暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测序法筛选leptin基因中与生长相关的SNP位点。结果表明:克隆得到的leptin cDNA序列长为661 bp,包括459 bp的开放阅读框,共编码152个氨基酸,Leptin氨基酸序列含19个氨基酸的信号肽序列,推测该蛋白为亲水的稳定蛋白;暗纹东方鲀Leptin氨基酸序列与红鳍东方鲀Leptin氨基酸序列一致性最高,为96.7%,与不同种属的其他鱼类相似性较低,与草鱼氨基酸序列的一致性仅为25.25%,但不同物种的Leptin存在较高的三级结构相似性;在暗纹东方鲀leptin基因上筛选得到2个分型稳定的SNP位点(T24G、T193A),其中,T24G位点不同基因型个体间的体质量存在显著性差异(P<0.05), GG基因型个体体质量显著小于TG和TT基因型(P<0.05);将2个SNP位点的不同基因型进行组合,经关联分析获得优势双倍型D5,D5型个体的3个生长性状值最高,体质量显著高于D2、D4型个体(P<0.05),极显著高于D6型个体(P<0.01),体长和体全长显著高于D6型个体(P<0.05)。研究表明,T24G位点的TG和TT基因型及双倍型D5是暗纹东方鲀优势生长的基因型,可作为暗纹东方鲀辅助育种的候选分子标记。     

暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测...     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

暗纹东方鲀sox9基因的克隆和组织表达分析

为初步探究暗纹东方鲀sox9基因在性腺发育和性别分化过程中的作用,通过设计兼并引物、RACE及荧光定量PCR技术,成功克隆出暗纹东方鲀sox9基因的cDNA全长序列,并分析其相应的生物信息学特征及其在雌雄个体的组织表达水平。结果表明:sox9a基因cDNA全长为1 248 bp(NCBI登录号:MH218818),包括684 bp的ORF,编码227个氨基酸,297 bp的5′UTR和267 bp的3′UTR。sox9b基因全长为1 941 bp(NCBI登录号:MH218819),包括1 470 bp的ORF,编码489个氨基酸,306 bp的5′UTR和165 bp的3′UTR。同源性和系统发育分析结果表明暗纹东方鲀sox9基因与红鳍东方鲀同源性最高,亲缘关系最近。氨基酸多重序列比对结果显示两个Sox9氨基酸序列的HMG box结构域在哺乳动物和鱼类中均高度保守。荧光定量PCR分析显示两个sox9基因普遍存在于雌鱼和雄鱼的各个组织中,且均在雌鱼下丘脑中表达量最高,在精巢中有少量表达,卵巢中几乎不表达。总体来说,除少数组织外,两个sox9基因在雌鱼组织中的表达量普遍高于雄鱼。本研究为了解暗纹东方鲀sox9的遗传特性及相关的生理功能,探索性别分化与性腺发育的分子调控机制提供理论依据。     

暗纹东方鲀生长激素基因克隆与同源性分析

克隆获得暗纹东方鲀GH基因,该基因包含6个外显子和5个内含子,在此基础上获得其cDNA序列,共有591bp,编码196个氨基酸。将该cDNA序列转换成蛋白质序列后,结合NCBI数据库中得到的其它24种脊椎动物生长激素基因的蛋白质序列,运用MEGA3.1,以UPGMA法构建东方鲀等25种脊椎动物的生长激素基因进化树,14种鱼类中除了鳗鲡和鳝鱼外聚为一大类,其它动物中哺乳动物、反刍动物、家禽、爬行动物、人以及鳗鲡等聚为另一大类,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀生长激素基因的氨基酸同源性达到100%,与斗鱼、杜父鱼、金鲈生长激素基因的氨基酸同源性达到70%以上,与人的生长激素基因的氨基酸同源性也达到40%;斑马鱼、草鱼、鲋鱼以及鲤鱼之间生长激素基因的氨基酸同源性在85%以上;哺乳动物、反刍动物、家禽的生长激素基因的氨基酸同源性在90%左右。从进化树的结果来看,与传统分类学研究结果基本一致,为进一步研究GH基因在胚胎发育及个体生长中的功能奠定基础。     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

暗纹东方鲀胃蛋白酶的分离纯化及部分性质研究

为了探明 pH 值、温度及矿物质离子对暗纹东方鲀胃蛋白酶活性的影响效果,用暗纹东方鲀的胃为材料,经柠檬酸缓冲液抽提,硫酸铵分级沉淀,CM-纤维素离子交换柱、Sephedex G75 层析柱纯化,获得比活为 7.13μmol/(min·mg)的胃蛋白酶.酶经聚丙烯酰胺电泳,表现为单一蛋白带,经 SDS-PAGE 测得酶的亚基相对分子质量为18 600.酶水解酪蛋白的最适温度为50 ℃,在pH2.5, ℃下酶催化酪蛋白水解的Km值为0.715 mmol/L;pH5.0, 3737 ℃下酶催化 N-卞氧羰酰 L-赖氨酸对-硝基酚酯(CBZ-Lys.pNP)的 Km 值为 0.112 mmol/L.几种矿物质离子对酶活力的影响表明,Ca2+,Mn2+,Mg2+对酶有激活作用,Zn2+,Fe2+对酶有抑制作用.     

药性菌质对提高暗纹东方鲀免疫力的影响

[目的]证明药性菌质对提高鱼类免疫力的作用。[方法]以暗纹东方鲀为对象,在中洋集团下属龙洋河鲀养殖厂进行试验,基础饲料中分别添加不同浓度的药性菌质(0.5%、1.0%、2.0%),并与不添加药性菌质的对照组进行比较。试验期间,各试验组的水质基本一致,2个月后对各组个体进行溶菌酶活力、碱性磷酸酶活力、酸性磷酸酶活力和SOD活力的测定。[结果]药性菌质能有效地促进受试组鱼体的生长,明显提高受试鱼的免疫力,其效果与添加剂量和饲喂时间长短有关。以2.0%组效果最佳,其次是1.0%组。4个组免疫能力从大到小的排序依次是:2.0%>1.0%>对照>0.5%。[结论]药性菌质的适宜添加量为2.0%;药性菌质适宜作为饲料添加剂应用在名优鱼种养殖上。     

暗纹东方鲀CD8α全长cDNA的克隆及序列分析

根据红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的CD8α序列设计引物,用RACE技术克隆并测定了暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)CD8α全长cDNA序列,经序列比对两者同源性为97%.序列分析显示657 nt的开放读码框编码218个氨基酸残基的跨膜糖蛋白的前体蛋白,蛋白结构预测包括信号肽区、免疫球蛋白样结构域区、茎区、跨膜区和胞浆区.对其中胞外的免疫球蛋白样结构域区和茎区进行了原核表达,表达产物为22 ku左右的重组蛋白.     

咸淡水培育暗纹东方鲀仔鱼试验研究

利用已处理的池塘水、地下水混合成盐度为4～6的咸淡水培育暗纹东方纯仔鱼,通过静水充气法培育,发现刚出膜3d的仔鱼能忍受从淡水至盐度6的突然变化,平均全长12mm的稚鱼能忍受从盐度6至淡水的突然变化,培育的稚鱼无毒或弱毒,处理后的成淡水对河纯仔鱼和稚鱼无毒、安全,且提高其成活率,使稚鱼间的相互残食习性推迟和减轻。     

大豆蛋白酶抑制剂基因的克隆及生物信息学分析

为了研究使用安全的抗虫蛋白,以市售吉育47种子为材料,利用RT-PCR方法,从大豆吉育47萌发种子提取RNA,以该RNA为模板进行反转录并进行PCR,扩增大豆吉育47蛋白酶抑制剂基因并进行生物信息学分析与表达载体的构建。结果表明:克隆到长252bp的完整编码基因序列,编码84个氨基酸残基;经测序与同源比对鉴定该基因与已报道基因相似性高度一致;以pCAMBIA3301为基础构建了植物表达载体pCAMBIA3301PI并转化入农杆菌EHA105中。     

猪OLR1基因克隆及生物信息学分析

设计猪氧化低密度脂蛋白受体1(OLR1)基因编码区全长引物,从猪脂肪组织中扩增OLR1基因编码区全长序列,对其蛋白质序列进行比对分析,预测蛋白质信号肽位点及结构域并研究该基因密码子使用偏好性。结果表明:猪OLR1基因编码区全长为825 bp,共编码273个氨基酸,猪OLR1基因与牛同源性最高(84%),其次是人(79%)、大鼠(51%)和小鼠(27%)。猪OLR1蛋白38~60位氨基酸为信号肽所在位置,144~256位氨基酸正是C型凝集素家族共有结构域;OLR1基因密码子A U含量(61.2%)远高于G C含量(38.8%),而且偏向使用A/U结尾的密码子(占76.53%),这可能影响到OLR1基因的表达水平。     

4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析

采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。     

球毛壳菌pdc基因克隆及生物信息学分析

利用BlastX将球毛壳菌（Chaetomium globosum）ESTs序列与GenBank的Nr数据库进行相似性搜索,获得含有丙酮酸脱羧酶基因（pdc）的2条ESTs（BP099214和BP113195）,以此设计引物,克隆获得球毛壳菌pdc基因的cDNA及DNA序列。cDNA和DNA序列长度分别为1725和1829bp,编码574个氨基酸的多肽,蛋白质分子质量63．38ku。蛋白质家族预测其属于焦磷酸硫胺素TPP家族。BlastP相似性分析表明,PDC氨基酸序列保守性不高,与其相似性最高的是柄孢霉的PDC（Podospora anserina,CAD60727）,相似性为79％。pdc基因的cDNA及DNA序列在GenBank上的登录号分别为EU304327,EU304326。     

驴生长激素基因cDNA的克隆及生物信息学分析

[目的]研究驴GH基因的特性与功能。[方法]以驴肝组织为材料,设计一对特异性引物,采用RT-PCR技术克隆驴GH基因cDNA序列。[结果]测序得到706bp的驴GH基因cDNA序列,此序列包含完整的GH基因的阅读框,编码216个氨基酸,驴GH基因编码的蛋白有7个的疏水区域,存在7个跨膜区和信号肽,二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主,三级结构包含第27～215位氨基酸残基。[结论]驴GH基因在进化上非常保守,基于CDS序列构建的系统进化树与比较形态学和比较生理学结果一致。     

“大通”牦牛Lfcin基因克隆及生物信息学分析(英文)

[Objective] This study was to clone Lfcin gene from Datong yak, so as to provide reference for applying this gene in feed industry and breeding industry. [Method] Using PCR technology, the lactoferricin(Lfcin)-encoding gene was obtained from genome of Datong yak; then it was cloned into pGEM-T easy vector, and then sequenced; the sequencing results were subsequently aligned with the sequences of dairy cow accessed in GenBank. Moreover, amino acid sequences of Lfcin gene from various species including yak, dairy cow, human and mouse were used for sequence alignment and phylogenesis analysis. [Result] The second exon of lactoferrin(LF) from Datong yak, which is 778 bp in length, was obtained, within which the coding region of Lfcin gene is 75 bp (25 amino acid residues); sequence analysis showed that there is discrepancy of eleven bases between Datong yak and dairy cow; Lfcin proteins from various species shared high homeology, of which that from Datong yak and dairy cow were completely identical; phylogenesis analysis showed that cladogram based on Lfcin was consistent with species evolutionary law. [Conclusion] This study laid a foundation for the prokaryotic or eukaryotic expression of Lfcin gene and further understanding the activity of Lfcin protein.     

“大通＂牦牛Lfcin基因克隆及生物信息学分析

乳铁蛋白素（Lactoferricin,Lfcin）是从乳铁蛋白（LF）上被胃蛋白酶水解下来的25个氨基酸残基的小肽,位于乳铁蛋白第二外显子,是乳铁蛋白的抗菌活性中心,其抗菌活性是LF的几百倍。Lfcin具有广谱抗菌活性,对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有效,同时具有抗真菌、抗病毒、抑制肿瘤细胞生长、参与免疫调节等多种生物学功能和维持动物肠道菌群正常生态稳定的功能,从而起到提高动物生产性能的作用。     

条斑紫菜抗坏血酸过氧化酶基因的克隆及生物信息学分析

结合电子克隆及RT-PCR技术获得条斑紫菜(Porphyrayezoensis)过氧化物酶基因。该基因cDNA序列长847 bp,包含编码245个氨基酸的开放阅读框。生物信息学分析结果显示,该基因编码蛋白无信号肽序列,与高等植物拟南芥的细胞质抗坏血酸过氧化物酶蛋白序列同源性较高,在细胞质中行使功能。此外,该基因的进化历程基本符合植物从低等到高等的进化过程。     

大豆GmAGL8基因的克隆及生物信息学分析

通过同源扩增从大豆中克隆得到与拟南芥AGL8基因相似的基因GmAGL8,并对该序列进行了测定。同时对GmAGL8进行了生物信息学分析,通过比对GmAGL8与桃PpMADS6和拟南芥FUL的核酸序列,相似度分别为80%和77%,三者的氨基酸序列同源性为74%。通过亲疏水性分析预测GmAGL8基因编码的蛋白为亲水性蛋白。在GmAGL8中发现与MADS基因家族相似的MEF2并找到可能对多聚体的形成有关的K-box基因。     

新疆梨PsSFBB基因克隆及其生物信息学分析

[目的]对新疆梨PsSFBB基因进行克隆,并对其进行生物信息学分析。[方法]以新疆梨品种棋盘梨的花药为材料,利用RT-PCR和RACE技术对其PsSFBB基因进行克隆,并对克隆出的基因进行生物信息学分析。[结果]试验克隆到了一个全长为1 231 bp的PsS-FBB-α基因(Genbank登录号为EU909687),命名为PsSFBB6-α。该基因编码378个氨基酸,在N末端含有一个约50个氨基酸组成的F-box基序。经生物信息学分析,推测PsSFBB6-α蛋白的分子式为C2000H3034N517O558S23,相对分子质量为44 987.5,等电点为6.02,二级结构以α螺旋为主;理论推导半衰期大约为30 h,不稳定参数为55.21,属于不稳定蛋白;并且推测此蛋白为亲水性、非分泌型蛋白,在基质内起裂合酶的作用,特异性的识别底物,正好吻合了F-box蛋白的作用。[结论]为进一步研究SFBB蛋白和自交不亲和机理奠定了基础,也为新疆梨自交亲和品种的选育和生产中科学配置授粉树以提高产量和品质提供理论了依据。