赞皇大枣枣疯病植原体分子分类

 【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本试验旨在明确惟一已知的天然三倍体品种--赞皇大枣枣疯病植原体的分类地位,为赞皇大枣枣疯病植原体分类研究提供参考。【方法】利用植原体16S rDNA通用引物对赞皇大枣枣疯病病株的DNA进行PCR扩增和克隆测序,通过BLAST比对进行序列分析,利用临位相连法构建16S rDNA系统演化树,并应用DNAstar软件进行虚拟RFLP分析。【结果】获得的赞皇大枣枣疯病植原体16S rDNA序列长度为1 850 bp（GenBank登录号GU184180）,包括1 529 bp的16S rDNA基因全序列、264 bp的邻近间隔区序列及57 bp的23S rDNA部分基因序列。同源分析表明,赞皇大枣枣疯病病原16S rDNA序列与其它植原体的相似性在87%—98%,其中与榆树黄化 Elm yellows（EY）(GenBank登录号l33763)最高相似性为98%;与大多数二倍体枣品种的植原体序列相似率达99%以上;其虚拟RFLP图谱与4个16SrⅤ亚组的代表序列图谱差异显著,赞皇大枣枣疯病植原体延伸因子tuf基因的序列(GenBank登录号JN001985) 比对结果表明,与其它亚组序列同源性为52.3%—76.7%。【结论】三倍体赞皇大枣枣疯病病原属于榆树黄化组(16Sr V),并与其中的B亚组亲缘关系最近;与二倍体品种的病原分类地位一致,说明枣疯病植原体在系统进化上比较保守。     

基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V 、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树.序列差异和同源性分析结果显示:由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100％;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7％;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9％.由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6％;R1与S1同源性最高、为98.7％.由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7％,R1与S1为99.4％.采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近.     

脂肪酶菌种的筛选及分子鉴定

通过固体平板法,从温泉水样中筛选出1株耐热脂肪酶产生菌X-33。对该菌株进行了产酶条件的初步探索,得出其摇瓶发酵条件为：2%可溶性淀粉,3%酵母膏,MgSO4·7ddH2O 0.1%,K2HPO40.1%,三丁酸甘油酯乳化液0.1%,起始pH值7.5,通气量50 mL/250 mL摇瓶,250 r/min,发酵温度37℃,发酵周期24 h。该酶在60℃条件下温浴30 min,可保留部分活性。为鉴定该菌株,克隆并测序了其16S rDNA基因序列,NCBI上比对分析表明,该菌株与sphingomonas yabuuchiae（鞘氨醇单胞菌）有最紧密的亲缘关系。     

贵州麻阳河自然保护区7种野生红菇的形态与分子鉴定

为了解麻阳河自然保护区野生红菇真菌资源状况,从保护区采集到7种野生红菇,基于其形态特征结合ITS r DNA序列与Gen Bank中相关的红菇属的同类序列构建的分子系统发育树,将其鉴定为厌味红菇Russula nauseosa、美红菇Russula puellaris、鳞盖红菇Russula lepida、菱红菇Russula vesca、以及变绿红菇Russula virescens、Russula faustiana、粉柄红菇Russula farinipes。     

基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5%,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1%,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1%;由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9%,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2%;由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicidaS21序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。     

16S rRNA在兽医病原菌分类鉴定中的应用

介绍16S rRNA基因的特点,阐述其用于病原菌分类鉴定的基本原理,综述其在兽医病原菌分类鉴定中的应用。     

16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展

由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。     

rDNA分析在真菌分类鉴定中的应用

介绍了rDNA的结构及其特点,阐述了rDNA在真菌分类鉴定中的应用,并对真菌的分子生物学鉴定法进行了展望。     

高抑制金黄色葡萄球菌活性放线菌的分离及分子鉴定

从医院土壤中筛选分离代谢物具有较高抑制金黄色葡萄球菌活性的放线菌,并对其进行分子鉴定。结果得出,采用影印平皿法,以金黄色葡萄球菌为指示菌进行放线菌的分离,通过16S rDNA序列分析进行鉴定。结果得出,A01菌株发酵液对金黄色葡萄球菌抑制效果较好,与Streptomyces sp.VTTE-042674亲缘关系最近,达到99.86%,应属于链霉菌属。该菌株的16S rDNA序列已被GenBank收录,序列登录号为HQ660584。     

ITS序列分析在真菌分类鉴定中的应用

综述了ITS序列分析技术的原理、特点及近年来在痛原真茵分类鉴定上的应用,同时对ITS序列分析技术在真菌分类鉴定研究领域中的前景进行了展望.     

Image-based orchard insect automated identification and classification method

Insect identification and classification is time-consuming work requiring expert knowledge for integrated pest management in orchards. An image-based automated insect identification and classification method is described in the paper. The complete method includes three models. An invariant local feature model was built for insect identification and classification using affine invariant local features; a global feature model was built for insect identification and classification using 54 global features; and a hierarchical combination model was proposed based on local feature and global feature models to combine advantages of the two models and increase performance. The three models were applied and tested for insect classification on eight insect species from pest colonies and orchards. The hierarchical combination model yielded better performance over global and local models. Moreover, to study the pose change of insects on traps and the hypothesis that an optimal time to acquire and image after landing exists, advanced analysis on time-dependent pose change of insects on traps is included in this study. The experimental results on field insect image classification with field-based images for training achieved the classification rate of 86.6% when testing with the combination model. This demonstrates the image-based insect identification and classification method could be a potential way for automated insect classification in integrated pest management.     

基于IMU的细粒度奶牛行为判别

针对奶牛行为判别自动化水平不足、准确率低的问题,采用惯性测量单元(IMU)和卷积神经网络(CNN),对细粒度奶牛行为判别进行研究.结果表明:1)在KNN、SVM、BPNN、CNN和LSTM 5个模型中,CNN模型在奶牛行为分类测试集上的准确率最高.2)含有三轴加速度计、陀螺仪和磁力计的IMU更加适用于奶牛行为分类,其分...     

分子生物学技术应用于木材识别的研究进展

木材识别技术的进步对于木材科学的发展及保护森林资源意义重大。随着木材DNA提取方法的不断突破,分子生物学技术开始应用于木材及木制品的材种鉴定及来源地识别,这对于阻止木材的非法砍伐及贸易具有重要意义。对近年来研究者在木材分子识别技术领域取得的进展进行了概述,介绍了木材DNA提取常用的方法、存在的困难、改良的措施及不同提取方法获得的DNA质量;在木材树种鉴定方面,主要介绍了微卫星、单核苷酸多态性和DNA条形码技术的应用进展;列举了分子生物学技术在木材来源地的鉴定中的成功案例;最后,分析了木材分子识别技术仍存在的问题,并对其发展及应用前景进行了展望。参43     

基于线粒体COⅠ基因序列的吸血蠓近似种鉴定

为了快速、准确地鉴别吸血蠓近似种,弥补传统形态学鉴定方法在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,提出了基于线粒体CO Ⅰ基因序列的吸血蠓近似种鉴定方法。以二囊亚属中的黑色库蠓(Culicoides pelius)、无害库蠓(Culicoides innoxius)、白带库蠓(Culicoides albifascia)、不显库蠓(Culicoides obsoletus)、东方库蠓(Culicoides orientalis)、苏格兰库蠓(Culicoides scoticus)和琉球库蠓(Culicoides actoni)等7种库蠓近似种的部分线粒体CO Ⅰ基因序列作为分析对象,基于Kimura 2-parameter模型分析遗传距离,同时应用MEGA 6.0软件以荒川库蠓(Culicoides arakawai)为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。经过Clustal X序列比对及人工校对、编辑后, 7种吸血蠓CO Ⅰ基因长度为494 bp,遗传距离在种内和种间具显著差异(P<0.05),系统发育树中不同库蠓种类各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。本研究初步证实了线粒体CO Ⅰ基因序列可用于吸血蠓近似种的分子鉴定。     

基于支持向量机的路面图像分类方法

针对路面结构特征,提出一种颜色与纹理特征相融合并结合模糊支持向量机的路面分类识别方法。提取路面图像的HSV颜色空间的颜色矩作为颜色特征,采用灰度共生矩阵法提取纹理特征,融合路面图像的颜色特征与纹理特征,采用模糊支持向量机进行支持向量特征训练,通过训练得到能尽可能多的满足每一种图像的样本数据特征的特征向量。通过实验,对比了采用传统的支持向量机与模糊支持向量机对路面分类识别的正确率。实验表明本研究所提出方法的有效性。     

基于多尺度特征融合细粒度分类网络的扎把烟叶分级方法

当前我国烟叶分级主要采用的人工分级方法受主观因素的影响,易出现分级精度低、不稳定等问题。为了提高烟叶分级结果的准确度与可信度,通过对实地采集的烟叶RGB图像数据进行分析,并针对扎把烟叶数据复杂、类间差异较小的问题,提出了基于弱监督数据增强网络的多尺度特征融合细粒度扎把烟叶分级方法。本方法在Resnet-50提取特征的基础上,首先利用多尺度特征融合模块融合不同层次特征,再通过卷积层学习得到代表重要局部区域的注意力图,最后利用双线性注意力池化操作进一步从局部区域中提取细粒度特征并用于分类。另外,本方法引入了注意力分散约束损失,以防止不同注意力图所关注区域之间的冗余。最终模型经训练后在测试集上,分级准确率与宏F1分数分别为91.261%和91.780%,相比于以往细粒度分类模型分别提升了3.6%和2.8%。结果表明,相比与其他深度学习方法,该方法在扎把烟草数据集上取得了更好的性能。     

RAPD在真菌分类鉴定上的应用

对RAPD的原理和特点及其近年来在真菌分类鉴定上的应用进行了综述。内容涉及RAPD在真菌种间、种内，以及种以下分类单元的分类鉴定、疑难种的鉴定和个别菌株的鉴定上的研究进展，并列举了代表性的应用实例。同时对RAPD在真菌分类鉴定上应用的可行性及其在该研究领域中的广阔前景进行了展望。     

基于计算机视觉的三七主根质量的分级方法

选取干燥后的三七主根样本110个,运用计算机视觉技术获取三七主根样本图像,对图像进行灰度化、二值化以及形态学运算,提取长、宽、投影面积等特征值。结果表明,三七主根的形状可分为锥形和瘤形,分别对2种主根建立投影面积和质量的关系预测模型,三七主根的质量和投影面积呈线性相关,锥形三七主根与瘤形三七主根投影面积和质量预测模型的决定系数R2分别为0.984 9和0.986 6。采用十折交叉验证法对质量预测模型进行验证,锥形三七主根质量误差均值0.334 8 g;瘤形三七主根质量误差均值0.494 9 g。     

基于MATLAB图像处理的枸杞分级方法

【目的】实现枸杞品质的直观监测及自动、精准的分级处理.【方法】采用MATLAB数字图像处理工具对枸杞图像进行处理,获取枸杞的面积尺寸、颜色特征;通过提取破损、油粒(即黑斑部分)部位的轮廓对其面积进行填充,根据其面积占整个枸杞面积的比例进行判断和分级处理.【结果】该方法能够准确提取枸杞的大小、颜色和缺陷的特征参数.【结论】该方法能够为枸杞的无损检测系统提供技术参考.     

基于Fisher判别法的一种DNA序列分类方法

针对DNA序列分类的分属问题,提出采用Fisher判别法进行分类。根据氨基酸分子的性质,构建DNA序列对应的特征向量空间,然后对训练集中的A、B两类DNA序列提取特征,建立Fisher判别函数。应用该判别函数对测试集中的182个DNA序列进行分类实验,结果表明该方法具有很好的分类准确度。