我国主要地方绵羊品种mtDNA细胞色素b基因PCR-RFLP研究

应用PCR-RFLP方法，对我国9个地方绵羊品种和3个引人品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cyt b)基因进行了分析。结果表明，12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点，15种限制性态型，其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表现出多态，15种限制性态型归结为4种基因单倍型，即单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ和单倍型Ⅳ。单倍型Ⅰ为受试绵羊品种的基本单倍型。线粒体DNA细胞色素b基因遗传多态度为0．0142％，说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度贫乏。     

山东3个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的系统进化研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊共3个品种部分线粒体DNA细胞色素b 基因片段,并以鲁北白山羊为外群,应用NJ法构建分子系统树。结果显示: 44 个位点检出变异,绵羊群体变异度为0.0102,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测3个品种具有共同母系祖先;洼地绵羊与大尾寒羊关系较近,与小尾寒羊亲缘关系最远。     

4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素6基因片段，其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况，并以鲁北白山羊为外群，用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树，得到相同的拓扑结构，在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示：在4个绵羊品种之间，洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0．85％，线粒体DNA多态性相对贫乏，推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。     

三个类群藏系绵羊线粒体细胞色素b基因序列多态性及其系统进化的研究

为研究藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群的亲缘关系、遗传多样性以及其系统进化,测定该3个类群藏系绵羊的41个个体的细胞色素b基因的全序列。结果表明,41个藏系绵羊的细胞色素b基因的全序列长度均为1 140bp,有27个多态位点,其中单一多态位点16个,简约信息位点11个,共定义13种单倍型,单倍型多样性为0.672±0.078,核苷酸多样性为0.331%。藏系绵羊贾洛类群与欧拉类群遗传距离最远,为0.003 9,红原类群与欧拉类群遗传距离较近,为0.002 64。说明红原类群与欧拉类群亲缘关系较近,藏系绵羊有一个共同祖先,同时存在第2个母系起源。     

小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定，得到全序列长度为1140bp,其T、C、A、G含量分别为362(31.8％)、291(25．5％)、301(26．4％)、186(16．3)，GC含量41．8％。分子质量为349782。     

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况.结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43.以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree).结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16).     

几个绵羊品种线粒体DNA限制性片断长度多态性比较研究

用ApaⅠ等15种识别6碱基的限制性内切酶研究了蒙古羊、乌珠穆沁羊、湖羊和小尾寒羊线粒体DNA的RFLP。结果表明，在所研究的个体中共检测到32个酶切位点，16种限制性态型，其中BglⅠ表现出多态，XhoⅠ无切点。16种限制性态型可归结为2种基因单倍型，即单倍型Ⅰ（BglⅠ－A）、单倍型Ⅱ（BglⅠ-B），单倍型Ⅰ为受试绵品种的基本单倍型。线粒体DNA多态度π值平均为0.0192%，表明受试绵羊品种线粒体DNA多态性比较贫乏。     

焦磷酸测序鉴别猪线粒体细胞色素b基因单倍型

为了鉴别猪线粒体细胞色素 b(cytochrom e B,cyt b)基因单倍型 ,选择 9个不同品种共 4 15头猪作为试验材料 ,采用实时 DNA测序新方法焦磷酸测序 ,分析了 cyt b单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism s,SNPs)。分析结果显示 3种不同单倍型 E、A1和 A2。除 1头临高猪属于单倍型 A2外 ,其他 6个中国地方品种猪均属于单倍型A1;瑞典长白猪和大白猪存在单倍型 E和 A1,而皮特兰猪存在单倍型 E和 A2。此外 ,基于焦磷酸测序 ,在通城猪中发现了 1个新的 SNP位点。     

绵羊线粒体DNA细胞色素B基因特异性片段PCR反应条件优化

根据绵羊线粒体DNA的序列设计引物,试用PCR扩增细胞色素b基因的一段序列,退火温度、Mg2+浓度对扩增体系没有影响,只有引物浓度对扩增产物有影响,说明引物的特异性和灵敏性较好,可初步用作绵羊的种属鉴别.     

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。     

4个绵羊品种MHC-DRB3基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法分析4个绵羊品种（阿勒泰羊、中国美利奴肉用多胎品系、湖羊和陶塞特羊）MHC-DRB3基因第2外显子的多态性，并进行聚类分析以及基因杂合度和多态信息含量的计算。结果表明：在绵羊MHC-DRB3基因第2外显子第122、154、168、220和241 bp碱基处表现出多态性；χ2适合性检验结果表明，4个绵羊群体MHC-DRB3基因的第2外显子的PstⅠ酶切位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态，TaqⅠ和HaeⅢ酶切位点多态性均未达到Hardy-Weinberg平衡状态；4个绵羊群体基因杂合度和多态信息含量值分别在0.693～0.774和0.662～0.738之间，表明4个绵羊品种具有丰富的遗传多样性；聚类结果表明，中国美利奴肉用多胎羊和湖羊亲缘关系最近，阿勒泰羊和陶塞特羊关系较远，与实际选育过程一致，MHC-DRB3多态性可作为绵羊育种标记进一步研究。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性.结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型.在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因.     

中国6个地方绵羊品种的微卫星分析

为研究中国地方绵羊品种之间的遗传多样性,利用6个微卫星位点,对中国6个绵羊品种群体进行遗传检测,计算了各品种群体的平均杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC),同时分析了各品种群体内的遗传变异,进行了UPGMA聚类。结果表明,6个绵羊品种Ho为0.5446~0.7140,PIC为0.5211~0.7732;6个绵羊品种都具有较丰富的遗传多样性,其中岷县黑裘皮羊的遗传变异最高,小尾寒羊的遗传变异最低;小尾寒羊的近交系数最高,揭示该群体内近交程度可能较高。利用UPGMA方法构建了系统发生树,兰州大尾寒羊与岷县黑裘皮羊为一类,哈萨克羊与贵德黑裘皮羊为一类,泗水绵羊与小尾寒羊为一类,表明群体遗传结构与地理分布及其驯化历史相关。     

Microsatellite Analysis of Six Chinese Indigenous Sheep Breeds

This article described the relationship among six Chinese indigenous sheep breeds.There were six microsatellite loci which used to analyze the genetic diversity.Based on the allele frequency of six sheep variations, we calculated the mean heterozygosity (Ho), which were from 0.5446 to 0.7140;The polymorphism information content (PIC) in six sheep breeds were from 0.5211 to 0.7732.Genetic variations within breed were analyzed in the study, and we clustered the UPGMA tree according to the DA genetic distance.The results showed that six breeds had relatively abundant genetic diversity, and MXB had the highest genetic variation, while SW had the lowest genetic variation.The inbreeding coefficient of SW was higher than other breeds, which revealed a higher inbreeding degree in this breed.Phylogenetic tree was constructed using UPGMA, which showed that LZD and MXB were classified as a class, HZK and GF were classified as a class, SIH and SW were classified as a class.The results revealed the genetic structure of breeds correlated with geographical distribution and history of domestication.     

4个绵羊品种双肌臀基因基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge, CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处存在1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNP CLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNP CLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,分别以引进的纯种陶塞特羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊和美利奴羊作为研究样本,进行了SNP CLPG位点的PCR检测。获得了预期的493 bp扩增片段,并检测到CLPG基因型特征性的SNP CLPG突变(A→G)。     

6个中国固有绵羊品种的群体遗传学分析

从 3 0个随机引物中筛选出 5条 ,对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共 6个绵羊品种的基因组进行扩增分析 ,然后用 6种聚类方法 (欧氏距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基 )进行聚类。结果表明 ,分布在我国西北部的绵羊品种以及大尾寒羊在大多数情况下总是先聚在一起 ,相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊总是和西北部的品种间距离较远。同羊和小尾寒羊之间距离也很远 ,较接近品种志中的记载。6种聚类方法均可     

我国主要地方绵羊品种遗传亲缘关系

利用 10种 10碱基的随机引物 ,分析了我国 8个地方绵羊品种计 88只绵羊的随机扩增多态 DNA。结果表明 ,我国地方绵羊品种基因组 DNA多态位点百分率为 81.36 % ,群体平均遗传多样性指数为 1.3370 ,具有丰富的群体遗传多样性。但滩羊、小尾寒羊、藏绵羊和蒙古羊群体遗传多样性程度较低 ,应加强保种措施。群体遗传分化指数为0 .9172 ,说明遗传变异主要存在于群体间。品种间的分子聚类关系基本上反映了品种间的遗传亲缘关系 ,与品种的形成历史及我国地方绵羊的起源进化学说基本一致 ,具有相同来源的蒙古羊、乌珠穆沁羊、小尾寒羊和湖羊的分子聚类关系表明 ,4个地方绵羊品种间已经有了明显的遗传分化 ,小尾寒羊、乌珠穆沁羊间遗传分化较低 ,湖羊与蒙古羊之间相对较高 ,而小尾寒羊和乌珠穆沁羊与湖羊和蒙古羊之间的遗传分化最高     

小尾寒羊MHC-DRB3基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对小尾寒羊MHC-DRB 3基因第二外显子285 bp的扩增产物进行多态性分析,结果共检测到内切酶P stⅠ的3种基因型,由2个等位基因控制,通过酶切图谱分析结果表明:小尾寒羊的MHC-DRB 3基因第二外显子的第241位的碱基表现出多态性,等位基因B的基因频率为0.81879。x2适合性检验结果表明:小尾寒的MHC-DRB 3基因的第2外显子的P stⅠ酶切位点达到了H ardy-W e inberg平衡状态。     

绵羊MyoG基因外显子的单核苷酸多态性群体遗传学分析

采用PCR—SSCP技术分析了肌细胞生成素（MyoG）基因外显子1、2在蒙古羊、无角陶赛特羊、德国肉用美利奴羊和白萨福克羊这4个绵羊品种的多态性。结果表明在在外显子1（exonⅠ）所扩增的片段中存在3种基因型（AA型、AB型和BB型），在外显子2（exonⅡ）所扩增的片段中不存在多态性。对于exonⅠ扩增片段，4个绵羊品种均检测到AA和AB基因型；BB基因型只在蒙古羊、陶赛特羊和白萨福克羊中检测到。在4个绵羊品种中，蒙古羊的AA基因型频率最高，而其它3个品种羊是AB基因型频率高；A等位基因频率明显高于B等位基因频率。exonⅠ的多态性片段测序分析表明：MyoG基因第305处发生了单碱基突变（T→C），并导致了所编码氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸。