分子生物学技术在鸭肝炎病毒检测中应用研究进展

本文综述了分子生物学技术在鸭肝炎病毒检测中应用,主要包括常规RT-PCR、套式RT-PCR、多重RT-PCR、荧光定量RT-PCR、环介导等温扩增等5种方法,对鸭病毒性肝炎防控有一定的参考价值。     

鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒二重荧光定量RT-PCR方法的建立

根据基因库中鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的基因序列,设计2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针.对反应条件和试剂浓度进行优化,建立能够同时检测鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重荧光定量RT-PCR方法.该方法敏感性好,对鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的检测敏感性均达到200个模板拷贝数;该方法特异性强,对鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性.本研究建立的鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重荧光定量RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭Ⅰ型肝炎病毒和番鸭细小病毒感染的检测.     

鸭瘟病毒实验室检测方法研究进展

鸭瘟是危害养鸭业的一种重要传染病。本文概述了鸭瘟病毒(DPV)实验室检测方法的研究进展。在细胞生物学方面,主要依靠病毒分离培养、ELISA法、血清中和试验等病毒特异性抗原及其抗体的检测等。在分子生物学方面,主要依靠国内外相继建立起的PCR技术、实时荧光定量RT-PCR技术、LAMP技术和核酸杂交技术等。介绍和比较了各种方法的优缺点和实用性,为临床科技工作者建立快速、简便、准确、实用的检测方法提供参考。     

实时荧光定量TaqMan RT-PCR检测鸭坦布苏病毒方法的建立及初步应用

研究旨在建立一种适用于鸭坦布苏病毒检测的荧光定量Taq Man RT-PCR技术。以JXSP株RNA为模板,建立检测鸭坦布苏病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。制备含有上述目的片段的RNA作为标准品,10倍比稀释后建立标准曲线,测定敏感性。同时采用标准品对该方法的批内和批间重复性进行检测,并与本实验室所保存的多种病毒进行特异性检测。结果:建立的荧光定量Taq Man RT-PCR方法能在鸭坦布苏病毒JXSP株RNA样本中检出荧光信号。最低检出量为2.06×10~1拷贝/反应;线性范围达9个数量级。该方法重复性良好,批内变异系数不足0.4%;批间变异系数不足2.2%。该方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,经体外感染细胞培养物及临床样品检测证实,该方法可实时反映病毒液中的病毒含量,可在获得样品后3 h以内得到检测结果,可用于临床样品中鸭坦布苏病毒的快速检测。     

鸭 I 型肝炎病毒和番鸭细小病毒二重RT-PCR方法的建立

根据基因库中鸭I型肝炎病毒和番鸭细小病毒的基因序列,分别设计了两对特异性引物,通过对二重RT-PCR扩增条件的优化,研究建立了可同时鉴别检测鸭I型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重RT-PCR方法.该方法对同一样品中的鸭I型肝炎病毒和番鸭细小病毒模板进行扩增,结果均同时得到2条大小与实验设计相符的202 bp(鸭I型肝炎病毒)和474 bp(番鸭细小病毒)的特异性扩增条带,对鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭副黏病毒、鸭瘟病毒和禽流感病毒等病原体的检测全为阴性.敏感性试验结果表明,该技术最低能检测到100 fg的鸭I型肝炎病毒RNA和番鸭细小病毒DNA.研究建立的鸭I型肝炎病毒和番鸭细小病毒的二重RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异、定量和重复性好等优点,可用于临床上鸭I型肝炎病毒和番鸭细小病毒感染的检测.     

鸭Ⅰ型肝炎病毒荧光定量RT-PCR方法建立及初步应用

根据GenBank中鸭Ⅰ型肝炎病毒的基因序列,设计合成一对引物和一条Taq-Man探针。进行优化后,建立了能够检测鸭Ⅰ型肝炎病毒的荧光定量RT-PCR方法。该方法敏感性好,检测敏感性达到20个模板拷贝数,比常规PCR灵敏度高100倍;该方法特异性强,对番鸭细小病毒、鸭圆环病毒和鹅细小病毒等6种病原体的检测全为阴性。对广西地区鸭群收集的118份病料进行检测,结果阳性率为1.69%。结果提示:在广西地区的鸭群中,存在鸭Ⅰ型肝炎病毒的感染,建立的荧光定量RT-PCR方法可用于鸭Ⅰ型肝炎病毒的临床快速检测。     

鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立鸭坦布苏病毒(DTMUV)的检测方法,本研究根据GenBank中登录的DTMUV E基因保守区域设计引物和探针,建立了检测DTMUV的一步法RT-PCR和荧光定量RT-PCR方法,并比较了两种方法的敏感性和特异性。结果显示,荧光定量RT-PCR标准曲线的相关系数(R~2)为0.999,DTMUV RNA在10~2拷贝/μL~10~7拷贝/μL范围内与Ct值呈现良好的线性关系;两种方法均仅对DTMUV RNA具有特异性扩增,而对其他常见鸭病原核酸的扩增均为阴性,具有较强的特异性;一步法RT-PCR对鸭胚纯培养病毒RNA的检测下限为10~3拷贝/μL,而荧光定量RT-PCR的检测下限为10~2拷贝/μL;重复性试验的变异系数均小于1.5%。对20份模拟临床样品的检测结果表明,一步法RT-PCR的阳性率为75%(15/20),而荧光定量RT-PCR的阳性率为90%(18/20)。本研究表明所建立的DTMUV荧光定量RT-PCR特异性强、重复性好、敏感性更高,更适用于DTMUV的临床诊断和流行病学调查。     

鸭副黏病毒和鸭圆环病毒二重荧光定量PCR检测方法的建立

根据鸭副黏病毒(DPMV)和鸭圆环病毒(DuCV)保守基因序列,设计了2对针对鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的特异性引物和2条不同荧光基团标记的TaqMan探针,建立了鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的二重荧光定量PCR检测方法。该方法敏感性好,对鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的检测敏感性分别达到160和140个拷贝数;该方法特异性强,对鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、鸭瘟病毒和H9型禽流感病毒等病原体的检测全为阴性;应用该方法对118份临床病料进行检测,结果检出鸭副黏病毒和鸭圆环病毒阳性感染率分别为0.85%和8.47%,无混合感染。本试验建立的二重荧光定量PCR具有快速、特异、敏感和重复性好等优点,适用于鸭副黏病毒和鸭圆环病毒的快速诊断和监测。     

鸭坦布苏病毒与鸭圆环病毒二重RT-PCR方法的建立

为了研究一种可同时检测鸭坦布苏病毒与鸭圆环病毒的二重PCR方法,试验采用DNASTAR及Primer Premier 5.0软件,针对Gen Bank中坦布苏病毒(DTMUV)E基因和鸭圆环病毒(Du CV)REP基因的保守序列,设计合成了2对引物,通过优化反应体系条件及特异性、敏感性评价,建立了鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒的二重RT-PCR方法。结果表明:该方法对鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒的检测敏感性达到100 fg;使用该方法对新城疫病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、H9亚型禽流感病毒和减蛋综合征病毒的检测结果全为阴性。说明建立的二重RT-PCR检测方法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒感染的快速鉴别诊断。     

荧光RT-PCR检测活禽和禽产品中新城疫病毒中强毒株的研究

本研究中，采用TaqMan方法，根据新城疫病毒F基因核苷酸序列，设计合成多对引物，在上游引物和下游引物之间设计多条探针，通过对引物、探针的筛选，反应条件的选择和优化，建立了检测活禽和禽产品中中强毒力新城疫病毒的荧光RT-PCR方法。经对10株倍比稀释的中强毒力新城疫病毒的尿囊液进行检测后，表明所建立的荧光RT-PCR方法的检测极限在10^-5～10^-7”之间，略低于鸡胚病毒分离方法（10^-8～10^-9）；对收集到的所有新城疫病毒株和常见禽类病毒（包括禽流感病毒H5、H9亚型、IBDV、IBV、KIBV、CAAV、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒）进行检测，结果表明建立的方法不能检出其他的常见禽类病毒，特异性良好。进一步用建立的荧光RT-PCR检测人工感染SPF肉鸡的组织脏器、咽喉及泄殖腔拭子及临床样品中的中强毒力的新城疫病毒，并同鸡胚分离结果比较，结果表明荧光RT-PCR的敏感性同鸡胚分离试验基本一致。由于荧光RT-PCR方法快速，从处理样品开始到出结果只需不到4小时，而且检测样品量大，这就充分显示了其快速、敏感、特异的优势。在强调口岸快速通关的今天，该方法的建立无疑为活禽或禽产品的快速检验检疫提供了有效的手段。     

鸭坦布苏病毒RT-PCR检测方法的建立

为快速检测鸭坦布苏病毒(DTMUV),根据鸭坦布苏病毒E蛋白的基因序列设计一对特异性PCR引物,并以鸭坦布苏病毒基因组为模板,建立了鸭坦布苏病毒的特异性RT-PCR检测方法,进行了特异性和敏感性试验,并用该方法对采自江苏地区的疑似病料进行了检测。结果表明:该方法可以特异性地扩增出鸭坦布苏病毒E蛋白基因保守区514 bp的序列,和对照的其他鸭病毒无交叉反应;敏感性较好,最低可检测到1 fg的基因组;临床样品的检出率为100%。说明所建立的RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高,可用于临床快速诊断鸭坦布苏病毒。     

应用套式RT-PCR快速检测鸭坦布苏病毒

鸭坦布苏病毒是新发现的一种可引起鸭产蛋下降、生长迟缓和死亡的黄病毒。目前尚无可靠的快速诊断方法用于该病毒的检测。本研究根据鸭坦布苏病毒E基因序列,设计了2对重叠引物P1、P2和P3、P4,建立了检测鸭坦布苏病毒的套式RT-PCR方法,该套式RT-PCR比一般PCR敏感性高10倍。采用该方法对安徽省、河北省、山东省、浙江省、上海市等地发病鸭场的63份样品进行了检测,阳性检出率为48/63（76.2%）,而病毒分离率仅为13/63（20.6%）。由此表明,与其他方法相比较,本试验所建立的套式RT-PCR方法具有快速、敏感、特异优点,可用于鸭坦布苏病毒的流行病学调查及病毒的检测。     

猪传染性胃肠炎病毒与猪呼吸道冠状病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法建立与应用

本研究根据Genbank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因和S基因保守区序列设计合成了两对引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测TGEV的方法。该方法能有效地鉴别序列密切相关的猪传染性胃肠炎病毒与呼吸道冠状病毒。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3个小时以内,具有很好的特异性和重复性。通过对39份临床样品进行检测,结果表明所建立的检测方法直接检测样品中猪传染性胃肠炎病毒。     

鸭圆环病毒检测方法研究进展

鸭圆环病毒病是由鸭圆环病毒感染引起的一种免疫抑制性疾病。本文综述了鸭圆环病毒血清学和病原学检测方法的研究进展,主要包括间接免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验、核酸探针技术、普通PCR、限制性片段长度多态性聚合酶链反应、套式PCR、多重PCR、荧光定量PCR和环介导等温扩增技术等,并对各种方法的优缺点进行了汇总分析,以期为该病的诊断与防控工作提供参考。     

新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法.     

鸭坦布苏病毒微滴式数字RT-PCR定量检测方法的建立与初步应用

为建立一种特异性强、灵敏度高、重复性好的鸭坦布苏病毒(DTMUV)数字RT-PCR定量检测方法,采用鸭坦布苏病毒E基因为靶基因,在前期实时荧光定量RT-PCR方法的基础上,建立了可对其准确定量的微滴式数字RT-PCR方法。通过对反应体系中引物、探针浓度以及反应条件中反转录温度、时间、退火温度进行优化,确定最佳引物浓度为700 nmol/L,最佳探针浓度为350 nmol/L。该方法线性关系良好,在模板浓度为10~0～10~4拷贝/μL范围内其有良好的线性关系(R~2=0.993 4);最低检测限为6.4拷贝/反应,比相同引物探针建立的实时荧光定量RT-PCR方法敏感一个数量级;同时,与其他禽源病毒无交叉反应,且重复性良好,对于10~3数量级的模板进行重复性检测,变异系数仅1.22%。通过对临床样品进行检测,结果显示该方法与实时荧光定量RT-PCR结果一致,表明该微滴式数字RT-PCR方法特异性强、敏感性高,可用于鸭坦布苏病毒的定量检测。     

狂犬病病毒快速荧光RT-PCR检测方法研究与应用

采用TaqMan方法,根据古典狂犬病病毒非编码区及N基因编码区序列,设计合成多对引物和多条探针,通过对引物、探针的筛选,反应条件的选择和优化,建立了古典狂犬病病毒荧光RT-PCR检测技术。与病毒分离鉴定、常规RT-PCR试验比较表明,建立的荧光PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内。特异性试验表明本方法与犬瘟热病毒,犬细小病毒,犬Ⅰ型腺病毒不发生交叉反应。初步动物感染试验及定量检测研究及表明,本方法可用于感染动物不同组织样品中病毒的相对定量。对132份临床样品和4种商品化疫苗进行检测研究表明,本方法适用于样品中狂犬病病毒的直接检测以及疫苗中活病毒或灭活病毒的检测。     

水疱性口炎病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立与应用

本研究建立荧光定量RT-PCR鉴别检测水疱性口炎病毒的方法。针对Gen Bank登录的水疱性口炎两血清型-新泽西型(VSV-NJ)和印第安纳型(VSV-IND)的L基因保守区,设计1对引物和2条探针。通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测VSV的方法。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内,具有很好的特异性和重复性,可以实现水疱性口炎病毒的快速检测分型。通过对342份临床样品进行检测,结果表明,所建立的检测方法适用于样品中水疱性口炎病毒的直接检测。     

番鸭细小病毒感染的诊断

针对番鸭细小病毒VP3基因片段,通过PCR检测番鸭细小病毒核酸,利用RT-PCR和PCR方法排除鸭病毒性肝炎和鸭瘟感染,利用非免疫雏鹅接种试验排除小鹅瘟病毒感染,确诊引进的番鸭患鸭细小病毒病.     

TaqMan MGB探针实时检测兔病毒性出血症病毒

应用荧光定量PCR技术,根据兔病毒性出血症病毒的保守基因VP60设计了1对引物和1段Taqman MGB探针,建立了用于检测兔病毒性出血症病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。试验中能够检出的RHDV VP60基因质粒拷贝数达103数量级,能够检测到RHDV病毒核酸最低量可以达到5 pg,未检出其他病原的RNA。试验结果表明,建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量RT-PCR方法的特异性、敏感性、重复性均达到试验设计要求,能快速检测临床样品中的兔病毒性出血症病毒,适合于兔各脏器及肌肉组织中兔病毒性出血症病毒的快速诊断和检测。