杂交鲟和匙吻鲟HSP70 cDNA克隆与序列分析

采用RT-PCR法从杂交鲟(♀Huso huso×♂Acipenserschrencki)和匙吻鲟(Polyodonspathula)肝脏RNA克隆获得HSP70基因的全长cDNA(HSP70 cDNA)。所测定的HSP70 cDNA序列与NCBI/GenBank上登载的鲫(GenBank No.DQ872648)同源性最高,杂交鲟和匙吻鲟分别达96%和98%,杂交鲟HSP70序列为382 bp,匙吻鲟为334 bp。将杂交鲟和匙吻鲟与其它脊椎动物HSP70氨基酸序列用DNAstar软件进行相似度比较,鱼类与哺乳动物、两栖类非洲爪蟾之间HSP70氨基酸序列相似度平均值分别为86.2%和86.8%。鱼类之间的氨基酸序列相似度较大,平均为93.8%,表现出较高的保守性。以HSP70核苷酸序列为分子标记,用MEGA4软件中最大简约法(MP)构建了12个物种HSP70系统发育树,识别出3个大的单系类群:杂交鲟、匙吻鲟、团头鲂、鲫、鲤、斑马鱼聚为类群一(bootstrap 96);虹鳟和大西洋鲑聚为类群二(bootstrap 100);人类和褐家鼠类聚为类群三(bootstrap 89)。     

白背飞虱HSP90全长cDNA的克隆与特性分析

利用同源克隆及RACE的方法,从白背飞虱Sogatella furcifera中克隆获得热激蛋白HSP90基因的全长cDNA序列(Genbank登录号:JQ743628),该基因全长为2 707bp,包含421bp的3′非编码区域(UTR)和93bp的5′UTR,开放阅读框(ORF)为2 193bp,编码730个氨基酸。该基因预测的蛋白分子量为83.85kD,等电点为4.94,无信号肽、糖基化位点及跨膜结构。在N端具有HSP90基因保守的ATPase结构,含有HSP90家族的C末端的保守序列MEEVD。从进化分析结果看出,白背飞虱的HSP90与其它昆虫的HSP90蛋白的同源性较高,与褐飞虱相比较,同源性高达98%。HSP90基因的克隆和比较分析为进一步深入研究白背飞虱的抗逆机理、耐受性及进化具有重要意义。     

蛋鸭HSP60基因cDNA克隆与序列分析

以蛋鸭肝脏总RNA为模板,根据GenBank中收录的HSP60基因序列同源序列分析,设计兼并引物对,采用RT-PCR技术扩增获得了650 bp的基因中间序列;采用RACE技术分离、克隆获得长度均约为1 100 bp蛋鸭HSP60基因3’、5’端完整序列,拼接后获得2 027 bp HSP60基因mRNA全序列,其中ORF长度为1 707 bp。该序列与其他家禽物种(红色原鸡、火鸡、珍珠鸡)的序列有高度的同源性,证实所克隆的序列为蛋鸭HSP60基因。     

西伯利亚鲟热休克蛋白HSP70cDNA的克隆、序列分析和组织分布

采用普通PCR和RACE技术克隆了西伯利亚鲟Acipenser baerii热休克蛋白HSP70 cDNA的全序列,该序列全长为2 343 bp,其中5'非编码区为140 bp,3'非编码区为256 bp,可读编码框(ORF)为1 947bp,编码为648个氨基酸。该氨基酸序列中含有HSP70家族的3个特征序列——IDLGTTYS、IFDLGGGTFD-VSIL和IVLVGGSTRIPKIQK,细胞质特征性保守序列为EEVD,C端重复序列为GGMP。该cDNA序列与其它生物的HSP70 cDNA序列一样具有很高的相似性。系统发育树显示,西伯利亚鲟与非洲爪蛙蟾Xenopus laevis、密西西比短吻鳄Alligator mississippiensis、美西螈Ambystoma mexicanum的亲缘关系较近。实时定量分析结果表明,水温为17.5℃时,西伯利亚鲟肝脏、鳃、脾脏、心脏、肌肉、中肠、性腺、脑8种组织中均有HSP70表达,其中HSP70在脾脏中的表达量最高,鳃中的次之,肝脏中最低(P<0.05)。     

西伯利亚鲟热休克蛋白HSP70cDNA的克隆、序列分析和组织分布

采用普通PCR和RACE技术克隆了西伯利亚鲟Acipenser baerii热休克蛋白HSP70 cDNA的全序列,该序列全长为2 343 bp,其中5＇非编码区为140 bp,3＇非编码区为256 bp,可读编码框（ORF）为1 947bp,编码为648个氨基酸。该氨基酸序列中含有HSP70家族的3个特征序列——IDLGTTYS、IFDLGGGTFD-VSIL和IVLVGGSTRIPKIQK,细胞质特征性保守序列为EEVD,C端重复序列为GGMP。该cDNA序列与其它生物的HSP70 cDNA序列一样具有很高的相似性。系统发育树显示,西伯利亚鲟与非洲爪蛙蟾Xenopus laevis、密西西比短吻鳄Alligator mississippiensis、美西螈Ambystoma mexicanum的亲缘关系较近。实时定量分析结果表明,水温为17.5℃时,西伯利亚鲟肝脏、鳃、脾脏、心脏、肌肉、中肠、性腺、脑8种组织中均有HSP70表达,其中HSP70在脾脏中的表达量最高,鳃中的次之,肝脏中最低（P〈0.05）。     

十字花科植物HSP22基因同源序列的克隆与进化分析

采用PCR克隆技术,根据已报道的拟南芥的AtHSP22基因全长及其他物种同源序列设计特异引物,在十字花科植物大白菜、普通白菜、芥菜型油菜、甘蓝型油菜、花椰菜、芥菜、荠菜、萝卜3个属10个物种中成功克隆得到耐热相关基因HSP22的同源序列10条。序列比对分析表明:这些同源序列的相似性达89.3%以上,所推导的氨基酸序列相似性达92.1%以上。由进化树可直观地看出,芸薹属与荠属亲缘关系最近,首先聚为一类;其次与萝卜属、拟南芥属聚为一类。由氨基酸序列预测的高级结构存在明显差异,且无规则卷曲最多,α-螺旋均在30%以上,因而属于α结构蛋白。     

剑尾鱼热应激蛋白HSP70 cDNA片段的克隆与序列分析

为了进一步开展剑尾鱼Xiphophorus helleri--标准化实验动物在抗逆方面的相关研究,以及热应激蛋白(HSP70)在抗逆方面的作用,作者用RT-PCR方法首次克隆得到了剑尾鱼的HSP70的cDNA片段,该片段包含HSP70的特征性序列(GAT CTC GGT GGT GGC ACT TTT GAT).通过将克隆片段与已发表的其它鱼类HSP70的核苷酸序列和其编码的氨基酸序列进行同源性比较,发现剑尾鱼核苷酸序列同源性较高,与牙鲆Paralichthys olivaceus HSP70核苷酸序列同源性最高为89%,与川鲽Platichthys flesus、虹鳟Oncorhynchus mykiss和黄锡鲷Rhabdosargus sarba的同源性皆在85%以上;与国外学者发表的HSP70的规律类似,所克隆的片段与其它鱼类HSP70基因编码的氨基酸序列同源性较相应核苷酸序列同源性更高,与牙鲆和川鲽的HSP70氨基酸序列同源性最高达到99%,与斑马鱼Danio rerio、虹鳟和黄锡鲷的氨基酸序列同源性均高于97%.不同鱼的HSP70 cDNA核苷酸序列存在一定差异,但氨基酸序列并未受到影响,经对照,这种不同相当一部分存在于密码子的第3个碱基,因为密码子的简并性,编码氨基酸没有发生改变.     

鸭梨过氧化物酶基因全长克隆与序列分析

采用RT-PCR和RACE方法,从鸭梨(Pyrus bretschneideri Rehd)果实中获得过氧化物酶(Peroxidase)基因POD的cDNA全长,命名为PbPOD,并将该基因在GenBank上登录,登录号为JQ325052。基因序列分析表明,该基因的cDNA全长为1 487 bp,包含72 bp的5'非翻译区、404 bp的3'非翻译区和长度为1 011 bp且编码336个氨基酸的编码区(CDS)。氨基酸序列分析表明,该基因编码的蛋白具有POD家族保守存在的所有功能活性位点,且与甜瓜、拟南芥、烟草等植物POD相似性达92%以上。     

奶牛HSP70基因多态性与生产性能的关系

采用PCR-SSCP方法,对娟姗牛和荷斯坦奶牛HSP70基因5′-侧翼区多态性进行了检测。结果初步显示:A基因可能为抗热应激基因,AB型个体的生产性能与BB型个体差异不显著,耐热性能与生产性能的相关性可能不大。     

多子小瓜虫HSP70基因ORF的克隆及表达分析

热激蛋白(HSP)是生物适应环境温度变化的重要媒介分子,本试验中克隆了多子小瓜虫Ichthyophthirius multifiliis HSP70(Im HSP70)基因的ORF,采用荧光定量RT-PCR法,在水温为20、25、30℃的条件下检测了HSP70基因在多子小瓜虫幼虫、滋养体和包囊3个不同发育阶段的表达情况。结果表明:Im HSP70基因的ORF为1995 bp,预测编码为664 aa;Im HSP70蛋白的二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主,空间构型包括N端ATPase功能域和C端多肽结合功能域;与其他物种HSP70蛋白序列进行同源性比较发现,Im HSP70与螅状独缩虫Carchesium polypinum HSP70的同源性最高,为78.08%;Im HSP70与分类地位同为纤毛门的螅状独缩虫、嗜热四膜虫Tetrahymena thermophila、变藓棘毛虫Sterkiella histriomuscorum的HSP70聚在一个分支;3种温度下幼虫的HSP70表达量均最低,20℃和25℃时,HSP70基因在滋养体中的表达量显著高于幼虫和包囊(P<0.05),而30℃时,HSP70基因在包囊中的表达量显著高于滋养体和幼虫(P<0.05);30℃时HSP70基因在包囊中的表达量显著高于25℃(P<0.05)。研究表明,试验所用多子小瓜虫的HSP70基因在30℃时仍大量表达,且能感染试验鱼,推测该虫株为热带型多子小瓜虫,HSP70基因在多子小瓜虫对抗外界高温环境中可能发挥着重要的作用。     

多子小瓜虫HSP70基因ORF的克隆及表达分析

热激蛋白（ HSP）是生物适应环境温度变化的重要媒介分子,本试验中克隆了多子小瓜虫Ichthyoph-thirius multifiliis HSP70（Im HSP70）基因的ORF,采用荧光定量RT-PCR法,在水温为20、25、30℃的条件下检测了HSP70基因在多子小瓜虫幼虫、滋养体和包囊3个不同发育阶段的表达情况。结果表明：Im HSP70基因的ORF为1995 bp,预测编码为664 aa; Im HSP70蛋白的二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主,空间构型包括N端ATPase功能域和C端多肽结合功能域;与其他物种HSP70蛋白序列进行同源性比较发现, Im HSP70与螅状独缩虫Carchesium polypinum HSP70的同源性最高,为78.08%; Im HSP70与分类地位同为纤毛门的螅状独缩虫、嗜热四膜虫Tetrahymena thermophila、变藓棘毛虫Sterkiella histriomuscorum的HSP70聚在一个分支;3种温度下幼虫的HSP70表达量均最低,20℃和25℃时, HSP70基因在滋养体中的表达量显著高于幼虫和包囊（P〈0.05）,而30℃时, HSP70基因在包囊中的表达量显著高于滋养体和幼虫（P〈0.05）;30℃时HSP70基因在包囊中的表达量显著高于25℃（P〈0.05）。研究表明,试验所用多子小瓜虫的HSP70基因在30℃时仍大量表达,且能感染试验鱼,推测该虫株为热带型多子小瓜虫, HSP70基因在多子小瓜虫对抗外界高温环境中可能发挥着重要的作用。     

瓜实蝇热激蛋白基因hsp70的克隆及序列分析

[目的]克隆分析瓜实蝇热激蛋白hsp70基因序列特征,为进一步研究瓜实蝇的热适应性机制及制定综合防治策略奠定基础.[方法]根据NCBI数据库中已报道的昆虫hsp70基因保守序列,设计合成扩增瓜实蝇hsp70基因部分片段的简并引物,并利用RACE-PCR扩增其全长序列.[结果]克隆获得瓜实蝇hsp70基因cDNA全长序列(获取号:KM112021)2271 bp,含1911 bp的开放阅读框,编码636个氨基酸,具有真核生物hsp70基因家族的3个明显基序标签,同时在C-末端具有EEVD基序,推测其属于胞质型热激蛋白.BLAST分析结果表明该序列与双翅目实蝇科昆虫hsp70基因高度相似,最高相似度达91％.氨基酸序列系统发育分析结果显示,瓜实蝇与双翅目实蝇科昆虫聚类为一个分支,证实hsp70基因的高度保守.[结论]瓜实蝇hsp70基因具有真核生物hsp 70基因家族的特征,序列表现为高度的保守性,可作为今后研究瓜实蝇抗逆性机制的一个参数指标.     

绵羊肺炎支原体HSP70基因的克隆、表达及免疫原性分析

根据GenBank登录的MO HSP70基因序列,设计特异性引物对MO新疆分离株HSP70基因进行扩增,克隆入T载体中测序。将HSP70基因亚克隆入表达载体pGEX-4T-1,构建重组表达载体pGEX4T-1-HSP70,并转化入大肠埃希氏菌BL21(DE3),用IPTG进行诱导重组菌,SDS-PAGE和Western blot分析表达产物。SDS-PAGE分析证实表达的重组融合蛋白分子质量为53ku;Western blot分析表明该重组蛋白可与MO阳性血清发生特异性免疫学反应,证实表达的重组HSP70具有良好的反应原性。重组HSP70蛋白免疫小鼠后可诱导机体产生特异性抗体,证实该重组蛋白具有良好的免疫原性。     

油茶FBPase基因的全长cDNA克隆及序列分析

FBPase是调控Clavin循环的关键酶之一,加速Clavin循环有利于提高植物的光合效率.在油茶cDNA文库和EST文库构建的基础上,以油茶“湘林1号”的近成熟种子为材料,采用5'RACE和3'RACE技术克隆油茶FBPase基因的全长cDNA序列;该基因全长cDNA序列为1 356 bp,其中开放读码框为1 02...     

桑树白藜芦醇合酶基因全长克隆及序列分析

根据已知的其他物种白藜芦醇合酶cDNA保守序列设计引物,用RT－PCR技术从桑葚中扩增获得白藜芦醇合酶基因部分cDNA序列,再用RACE技术获得其两端序列,并拼接得到完整的1442 bp白藜芦醇合酶基因。经序列分析发现,桑树白藜芦醇合酶基因开放阅读框长1170 bp,编码389个氨基酸,氨基酸序列含有芪合酶家族特征信号区GVLFGFGPGLT和活性中心序列GCFAGGTVLR;该基因与花生芪合酶基因的核苷酸序列同源性高达82．82％,氨基酸序列的同源性高达87．15％。     

雪峰乌骨鸡HSP70基因多态性与精液品质关联分析

旨在研究雪峰乌骨鸡HSP70基因多态性及其与鸡冻精品质的关系,以期筛选出鸡精液抗冻性相关分子标记,为鸡精液冷冻保存及其分子育种提供技术支撑。选取100只同一批次、性成熟的白羽雪峰乌骨种公鸡,测定采精量、精子密度和冻精活力等指标。翅静脉采血,提取基因组DNA并扩增HSP70基因,构建精液品质低、中、高3个混池并测序。单个样本测序后,比对测序峰图,完成基因分型,统计不同基因型个体数,并进一步进行精液品质关联分析。结果发现:HSP70基因436 bp处存在G>A突变,G为优势基因,将群体分成AA、AG和GG这3种基因型,各基因型频率依次为22%、44%和34%,该位点遗传多样性分析PIC=0.371 4,为中度多态位点,Hardy-Weinberg平衡适合性检验得χ²=1.148 0(P>0.05),该群体符合Hardy-Weinberg平衡规律。基因多态与精液品质关联分析表明,GG基因型个体采精量和精子密度极显著(P<0.01)高于AG型、AA型个体,且冻后活力显著(P<0.05)高于AG型个体,极显著(P<0.01)高于AA型个体;AG型个体采精量和精子密度极显著(P<0.01)高于AA型个体,冻精活力差异不显著(P>0.05)。综上所述,HSP70基因突变G/A位点与鸡冻精品质显著相关,可以作为雪峰乌骨鸡个体精液抗冻性的候选基因,基因型GG的个体精液更具抗冻性,其次为AG型个体。     

小鼠睾丸Hsc70t基因的克隆与序列分析

为了获得小鼠睾hsc70t基因的开放阅读框,根据GenBank中已发表的hsc70t的基因序列设计了特异性引物(GenBank accessionNo:NM_013558),提取睾丸中的总DNA,利用PCR方法扩增hsc70t基因序列,连接到pMD18-T载体上,然后进行序列测定与序列分析.测序结果表明PCR扩增得到一条1926 bp左右的基因片段.所测序列被GenBank收录,收录号为EU549780,与GenBank上公布的小鼠hsc70t基因序列同源性达99.9%,与大鼠(Rattus norvegicus)、猕猴(Macaca mulatta)、黑猩猩(Pantroglodytes)、蟾蜍(Xenopus)、人类(Homo)和青鲻(Oryzias latipes)的相似性分别为94.4%、85.4%、84.9%、72.7%、71.9%、67.1%;进化树构建结果表明小鼠与大鼠距离最近.证实了hsp70基因的高度保守性,并为hsc70t的进一步研究和应用奠定了基础.     

南方鲇Hsc70 cDNA的克隆及序列分析

采用RT-PCR法和SMART RACE（rapid amplification of cDNA ends）技术从南方鲇肝脏RNA克隆获得Hsc70基因的全长cDNA（scHsc70 cDNA）.此cDNA全长2384 bp,其中,5＇＇非编码区194 bp,3＇＇非编码区249 bp,编码区域（coding sequence,CDS）长度为1941 bp.根据编码序列推导出相应的646个氨基酸,与其他脊椎动物Hsc70序列进行同源性比较,发现南方鲇Hsc70与欧洲银鲫（Carassius auratus gibelio）、鲦鱼（Pimephales promelas）、人（Homo sapien）和鸡（Gallus gallus）的Hsc70相似性分别为96.0%、95.5%、94.9%和93.8%,表现出较高的保守性.序列分析发现scHsc70 cDNA编码的氨基酸序列中含有2个HSP70家族的特征模体并具有Dnak特征性基序（DLGTY-S-V）.南方鲇Hsc70基因的克隆为进一步深入研究南方鲇抗逆机理以及指导南方鲇的遗传选育和遗传改良都具有重要的理论意义.     

鲤鱼HSP70基因组织表达差异研究

[目的]研究HSP70是否可作为鲤鱼养殖中的应激监测指标。[方法]根据鲤鱼HSP70序列（AY120894）设计并合成1对引物,提取鲤鱼肝脏组织总RNA,通过RT-PCR方法克隆得到鲤鱼HSP70部分cDNA片段,然后检测其在鲤鱼心脏、肠、粘液、性腺、鳔、鳃、鳍等不同组织中的表达差异。[结果]RT-PCR扩增获得鲤鱼HSP70基因cDNA部分序列为480 bp。将测序后推测的氨基酸序列与其他种类的鱼进行同源性比较,结果发现与鲤鱼、斑马鱼、虹鳟、牙鲆、剑尾鱼、鲋鱼的同源性依次为96%、98%、98%、96%、96%、96%。HSP70在鲤鱼8个组织中均检测到表达,其中在心脏中表达最高,其次是鳔、鳍,二者之间无显著差异（P〉0.05）,在肠、粘液与脂肪3个组织中的表达无显著差异（P〉0.05）,但显著高于在性腺与鳃中的表达水平（P〈0.05）。[结论]HSP70作为鲤鱼养殖中应激程度、应激能力、健康状况检测的分子标记物是可行的。     

牡丹泛素延伸蛋白基因片段克隆与表达分析

采用RT-PCR技术从牡丹(Paeonia suffruticosa)花瓣中克隆得到泛素延伸蛋白基因的cDNA片段,该片段长423bp,编码140个氨基酸残基,命名为PsUBQ,GenBank登录号为JN699053。PsUBQ编码的蛋白是在泛素单体后融合了1个核糖体S27a多肽,经多重序列比对发现该蛋白与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、甜樱桃(Prunus avium)、葡萄(Vitis vinifera)等高等植物泛素延伸蛋白的氨基酸序列具有很高的一致性。实时荧光定量PCR分析表明:PsUBQ在牡丹不同组织间表达较稳定,且在切花开放各级别花瓣中呈组成型表达。PsUBQ的克隆与表达为进一步探讨牡丹开放衰老进程中泛素对激素信号的作用机制打下基础,同时为研究牡丹目标基因的表达提供校正标准。