红斑丹毒丝菌分离鉴定及主要保护性抗原基因遗传进化分析

红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)是引起急性、热性猪丹毒的病原菌,是人兽共患病的病原。猪丹毒临床症状和病理变化与非洲猪瘟的症状和病理变化极为相似,容易混淆。从病死猪的肝脏和肺脏中分离到两株革兰氏阳性短杆菌,进行生化试验和药敏试验,并扩增16S rDNA和主要表面保护性抗原(spaA)基因并测序。将纯化后的细菌接种小鼠,测定分离菌的致病性。以国内外已发表的32条spaA基因序列为参考,用DNAstar软件分析分离菌spaA基因的遗传进化关系。登录生物信息学网站在线预测spaA蛋白三级结构。结果表明:两株分离株16S rDNA基因序列与GenBank中丹毒丝菌序列同源性达90%以上,确定为丹毒丝菌,分别命名为LN201801和LN201802。分离菌株均能分解葡萄糖、果糖、乳糖,不分解蔗糖、甘露醇和山梨醇,MR试验和VP试验均为阴性。LN201801和LN201802对青霉素和头孢噻肟高度敏感,对杆菌肽、恩诺沙星、阿奇霉素耐药。分离菌株spaA基因长1881bp,与已知强毒株Fujisawa序列同源性为99.9%。系统进化树分析表明,LN201801、...     

环介导等温扩增技术的应用及研究进展

环介导等温扩增（LAMP）技术自 2000 年被发明以来以其快速、灵敏、低耗等特点,引起众多研 究者的关注。该技术在人、动物、植物、环境等相关微生物的检测、监控等领域得到了广泛研究与应用,其检 测灵敏度普遍高于传统 PCR 。但是传统 LAMP 技术对于产物检测存在耗时、易造成污染等问题,以及在野外或 医疗点检测时存在判读不便的弊端。就 LAMP 技术与其他多种产物检测技术结合后的方法如目视 LAMP、实时 LAMP、微流控 LAMP、横向流 LAMP 及电化学 LAMP 进行了总结、举例及讨论。目视 LAMP 具有费用低、适合 多环境下使用的特点;实时 LAMP、微流控及电化学 LAMP法能够有效提高样品检测的准确度,且可减少检测时间; 横向流 LAMP 具有可操作性强、便于判读等特点。根据目前 LAMP 技术的研究进展及各技术优劣势的分析,预 测 LAMP 技术未来发展的方向和重点可能为研发手持便携式检测仪。     

环介导等温扩增技术快速检测志贺氏菌的研究

[目的]利用环介导等温扩增技术快速检测志贺氏菌。[方法]以志贺氏菌侵袭性质粒抗原H基因（ipaH）作为靶序列,设计引物,优化Mg2＋浓度、Bst酶浓度等反应条件,建立LAMP反应体系。[结果]确定了环介导等温扩增技术检测志贺氏菌的适宜反应条件;该法检测志贺氏菌的灵敏度为62 cfu/ml。[结论]该研究初步建立了一种利用LAMP快速检测志贺氏菌的方法,为食品中志贺氏菌快速检测构建了一个技术平台。     

利用环介导等温扩增技术检测黑白轮枝菌

[目的]黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum)能够危害苜蓿等多种作物,是我国重要的检疫性病原真菌。我们基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),建立基于颜色判定的简单、快速和灵敏的黑白轮枝菌检测方法。[方法]基于LAMP技术,通过比对分析黑白轮枝菌与其相似种不同靶标序列间的差异,选取Tub(β-tublin,编码β-微管蛋白)基因作为靶标基因,设计并筛选了4条特异性强、灵敏度高的LAMP引物和1条环引物,在此基础上建立了检测黑白轮枝菌的LAMP体系,并进行特异性、灵敏度试验及田间发病组织的检测。该方法在62℃等温条件下进行核酸扩增反应70 min,扩增前加入染料HNB(羟基萘酚蓝),反应后根据染料颜色变化判定扩增结果。[结果]特异性试验中,仅黑白轮枝菌菌株DNA扩增后呈天蓝色的阳性反应,而在其他真菌的供试菌株中均呈紫色的阴性反应。该方法的最低检测限为1 pg·μL~(-1)。Tub-LAMP技术能够检测出发病苜蓿植物组织中的目标菌,在采自新疆的7份疑似样本中检测到3份阳性。在土壤中人工添加孢子的试验中,Tub-LAMP技术能够从每0.25 g土壤含有10个孢子和每10 g苜蓿种子含有50个孢子中检测出该病菌。[结论]该方法的建立为黑白轮枝菌的检疫及其所致病害的诊断提供了新的技术。     

环介导等温扩增技术快速检测单核细胞增生性李斯特氏菌的研究

[目的]采用环介导等温扩增技术,快速检测单核细胞增生性李斯特氏菌。[方法]以单核细胞增生性李斯特氏菌（CMCC54001）的hlyA基因作为靶基因,设计引物,观察检测结果。[结果]确定了环介导等温扩增技术检测单核细胞增生性李斯特氏菌的最适反应条件。采用该方法检测单核细胞增生性李斯特氏菌的灵敏度为4.2CFU/ml。[结论]该研究建立了环介导等温扩增技术单核细胞增生性李斯特氏菌的检测方法。     

环介导等温扩增技术在植物寄生线虫检测中的应用

植物寄生线虫是世界各地农林业生产中一种重要的生物胁迫,如何在早期快速、准确地鉴定出植物寄生线虫种类是减少其危害的重要前提。环介导等温扩增技术因在实际操作中简易、快速和灵敏等特点,已被广泛应用于多种植物病原体的检测和诊断。本文主要就LAMP技术在松材线虫、根结线虫、孢囊线虫、短体线虫、滑刃线虫、粒线虫等重要植物寄生线虫中的应用研究情况进行综述,为针对不同的植物寄生线虫开发和选用最佳的LAMP检测方法提供参考。     

环介导等温扩增技术快速检测金黄色葡萄球菌

研究了用环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测金黄色葡萄球菌的方法。首先根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因nuc中的保守序列设计特异性引物,建立并优化反应条件,然后通过对金黄色葡萄球菌及其他菌种的对比试验,验证引物的特异性并确定方法的检测限。结果表明:在用加环引物的条件下,LAMP反应体系于60℃反应35 min即可扩增成功,而用未加环的引物则需45 min才能看到白色絮状沉淀。对2株金黄色葡萄球菌、3株大肠杆菌、1株醋酸杆菌、1株沙门氏菌进行同步检测,结果发现2株金黄色葡萄球菌均显示阳性,而其他菌株均显示阴性。研究确定了LAMP检测纯培养的金黄色葡萄球菌的最低检测限为100 fg,比PCR的最低检测限低2个数量级。由研究结果可以看出,LAMP法检测金黄色葡萄球菌操作简便,有较高的特异性、灵敏度,为快速检测食品中的致病菌提供了较好的技术平台。     

环介导等温扩增（LAMP）技术检测蜜蜂球囊菌

【目的】建立一种快速、灵敏的检测蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis）的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,为监测和防治蜜蜂白垩病提供技术支撑。【方法】根据蜜蜂球囊菌特异性序列ITS区,用在线引物设计软件PrimerExplorer V4.0设计并合成4条特异性引物A.apis-F3 (5′-ACATTGCGCCCTCTGGTA-3′)、A.apis-B3 (5′-TGGTTAGACCGGACAGTCG-3′)、A.apis-FIP (5′-TAAGACGGGACGATCGCCC AACCTGTCCGAGCGTCATTG-3′)和 A.apis-BIP (5′-GAAAGGCAGTGACGGCGTCGGGCCACTAGAGCGAAAGAC-3′),进行LAMP扩增试验,分别设置Mg²⁺终浓度为0、2、4、6、8、10、12、14 mmol·L^-1, dNPTs终浓度为0、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、1.2、1.4、1.6、1.8 mmol·L^-1, 内引物FIB/BIF终浓度为0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、1.2、1.4、1.6、1.8 mmol?L^-1,甜菜碱终浓度分别为0、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、1.2 mol·L^-1,反应温度为58、60、63、65℃,反应时间分别为30、40、50、60 min,并利用实时浊度仪测定浊度值和扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳来检测LAMP反应的结果,确定优化的LAMP检测体系。以东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）、蜜蜂微孢子虫（Nosema apis）、蜜蜂残翅病毒（Deformed wing virus,DWV）、蜜蜂囊状幼虫病毒（Sacbrood virus,SBV）、黑蜂王台病毒（Black queen cell virus,BQCV）和以色列急性麻痹病毒（Israel acute paralysis virus,IAPV）基因组为模板进行特异性验证。并用PvuⅠ酶切验证产物,最终确定LAMP反应体系的准确性;进而通过将蜜蜂球囊菌基因组DNA进行10倍梯度稀释,分别获得DNA浓度0.2231、0.2231×10^-1、0.2231×10^-2、0.2231×10^-3、0.2231×10^-4、02231×10^-5、0.2231×10^-6、0.2231×10^-7、0.2231×10^-8 μg·μL^-1作为模板,比较LAMP和普通PCR检测灵敏度,并检测验证该技术在临床应用上的可行性。【结果】建立了一种特异检测蜜蜂球囊菌的方法,反应条件优化后的检测体系为4 mmol·L^-1 Mg²⁺、1.2 mmol·L^-1 dNTPs、1.6 mmol·L^-1 FIP/BIP、0.4 mol·L^-1甜菜碱,并在63℃反应60 min可完成检测。选用蜜蜂球囊菌、东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫、蜜蜂残翅病毒、蜜蜂囊状幼虫病毒、黑蜂王台病毒和以色列急性麻痹病毒的基因组作为LAMP反应模板进行特异性检测,结果显示仅有蜜蜂球囊菌有扩增曲线和梯状条带,建立的LAMP检测体系有很好的特异性。将蜜蜂球囊菌基因组DNA浓度0.2231、0.2231×10^-1、0.2231×10^-2、0.2231×10^-3、0.2231×10^-4、0.2231×10^-5 μg·μL^-1作为模板进行PCR反应后,检测结果为阳性,随DNA浓度降低,电泳检测不能观察到PCR的扩增产物。进行LAMP反应时,浊度曲线和电泳条带显示可检测DNA浓度为0.2231×10^-6 μg·μL^-1。LAMP每反应检出量比PCR高10倍,并且方法简单、节省时间。【结论】成功建立了准确、快速、低成本的LAMP检测蜜蜂球囊菌技术,为相关研究和应用提供了技术支持。     

环介导等温扩增技术在水产病害检测中的研究与应用

病害的早期诊断是水产动物病害防治中的重要环节,传统的早期诊断主要通过生化反应和血清学试验来实现,该方法耗时久,要求操作人员具备一定的专业素质。随着分子生物学技术的快速发展,一种高效、简便且特异性强的核酸扩增技术——环介导等温扩增技术(LAMP)应运而生,LAMP是基于聚合酶链式反应和探针核酸检测技术的分子检测手段,可以检测动植物体内的病原菌、病毒、寄生虫和真菌等病原生物,在水产动物病原生物检测中应用广泛,如虹彩病毒(Iridovirus)、疱疹病毒(Herpesvirus)、爱德华氏菌属Edwardsiella、弧菌属Vibrio、黏孢子虫属Myxosporea、华支睾吸虫Clonorchis sinensis等。近年来该技术被不断改进,并被广泛应用于水产养殖动物的病害检测中,具有较广阔的发展前景。     

应用DNA环介导恒温扩增技术快速检测空肠弯曲菌

【目的】空肠弯曲菌是一种重要的人畜共患病致病菌,主要经被污染的水源、乳制品、生禽肉进行传播,建立快速、准确的诊断方法是防控空肠弯曲菌感染的重要措施。【方法】本文引入一种新型的核酸检测技术--DNA环介导恒温扩增 (loop-mediated isothermal amplification, LAMP),以空肠弯曲菌ORF-C序列为检测靶基因,建立了空肠弯曲菌LAMP快速检测方法。【结果】利用本LAMP方法对21种病原菌进行检测,仅空肠弯曲菌为阳性结果,说明该方法具有高度的特异性。该LAMP方法对空肠弯曲菌纯培养菌的检测灵敏度达6CFU/反应管,对污染材料中空肠弯曲菌的检测灵敏度为9CFU/反应管。【结论】本研究建立的空肠弯曲菌LAMP检测方法操作简便、检测快速,具有良好的实用性。      

猪细小病毒LAMP检测方法的建立

 【目的】建立一种快速、敏感、特异的检测猪细小病毒(PPV)环介导等温扩增(LAMP)方法,为诊断猪细小病毒提供准确可靠工具。【方法】根据GenBank公布的PPV序列,在其保守序列区域设计了多套LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪监测反应进程并筛选最佳引物、反应条件,建立了对PPV病毒DNA进行特异扩增的 LAMP检测方法,并可通过加入SYBR Green I肉眼判断结果。【结果】该方法在63℃恒温下作用45 min,PPV病毒DNA获得了高效率的特异性扩增;其检出限量为0.23 TCID50,敏感性高;在反应结束后加入SYBR Green I肉眼判断结果,与Real Time Turbidimeter LA-320仪监测结果一致。通过对20份临床样品的LAMP检测与免疫荧光鉴定、PCR方法比对,符合率均为20/20。【结论】本研究建立的PPV LAMP检测方法具有快速、特异、灵敏,操作简单、设备要求低的特点,适合用于临床PPV快速检测。     

植物罹病组织中象耳豆根结线虫的LAMP快速检测方法

【目的】建立一种基于环介导等温扩增（Loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术,从植物罹病组织中直接检测象耳豆根结线虫（Meloidogyne enterolobii）的快速检测方法,为象耳豆根结线虫的监测和防治提供技术支持。【方法】根据象耳豆根结线虫与其它根结线虫ITS序列差异设计LAMP特异性引物,通过对LAMP反应条件中的Mg2+、dNTPs、甜菜碱和反应时间进行优化,同时对检测体系的特异性和灵敏度进行验证,建立一种从罹病植物组织中检测象耳豆根结线虫的LAMP快速检测方法。【结果】象耳豆根结线虫LAMP检测体系优化结果表明在Mg2+的浓度为5.0 mmol•L-1、dNTPs的浓度为2.4 mmol•L-1、不添加甜菜碱、反应时间为45 min的条件下,扩增效率最优。本研究建立的LAMP检测方法能够从11个植物线虫种群中特异检测出象耳豆根结线虫,检测灵敏度为1/200000头线虫DNA,比普通PCR灵敏100倍,能够直接从植物根结中检测出象耳豆根结线虫,准确度为100%。【结论】本研究以rDNA-ITS序列为靶基因建立象耳豆根结线虫LAMP快速分子检测方法,具有特异性强、灵敏度高、简单、快速、经济等特征,能够从罹病植物组织中快速准确地检测出象耳豆根结线虫,具有极高的实践应用价值。     

转基因作物外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法的建立及应用

 【目的】建立转基因作物外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法。【方法】以转基因作物中常用的花椰菜花叶病毒35S启动子（CaMV35S）为主要研究对象,利用环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）,针对CaMV35S基因的6个区域设计4种特异引物,利用1种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在65℃保温1 h,通过荧光显色即可完成对转基因作物鉴定工作。同时对7种转基因作物进行LAMP检测。【结果】该LAMP方法通过特异性检测含有CaMV35S启动子的转基因作物,其检测结果的特异性与常规PCR方法结果一致,灵敏度是常规PCR的10倍。【结论】转基因作物LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合转基因作物的快速检测,有较好的应用价值。     

食品中金黄色葡萄球菌DNA环介导恒温扩增快速检测方法的建立与应用

【目的】金黄色葡萄球菌是一种人畜共患病的重要致病菌,主要经食品传播,引起食物中毒、组织及器官的化脓性炎症,建立快速、准确的检测方法对预防和控制金黄色葡萄球菌的传染具有重要意义。【方法】DNA环介导恒温扩增(loop-mediatedisothermalamplification,LAMP)是一种新颖的快速、高灵敏核酸扩增技术,本研究利用该技术建立金黄色葡萄球菌LAMP检测方法。基于金黄色葡萄球菌高度保守的Sa442基因序列,设计4条特异性LAMP扩增引物,两条外引物F3和B3及两条内引物FIP和BIP,在BstDNAPolymerase作用下,65℃恒温水浴中,对26个种类共45株细菌进行扩增,所试的20株金黄色葡萄球菌均为LAMP阳性,说明所设计的LAMP引物具有高度特异性。【结果】本LAMP方法对纯培养的金黄色葡萄球菌检测灵敏度为25CFU/mL,对污染食品中金黄色葡萄球菌的检测灵敏度为42CFU/g,40—60min内即可完成检测。检验检疫实践证明,利用本LAMP方法对958份肉类、蛋奶及其制品、人工污染样品等进行检测,检出115份LAMP阳性,与国标法(GB)检测结果一致。【结论】本LAMP方法操作简便、特异性强、灵敏度高,具有良好的实用性。     

抗虫转Bt基因水稻外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法的建立及应用

以转基因Bt水稻品种科丰6号为主要研究对象,利用环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对cry1Ac晶体蛋白毒素基因的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在65℃保温30min,通过荧光显色完成对转基因检测工作。结果显示,该LAMP方法能够特异性检测cry1Ac基因,其最低定性检测限是传统PCR方法的10倍。本研究建立的针对转基因水稻cry1Ac基因的LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合转基因抗虫水稻的快速检测。     

应用环介导逆转录等温扩增技术快速检测新城疫病毒

参考新城疫病毒融合基因(fusion gene, F gene)序列,设计了2对能够特异性地识别F基因上的6个区域的引物,并以此建立了一种简单、快速、有效的环介导逆转录等温扩增(RT-LAMP)方法检测NDV. 试验结果表明:该方法用时短(2 h内完成)、特异性好而且灵敏度高,最小检测限可达100 pg;对人工发病样品进行鸡胚分离和RT-LAMP检测,二者的阳性符合率高达93.5%;同时采用镁离子沉淀对检测结果进行可视化处理,方便利用肉眼直接观察.     

LAMP检测沙门氏菌方法的建立

环介导等温扩增(LAMP)是利用设计的4条特殊引物和具有链置换活性的DNA聚合酶,在恒温条件下特异、高效、快速地扩增DNA的新技术。研究选取沙门氏菌编码DNA解旋酶B亚单位的gyrB基因设计了1套引物,总反应体系25μL,63℃恒温1 h,用LAMP对9株沙门氏菌属扩增的结果均为阳性,而大肠杆菌O216等7株致病菌株扩增的结果均为阴性;LAMP的灵敏度为6.8×101cfu/mL。LAMP检测方法更快速、灵敏,有着较为广泛的发展前景。     

关节炎患猪中猪丹毒丝菌的分离与鉴定

为给猪丹毒的防制提供依据,分离并鉴定了猪丹毒丝菌。将发生关节炎的猪关节液接种TSA培养基,挑取透明小菌落,染色,对G+小长丝杆菌进一步用猪丹毒丝菌16SrRNA基因的引物进行PCR鉴定。对鉴定为阳性的菌株进行药敏试验,结果显示,分离菌株对青霉素、头孢噻肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢哌酮、头孢唑啉、氨苄西林、阿莫西林、克林霉素、四环素、强力霉素、环丙沙星等敏感,对新霉素、复方新诺明、庆大霉素、阿米卡星、万古霉素、痢特灵等完全耐药,临床上应根据上述结果指导用药。