草鱼醛缩酶B基因部分序列的SNP多态性及其与生长性状的关联分析

通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分别为14.2%、21.3%、21.6%。利用一般线性模型分析3个SNPs位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系,关联分析结果显示,C+687G位点不同基因型只在体长/尾柄长比值上存在显著差异(P0.05),和体质量等重要生长性状不相关。A117C和C+1042A两个位点都在体质量等4个生长性状上存在显著差异(P0.05)。将3个SNPs位点不同基因型两两位点组成3个组合的双倍型(都去掉了频率小于3%的组合),结果显示,C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2个组合分别组成的7种双倍型在体质量等5个生长性状上都存在显著差异(P0.05);A117C和C+1042A组成的3种双倍型在体质量、眼间距等2个生长性状上都存在显著差异(P0.05)。研究认为,可以考虑将草鱼醛缩酶B基因作为生长相关的候选基因,用于草鱼的分子辅助育种。     

牙鲆mstn基因SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

为研究牙鲆(Paralichthys olivaceus)肌肉生长抑制基因(mstn)多态性,开发其分子辅助育种新标记,采用重测序方法对120尾牙鲆(3个双克隆杂交家系：60尾;3个雌核发育家系：60尾)的mstn基因进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)位点筛选,并对不同基因型个体的生长性状进行多重比较及SNP标记验证。结果显示,共检测到7个SNPs位点,均为颠换型突变;外显子区3个(Exonl 1:G2063A; Exonl 3:C3883T, C4009A),为同义突变;内含子区3个(Intron 1:A2444T; Intron 2:T3816C, A3832C);3’端非编码区1个(3’UTR:C4564A)。SNPs与生长性状关联分析结果表明,A3832C和C4564A标记位点与牙鲆体质量、体长、体高等生长性状显著相关(P<0.05),其中A3832C位点AA基因型和C4564A位点AC基因型在生长上表现出优势,A3832C位点CC和C4564A位点AA、CC基因型在生长上表现出劣势,其他5个SNPs位点对牙鲆生长...     

草鱼GH基因3'部分序列多态性与生长性状及肌肉成分的相关性分析

为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1~SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25PIC0.5);经连锁不平衡分析发现,SNP3、SNP4和SNP5位点为一组完美连锁不平衡,SNP2、SNP7、SNP9位点为一组完美连锁不平衡;GH基因3′部分序列5个位点单倍型分析共发现6种单倍型,其中Hap1(30.4%)所占的比例最高,Hap6(4.8%)所占比例最低。利用GLM及多重比较对草鱼GH基因中9个SNPs多态性与早期生长性状和肌肉成分进行相关性分析,发现SNP2和SNP3位点的纯合突变型在体质量、体长和粗脂肪性状上均显著高于野生型和杂合突变型;在双倍型分析时得出了相似的结果,同时含有SNP2和SNP3位点纯合突变的双倍型组合在生长和粗脂肪性状上均显著性高于其他组合。研究表明,草鱼GH基因中SNP2和SNP3位点与早期生长性状及肌肉成分存在显著性相关,可作为草鱼生长及肉质改良的候选辅助分子标记,并且为进一步对相关变异位点的功能验证奠定研究基础。     

草鱼醛缩酶A3'-UTR突变与生长性状相关研究

采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好。可将醛缩酶A 3'-UTR上的这段插入突变位点作为草鱼生长性状的候选分子标记用于草鱼的选育。     

利用RNA-Seq技术分析草鱼生长性状相关基因和SNP标记

为开发与草鱼生长性状相关基因及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,实验采用转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析,共获得31 465万条高质量短读序(clean reads),经组装得到34 147条拼接基因(unigene),平均长度为1 060 bp,其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因,并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证,30个SNP标记分型成功,准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性,结果显示,unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标...     

刀鲚MSTN基因遗传多态性与生长性状的关联分析

为筛选刀鲚(Coilia ectenes)生长性状遗传改良的分子遗传标记,基于现有刀鲚转录组数据,利用基因克隆技术获得养殖刀鲚肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的全长序列,采用PCR产物直接测序和SNaPshot技术分别进行基因多态性的筛选和分型,并将不同基因型与刀鲚的生长性状(体长、体高和体质量)进行关联分析。结果显示,养殖刀鲚MSTN基因的DNA序列主要由2个内含子和3个外显子组成,经SNP位点筛选,仅在第1内含子上筛选到2个颠换突变位点(g.564G>T和g.755G>T)和1个转换突变位点(g.786C>T);将3个SNP位点与生长性状进行关联分析发现,SNP位点g.786C>T与刀鲚的体长、体高和体质量呈显著性负相关,具有TT基因型个体的体长、体高和体质量显著低于CC型和CT型(P<0.05),而SNP位点g.564G>T和g.755G>T的不同基因型仅与刀鲚的体高具有一定程度的相关性;3个SNP位点对养殖刀鲚的群体遗传分析显示,刀鲚养殖群体的观测杂合度(H O)、期望杂合度(H E)和多态信息含量(PIC)分别为0.280~0.480、0.332~0.455和0.277~0.351,3个SNP位点均属于中度多态(0.25T有望作为剔除劣质刀鲚繁育亲本的候选分子标记。     

吉富罗非鱼 MSTN 基因结构及其多态性与生长性状的相关性

通过PCR和基因组步移法,从吉富罗非鱼DNA中扩增出肌细胞生长抑制素(MSTN)基因及其5′调控区。该序列全长2413bp,含有3个外显子,2个内含子。5′调控区462bp,外显子Ⅰ379bp,外显子Ⅱ371bp,部分外显子Ⅲ145bp,内含子Ⅰ305bp,内含子Ⅱ751bp,编码区共编码298个氨基酸。5′调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E-box以及其他一些转录调控元件,如TATAbox,OCT1,AP1,AP4。通过随机测序法寻找SNPs(Signal nucleotide poly morphisms),获得了3个SNPs,但在群体筛选中,只有内含子Ⅱ内的1个SNPs表现多态性。同时测量了96尾(45♂,51♀)吉富罗非鱼的体质量、体长、体高、体厚,并将这些数据与MSTN基因的SNPs多态性进行相关性分析,研究发现MSTN基因内含子Ⅱ的728nt处G/T多态与吉富罗非鱼体型(体厚/体长、体高/体长)存在显著相关(P0.05)。这些研究结果表明,MSTN基因的SNPs可作为吉富罗非鱼育种的候选分子标记。     

草鱼MSTN-1基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分关联分析

为研究草鱼MSTN-1基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性,本研究扩增出全长为3824 bp的草鱼MSTN-1基因,用长江选育草鱼群体对MSTN-1基因多态性进行筛选和验证。结果共发现3个多态性位点(Locus 1:C1799T,野生型EE/突变型EF;Locus2:C1842T,野生型HH/突变型HI;Locus 3:TGAAGCGCTGGTTCT/2585-,野生型BB/缺失型BD)。利用一般线性模型分析3个位点及其组合型(剔除个体数少于3的组合)与生长性状和肌肉成分的相关性,发现2个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著影响,但3个位点对肌肉成分差异均无显著影响。多重比较发现,单倍型HI突变组的体长和体质量显著高于HH野生组,BD突变组的体长和体质量显著性低于BB野生组;多倍型中存在HI突变组合的体长、体质量均显著高于其他组,存在BD突变的组合在体长性状方面显著低于其他组。表明草鱼MSTN-1基因3个SNPs中,HI突变是对草鱼生长性状的有利突变,BD突变是不利突变,而EF突变无显著影响,可将MSTN-1基因作为分子标记辅助草鱼选育的候选基因。     

大口黑鲈组织蛋白酶B基因SNP筛选及其与生长性状关联分析

在动物体内组织蛋白酶B(cathepsin B,CTSB)是以酶原形式存在于溶酶体中,能水解多种蛋白,是调控动物生长发育的重要候选功能基因。为开发与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究对大口黑鲈EST-SNP库中CTSB基因上的SNP位点进行筛选。经PCR扩增和测序分析,从该基因中筛选到1个SNP位点(命名为C+598G),该位点属于错义突变位点,编码的甘氨酸突变成为精氨酸。采用Sna Pshot方法对C+598G位点在165尾大口黑鲈养殖样本中的基因型进行检测,并分析其在群体中的遗传多样性。结果显示,C+598G位点在养殖群体中存在CC、GC和GG3种基因型,其频率分别是40.6%、47.3%和12.1%,C和G等位基因频率分别是64.2%和35.8%;该位点在群体中的观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.473和0.354,符合哈代-温伯格平衡定律。进一步分析不同基因型与大口黑鲈生长性状相关性,结果表明,3种基因型个体的体质量、全长、体高、尾柄长和尾柄高性状平均值从小到大依次为GG型、GC型和CC型,其中GG型个体在体质量上显著小于CC型个体(P<0.05)。本研究获得的C+598G标记与大口黑鲈生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助育种研究中的生长标记。     

三疣梭子蟹生长相关 SNP 位点的鉴定

为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05);comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P0.05)。通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8~0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6~0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。     

淡水鲨鱼形态性状与体质量关系的初步研究

选取1龄淡水鲨鱼（Pangasias sutchi Fowler）30尾,测量其体质量、全长、体长、体高、体宽、眼间距、头长、头高、头宽、吻长、尾柄长和尾柄高等12个形态性状,采用相关分析、通径分析和逐步回归分析的方法研究了各性状对体质量的影响效果。结果表明,（1）经相关分析,淡水鲨鱼各形态性状（除吻长）与体质量的相关系数均达到极显著水平;（2）经通径分析,保留了全长、头宽、体宽和尾柄高4个达到显著水平的形态变量,所得相关指数为：R2=0.939;（3）经逐步多元回归分析,建立最优回归方程为：Y=-458.204＋0.997X1＋6.610X8＋2.506X4＋2.825X11,式中X1、X8、X4、X11分别为全长（mm）、头宽（mm）、体宽（mm）和尾柄高（mm）,为淡水鲨鱼的育种工作提供了重要的理论依据。     

3月龄卵形鲳鲹形态性状对体质量的影响分析

为了探明卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)幼鱼形态性状对体质量的影响程度,分别测定其全长(TL)、体长(SL)、头长(HL)等11个形态学指标和体质量(BW)。分别计算形态性状测量值和体质量数值之间的通径系数和决定系数,分析各形态性状对体质量性状的关联程度。分析结果显示,卵形鲳鲹被测量形态性状对体重的相关系数皆达极显著水平(P0.01);在通径分析中,3月龄卵形鲳鲹仅全长、体宽、体高和尾柄高的形态性状测量值对幼鱼体质量数据的通径系数达到极显著水平(P0.01),可将其确定为影响体质量的主要性状,其中全长对体质量的直接影响最大(P_2=0.493 6);决定系数分析显示,全长对体质量的决定系数最大,达到24.39%。卵形鲳鲹的4个形态性状与体质量性状的相关指数大小为R~2=0.888 1,说明该被选性状是与体质量关联的主要性状。设全长(X_2)、体高(X_3)、体宽(X_4)和尾柄高(X_(10))为自变量,设体质量(Y)为因变量,建立多元回归方程:Y=-32.217 8+0.252 4X_2+0.378 2X_3+0.440 8X_4+0.634 1X_(10),回归预测的估计值与实际值间差异不显著(P0.05),故该方程可被用于卵形鲳鲹的实际生产。本研究可为卵形鲳鲹选育工作提供理论依据和测量指标。     

4月龄马口鱼形态性状对体质量的通径分析

为探究马口鱼(Opsariichthys bidens)形态性状与体质量之间的相关程度,对4月龄马口鱼的14个形态性状(全长X1、体长X2、叉长X3、体高X4、体宽X5、头长X6、头宽X7、头高X8、吻长X9、眼后头长X10、眼径X11、眼间距X12、尾柄长X13、尾柄高X14)和体质量(Y)进行了相关分析、通径分析及...     

4月龄泥鳅形态性状对体重的影响分析

随机选取305尾不同家系的4月龄泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）,测量其体重、全长、体长、头长、体高、尾柄高、尾柄长和体厚共8个性状指标。采用相关分析和通径分析方法,分别计算泥鳅各形态性状对体重的相关系数、通径系数和决定系数,揭示影响4月龄泥鳅体重的主要形态性状。结果表明,各形态性状与体重的相关系数均达到极显著水平（P〈0.01）。全长、体高、头长是直接影响体重的重要指标;其中,全长对体重的直接影响最大（0.548）,对体重的决定程度最高（0.3003）,其他性状对体重的直接作用较小,主要通过全长间接地影响体重。通过逐步多元回归分析,经偏回归系数显著性检验,以全长（X1）、头长（X2）、体高（X3）、尾柄高（X4）和尾柄长（X5）建立最优多元回归方程为Y=-4.515＋0.255X1＋1.744X2＋1.966X3＋1.422X4＋0.511X5。在泥鳅选育实际操作中,可以通过该方程对泥鳅体重进行预测和控制,主要用泥鳅全长指标进行选择,以达到间接选育体重、优化其生长性能的目的。     

三龄太门哲罗鱼外部形态性状对体质量影响效果分析

采用相关分析、通径分析和多元线性回归分析方法,分析研究了3龄太门哲罗鱼（Hucho taimen）形态性状对体质量的影响效果,为研究其生长指标提供选择性状。经统计分析表明：3龄太门哲罗鱼全长（正）、体高（X1）、眼径（X7）和尾柄长（X6）4个形态性状与体质量的相关系数分别为0．961、0．969、0．651和0．547,且均达到极显著水平（P〈0．01）,4个形态性状对体质量的通径系数也达到极显著水平（p〈0．01）,对体质量的决定程度由大到小依次为全长〉体高〉眼径〉尾柄长,4个性状与体质量的相关指数高达0．980,是影响体质量的主要形态性状,拟合方程为y=-2777．45＋167．485X3＋50．90X1—53．46X7＋145．56X6。     

网箱养殖点篮子鱼形态性状与体质量灰色关联分析

随机选取10月龄深水抗风浪网箱养殖的点篮子鱼183尾,体质量14.8～199.4g,体长8.0～18.7cm,采用灰色关联分析方法对全长、体长、体宽、体高、眼径、吻长、眼后头长、头长、头高、尾柄高、尾柄长等11个形态性状与体质量的关联度进行了分析和评价。研究结果显示,网箱养殖点篮子鱼的形态性状与体质量的关联度为0.3962～0.9702,其中,与体质量关联度最高的前3个形态性状为体长、全长和体高,关联度分别为0.9702、0.9693、0.9668,其余形态性状与体质量的关联度依次为全长>体高>体宽>吻长>尾柄长>尾柄高>头高>眼后头长>头长>眼径。综上,宜将体长、全长和体高选为间接选育点篮子鱼体质量的形态指标,本研究将为点篮子鱼群体选育提供理论依据和分析方法。     

牙鲆选育家系生长性状的因子分析

记录了2009年建立的12个牙鲆家系240日龄个体的体质量、全长、体长、头长、躯干长、吻长、尾柄长、尾长、体高,和尾柄高等10个生长性状,对这12个家系的生长性状进行了因子分析。结果表明：第一至第四公因子对变异的方差贡献率分别为81．36％、10．12％、5．3％,和1．31％,累积贡献率达98．1％,表明这4个公因子很好地反映了所控制的10个生长性状及其相互作用关系。贡献率最高的第一公因子包含了大多数生长性状,其因子得分排序在前两位的家系为F11和F4,与这2个家系生长性状表型值排序相一致,表明这两个家系具有结构较好的生长构成性状和较高的性状表型值,可作为培育快速生长型牙鲆新品种的候选家系,进行生产验证和推广养殖。     

杂交石斑鱼(斜带石斑鱼♀×赤点石斑鱼♂)与其亲本形态性状比较研究

研究了杂交石斑鱼[斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)♀×赤点石斑鱼(E.akaara)♂]与其亲本的生长差异。采用形态学测量方法,分别测定了3种石斑鱼体质量和7个形态性状,对各形态性状对体质量影响进行通径分析,并分析杂交子代杂种优势。结果显示,3种石斑鱼各形态性状与体质量之间均呈极显著相关(P0.01),斜带石斑鱼、赤点石斑鱼体质量与全长的相关性最高,相关系数分别为0.946、0.932,杂交子代体质量与尾柄高的相关性最高(0.955),与全长的相关系数为0.927;形态性状与体质量的多元线性回归方程中,斜带石斑鱼保留体长、体高、尾柄高和体厚,赤点石斑鱼保留全长、体高和尾柄高,杂交子代保留全长、体高、尾柄高和体厚。对杂交子代杂种优势进行分析发现,体质量平均杂种优势为3.43%,体长平均杂种优势为3.02%,杂交子代同时表现出正向超亲优势和负向超亲优势。该研究表明杂交子代(斜带石斑鱼♀×赤点石斑鱼♂)与斜带石斑鱼的差异要小于赤点石斑鱼,杂交子代形态性状更偏向于母本。     

红鲤生长性状的上位性遗传效应分析

运用加性-显性-上位性遗传模型及其分析方法,研究了兴国红鲤(Cyprinus carpiovar.singuonensis)、荷包红鲤(C.carpiovar.wuyuanensis)和瓯江彩鲤(C.carpiovar.color)的双列杂交子二代F2的体质量和10个形态性状(全长、体长、体高、体宽、头长、吻长、眼径、眼间距、尾柄长和尾柄高)的上位性遗传效应。结果表明,除体高外,其余性状均存在不同程度的加性×加性上位性方差,其中体质量、全长、体长、头长、吻长和尾柄长的加性×加性上位性方差达显著水平(P<0.05);这10项性状的上位性方差占总遗传变异量的百分率为:体质量11.4%、全长22.6%、体长14.0%、体宽8.3%,头长24.2%、吻长17.5%、眼径12.9%、眼间距23.1%、尾柄长5.4%和尾柄高20.1%;通过3种红鲤亲本的遗传育种效应预测发现,瓯江彩鲤的加性和上位性效应能显著增加后代的体质量、全长和体长,而兴国红鲤和荷包红鲤的加性和上位性效应能显著降低后代的体质量、全长和体长。上位性遗传效应在鱼类数量性状的遗传育种中具有较重要作用。[中国水产科学,2006,13(4):573-578]