棉花乙烯受体基因的电子克隆及生物信息学分析

[目的]电子克隆并分析棉花乙烯受体基因（Ethylene Receptor,ETR）。[方法]利用生物信息学方法,以毛果杨的ETR基因家族序列为基础,电子克隆棉花乙烯受体基因开放阅读框,并对序列进行氨基酸组成、功能域、二级结构、疏水性、信号肽及系统进化等预测分析。[结果]通过电子拼接,共获得该基因家族的2个棉花ETR基因GhETR1和GhETR2。2个基因开放阅读框长度分别为2 289 bp和2 226 bp,编码含762和741个氨基酸残基的肽链。经生物信息学分析发现,两基因分属于ETR2和ETR1亚家族。N端有典型的跨膜区,含有ETR蛋白的保守域GAF、H isKA、HATPase-c和REC。GhETR1与毛果杨XP_002315717、XP_002311669相似性较高,GhETR2与毛果杨XP_002299688、XP_002327419相似性较高。[结论]该研究结果为进一步研究棉花GhETR基因在棉纤维发育中的作用奠定了基础。     

森林草莓精氨酸脱羧酶基因的电子克隆与序列分析

从森林草莓中分离精氨酸脱羧酶基因(FvADC),分析其表达模式、序列特征和进化关系。采用电子克隆结合RT-PCR分离FvADC;半定量RT-PCR检测其在盐、热、冷胁迫下的表达情况;生物信息学分析FvADC的结构与进化。结果获得FvADC cDNA全长,包括2 154 bp的编码区,RT-PCR验证编码区序列与电子克隆...     

棉花P-typeATPases基因的克隆及表达分析

为了探明棉花P-type ATPases基因在植物不同组织和多种逆境条件下的表达情况,利用棉花黄萎病菌的P-type ATPases蛋白序列,在GenBank中搜索棉花EST序列,得到2个同源的棉花EST片段,结合RACE和Genome walking获得了这个基因的完整读码框序列,其开放阅读框长度为3570bp,编码1190个氨基酸,与毛果杨、蓖麻的同源性达86％左右,将其命名为Gbpatp.洋葱表皮亚细胞定位观察结果显示,Gbpatp编码的蛋白分布在细胞膜上.RT-PCR技术检测组织表达特异性分析表明,P-type ATPases在茎和棉絮中的表达量较高,在种子中低水平表达,在叶片和花蕾中表达量极低,说明Gbpatp可能与棉花较成熟的器官茎、棉絮和种子的生长发育密切相关.在逆境胁迫中发现,干旱处理后Gbpatp的表达强烈,并且随处理时间延长表达量逐渐增加；重金属Cu2+处理24h后Gbpatp表达量升高,但48h急剧下降；Gbpatp在低温处理下也有轻微表达.激素诱导后发现,Gbpatp对赤霉素和脱落酸均有响应,随胁迫时间延长其表达量仍能维持在一定水平.     

棉花体细胞胚胎发生相关基因——亚硝酸还原酶基因的克隆与生物信息学分析

利用生物信息学方法,以水稻的NiR基因序列为基础,克降棉花亚硝酸还原酶基因的开放阅读框,并对序列进行氨基酸组成、二级结构、疏水性及信号肽进行等预测分析,同时与4个物种的NiR基因进行了同源性比较.结果成功地克隆了NiR基因,该研究结果对研究棉花体细胞胚胎发生和基因的关系奠定了一定的基础.     

猪LBP基因电子克隆及生物信息学分析

利用电子克隆技术,以人脂多糖结合蛋白（LBP）基因（NM₀04139）为种子序列,克隆猪LBP基因。结果表明:所克隆的LBP基因开放阅读框长为1 446bp,编码481个氨基酸。推导其氨基酸序列与人、小鼠、大鼠、牛、狗的相似性分别为74.2%、64.8%、63.2%、77.1%和74.6%。进化树分析显示,猪与牛LBP基因进化距离最近,与大鼠最远。生物信息学分析表明,所克隆的猪LBP蛋白分子大小为53.036 7ku,理论等电点为6.43;亚细胞定位预测猪LBP属于分泌蛋白,主要在线粒体（44.4%）和高尔基体（22.2%）中表达;N端存在信号肽,且在25～26位氨基酸可能存在裂解位点。N端的疏水性较强,且位于信号肽处,最大疏水性值为2.478,最大亲水性值为1.956;由胞外区（1～6位氨基酸）、跨膜区（7～29位氨基酸）和胞内区（30～481位氨基酸）3个部分组成的膜蛋白,有9个Ser、8个Thr和2个Tyr,可能成为蛋白激酶磷酸化的位点;LBP膜外区蛋白由多个α螺旋,膜内区由多个β折叠构成,α螺旋和β折叠平行交替排列,构成一个弯曲螺旋状结构;在33～256和271～474位氨基酸残基之间分别有1个BPI1和BPI2的保守结构域。     

割手密谷胱甘肽硫转移酶基因SsGST 的克隆与生物信息学分析

为克隆割手密谷胱甘肽硫转移酶基因,采用电子克隆和RT-PCR技术获得了1个割手密GST基因,命名为Ss GST,并对其进行生物信息学分析。序列分析表明,割手密Ss GST基因c DNA全长702 bp,编码224个氨基酸,蛋白分子式为C1119H1756N300O327S5,预测蛋白质分子量为24.8 ku,等电点为6.21。蛋白疏水性分析表明Ss GST蛋白为亲水性蛋白。保守结构域预测表明Ss GST蛋白具有GST-N和GST-C结构域。Ss GST蛋白序列与玉米、高粱、谷子和甘蔗等植物的GST蛋白序列相似性较高,系统进化树分析表明,Ss GST蛋白与玉米GST蛋白亲缘关系最近。     

绵羊QM基因的电子克隆及其生物信息学分析

[目的]为研究绵羊QM基因的生物学功能奠定基础。[方法]利用EST数据库和电子克隆等技术克隆绵羊QM基因,通过生物信息学分析预测其序列结构,检测其在绵羊不同组织中的表达情况并分析其与其他14物种QM基因的同源性。[结果]首次成功克隆了绵羊QM基因,全长771 bp,含有1个最长为645 bp ORF,编码的蛋白分子量为24.61 kD,为碱性蛋白质。QM蛋白的二级结构含有6个α-螺旋和10个β-折叠,其余为无规卷曲。QM基因在绵羊脾脏、脑组织和骨组织中较好表达,在其余7种组织中也均有表达。QM基因在病变组织中表达量比正常组织高。在14个物种中绵羊QM基因与牛的进化距离最短。[结论]QM基因与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关,且有极高保守性。     

小麦Ta-UBXl基因的电子克隆和生物信息学分析

用电子克隆方法获得了1个小麦U - box蛋白基因Ta- UBXI,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、基本理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析.结果表明:小麦Ta - UBXl基因全长2059 bp,具有完整的ORF编码框,编码553个氨基酸;在N端存在1个显著的UBX保守结构域,该蛋白序列不存在跨膜区或信号肽;生物信息学分析表明,在序列组成、高级结构及活性位点等方面,与其他禾本科植物的同类U - box蛋白具有高度的相似性.     

牛DYRK2 基因的电子克隆及生物信息学分析

以人DYRK2 基因cDNA 序列为探针,通过EST 数据库进行同源性筛选,对牛DYRK2 基因进行电子克隆。序列分析结果表明,牛DYRK2 基因包含一个1 581 bp 的开放阅读框架,共编码526 个氨基酸;蛋白特征分析显示,牛DYRK2 蛋白的分子式为C2632H4204N762O761S26,相对分子质量为59 532.5,理论等电点pI 为9.53。结果表明牛DYRK2 基因与羊、人等其他动物的DYRK2 具有较高的一致性。     

大麦MBF1基因的电子克隆与生物信息学分析

通过同源比对,对大麦MBF1s基因进行了电子克隆,并通过生物信息学的方法对其及编码蛋白质进行了预测和分析.结果表明,克隆到大麦MBF1家族3个成员HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c,三者所编码蛋白质均包含典型的MBF1和HLH结构域,无可识别的信号肽和跨膜区,均为亲水性蛋白,含有数个可能的磷酸化位点.电子表达谱结果表明,3个成员在大麦的大部分组织器官中都有表达,而HvMBF1a和HvMBF1b对所分析的胁迫处理响应不明显,HvMBF1c的表达受各种处理的剧烈诱导,HvMBF1c可以作为大麦和其他作物抗逆性分子育种的重要候选基因.     

In Silico Cloning and Sequence Analysis of Phospholipase Dα Gene from Peach Fruit

Phospholipase D （PLD, EC 3.1.4.4） plays an important role in adaptive response of postharvest fruit to environment. In this study, a novel cDNA of PLDα was isolated with the strategy of in silico cloning in combination with RT-PCR from peach （Prunus persica L. cv. Jiubao）. The obtained PLDα gene contained a complete open reading frame encoding a 92- kDa protein of 810 amino acid residues, which possessed the characteristic C2 domain and two catalytic HKD motifs. The alignment analysis of the deduced peach PLDa protein with other known PLDα family proteins indicated that peach PLDα was conserved and highly homologous with strawberry PLDα. Semi-quantitative RT-PCR and Northern blot analysis indicated PLDα mRNA in peach fruits could be induced by low temperature. This work provided a scientific basis for further investigating the mechanism of postharvest fruit adaptation to low temperature.     

蜜蜂(Apis mellifera)腺苷酸转移载体基因cDNA的电子克隆

 以果蝇腺苷酸转移载体基因cDNA序列为信息探针,对蜜蜂EST数据库进行同源检索筛选,克隆了蜜蜂腺苷酸转移载体基因(Am　ant)的cDNA序列(GenBank登记号为AY332626),该基因全长1 251bp。经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF),编码蛋白为300个氨基酸,通过对人、果蝇、家蚕及烟草天蛾的腺苷酸转移载体蛋白序列比较,发现该基因具有高度的保守性;说明根据物种间同源基因序列,进行跨物种EST数据库的同源检索筛选、拼接,是基因克     

油菜长链酰基辅酶A合成酶基因(LACS4)的电子克隆和表达分析

长链酰基辅酶A合成酶 (LACSs)把游离脂肪酸活化成为酰基辅酶A硫脂,在油脂的合成和降解途径中发挥着重要的作用.通过电子克隆的方法,发现了1个油菜(Brassica napus)LACS基因.该基因长 2 270 bp,包含2 004 bp的开放阅读框,预测编码1个含有667个氨基酸残基的蛋白质,命名该蛋白为BnLACS4,序列分析显示,BnLACS4具有典型的LACS分子特征.表达分析显示BnLACS4在成熟油菜的根、茎、叶和花中都有表达.在授粉后(DAP)35 d, 不同含油量的角果皮和种子中,BnLACS4的表达也存在差异.表达谱说明,BnLACS4可能参与油脂的生物合成以及油菜种子中的油脂积累.     

赤桉EcWRKY75基因的电子克隆和生物信息学分析

WRKY75基因在植物的生长发育以及生物和非生物胁迫过程中发挥着重要作用,对其遗传改良进行研究极为必要。以赤桉的EST序列为材料,利用电子克隆技术克隆1个与拟南芥中WRKY75高度同源的WRKY转录因子,命名为EcWRKY75,并对其开展生物信息学分析。结果表明:EcWRKY75开放阅读框长为579bp,编码192个氨基酸,分子量为21.395KD,等电点为9.72;该基因编码的蛋白包含1个WRKYGQK保守结构域和1个C2H2的结构域,属GroupⅡ成员;该蛋白很可能在细胞核中起转录、转录调控或信号转导等作用。该基因的电子克隆和生物信息学分析为其实验克隆和功能分析提供可靠的参考依据。     

烟草钾转运体基因TPK1的电子克隆及生物信息学分析

[目的]克隆烟草钾吸收转运基因,分析其亲缘关系,并预测其结构、性质与功能,为烟草钾转运体基因的功能研究提供基础.[方法]以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3'端序列为探针,对烟草EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在95%以上的EST序列,再利用DNAStar软件进行拼接.然后,应用多种生物信息学数据库...     

绵羊骨骼肌快速肌钙蛋白（TnCf）电子克隆及RT—PCR验证

传统的基因克隆有两种方法:一是建立包含目的基因的cDNA文库,根据基因的保守序列设计DNA探针,采用低严谨度的杂交获得目的基因;再者是根据基因的保守序列设计兼并引物,应用PCR技术获得目的基因,这两种方法在操作上有一定的技术难度。我们应用生物信息技术采用电子克隆的方法获得绵羊骨骼肌快速肌钙蛋白基因(TnCf)全编码序列,并用RT-PCR进行验证,结果表明:在TnCf开放阅读框483个碱基中,电子克隆与RT-PCR结果有4个碱基差异,说明电子克隆是基因克隆可靠的生物信息学辅助方法。     

青鱼将DNA聚合酶β基因的电子克隆与分析

[目的]为了进行青鱼将DNA聚合酶β基因的电子克隆与分析的试验。[方法]利用生物信息学手段克隆了青鱼将DNA聚合酶β(OlPolβ)基因全长cDNA序列,并对其启动子和编码蛋白结构进行分析。[结果]该cDNA序列的全长1 716 bp,编码含338个氨基酸残基的蛋白。OlPolβ具有14个外显子和13个内含子。OlPolβ启动子上发现了SP1等一些转录因子的潜在结合位点。[结论]OlPolβ蛋白序列与其他脊椎动物的蛋白序列具有高度一致性。     

赤桉EcWRKY50转录因子基因的电子克隆及生物信息学分析

WRKY转录因子参与植物生长发育、抗病虫、耐逆境等众多过程,并在其中起重要作用。为了研究WRKY在赤桉中的结构和功能,本研究利用电子克隆的方法克隆了赤桉与AtWRKY50高度同源的一个WRKY基因EcWRKY50,并利用生物信息学方法对该基因编码蛋白的氨基酸组成,理化性质,亚细胞定位和高级结构等方面进行预测和分析。结果表明,EcWRKY50基因全长为585 bp,包含一个480 bp的开放阅读框,编码159个氨基酸,该基因蛋白分子量为18.187KD,理论等电点为5.45。该蛋白含有一个WRKYGKK的保守结构域和C2H2结构域,属于GroupⅡc成员,很可能在细胞质中起转录和转录调控的作用;并对该蛋白进行了同源性分析。这些研究为该基因功能的进一步分析奠定了坚实的基础。     

水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析

[目的]对水稻OsARAB-1基因进行电子克隆,并对其进行生物信息学分析.[方法]以NP 174188.1为查询探针,通过电子克隆获得OsARAB-1基因全长cDNA,用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析.[结果]获得了OsARAB-1基因全长cDNA,基因编码区序列(CDS)全长1 086 bp.电子定位于第五染色体基因组序列NC 008398.2核苷酸序列6 769 813 ～6 773 213 bp区域.OsARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白,比较稳定,偏碱性.二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主.具有2个功能结构域:SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶.有21个磷酸化位点、7个糖基化位点.推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336.与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近.OsARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用,与水稻抗稻瘟病有关.[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础.