄雌比15/14.采用牙釉质基因(AMEL),经巢式扩增和电泳分析能够鉴定绒山羊性别,并对胚胎无损伤;南疆绒山羊早期胚胎性别鉴定结果与胚胎移植后产羔性别结果对比,雌雄性别比率差异不显著(P>0.05).     

一种高效提取虎耳草科植物基因组DNA的方法

[目的]探索从虎耳草科植物中提取DNA的有效方法。[方法]采用改进的CTAB法,从11种虎耳草科植物中提取DNA。以提取的DNA为模板,利用通用引物"psbAF"和"trnHR"对虎耳草科植物叶绿体DNApsbA-trnH片段进行PCR扩增。[结果]通过该方法提取的DNA纯度较高,质量较好。用所得DNA进行psbA-trnH扩增的产量高,可用于后续的测序等分析。对山地虎耳草的PCR产物纯化后进行测序,得到262 bp的序列。将其与GenBank中的虎耳草属其他植物的psbA-trnH序列进行比对分析,证实该序列为目标psbA-trnH片段的区域。[结论]该方法可有效去除次生物质对DNA的干扰,提取的基因组DNA可用于叶绿体psbA-trnH测序分析和其他遗传学分析。     

高简并引物小温度范围不规则降落PCR在庞大基因家族扩增中的应用（摘要）

[目的]探讨了高简并性引物扩增庞大基因家族基因的特殊方法。[方法]采用常规高简并引物对鲤鱼基因组DNA分析进行了常规PCR扩增、常规降落PCR扩增以及优化后的小温度范围不规则跳跃降落PCR扩增。[结果]采用PCR仅得1条明显条带,得到的基因较少;采用常规降落PCR法仅得到弥散性扩增,无明显条带出现;而采用小温度范围的不规则跳跃降落PCR则得到了得到了3条明显条带和多个基因,扩增结果理想。[结论]为庞大基因家族扩增条件中的优化与选择提供了理论依据。     

IFNGR在山羊腹腔肠系膜前神经节的表达

【目的】为了解山羊腹腔肠系膜前神经节（celiac cranial mesenteric ganglion, CCMG）是否具备接受γ-干扰素（interferon-γ, IFN-γ）作用的条件,即是否有IFN-γ受体（interferon-γ receptor, IFNGR）存在。【方法】取健康雌、雄性成年山羊的CCMG,经40 g·L^-1多聚甲醛磷酸缓冲固定液固定4 h后,用自来水冲洗10 h,经梯度酒精脱水、二甲苯透明、石蜡包埋后,制作石蜡切片。石蜡切片分4套：第1套做H.E.染色;第2套经脱蜡复水,抗原热修复后,再进行免疫组化SP法染色;第3套经免疫组化SP法染色后用苏木精复染;第4套用作阴性对照组。染色后在光学显微镜下观察记录切片,使用Motic数码显微镜下拍照后,对图片分析处理,计算CCMG的IFNGR相对表达量。将相对表达量数据用SPSS18.0软件分析处理,并利用单因子方差分析（One-way ANOVA, LSD）进行显著性检验。取健康雌性、雄性成年山羊的CCMG,经充分研磨后,使用总RNA提取试剂盒提取总RNA,再以牛的IFNGR1 cDNA序列为模板设计IFNGR1的引物,克隆山羊IFNGR1 cDNA序列并进行扩增。将扩增产物使用琼脂糖凝胶电泳检测是否有目的条带,并进行DNA双向测序。将测序结果在NCBI上进行比对和确认,并与其他的物种的序列进行了同源性比对。【结果】免疫组化染色显示,在CCMG内IFNGR免疫阳性产物分布广泛,在神经元胞体、卫星细胞及神经纤维中均有不同程度的着色。其中神经元均为IFNGR免疫阳性。几乎所有的神经元胞质为黄褐色,IFNGR呈中等阳性,仅有少数神经元胞质染色弱为淡黄色,IFNGR呈弱阳性;在神经元细胞核中,核质部分明显呈棕褐色,IFNGR为强阳性,而核仁染色相对较弱或无着色,IFNGR为弱阳性或阴性。在非神经元结构中,卫星细胞染色呈棕褐色或棕色,IFNGR为强阳性或中等阳性。神经纤维和血管内皮细胞为黄褐色或淡黄色,IFNGR为中等阳性或弱阳性。图像分析表明与其他非神经元结构成分相比,神经元胞体IFNGR的相对表达量差异性极显著（P＜0.01）。PCR检测结果显示,IFNGR1 PCR产物的泳道在300 bp与400 bp处看到一个清晰的白色条带。测序结果显示,在山羊CCMG中克隆出了376 bp的IFNGR1的部分cDNA序列。通过在NCBI上与其他物种的基因序列同源性比对显示,这段序列与绵羊的同源性最高（98%,XM_004011371.1）,其次为牛（97%,NM_001035063.1）,野猪（84%,NM_001177907.1）,家兔（73%,XR_085137.1）,与褐家鼠（66%,NM_053783.1）的同源性最低。【结论】在山羊CCMG中有IFNGR的表达与分布,并且IFNGR主要在交感节后神经元表达与分布。所以CCMG具备对IFN-γ刺激做出反应的条件,CCMG的交感节后神经元可能是 IFN-γ作用的主要靶细胞,提示山羊CCMG可能作为IFN-γ对胃肠道免疫调节途径和自主神经对胃肠道调节的神经途径之间相互协调的关键点。     

抑制素主动免疫对青年奶山羊生殖的影响

本试验研究了抑制素主动免疫对青年奶山羊外周血生殖激素和产羔的影响。选用8只青年奶山羊,随机分成两组,每组各4只。试验组用人抑制素α亚单位片段(1-32)3次皮下注射进行免疫,生理盐水作对照,然后对8只羊间隔11d连续3次颈部肌肉注射氯前列烯醇(PG)0.1mg,末次注射PG发情后本交配种。结果为试验组4只奶山羊首免后均产生了抗体,末次免疫分别达到1∶64,1∶128,1∶64和1∶64,而对照组均未检测出抗体。8只青年奶山羊第3次注射PG后36～42h内全部发情,试验组的外周血促卵泡激素(FSH)的浓度高于对照组,且峰值的出现较对照组早,雌二醇(E2)的平均浓度显著高于对照组,而促黄体激素(LH)和孕酮(P)的平均浓度差异不显著。试验组比对照组产羔数提高80%。结果说明抑制素主动免疫能提高青年奶山羊的生殖性能。     

应用变性梯度凝胶电泳和16S rDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

 以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料, 经过DNA抽提和PCR扩增, 扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE，一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性。同时利用基因序列分析技术，分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列，并与现有的数据库进行了比较。结果表明，饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%)；饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成，DGGE谱带变化程度分别为1号36%、2号46%、3号30%。基因序列分析表明，DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%，8个基因序列的相似性在90%～96%，余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中，只有1个被鉴定为Prevotella sp.，其余4个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。     

绿豆高密度分子遗传图谱的构建

【目的】在前期研究的基础上,进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱,为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken（高感豆象绿豆栽培种）× ACC41（高抗豆象绿豆野生种）及其重组自交系（recombinant inbreed line,RIL）群体,对6 686对引物进行PCR扩增及多态性筛选,包括6 100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物,将亲本间多态性引物,进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据,利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱,并设置LOD≥3.0,最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6 686对SSR引物,共有3 691对引物有稳定的扩增产物,得到有多态的引物有588对。其中,通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6 100对,有效扩增3 459对,有效扩增率56.7%,得到多态性引物559对;通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对,有效扩增126对,有效扩增率84.6%,得到多态性引物21对;通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对,有效扩增97对,有效扩增率22.9%,得到多态性引物6对;绿豆STS引物13对,有效扩增9对,有效扩增率69.2%,得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别,绿豆EST-SSR引物（84.6%）最高,绿豆STS引物（69.2%）和SSR引物（55.7%）次之,菜豆SSR引物（22.9%）最低。获得一张含有585个标记（499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记）的绿豆遗传图谱,图谱总长732.9 cM,包括11个连锁群,每个标记间的平均距离为1.25 cM,平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM,每条染色体上面的标记数为35-92个,平均53.18个。标记位点数最多的连锁群LG1含92个标记,长度为112.8 cM;标记位点数最少的连锁群LG11仅含有35个标记,长度为48.7 cM。对图谱的585个标记位点进行χ2测验,在P＜0.05和P＜0.01条件下,分别有79个和151个标记表现为偏分离,占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密度最高的绿豆遗传连锁图谱。     

两步扩增法在玉米抗大斑病相关基因片段分离中的应用

对一步扩增法和两步扩增法在DDRT-PCR中的扩增效率进行了比较,结果发现,两种方法得到的片段大小都在150~1500 bp之间,但条带数量和清晰度不同。一步扩增法得到的扩增条带为30~45 条,条带较模糊,两步扩增法得到的扩增条带为40~60条,条带清晰。一步扩增法获得102 条玉米抗大斑病差异表达条带,只有55条带中的cDNA能够成功回收并产生有效扩增,差异条带回收率为53 9%,而两步扩增法获得了148条差异条带,其中138条带都能得到有效回收和扩增,回收率达93 2%。因此,两步扩增法更有利于差异条带的回收和二次扩增。     

基于牙釉质基因巢式PCR性别鉴定 超微量DNA检测方法的建立

实验根据山羊牙釉质(AMEL)基因序列设计巢式引物,用紫外分光仪检测基因组DNA的浓度,梯度稀释(10 -2μg/μL、10-3 μg/μL,10-4μg/μL,10-5μg/μL),巢式PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳检测.结果表明,利用巢式PCR方法对10 pg量基因组DNA(约3个细胞)进行扩增,得到明显目的条带.巢式...     

研究土壤微生物多样性的PCR条件优化(英文)

[目的]对PCR-DGGE法的试验条件进行优化,以更好地分析土壤微生物遗传多样性。[方法]改良高盐法提取土壤DNA,改进引物设计,改变PCR反应过程中退火温度、扩增体系,比较PCR扩增结果。[结果]经过改良的高盐法提取的土壤微生物DNA效果更好。PCR扩增选择20μl体系条带单一,易于操作。退火温度选择在55℃时无非特异性扩增,35个循环次数易于后续DGGE分析。[结论]已经优化的PCR基因扩增体系特异性高且稳定可靠。