玉兰黄化病病原的分子检测与鉴定

对表现叶片黄化的玉兰植株,利用植原体16S rRNA基因通用引物进行巢式PCR检测,得到1.4 kb的特异片段,将此片段克隆后进行序列测定、分析及构建系统关系树.结果表明,该片段与16SrI组中的各植原体同源率均达到99%以上,而与其他组的植原体16S rDNA序列的同源率均低于97%,认为该植原体株系为翠菊黄化植原体组中的成员之一.     

云南西盟蔗区发现检疫性病害甘蔗白叶病

研究旨在明确2018年在云南西盟蔗区发现的甘蔗病害是否为植原体引起的甘蔗白叶病。使用植原体16S rRNA基因序列通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对10份采自云南西盟蔗区的疑似甘蔗白叶病样品进行巢氏PCR检测,并将巢氏PCR 产物进行克隆测序和序列分析。巢氏PCR结果表明,所有10份样品均能扩增得到1240bp左右的片段。测序结果表明所有获得的10条16S rRNA基因序列大小均为1247bp,序列间的核苷酸一致性为100%。BLASTN分析表明从病株扩增到的所有核苷酸序列与先前云南临沧甘蔗白叶病植原体分离物LC7和LC9的16S rRNA基因序列(Genbank登陆号：KR020691和KR020692)的核苷酸序列一致性为100%。虚拟RFLP分析表明西盟分离物的16S rRNA基因序列的酶切图谱与16SrXI-B亚组植原体相同。本研究结果表明云南西盟蔗区发现的甘蔗病害为16SrXI-B亚组植原体引起的甘蔗白叶病。     

小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白（Imp）基因的克隆和分子特性分析

 【目的】探讨小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白在介体-病原-寄主互作的分子机理。【方法】通过植原体免疫膜蛋白基因序列两侧的保守区设计引物对Imp 1051/Imp 2265,用PCR方法扩增小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白基因;对扩增片段的最大开放阅读框和基因的同源矩阵、系统发育树分析;对克隆基因所编码蛋白进行跨膜区、亲疏水区和前导信号序列分析。【结果】从小麦蓝矮病病株和接种长春花中均扩增到约1.0 kb的特异片段,其中小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白基因长495 bp,推导的编码蛋白含有164个氨基酸。与10种植原体的免疫膜蛋白基因进行序列同源性分析,小麦蓝矮与三叶草绿变植原体同源性最高,核苷酸和编码的氨基酸序列的同源率分别为98.4％和95.1％。蛋白质结构分析结果表明：小麦蓝矮免疫膜蛋白N端有一个跨膜的前导信号序列,C端为跨膜锚定区,中间为膜外亲水区。【结论】小麦蓝矮植原体与三叶草绿变、翠菊黄化、洋葱黄化和泡桐丛枝植原体的免疫膜蛋白为同型蛋白。     

鲢鳙打印病豚鼠气单胞菌主要特性及系统发育学分析

对从鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Aristichthysnobilis)打印病病死鱼中分离到的豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae),进行了形态与理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定。同时择代表菌株(HC960704-1)进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树;HC960704-1的16SrRNA基因序列长度为1416bp(GenBank登录号:AY966888),与GenBank数据库中的气单胞菌16SrRNA基因序列的相似性在98%和100%。     

水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析

利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ).     

泡桐丛枝病病树周围几种植物上植原体的分子检测

 【目的】初步明确自然条件下可能感染泡桐丛枝病植原体的寄主植物。【方法】用植原体16S rRNA基因的通用引物,对从泡桐丛枝病病树周围采集的表现黄化、小叶、皱叶、丛枝等症状或无症状的16种植物样品的DNA进行巢式PCR扩增,对所扩增的片段进行序列测定和分析。并利用泡桐从枝病植原体延伸因子的抗血清对部分样品进行间接免疫荧光观察。【结果】巢式PCR结果显示从牛筋草（Eleusine indica）、辣椒（Capsicum annuum）、狗尾草（Setaria viridis）、山药（Dioscorea opposita）、灯笼泡（Physalis angulata）、花生（Arachis hypogaea）及南瓜（Cucurbita moschata）共7种植物样品和阳性对照PaWB菏泽分离物（PaWB-HZ）中均得到了约1.2 kb的特异性片段。序列分析表明这7种植原体分离物和PaWB-HZ属于翠菊黄化组的16SrI- D亚组。对所采集的植原体侵染的寄主植株辣椒、山药、花生、南瓜和泡桐进行间接免疫荧光观察结果显示,仅在PaWB-HZ侵染的泡桐中发现翠绿色特异荧光,在健康泡桐及其它4种分离物侵染的植物中均未检测到明显的植原体特异荧光。【结论】首次从泡桐丛枝病病树周围存在的7种其它植物中检测到植原体,并且测定其植原体16S rDNA核苷酸序列与泡桐丛枝植原体相关基因片段高度同源,初步推测这7种植物可能是泡桐丛枝病植原体自然寄主或是通过昆虫偶尔被感染。     

植原体翠菊黄化组分类研究进展

本文介绍了植原体翠菊黄化组分类研究概况及最新进展,四个遗传进化参数16S rRNA、rp、tuf、secY基因应用于翠菊黄化组植原体的分类,基于16S rRNA、rp、tuf、secY序列的RFLP分析,分别可将翠菊黄化组植原体划分为15个、8个、10个、8个亚组,国际比较菌原体学研究计划署(IRPCM)提出将暂定种‘CandidatusPhytop lasm a asteris’作为翠菊黄化植原体的分类参考标准。     

赞皇大枣枣疯病植原体分子分类

 【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本试验旨在明确惟一已知的天然三倍体品种--赞皇大枣枣疯病植原体的分类地位,为赞皇大枣枣疯病植原体分类研究提供参考。【方法】利用植原体16S rDNA通用引物对赞皇大枣枣疯病病株的DNA进行PCR扩增和克隆测序,通过BLAST比对进行序列分析,利用临位相连法构建16S rDNA系统演化树,并应用DNAstar软件进行虚拟RFLP分析。【结果】获得的赞皇大枣枣疯病植原体16S rDNA序列长度为1 850 bp（GenBank登录号GU184180）,包括1 529 bp的16S rDNA基因全序列、264 bp的邻近间隔区序列及57 bp的23S rDNA部分基因序列。同源分析表明,赞皇大枣枣疯病病原16S rDNA序列与其它植原体的相似性在87%—98%,其中与榆树黄化 Elm yellows（EY）(GenBank登录号l33763)最高相似性为98%;与大多数二倍体枣品种的植原体序列相似率达99%以上;其虚拟RFLP图谱与4个16SrⅤ亚组的代表序列图谱差异显著,赞皇大枣枣疯病植原体延伸因子tuf基因的序列(GenBank登录号JN001985) 比对结果表明,与其它亚组序列同源性为52.3%—76.7%。【结论】三倍体赞皇大枣枣疯病病原属于榆树黄化组(16Sr V),并与其中的B亚组亲缘关系最近;与二倍体品种的病原分类地位一致,说明枣疯病植原体在系统进化上比较保守。     

斑点叉尾鮰烂鳃病病原柱状黄杆菌的分离及鉴定

[目的]对从斑点叉尾鮰烂鳃病中分离的病原菌进行分类学地位鉴定。[方法]采用人工感染确定其病原性,常规生理生化鉴定和16SrRNA基因序列分析方法进行分析。[结果]该菌株为革兰氏阴性杆菌,滑行运动,无鞭毛,菌体大小为(0.3～0.5)μm×(5～10)μm,过氧化氢酶反应阳性,不能发酵和利用葡萄糖等多糖,不水解酪氨酸,不产生吲哚。所测16SrRNA基因序列经BLAST分析表明,与GeneBank上登录的柱状黄杆菌的16SrRNA序列同源性最高,其相似性达98.2%。基于16SrRNA基因序列构建的系统进化树表明,菌株GHS061212与柱状黄杆菌(AY841899)聚为1个分支,且置信度较高,为71.0%。[结论]菌株GHS061212被鉴定为柱状黄杆菌,这是国内首次报道斑点叉尾鮰烂鳃病病原为柱状黄杆菌。     

四川斑竹丛枝病植原体检测及16S rDNA片断序列分析

丛枝病是竹子的一类常见的重要病害,除瘤座菌外,很多报道认为植原体也是丛枝病的病原。笔者提取斑竹丛枝部位和健康组织中的总DNA,选用通用引物对植原体的16S rRNA基因进行巢式PCR扩增,得到一条约1.2kb的目的片段,而在健康植株内却没有此特异片断,表明患病植株中有植原体存在,将此植原体株系命名为PhB-WB。通过16S rDNA片断核酸序列同源性比较,结果表明斑竹丛枝病植原体是一种属于16SrⅠ组的植原体,基本确定了其分类地位。     

柠条锦鸡儿根瘤菌及其共生固氮基因多样性

为研究西北干旱地区豆科植物柠条锦鸡儿(Caragana korshinskii)根瘤菌的系统发育地位及共生基因多样性,对从甘肃省分离得到的菌株进行16SrRNA PCR-RFLP和序列分析,构建系统发育树,确定其分类地位,并通过分析共生基因nodA和nifH,确定种群共生类型。结果表明:从柠条根瘤内分离到64株菌,共有7个PCR-RFLP 16SrRNA基因型,主要归属于Ensifer(占分离总数43.8%)、Mesorhizobium(31.2%)、Rhizobium(25%),其中,Ensifer为主要类群,约占34.4%。共生基因nodA和nifH与Ensifer和Mesorhizobium模式菌株同源性较高,与16SrRNA基因确定的根瘤菌分类地位相比,发现部分共生基因与16S rRNA基因确定的分类地位不同,揭示了共生基因横向转移现象的发生。     

许昌泡桐丛枝病植原体的分子鉴定

对采自河南许昌的表现丛枝症状的泡桐样品进行了病原鉴定,并通过序列同源性分析确定了其分类地位。采用16SrDNA基因的通用引物R16mF2/R16mR1、R16F2n/R16R2和延伸因子(EF-Tu)tuf基因的通用引物fTufu/rTufu,对样品总DNA进行PCR扩增,分别得到了约1.2kb和840bp的特异条带。经克隆测序,并在NCBI网站比对分析,确定所得序列分别为植原体特定的16SrDNA和tuf基因序列。将测得序列与已报道的翠菊黄化组植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,显示河南许昌的泡桐丛枝病植原体属于16SrⅠ-D亚组。     

一株高效好氧反硝化细菌的分离与鉴定

采用选择性培养基通过定量增加亚硝酸盐含量来富集筛选好氧反硝化细菌,经过选择性培养基初步筛选,测定NO-2-N与NO-3-N的去除率,再通过反硝化培养基复筛选出同时具有去除NO-2-N与NO-3-N能力的目的菌。通过16S rRNA基因序列分析及同源性比对以及与其他已筛选出的部分硝化细菌与反硝化细菌的比对构建系统发育树,结合菌株的生理生化鉴定试验,鉴定出目的菌株。在好氧、28℃培养条件下,在反硝化培养基中,该菌株5 d内将NO-2-N由3 570 mg/L降至22 mg/L,去除率达99.4%,将与NO-3-N由2 464 mg/L降至27 mg/L,去除率达98.9%。通过形态学、生理生化反应以及16S rRNA序列测定鉴定菌株DB-6为阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae),命名为DB-6。新筛选的阴沟肠杆菌反硝化能力较强,具有生物脱氮的应用潜质,有望应用于海水养殖水质净化。     

斑点叉尾鮰柱形病病原的分离鉴定及药敏试验

从网箱患柱形病的斑点叉尾鮰病灶中分离到一株细菌(YZ130310),经回归感染试验证实其具有高度致死性.经形态学观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析鉴定,其主要特征为:革兰氏阴性,菌体细长、两端钝圆、弯曲或直的杆状,菌落浅黄色,边缘不整齐呈根须状;氧化酶、过氧化氢酶阳性,分解酪素和明胶,不分解纤维素、几丁质、酪氨酸、七叶灵和淀粉,硝酸盐还原阳性,吲哚和葡萄糖产气阴性.菌株的16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株YZ130310与GenBank上登录的柱状黄杆菌(Flavobacterium Columnare)ATCC 49512株的16S rRNA序列同源性最高,其相似性达99.6％;在基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树中,菌株YZ130310与柱状黄杆菌(AY095342)聚为一支.综合形态及生理生化特点和分子生物学的分类鉴定结果,菌株YZ130310可鉴定为柱状黄杆菌(F Columnare).16种抗菌药物的敏感性试验结果表明,菌株YZ130310对头孢哌酮等7种药物敏感,对阿米卡星和氧氟沙星2种药物中度敏感,对头孢氨苄等7种药物存在不同程度的耐药性.     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

Molecular characterization of the SAUR gene family in sweet cherry and functional analysis of PavSAUR55 in the process of abscission

Small auxin up RNA(SAUR) is a large gene family that is widely distributed among land plants. In this study, a comprehensive analysis of the SAUR family was performed in sweet cherry, and the potential biological functions of PavSAUR55 were identified using the method of genetic transformation. The sweet cherry genome encodes 86 SAUR members, the majority of which are intron-less. These genes appear to be divided into seven subfamilies through evolution. Gene duplication events indicate that fra...     

水稻橙叶病PCR检测体系的建立

利用植原体通用引物sP1和sP2,采用PCR法从发病的水稻植株中扩增植原体一段保守的16S rRNA基因的核苷酸序列. 结果表明,从发病的水稻植株中都能够稳定扩增得到1条558 bp的特异性条带. 对该条带进行克隆和序列分析表明,该片段和Genbank中公布的众多植原体的相应区域的核苷酸序列相似性都高达95%以上,表明利用植原体通用引物能有效扩增得到水稻橙叶病原的序列. 利用此引物并优化PCR反应条件,建立了水稻橙叶病的PCR检测方法. 该方法对检测水稻橙叶病具有特异、灵敏和有效性. 应用该检测体系检测从广东信宜、高州和从化采集的多份疑似标样,结果表明,在这几个地区均有水稻橙叶病的发生和危害.     

枣疯病植原体新疆分离物16S rDNA基因克隆与序列分析

利用植原体16SrDNA基因保守序列通用引物对新疆阿克苏地区和喀什地区的疑似枣疯病植株总DNA进行常规PCR和巢式PCR检测,分别扩增出1.5kb和1.2kb的特异性片段。对片段进行克隆、序列测定分析及系统发育树构建,结果表明,新疆枣疯病阿克苏分离物和喀什分离物的16SrDNA基因序列同源性极高,达到100%,与16SrⅤ组植原体的同源性达到98.4%以上,并且与16SrⅤ-B亚组中的枣疯病山东莱芜株系、山东龙口株系同源性最高,达到99.5%,因此归属于榆树黄化组16SrⅤ-B亚组。首次报道新疆枣疯病植原体16SrDNA的序列,确定新疆枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病的早期诊断和检测提供依据。     

Detection of Eperythrozoon wenyoni by PCR assay

The objective of this research was to develop a detection method for Eperythrozoon wenyoni infection using polymerase chain reaction (PCR) assay technique. A pair of primers was designed and synthesized according to the conservative sequence 16S rRNA. The PCR assay was performed with the primers. A 985-bp fragment was amplified by using PCR. The amplified fragments with the expected size were identified by EcoR I restriction digestion. The crossing-reaction, specific-reaction and duplicate-reaction indicated that the PCR method is a specific, sensitive, fast and effective method for diagnosing E. wenyoni infection at group level.     

塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性分析

[目的]对塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性进行初步探索,为下一步对塔里木盆地其它地区柽柳林土壤微生物多样性分析及极端环境微生物的筛选奠定基础.[方法]采集塔里木盆地一处柽柳林土壤样品,采用纯培养方法进行细菌的分离纯化.提取各菌株基因组DNA,进行16S rRNA扩增、测序及系统进化树的绘制,分析其多样性.[结果]共分离得到21株菌,其中Firmicutes(厚壁菌门)11株,Actinobacteria (放线菌门)7株,Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes (拟杆菌门)各1株.革兰氏染色结果表明,3株菌为革兰氏阴性,其余为革兰氏阳性.Blast比对结果表明菌株CL4与标准菌株Pontibacter korlensis (DQ888330,普拉特链霉菌)的同源性为91;,可能为潜在的新种.[结论]塔里木盆地柽柳林土壤中存在较丰富的细菌资源,并可能存在微生物新物种,具有进一步研究开发的价值.