污水处理池环境细菌遗传多样性分析

以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限制性内切酶两两组合消化重组质粒。共分析了两个处理池自然水样各 30个rDNA重组质粒 ,分别发现 4种和 8种细菌rDNA基因型。各基因型频率的分布变化比较大 ,最高和最低的频率分别为 0 2 5和 0 0 1。部分基因型频率间差异显著 ,遗传多样性指数分别为 0 4和 0 9。     

鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

6S rDNA-RFLP法快速鉴定蒙古国传统乳制品中的乳酸菌

以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图谱分析,将49株乳杆菌和2株片球菌准确鉴定到种,其他4株肠球菌鉴定到属。采用16S rDNA-RFLP方法鉴定乳酸菌具有准确性,可靠性和高效性。     

猪HSL基因PCR-RFLP多态性研究

激素敏感脂肪酶 (HSL)是动物体脂肪分解的关键酶。本研究采用PCR RFLP法研究了 5个不同品种猪HSL基因部分 5’端区域和第 6内含子至第 9外显子区域DNA多态性。结果在对应于基因第 7内含子的DNA扩增片段中发现一AluI酶切位点多态性 ,梅山猪和湖北白猪中表现 3种等位基因型 (PP、PQ和QQ) ,等位基因P和Q的频率分别为 0 .6 5、0 .35和 0 .1 5和 0 .85,而通城猪中全部表现为PP基因型 ,大白猪和长白猪中全部表现为QQ基因型     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

石蝉草内生细菌多样性及其特征

采用菌落表征性状统计和16SrRNA基因序列分析法,对石蝉草根、茎、叶内生细菌的数量分布、群落组成和遗传多样性进行初步研究。从各组织器官中分离出内生细菌383株,通过菌落表征性状,以类平均连锁聚类法进行聚类分析,在欧氏距离为0的水平上可聚为19个亚群。多样性分析结果表明,19个亚群隶属于8属13种;其数量表现为叶根茎,多样性表现为茎叶根,其中鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas和寡养单胞菌属Stenotrophomonas为石蝉草内生细菌的优势属。     

褐飞虱肠道细菌多样性分析

通过构建稻褐飞虱肠道细菌16S rRNA文库的方法,分析了褐飞虱肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从褐飞虱室内种群肠道中鉴定了13种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌(Wolbachia)、短波单胞菌属(Brevundimonas sp.)、定氮螺旋菌属(Azospirillum sp.)、苍白杆菌属(Ochrobactrum sp.)、草螺菌属(Herbaspiril-lum sp.)、丛毛单胞菌属(Comamonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas sp.)、白色杆菌(Leucobater sp.)、Cardinium及暂定类群TM7.其中以不动杆菌、窄食单胞菌、苍白杆菌属与TM7最为常见.     

我国稻瘟病菌的遗传多样性及其地理分布(英文)

用重复序列探针ＭＧＲ５８６与限制性内切酶ＥｃｏＲ１组合,分析了在我国１９８０～１９９６年期间的１７省（市）１４６个不同稻区４７５个稻瘟病菌株（下简称菌株）的限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰｓ）,依其ＭＧＲ－ＤＮＡ指纹（下简称指纹）的相似率,结合病菌的致病性测定,将表现为４８个不同致病型的４７５个菌株区分为５６个谱系,每个谱系的寄主范围有限,且与不同稻区稻瘟病的群体结构差异明显．菌株的指纹分析和致病性测定结果表明,稻瘟菌有远距离传播的可能性,并在适宜的气候和人工接种条件下,草瘟菌和稻瘟菌可彼此互交．文中,作者还分析了不同稻区稻瘟菌谱系和毒性之间的关系,以期明确该菌的致病性变异及其演化过程,为改进种质资源的筛选方法和持抗育种的程序提供科学依据．     

不同施肥模式对茶园土壤细菌多样性的影响

以菜子饼+茶叶配方肥(YSJF1)、脲甲醛缓释肥(YSJF2)、茶叶配方肥(YSJF3)、畜禽粪商品有机肥+茶叶配方肥(YSJF4)、菜子饼+脲甲醛缓释肥(YSJF5)、包膜控释肥(YSJF6)、茶叶复混肥(YSJF7)、不施肥(YSJF8)和习惯施肥(YSJF9)处理后的茶园土壤为研究对象,利用Ion S5TMXL高通量测序技术,以16S rRNA基因为靶标,研究不同施肥模式对茶园土壤细菌数量、多样性和群落结构的影响,分析细菌数量、多样性与土壤理化性质的关联性。在门分类水平上,27个样品共鉴定获得46个类群,其中变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、奇古菌门(Thaumarchaeota)、拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势类群,相对丰度占87.08%～96.76%。不同施肥处理间变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门的相对丰度差异显著。不同施肥处理的ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为656.34～962.36、655.79～1 040.41、5.22～6.54和0.925 0～0.969 3。相关性分析和冗余分析结果表明,土壤pH、有机质含量和碱解氮与细菌丰度、α多样性指数和细菌群落结构有一定的相关性,土壤pH是影响细菌群落重要的环境因子。     

广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析

【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析

从5个种群南方鲇(Silurus merdionalis)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约600 bp的16SrRNA基因片段,经Clustal X同源排序后得540 bp序列.用PopGen 32软件计算遗传距离和遗传一致度,且对5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系进行聚类分析.结果表明:18个个体间的遗传距离变化为0～0.000 9,遗传一致度变化为0.999 1～1;在长江上游支流中,南方鲇不同种群间在该基因片段上基本没有差异,只有乌江种群与其他种群有2个碱基差异;长江中游支流的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段存在一定差异;5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系聚为3支,其中,雅砻江、岷江、宜宾3个种群聚为1支,乌江种群聚为1支,洞庭湖种群聚为1支.     

RFLP法研究接种对农业废物堆肥微生物多样性的影响

用限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法研究了在农业废物堆肥一次发酵和二次发酵期间添加黄孢原毛平革菌(P.chrysosporium)对微生物多样性的影响。结果表明,在不同发酵期接种P.chrysosporium对堆肥进程的影响不同。3种典型的限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ和TaqⅠ在分析堆肥细菌微生物多样性的灵敏性上,HaeⅢ效果最好,AluⅠ次之,TaqⅠ则并不很适用于分析堆肥细菌微生物多样性。接种黄孢对堆肥细菌群落的影响非常显著且迅速,二次接种可起到巩固一次接种效果的作用。     

土壤微生物多样性及发展前景

土壤微生物是土壤的重要组成部分,其群落结构多样性及变化在一定程度上反映了土壤的质量,是土壤生态系统稳定性的重要指示因子。从土壤微生物多样性的定义、农田影响因素、生态功能方面阐述了土壤微生物多样性的作用,并探讨其发展前景。     

高通量测序技术分析光叶珙桐根际土壤微生物多样性

【目的】通过了解不同地区光叶珙桐根际土壤微生物的种类和多样性差异,为光叶珙桐的引种繁 育提供基础数据和理论依据。【方法】采用高通量测序技术对昭通 3 个地区光叶珙桐根际土壤微生物种类及多 样性进行研究,分析了物种组成和丰度、Alpha 多样性、Beta 多样性和菌群结构。【结果】结果表明,细菌群 落中 α- 变形菌纲 Alphaproteobacteria 最丰富（＞ 17.02%）,真菌群落在不同地区存在明显差异,在永善三江口 Pezizomycetes 最丰富（17.01%）,彝良小草坝 Archaeorhizomycetes 最丰富（29.79%）,镇雄塘房 Sordariomycetes 最丰富（20.77%）;3 个地区中永善三江口、镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤微生物种群结构相似性较高,其中 永善三江口的光叶珙桐根际土壤细菌多样性最丰富,镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤真菌多样性最丰富。【结论】 3 个地区的光叶珙桐根际土壤微生物菌群都具有较高的生物多样性,但物种组成分布上存在差异。     

土壤微生物多样性的主要影响因子

影响土壤微生物多样性的因素很多,主要有土壤类型、农业植被类型、气候类型及管理方式等。本文对以上4个方面进行了阐述,同时,就当前面临的环境问题,总结了改善土壤微生态环境的几项措施。     

植物对土壤微生物多样性的影响研究进展

土壤微生物是植物-土壤系统中比较活跃的组成成分,土壤微生物多样性代表着微生物群落的稳定性,对植物的生长发育和群落结构的演替具有重要作用.通过植物类型、植物多样性、植物不同生长发育阶段、同一植物不同基因型、植物根系分泌物和外来植物入侵对土壤微生物多样性的影响分析,探讨植物和土壤微生物多样性之间的内在联系,为植物保护和农业可持续发展研究提供参考.     

复合菌群FWD1的木质纤维素降解特性及其微生物多样性研究

通过限制性培养条件和连续继代培养,筛选获得了一组高效稳定分解小麦秸秆的复合菌群FWD1。该菌群在10 d内对小麦秸秆的分解率达到76.92%,发酵液中主要成分为乙酸、丙酸、丁酸和乙醇。利用第二代高通量测序技术对复合菌群和菌种来源土壤样品的细菌组成进行分析,结果表明FWD1中主要含有变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,在种分类水平上,Clostridium sp. BNL1100,uncultured Alcaligenes sp.,uncultured Alcaligenaceae bacterium和Brevundimonas diminuta为优势菌株。通过连续继代培养富集了变形菌门和厚壁菌门,更细化分类水平上富集了以Clostridium sp. BNL1100为主的纤维素降解菌。菌群通过菌种之间的协同作用,共同维持了体系的稳定。研究结果为明确菌群降解机理和提高木质纤维素降解效率提供了基础。     

基于高通量测序技术分析奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性

[目的]研究奶牛乳房炎主要病原微生物及乳汁中微生物群系分布.[方法]对CJ和HZS 2个牛场的奶牛进行乳房炎检查,视觉和触觉等临床检查奶牛乳房及乳汁后,将2个场中确诊为临床乳房炎的奶牛随机采集乳汁样本各3份,并将非临床型奶牛的乳汁样本随机采集各1份,通过对乳房炎奶牛和非临床型奶牛乳样中细菌的16S rRNA基因V3-V...     

泥坑浓香型白酒窖泥中微生物群落结构与多样性分析

本文采用Illumina PE250测序法对浓香型新窖泥、老窖泥和品质较好的老窖泥中微生物群落结构与多样性进行研究。结果表明:从门水平结构分析,厚壁菌门与子囊菌门分别为浓香型白酒窖泥的优势细菌与优势真菌;从属水平结构上分析,新窖泥的优势菌属是乳酸菌属,优势真菌属是单端孢属;老窖泥与品质较好的老窖泥优势菌属是乳酸菌属,优势真菌属是青霉属。不同窖龄、不同质量的窖泥微生物结构多样性具有显著差异。     

农药污染对土壤微生物多样性影响研究综述

土壤微生物是农田生态系统重要组成部分,微生物的多样性是农业生产赖以生存的基础。本文主要就农药污染对土壤微生物多样性影响研究作一综述。