广叶绣球菌溶血素基因的序列分析及表达动态

通过转录组测序获得了一个广叶绣球菌(Sparassis latifolia)编码的溶血素基因(latifolysin),进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR分析溶血素基因表达水平,采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱鉴定分析溶血素表达差异.结果表明latifolysin基因全长为399 bp,编码133个氨基酸.保守功能域搜索显示latifolysin具有与杨树菇溶血素(aegerolysins)蛋白家族相同的结构域和功能位点,两者序列相似性40％.杨树菇溶血素家族蛋白在真菌中呈不连续性分布.系统进化树结果显示绣球菌溶血素隶属于担子菌类群,与草菇(Volvariellavolvacea)遗传关系较近.实时定量PCR和蛋白定量结果表明,latifolysin和绣球菌溶血素在广叶绣球菌幼菇期表达量最高,且显著高于菌丝体中表达水平.     

基于ITS序列和BOX-PCR鉴定广叶绣球菌菌株

广叶绣球菌(Sparassis latifolia)是一种药食兼用的大型真菌,2010年福建省率先实现绣球菌工厂化栽培,并建立了国内第一个绣球菌产业化生产基地,形成绣球菌"科研-基地-示范-销售"的产业化体系。据文献报道,东亚地区有3个绣球菌种,但是生产中所应用的菌株,目前并不清楚其种类。利用ITS序列分析了目前广泛使用的5个菌株[SP-A、SP-B、SP-C(闽绣1号)、SP-D、80458],发现其均属于广叶绣球菌,并利用BOXPCR技术分析这5个菌株的差异,发现菌株80458与其他4个菌株相比差异很大。     

光照诱导广叶绣球菌基因组甲基化分析

利用荧光标记甲基化敏感扩增多态性技术(fluorescence-labeled methylation-sensitive amplified polymorphism,F-MSAP)比较广叶绣球菌(Sparassis latifolia)菌丝在光、暗条件下基因组胞嘧啶甲基化的变化。F-MSAP分析显示,15对选择性扩增引物共扩增出6383个CCGG位点,平均每个处理每对引物扩增47个条带,其中2849条片段发生甲基化。黑暗组、光照24h和光照48h处理组总甲基化水平分别是49.54%、41.71%和42.88%,黑暗组和光照处理组的总甲基化水平差异显著(P0.01),而光照组间甲基化水平差异不显著(P=0.10)。与黑暗组相比,光照诱导全甲基化率升高,半甲基化率降低,差异显著(P0.01)。总的趋势是光照引起广叶绣球菌菌丝DNA去甲基化。     

光照胁迫下广叶绣球菌菌丝基因差异表达的初步分析

利用高通量测序技术对黑暗和光照下广叶绣球菌(Sparassis latifolia)菌丝进行RNA-Seq分析,比较光照胁迫下的差异表达基因,并对差异基因进行GO功能分析和KEGG pathway分析。结果表明,光照胁迫下显著性差异表达的基因328个,其中,上调、下调表达的基因数分别为157个和171个。差异表达基因的GO注释表明,生物学过程主要为细胞过程、代谢过程、单一生物过程,而分子功能主要为催化、结合和转运子活性。KEGG pathway功能分析结果表明,差异基因主要集中在次级代谢产物合成、淀粉和蔗糖代谢和谷胱甘肽代谢通路中。     

牡丹隐花色素基因PsCRY2的克隆与表达分析

以‘秋发1号'和‘洛阳红'牡丹(Paeonia suffruticosa)为试验材料,采用RT-PCR的方法从花芽中克隆得到1个隐花色素基因Cryptochrome 2,其ORF全长为1902 bp,编码633个氨基酸,基因登录号为KP982893。序列比对和结构域分析表明,此蛋白包含1个PHR和1个CCT结构域,与拟南芥中AtCRY2最为相似,将其命名为PsCRY2。系统进化树分析表明,PsCRY2与甜橙(Citrus sinensis)CsCRY2亲缘关系最近。实时荧光定量PCR表明,PsCRY2在牡丹的不同组织器官中均有表达。其中,成年植株的花芽以及种子胚的表达量最高,幼苗根、茎、叶次之。在整个花芽分化不同时期,PsCRY2的表达呈现较高的表达水平;在花蕾发育不同时期,PsCRY2的表达呈现先降低再升高而后有降低的趋势,大风铃期表达量最高,推测PsCRY2在花芽分化和花蕾发育的过程中均起到重要作用。在‘洛阳红'和‘秋发1号'牡丹春季花芽发育过程中,PsCRY2的表达均呈升高的趋势,‘秋发1号'显著高于‘洛阳红'。不同光周期条件下,PsCRY2表达稍有不同。与长日照条件相比,短日照条件下PsCRY2在现蕾期和小风铃期的表达量均下降。     

利用酵母双杂交系统筛选金针菇DASH型隐花色素互作蛋白

提取金针菇（Flammulina filiformis）单核体菌株Dan 3菌丝的总RNA,分离纯化mRNA,合成双链cDNA,依次构建酵母双杂交初级和次级cDNA文库。通过酶切连接法构建诱饵载体pGBKT 7-CRY,其无自激活活性和毒性,与构建的次级cDNA文库共转化酵母感受态细胞,筛选与金针菇DASH型隐花色素（FfCRY-DASH）互作的蛋白,对筛选到的6个蛋白进行回补验证,最终发现一个与金针菇DASH型隐花色素互作的蛋白。     

广叶绣球菌菌渣栽培金针菇的基质试验研究

广叶绣球菌(Sparassis latifolia)一次性采收后的菌渣营养丰富,栽培料的养分未充分转化。以工厂化栽培的广叶绣球菌菌渣为主要基质,棉籽壳以不同配比组合用于栽培金针菇。结果表明,随着菌渣含量的递增,菌丝生长速度呈递减趋势,成本也呈现下降的趋势。当菌渣含量为40%时,金针菇产量最高,利润也最高。     

广叶绣球菌菌渣营养成分分析及燃烧废气对环境的影响

通过分析测定广叶绣球菌菌渣的营养成分及重金属含量,并对菌渣燃烧后空气质量进行检测分析,以探讨其循环利用的可行性。     

广叶绣球菌耳基多糖对酸乳品质的影响

以广叶绣球菌耳基提取的水溶性多糖为原料,添加到酸乳发酵配方中,以发酵后酸乳中乳酸菌数量、酸值、粘度、持水力等参数为考察指标,研究广叶绣球菌多糖对酸乳成品品质的影响.结果表明,当绣球菌耳基多糖添加量为0.5 mg·mL-1时,酸乳中的乳酸菌数量增多,持水力、粘度、糖度不同程度增加,感官评分较高.当添加量较高时(1.0 m...     

广叶绣球菌谷胱甘肽S-转移酶多样性及光照下URE2P gst的表达分析

利用生物信息学方法分析广叶绣球菌(Sparassis latifolia)基因组谷胱甘肽S-转移酶(glutathione Stransferases,GST)编码基因。结果表明:广叶绣球菌基因组可编码27个gst,均含有GST保守的N端或C端结构。27个GST分属于8个不同的家族,其中URE2P家族GST数量最多(8个),OMEGA家族含6个,GTE家族含4个,C1、GHR、SIGMA和GTT家族各含2个,EF1Bγ家族含1个。各家族间的GST具有相似的保守基序。利用实时荧光定量PCR技术分析了不同光照时长胁迫下6个URE2P家族GST基因的表达动态。结果表明有4个GST基因(MF327518,MF327511,MF327527,MF327514)在诱导48h后表达量最高,2个GST基因(MF327506,MF327510)在诱导96h后表达量最高。     

广叶绣球菌多糖对免疫低下小鼠大脑皮质损伤的调节作用

通过腹腔注射环磷酰胺溶液(80 mg·kg-1)构建免疫低下小鼠模型,灌胃广叶绣球菌(Sparassis latifolia)多糖(SCPs)(低、中、高剂量分别为100、200、400 mg· kg-1),通过制备苏木精-伊红(HE)染色切片观察小鼠大脑皮质形态变化;测定小鼠大脑皮质中丙二醛(malondialdeh...     

黄瓜NBS类型抗病基因同源序列的克隆与分析

 简要报道利用简并引物从黄瓜基因组DNA中分离得到15条NBS类型RGA, 登录GenBank获得登录编号分别为AY5554822AY555495和AY545993。其中10条为可通读序列, 与已报道的甜瓜RGA有较高的同源性。     

广叶绣球菌子实体不同发育阶段的比较蛋白质组学分析

利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱(two-dimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术,研究广叶绣球菌(Sparassis latifolia)原基期、幼菇期和成熟子实体阶段的差异表达蛋白质组.采用Q-Exactive质谱鉴定并经ProteinPilot软件搜库,对所获得的差异蛋白进行GO (gene ontology)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)和转录因子注释分析.结果共鉴定到可信蛋白2305个,其中2219个蛋白具有相对定量信息.与原基期相比,幼菇期显著上调蛋白104个,下调蛋白142个,子实体阶段显著上调蛋白155个,下调蛋白460个.GO分子功能提示这些差异性蛋白主要参与催化活性、蛋白结合和水解酶活性.KEGG代谢通路分析结果显示,差异蛋白主要涉及碳代谢、氨基酸合成、核糖体、糖酵解/糖衍生等代谢过程.差异蛋白中与信号传导和转录因子相关的蛋白数量分别为27个和7个.     

龙眼APETALA1(AP1)同源基因的克隆与序列分析

根据植物APETALA1(AP1)同源基因的高度保守性,设计合成一对特异引物,从龙眼基因组DNA中扩增出一条长400bp左右的基因片段,插入到pMD-T载体中。测序后分析表明,扩增得到了龙眼AP1同源基因片段。该片段序列包含两个内含子(长96bp和165bp),编码区编码36个氨基酸。与其它植物AP1同源基因的相应区域氨基酸序列具有较高的同源性,其中与花椰菜AP1基因同源性高达91%,与欧亚种葡萄、苹果、柑橘、枇杷的AP1基因同源性都在80%以上。     

西瓜抗病基因同源序列的克隆与分析

以植物丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶类（STK）抗病基因产物催化结构域l的保守氨基酸序列设计简并引物,以西瓜基因组DNA为模板进行PCR,扩增,得到大约500bp的目的条带。重组质粒经PCPo检测后进行测序,获得1个有效序列,可以编码完整的氨基酸序列。同源性分析表明其具有STK保守结构域,与已经克隆的Pto、LrlO和Lectin等基因在氨基酸水平上的同源性为40．O％～54．O％。     

不同干制方法对广叶绣球菌多糖提取率和分子量分布的影响

对广叶绣球菌(Sparassis latifolia)子实体的热风烘干品和真空冷冻干燥品的多糖提取率和多糖分子量构成进行了研究。实验结果表明,不论是采用超声循环提取还是热水提取方法,广叶绣球菌冻干子实体的多糖提取率都显著高于烘干品,所得多糖的分子量分布也显著不同,冻干子实体多糖主要成分的重均分子量为4.30×105Da,烘干品多糖的主要成分重均分子量为2.52×104 Da。     

龙眼LEAFY同源基因启动子的克隆与序列分析

为了解龙眼LEAFY同源基因（LLFY）的表达调控规律,应用染色体步移方法克隆了809 bp的LLFY启动子序列。用在线软件PlantCARE分析表明,该序列除含有启动子基本元件,如TATA-BOX、CAAT-BOX外,还含有参与生理周期调控、干旱诱导MYB结合位点、ABA响应元件、光响应元件等一些其他的调控序列,推测...     

广叶绣球菌多糖对免疫低下小鼠海马组织cAMP-PKA-CREB-BDNF信号通路的影响

分别灌胃环磷酰胺所致免疫低下小鼠广叶绣球菌(Sparassis latifolia)多糖(SCPs,低、中、高剂量分别为100、200、400 mg·kg;),观察小鼠海马组织形态变化,检测5-羟色胺(5-hydroxytryptamine, 5-HT)、色氨酸羟化酶(tryptophan hydroxylase 2,TPH2)和环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate, cAMP)含量,测定细胞因子和cAMP-PKA-CREB-BDNF信号通路基因mRNA表达量、cAMP反应元件结合蛋白(cAMP response element binding protein, CREB)和磷酸化CREB(phosphorylated CREB, p-CREB)蛋白表达量,探讨SCPs对海马组织损伤的干预作用。结果表明:SCPs使免疫低下小鼠海马组织神经细胞数量增多,细胞间隙缩小,结构更为完整。与模型组相比,SCPs各剂量组5-HT和TPH2含量、中和高剂量组cAMP含量极显著增加;SCPs各剂量组TNF-α、中和高剂量组IL-1β mRNA表达量显著降低,SCPs中和高剂量组5-HT;受体、高剂量组蛋白激酶A和脑源性神经营养因子基因mRNA表达量显著增加;SCPs高剂量组CREB蛋白、各剂量组p-CREB蛋白表达量显著提高。研究结果为揭示广叶绣球菌多糖对海马组织保护作用的机制提供参考。     

桂花SVP同源基因的克隆及序列分析

试验以桂花‘日香桂'Osmanthus fragrans cv.rixianggui嫩叶为试验材料,根据转录组数据库中SVP基因的保守序列信息,通过PCR方法克隆得到日香桂SVP基因,将其命名为QfSVP,运用在线生物信息学分析工具对OfSVP序列进行分析。结果表明:OfSVP基因全长1325bp,开放阅读框(ORF)为687bp,编码228个氨基酸。氨基酸序列保守性分析发现,OfSVP所编码的蛋白中含有MADS-box基因家族特有的K-box区域。通过ProtParam ExPASy在线软件分析OfSVP蛋白质分子式为C1121H1859N327O364S9,分子量为26030.60Da,理论等电点PI值为5.80。不稳定指数为68.10,属于不稳定蛋白质。蛋白氨基酸序列比对和系统发育进化分析结果表明OfSVP与油橄榄(Olea europaea)、黄连(Coptis chinensis)和芝麻(Sesamum indicum)的同源性分别达到94%、83%和82%;OfSVP基因的克隆与序列分析对于进一步了解桂花'日香桂'成花机理具有重要意义。     

金针菇转运蛋白基因fv-mfs1的序列与表达分析

通过分析金针菇(Flammulina velutipes)子实体原基期、伸长期、成熟期的转录组数据,得到一个差异表达基因fv-msf1。对其结构、序列特征及表达情况进行分析,结果显示该基因全长2709 bp,包含13个外显子,12个内含子,开放阅读框长1770 bp,编码589个氨基酸。结构域分析表明该基因编码的蛋白含主要协助转运蛋白超家族(major facilitator superfamily,MFS)保守结构域。通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative fluorescence PCR,q-PCR)对子实体不同发育阶段以及菌盖不同发育时期的表达量进行分析,结果显示该基因在金针菇伸长期的菌盖(尤其是0.3~0.9cm)中高表达,由此推断该基因在金针菇菌盖发育中发挥一定作用。