山西省野生大豆资源遗传多样性分析

 【目的】明确山西省野生大豆的遗传多样性程度及其数量性状多样性的地理分布,为山西省野生大豆种质资源的利用和保护提供依据。【方法】以山西省已编目入库的544份野生大豆为材料,对其质量性状、数量性状及SSR标记进行遗传多样性分析。【结果】研究的8个质量性状,山西省半野生大豆的遗传多样性高于野生大豆;太原材料的遗传多样性高于山西省材料。4个数量性状的研究结果显示,野生大豆的变异程度高于半野生大豆,山西材料的变异程度高于太原材料;初步推断37～38°N、112～113°E经纬小区为山西省野生大豆数量性状的多样性中心。利用30对SSR引物分析了49份山西太原野生大豆材料,共检测到208个等位变异,每个SSR位点的等位变异范围为4～11个,平均为7个;引物的Shannon-weaver指数的分布范围为0.7451～2.1081,平均为1.5030;位点多态信息量（PIC）值的分布范围为0.3813～0.8575,平均为0.7007。【结论】表型和分子检测结果都表明,太原野生大豆材料的变异类型丰富、多样性程度较高。     

吉林省龙井保护区野生大豆居群遗传多样性的研究

利用28对SSR引物对吉林省龙井保护区一个居群的32份野生大豆进行了遗传多样性分析,共检测到120个等位变异,平均等位变异数为4.29个。32份野生大豆的遗传相似系数为0.58～1.0,平均相似系数为0.63。聚类分析结果表明,此居群野生大豆的生长趋势与地理位置有明显的相关性,呈遗传斑块生长。28对SSR引物得到的Simpson指数分布范围为0.119 1～0.673 8,平均值为0.454 4;Shannon-weaver指数分布范围为0.277 1～1.478 3,平均值为0.8865。通过遗传多样性指数表明:吉林省龙井保护区此居群的野生大豆具有较高的遗传多样性。     

贵州糯玉米地方品种的SSR遗传多样性分析

为糯玉米种质扩增改良提供依据,利用15对糯玉米核心引物,采用SSR标记技术,对贵州糯玉米品种种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明:15对核心引物在36份糯玉米材料中共检测出205个等位基因,平均每对引物检测出13.66个,每个位点的SSR多态信息量(PIC)平均为0.87;36个糯玉米品种间平均遗传相似性系数为0.64±0.072,变异系数为11.30%;聚类分析与主坐标分析结果一致,36份糯玉米材料共划分为3个类群。     

广西和广东优质常规稻的SSR遗传多样性分析

为探讨广西、广东近年育成的优质常规稻品种（系）的遗传多样性,以均匀分布在水稻基因组上的16对SSR多态性引物对101份优质常规稻进行遗传多样性分析。结果表明,16对引物均表现出多态性,共检测出55个多态性位点,平均等位基因Ap为3．4375,有效等位基因数Ae为2．0492,平均多态信息含量PIC为0．4760;聚类分析结果表明,不同水稻品种（系）间遗传相似系数变幅为0．6802～0．9798,说明SSR标记能够揭示不同材料间较高的遗传多样性,将101份水稻品种（系）完全区分开,为两广地区水稻品种资源的研究利用提供理论依据。     

安徽省新收集野生大豆种质资源的SSR分析

该研究以24份2006年安徽省新收集的野生大豆种质资源为试验材料,利用60对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明,54对SSR引物扩增出237条多态性带,SSR的遗传多样性指数分布范围,Simpson指数为0.4063-0.8835,平均值0.7203;Shannon-weaver指数为0.6191-2.1662,平均值1.4574。聚类分析将安徽省野生大豆资源分为两大类群,包括江淮丘陵野生大豆类群以及淮北、沿江、皖西和皖南混合类群。     

中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用

【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U•L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150 μmol•L-1、0.1 μmol•L-1、2.0 mmol•L-1,总体积为25 μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6%,蓼科同属甜荞的SSR引物适用于苦荞SSR扩增。19对引物共检测到157个等位变异,每对SSR引物检测到的等位变异2-11个,平均等位变异（NA）7.42个,平均多态性信息量（PIC）0.888,平均鉴定力（DP）5.684,2对为SSR骨干引物。利用Popgen Ver.1.31软件,当遗传相似度（GS）为0.578时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高,该区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR分子标记体系适用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析,甜荞SSR引物可用于苦荞SSR标记分析,TBP5和Fes2695为苦荞SSR骨干引物,50份苦荞材料遗传多样性丰富,可划分为5个组群。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

甘蓝种和芥菜型油菜细胞质的遗传多样性

对36份供试材料（15份甘蓝种材料、12份芥菜型油菜、4份不同细胞质类型的甘蓝型油菜、2份白菜型油菜及黑芥、埃塞俄比亚芥、芸芥各1份）进行叶绿体和线粒体SSR分析。7对多态性叶绿体特异的SSR引物在参试材料中共检测到31条多态性条带,每个位点等位基因为3~8个,平均4.43个,PIC值为0.234~0.711,平均为0.550。 2对线粒体特异的SSR引物检测到多态性条带数分别为3和5,PIC值分别为0.409和0.558。将线粒体与叶绿体的SSR标记合并,36份材料的遗传相似系数为0.538~1.000,在遗传相似系数 0.700 处,36份材料可明显分为5类,分别为芥菜型油菜、甘蓝型油菜和白菜型油菜、埃塞俄比亚芥和黑芥、甘蓝、芸芥,结果与传统的分类一致。芥菜型油菜内存在4种单倍型,而甘蓝仅有一种单倍型,芥菜型油菜材料间的细胞质遗传多样性高于甘蓝种材料间的细胞质多样性。     

Development of Soybean EST-SSR Markers and Their Use to Assess Genetic Diversity in the Subgenus Soja

Developing expressed sequence tag-derived SSR （EST-SSR） markers is imperative in genetic research. In this paper, we reported 37 EST-SSR markers which were developed from 286 unigenes obtained from soybean cDNA library. Among the 286 markers designed for the 4 accessions of Glycine max and 6 of its wild progenitor （G. soja） within the subgenus Soja, 209 markers amplified DNA fragments, taking 73.1% and 37 markers appeared to be polymorphic, which was 12.9% of the total. The 37 loci detected a total of 142 alleles, while the PIC values varied from 0.194 to 0.794. Both the number of alleles per locus and PIC value were significantly related to the SSR motif. Six EST-SSR loci may be fixed for different alleles between G. max and G. soja since they were particularly polymorphic among the 6 G. soja accessions. A neighbor-joining tree placed the G. max accessions together as a group within the G. soja, though the average genetic distance among G. soja accessions was much higher. These new EST-SSRs markers will be useful for genetic diversity analysis, genetic mapping construction and gene discovery in Soja subgenus.     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

Fingerprinting 146 Chinese chestnut(Castanea mollissima Blume) accessions and selecting a core collection using SSR markers

Chinese chestnut is an important nut tree around the world. Although the types of Chinese chestnut resources are abundant, resource utilization and protection of chestnut accessions are still very limited. Here, we fingerprinted and determined the genetic relationships and core collections of Chinese chestnuts using 18 fluorescently labeled SSR markers generated from 146 chestnut accessions. Our analyses showed that these markers from the tested accessions are highly polymorphic, with an average allele number(N_a) and polymorphic information content(PIC) of 8.100 and 0.622 per locus, respectively. Using these strongly distinguishing markers, we successfully constructed unique fingerprints for 146 chestnut accessions and selected seven of the SSR markers as core markers to rapidly distinguish different accessions. Our exploration of the genetic relationships among the five cultivar groups indicated that Chinese chestnut accessions are divided into three regional type groups: group I(North China(NC) and Northwest China(NWC) cultivar groups), group II(middle and lower reaches of the Yangtze River(MLY) cultivar group) and group III(Southeast China(SEC) and Southwest China(SWC) cultivar groups). Finally, we selected 45 core collection members which represent the most genetic diversity of Chinese chestnut accessions. This study provides valuable information for identifying chestnut accessions and understanding the phylogenetic relationships among cultivar groups, which can serve as the basis for efficient breeding in the future.     

青海引进玉米品种形态性状遗传多样性研究

56个引进玉米品种的18个形态性状的平均多样性指数为1.6185,遗传多样性丰富;其中14个数量性状的平均多样性指数为1.8778,4个质量性状为0.7111,数量性状高出质量性状1.1667。穗行数的多样性程度最高(2.0921),粒型的多样性程度最低(0.3475)。不同来源的甘肃群体(30份,1.5216)的遗传多样性比河北群体(18份,1.4226)和辽宁群体(6份,1.0219)丰富,多样性指数分别高出0.0990和0.4997。     

长江流域片国家区试大豆品种分子ID构建及遗传多样性分析

以长江流域片国家区域试验的45份大豆品种为材料,选择分布在大豆基因组8个连锁群的13对SSR标记进行分子ID构建及遗传多样性分析。结果表明:利用Satt138、Satt514、Satt231、Satt380、Satt442和Satt369这6对引物可以将45个参试大豆品种区分开,并获得唯一的分子ID;参试大豆品种间遗传相似系数为0~1.00,平均相似系数为0.442 4,结果说明长江流域片国家区试大豆品种间遗传同源性较小,差异性较大。     

玉米SSR分子标记试验体系优化及其遗传多样性研究

为优化玉米SSR分子标记体系,丰富种质资源的多样性,以基础玉米自交系CK及其诱变系M为材料,优化了SSR分子标记试验体系,并对诱变玉米自交系遗传多样性进行了分析。结果表明:(1)优化后SSR分子标记试验体系,可以有效提高试验效率,减少试验误差;(2)利用23对SSR引物对诱变玉米自交系进行PCR扩增,共扩增得到59个等位基因,平均每对引物检测到2.565个等位基因;位点的多态信息量(PIC)和基因型多样性指数变化范围为0.110~0.525和0.234~1.061,平均值分别为0.331和0.643,说明基础材料CK与诱变材料存在真实的遗传差异。     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

苦荞是一种重要的杂粮作物.利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价.共检测到51 485个SSR位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20％),其次为三核苷酸重复型(17.76％...