慢生型大豆根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA110菌株3-羟丁酸脱氢酶基因(bdhA)的克隆、序列及特性

 通过功能互补试验 ,从慢生型大豆根瘤菌USDA110菌株基因文库中筛选到能互补广宿主根瘤菌NGR2 34的bdhA突变体菌株NGRPA2和苜蓿根瘤菌的bdhA突变体菌株Rm1110 7、使之恢复Hbu+ 表型的克隆 ;经酶活测定和Southern杂交证明该克隆含有bdhA基因。测定了bdhA基因全序列 ,并在GenBank登记 (登记号为 :AY0 775 81)。该基因由 789个碱基对组成 ,编码分子量为 2 7.5 9ku、含 2 6 2个氨基酸残基的 3 羟基丁酸脱氢酶。在该基因的开放阅读框内插入interposonΩKm ,并通过同源重组构建了BradyrhizobiumjaponicumbdhA突变体 (bdhA ::ΩKm)。植株试验未显示bdhA基因的突变对结瘤、固氮有明显影响。     

慢生大豆根瘤菌与竞争结瘤相关的lrp基因的克隆

通过对重组质粒pGXN300中的2.3kb EcoRI片段测序分析发现,其中含有一完整的lrp基因和部分putA基因,与King等报道的B.japonicum的lrp基因DNA序列有88％同源性。应用Tn5gusA5定位诱变的方法获得了gusA基因表达的根瘤菌lrp基因突变体GX20108。植株试验表明,突变株结瘤时间明显推迟,竞争结瘤能力也显著下降。     

慢生大豆根瘤菌与竞争结瘤相关的lrp基因的克隆

 通过对重组质粒 pGXN30 0中的 2 .3kbEcoRI片段测序分析发现 ,其中含有一完整的lrp基因和部分 putA基因 ,与King等报道的B .japonicum的lrp基因DNA序列有 88%同源性。应用Tn5gusA5定位诱变的方法获得了gusA基因表达的根瘤菌lrp基因突变体GX2 0 10 8。植株试验表明 ,突变株结瘤时间明显推迟 ,竞争结瘤能力也显著下降     

快生型大豆根瘤菌血清学特性的研究

以自新疆、黑龙江、辽宁、吉林、湖北、天津和北京等地分离的16株快生型大豆根瘤菌为供试菌,用交叉凝集反应比较研究了它们与目前国内外已报道的9株快生型大豆根瘤菌标准血清型菌株之间的血清学关系,研究结果表明：（1）菌株J711,NJ16、NJ111和A212均属O#-1（2048）血清型。（2）菌株RT15、Two-7和93F41与供试标准血清型菌株的菌体抗原均不相同,命名为O#-9、O#-10和O#-（11）3种新的血清型。菌株6-1为自凝菌株,其血清型为O#-0。（3）交叉抗原吸收试验结果表明,菌株92X10、C333、RT10和2056同属O#-5血清型,并可进一步区分为O#-（5ab）、O#-（5bcd）、O#-（5def）和O#-（5fg）4个血清亚型。菌株HA10-1-3、HA12-1-12和2120分属O#-6血清型的O#-（6ab）、O#-（6bcd）和O#-（6de）3个血清亚型。（4）将2048等6个标准菌株重新命名为O#-1,O#-2,O#-3,O#-4,O#-7和O#-8血清型。     

用celB基因检测慢生型花生根瘤菌接种的效果

采用大肠杆菌和根瘤菌接合的方法,将celB标记基因分别导入2株慢生型花生根瘤菌Spr2-8和Spr4-7中,检测结果表明,celB基因在Spr2-8和Spr4-7中均可以有效表达.通过盆栽试验研究了标记菌与土著菌的竞争结瘤效果,结果表明本试验所采用的2个菌株与土著菌相比有更高的竞争结瘤能力,其固氮有效性也较高.     

快生型大豆根瘤菌的研究——Ⅱ.湖北ZA1等11个菌株的共生性和竞争性

从湖北分离的11株快生型大豆根瘤菌在大豆矮脚早、猴子毛、泰兴黑豆和鄂豆2号上能有效共生,有些菌株的固氮能力强于慢生型大豆根瘤菌113—2和005。所有快生型菌株无氢酶。竞争结瘤表明,快生型大豆根瘤菌ZA_1、ZA_6和ZA_(11)菌株在矮脚早上具有较强的竞争能力,而快生型GH_(35)、GH_(37)菌株在猴子毛上是不良的竞争者。     

薏苡乙醇脱氢酶基因(ADH1)3’末端序列的克隆

采用3’-RACE技术,根据前一阶段已克隆的的薏苡（Coix lacrymajobi L.）乙醇脱氢酶基因（ADH1）cDNA片段（Accession DQ455071）设计特异性引物,克隆出556bp的乙醇脱氢酶3’末端cDNA序列,利用DNAMEN软件将获得序列与已知序列进行拼接,得到了1个1234bp的cDNA序列。     

快生型大豆根瘤菌G+Cmol%测定及与其它根瘤菌之间的DNA同源性

用热变性温度法测定了快生型大豆根瘤菌DNA中G+Cmol%,结果表明其C+Cmol%为58.4-65.6,菌株间差为7%,提示了不同种的存在。以液相复性速率法测定了快生型大豆根瘤菌与其它根瘤菌种之间的DNA同源水平,测定证明它们之间的同源水平很低。快生型大豆根瘤菌与慢生型大豆根瘤菌三个DNA同源组间的同源率分别力15,10和25%,表明其亲缘关系很远。同源水平的测定为进一步研究奠定了基础。     

Cloning, Sequencing and Characterization of 3-Hydroxybuty- rate Dehydrogenase Encoding Gene (bdh A) in Bradyrhizobium japonicum USDA110 Strain

The current study describes the molecular characterization of a clone which can restore the ability of bdhA mutant strains NGRPA2 and Rm11107 to utilize 3-hydroxybutyrate as a sole carbon source (Hbu+). This clone was screened out by complementation experiment from Bradyrhizobium japonicum USDA110 genomic library, and the presence of bdhA gene in the clone was verified by Bdh assay and Southern blot analysis. Furthermore, the entire sequence of bdhA gene was sequenced and the sequence was deposited in GenBank database under the accession number AY077581. bdhA gene comprises 789 base pairs and encodes Bdh with 262 amino acid of MW 27.59 kDa. Interposon ΩKm was inserted into the bdh A ORF at EcoR I site and the bdhA mutant was constructed in B .japonicum by homologous recombination. Plant assay result did not show obvious effects of mutation of bdhA gene on nodulation and nitrogen-fixation.     

猪链球菌ZKHY株gdh基因的克隆与序列分析

对猪链球菌ZKHY株的谷氨酸脱氢酶基因(gdh)进行克隆和序列分析,以ZKHY株的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出谷氨酸脱氢酶基因片段,克隆于pMD-18T载体,转化宿主菌JM109中进行序列测定。将测序结果与GenBank已登录序列进行核苷酸和氨基酸的同源性分析。序列分析显示,成功克隆了猪链球菌ZKHY株的gdh基因,ZKHY与已报道的猪链球菌gdh基因有密切的亲缘关系,核酸序列与血清2、7、9型的同源性为97.2%~98.4%,其中与2型菌株同源性为97.2%~97.3%;与7型菌株同源性为98.4%;与9型菌株同源性为97.6%。其编码的氨基酸序列同源性则更高,与GenBank中已收录的序列同源性在98.9%以上。ZKYH株可能是属于2、7、9型之外的其他血清型;所克隆的基因在猪链球菌之中非常保守,可以进行表达以用作免疫学方面的相关研究。     

日本血吸虫中国大陆株22.6kD膜相关蛋白基因的克隆与表达

以日本血吸虫 mRNA 为模板,用 RT-PCR 法快速克隆到一大小约600bp 的 DNA 片段,DNA 序列分析证实,所扩增到的 DNA 片段中含有日本血吸虫22.6kD 膜相关蛋白(Sj-22.6(Ch))基因,将该基因重组到表达型质粒 pGEX-4T 中,表达的 GST 融合蛋白分子量约48kD,用谷胱甘肽琼脂塘凝胶亲和层析柱纯化的重组蛋白不仅纯度好,而且得率高,纯化产量可达40mg·L~(-1)培养物,免疫试验结果表明该重组蛋白具有良好的抗原性,为其在血吸虫病抗感染中的免疫作用研究创造了条件.     

日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶原核表达载体的构建及序列分析

为构建带有组氨酸标签(his-tag)的日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶(sjGST)表达载体。以载有sjGST基因的载体PGEX-KG为模板,PCR扩增sjGST基因,并在进行酶切和基因测序后将其克隆到pET28a载体上。运用生物学软件与具有代表性的血吸虫GST基因进行比对并对可能的表达产物进行分析。结果表明,PCR产物与3种sjGST基因有99%的同源性。重组载体构建成功。     

东亚砂藓Cu/Zn SOD基因的克隆及序列分析

[目的]对东亚砂藓(Rhacomitrunm japonicum)的Cu/Zn SOD基因进行克隆,并对其序列进行分析。[方法]利用RT-PCR技术获得东亚砂藓Cu/Zn SOD基因的cDNA,同时对该序列进行生物信息学分析。[结果]东亚砂藓Cu/Zn SOD基因cDNA长565 bp,包含一个长为465 bp的ORF,编码154个氨基酸残基,预测的该蛋白的分子量为15.5 kD,理论等电点为5.77,负电荷残基(Asp+Glu)总数为18个,正电荷残基(Arg+Lys)总数为12个,不稳定系数是13.36;其编码的氨基酸序列包含了5个蛋白保守区,均为铜锌超氧化物歧化酶超家族所有;Blastn比对表明东亚砂藓Cu/Zn SOD基因与毛尖紫萼藓、小立碗藓相关基因的同源性高达99%和82%。[结论]该研究为进一步研究紫萼藓科植物的抗旱性及苔藓Cu/Zn-SOD在抗非生物胁迫方面的功能提供了理论依据与基础。     

东亚砂藓甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的克隆及表达分析

[目的]克隆东亚砂藓甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因RjGAPDH,并对其进行生物信息学和表达分析。[方法]通过分析东亚砂藓转录组测序数据,利用RT-PCR技术克隆该基因的全长序列,并通过荧光定量PCR分析RjGAPDH基因在不同干旱胁迫时间的表达情况。[结果]该基因全长为1 208 bp,开放阅读框1 053 bp,编码350个氨基酸,预测蛋白分子量为38.66 kD,等电点pI为6.02,不稳定系数为23.97,为稳定蛋白;该基因编码的蛋白无跨膜区和信号肽序列,定位于细胞质。在快速干旱胁迫处理过程中,东亚砂藓RjGAPDH基因的表达量高于正常生长的材料(CK),能被诱导表达。[结论]RjGAPDH基因可能参与东亚砂藓对干旱的胁迫反应,为后续进一步研究其功能特征奠定基础。     

川西高原黑唇鼠兔乳酸脱氢酶C基因cDNA的克隆及序列分析

[目的]为研究以鼠兔LDH-C4为靶蛋白的节育型鼠药奠定基础。[方法]采用简并引物PCR克隆得到黑唇鼠兔LDH-C基因的EST序列,再根据EST序列采用RACE技术克隆出基因的开放阅读框（ORF）全长,和3’UTR序列。[结果]整个cDNA全长1 498 bp,其中ORF长996 bp,编码332个氨基酸,3’UTR长486 bp。ORF序列比对显示LDH-C基因在大的分类单位上均很保守。系统树分析显示黑唇鼠兔的LDH-C基因和灵长类及偶蹄目的遗传距离较近,和啮齿目较远。[结论]成功的克隆得到了黑唇鼠兔的LDH-C基因的cDNA序列。     

川西高原黑唇鼠兔乳酸脱氢酶C基因cDNA的克隆及序列分析（摘要）

[目的]为研究以鼠兔LDH-C4为靶蛋白的节育型鼠药奠定基础。[方法]黑唇鼠兔属于兔形目,鼠兔属,在GenBank数据库里没有兔形目物种LDH-C基因的相关序列,故采用设计简并引物的方法进行克隆。设计的3条简并引物序列为：D-Ps：5′-atgtcmacygtcaaggagcagct-3′：D-Pa1：5′-gcagayacabtgtaatcttttcc-3′;D-Pa2：5′-ttacarccacttccratyac-3′。用反转录生成的cDNA作为模板,采用巢式PCR法克隆LDH-C基因的EST,再根据EST序列设计了2条基因特异引物,采用3′RACE技术克隆LDH-C基因的3′端,2条基因特异引物为Pika-Ps1：5-cttgcccttgttgatgttgcaga-3和Pika-Ps2：5-ggatcttcaacatggcagtct-3。核酸序列的分析、拼接和相似性搜索采用Vector NTI Suite 9软件,系统发生树的构建用Mega 4.0软件,采用邻接法。[结果]黑唇鼠兔的LDH-C基因的cDNA全长1 498 bp,其中ORF长996 bp,编码332个氨基酸,3′UTR长486 bp。ORF序列比对显示LDH-C基因在大的分类单位上均很保守。系统树分析显示黑唇鼠兔的LDH-C基因和灵长类及偶蹄目的遗传距离较近,和啮齿目较远。[结论]成功的克隆得到了黑唇鼠兔的LDH-C基因的cDNA序列。     

牛ME1基因cDNA编码序列的克隆与分析

在NCBI中GenBank里查询已登录的牛的ME1 mRNA序列(GenBank Accession:XM-613987),发现其1-69 bp序列与已知的人、猪和小鼠的ME1基因mRNA序列没有任何相似性,因此,认为这段序列有误。研究利用人的ME1基因mRNA序列作为电子探针共找到44段牛的相关ESTs序列,然后利用此ESTs重叠群拼接成的序列设计了三对引物。提取牛的肝脏和肌肉总RNA,从中克隆测序得到M1为525 bp、M2为1039 bp和M3为1171bp的三段序列,拼接成长度为2015 bp的序列。此段序列与前述ESTs重叠群一致序列完全相同,并与人、猪和小鼠的ME1基因mRNA序列相似性分别达89%、85%和84%,从而证实了本序列的正确性。本序列已在NCBI登录(GenBank Accession:FJ495084)。研究为进一步研究牛的ME1基因结构提供了真实的序列信息。     

牡丹ACS基因克隆及序列分析

ACC合成酶(ACS)是乙烯生物合成的关键酶。为了明确牡丹ACC合成酶基因的结构,基于报道的牡丹ACScDNA(DQ337250)序列,设计一对特异性PCR扩增引物,以洛阳红牡丹(Paeonia suffuticosa Andr.)新鲜叶片总DNA为模板,用高保真DNA聚合酶KOD-Plus成功地扩增出长度约为2 200bp的PCR产物;用pMD18-T载体对PCR产物进行了克隆,测序结果表明,牡丹ACS基因序列全长2 251bp,含4个外显子和3个内含子,剪接位点均为保守的5′供位GU与3′受位AG模式,4个外显子分别居于1-174、267-398、483-643、1 240-2 251bp;序列已提交至GenBank数据库,其登录号为FJ769773;牡丹ACS蛋白由492个氨基酸组成,与苹果、枇杷、西洋梨、天竺葵等ACS的相似性达74%～76%;生物信息学分析预测牡丹ACS蛋白的分子量为54.9kD,等电点为6.8,是一个定位于细胞质的不稳定的非分泌亲水蛋白。