牛PRKAA2基因SNP检测及与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛、南阳牛、鲁西牛和安格斯牛共630头个体的单磷酸腺苷激活的蛋白激酶α2亚基(AMPKα2)基因PRKAA2的多态性,并分析其多态性与200头秦川牛生长及肉质性状的关联性。【方法】利用PCRSSCP、DNA测序、飞行质谱(MALDI-TOF)等技术,分析检测4个品种牛PRKAA2基因6个外显子的单核酸多态性(SNPs);采用生物信息学方法结合统计分析软件,分析秦川牛各多态位点的遗传变异特性与体尺及肉质性状的关联性。【结果】PRKAA2基因第2、4、6、7、8、9外显子中,只检测到第4外显子27GC和60TC 2个突变位点;关联分析表明,27GC位点与秦川牛背膘厚和眼肌面积显著关联(P0.05);60TC位点与秦川牛体斜长极显著相关(P0.01),与体高、尻长、腰角宽、坐骨端宽、眼肌面积显著相关(P0.05)。【结论】PRKAA2基因对秦川牛部分体尺及肉质性状有极显著或显著影响,可作为秦川肉牛新品种早期选择的候选基因和分子辅助标记。     

秦川牛、南阳牛双肌基因的PCR-SSCP检测

运用一对特异性引物对秦川牛、南阳牛myostatin基因的第三外显子进行扩增,应用PCR-SSCP方法鉴定上述两种牛是否携带双肌基因,发现南阳牛中存在有双肌个体,同时提出了牛双肌基因的检测方法。     

中国地方牛CCK基因第1外显子的多态性及其与生产性状的相关性

【目的】研究中国本地牛胆囊收缩素(Cholecystokinin,CCK)基因第1外显子的多态性及其与南阳牛生产性状的关系,为中国地方牛品种的选育提供参考。【方法】利用PCR-RFLP和DNA测序技术,研究了6个中国本地牛品种(南阳牛、秦川牛、郏县红牛、鲁西牛、草原红牛和荷斯坦奶牛)1390头个体CCK基因的多态性,并分析其多态性与南阳牛生产性状的相关性。【结果】DNA池测序结果发现,CCK基因第1外显子有2个新的SNP多态位点(1 224 T→C,1 275 G→C),其中1 275 G→C是一个错义突变,该突变导致1个内切酶PVUⅡ切割位点的消失,表现为GG、GC、CC 3种基因型。3种基因型在南阳牛、秦川牛、郏县红牛、鲁西牛、草原红牛和荷斯坦奶牛CCK基因第1外显子G等位基因的频率分别为0.744 0,0.947 0,0.888 5,0.956 3,0.756 3,0.957 0;C等位基因频率分别为0.256 0,0.053 0,0.111 5,0.043 7,0.243 7,0.043 0。不同基因型与南阳牛生产性状的相关分析表明,GC和CC基因型个体除了与初生质量和6月龄性状指标不相关外,与12,18,24月龄体质量、体长、平均日增质量和胸围性状均存在显著或极显著相关。【结论】CCK基因可能是影响牛生产性状的主效基因或者与之紧密连锁,可能是牛分子育种的候选基因之一。     

牛肌肉生长抑制素（MSTN）基因的检测、分型研究

本研究根据皮埃蒙特牛肌肉生长抑制素（MSTN）基因序列设计了3条特异性引物，以纯种皮埃蒙特牛、皮荷杂种牛和荷斯坦牛的DNA为模板，对是否携带MSTN基因的个体牛进行单核苷酸多态性分析，提出了一套牛肌肉生长抑制素基因检测分析以及准确鉴定其基因型的方法。     

秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子的SNPs检测及其与肉质性状的相关性

[目的]对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性.[方法]采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2～3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质...     

SST基因多态性及其与牛生长性状的关联分析

【目的】对秦川牛、鲁西牛、鲁西与西门塔尔杂种牛(简称鲁杂牛)、南阳牛、夏南牛和郏县红牛6个品种中国黄牛Somatostatin基因(SST)的第1外显子和第2外显子进行SNPs检测,研究其与6个品种中国黄牛部分生长性状的相关性。【方法】采用DNA直接测序技术和PCR-SSCP方法,对669头中国黄牛SST基因第1和第2外显子进行多态性分析,运用最小二乘线性模型对SST基因的不同基因型与6个品种中国黄牛生长性状进行关联性分析。【结果】在SST基因第126个碱基处找到1处多态位点,除秦川牛和鲁杂牛有GG和AG 2种基因型外,其他4个品种牛中均存在AA、AG、GG 3种基因型。运用卡方检验模型对6个品种黄牛中等位基因A/G的频率、基因型频率、多态信息含量等进行了统计分析,结果表明,各供试品种在这一位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点的A、G等位基因频率和多态信息含量在6个品种中国黄牛中分别为0.053 8～0.218 8,0.781 2～0.946 2和0.096 6～0.283 4。SST基因的多态性与6个品种黄牛的8个生长指标的相关性分析结果显示,该位点对669个个体中的某些生长性状指标具有显著影响;其中24月龄秦川牛品种中,GG型个体的体斜长、腰角宽和坐骨端宽均高于AG型个体(P<0.05);12月龄鲁西牛品种中,GG型个体的体斜长均高于AA型个体(P<0.05);12月龄鲁杂牛牛群体中,GG型个体的体斜长和体高均高于AG型个体(P<0.05);其他品种牛各基因型个体之间的生长性状指标差异均不显著。【结论】SST基因可能与秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛的生长性状有密切的相关性,可作为秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛生长性状的候选基因。     

中国5个牛种leptin基因外显子3的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。     

秦川牛脂联素基因第2外显子多态性及其与部分产肉性状的相关性

【目的】研究秦川牛脂联素基因第2外显子的多态性及其与部分产肉性状的关系。【方法】以405头24月龄的秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP和测序技术对其脂联素基因第2外显子的多态性进行检测,并对发现的多态位点与秦川牛产肉性状的相关性进行分析。【结果】秦川牛脂联素基因第2外显子存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.696,0.207和0.097;等位基因A和B的基因频率分别为0.799和0.201。BB基因型个体在64 bp处发生了G→C突变,导致22位的谷氨酸(GAA)转变为谷氨酰胺(CAA)。胸围、宰前活质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积等指标,AA型个体显著高于AB型(P<0.05);AA型个体腿臀围显著高于AB型(P<0.05),极显著高于BB型(P<0.01)。【结论】脂联素基因第2外显子可能是影响秦川牛产肉性能的主效数量性状座位或与之紧密连锁,可作为秦川牛产肉性状的辅助选择标记。     

黄牛Gli3基因第10外显子多态性及其与生长性状相关性

利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究708头黄牛Gli3基因第10外显子的多态性,发现此外显子存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现2个新的SNP多态位点(NW_001494928:g.205649TC,205754AC),这2个SNP完全连锁。南阳牛不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,CC基因型个体的24月龄平均日增体质量指标显著大于TT基因型个体(P0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P0.05)。因此,该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。秦川牛和郏县红牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。     

部分黄牛品种(群体)遗传多样性分析

 用 4个微卫星位点分析了延边牛、南阳牛、西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和韩国牛的遗传结构。结果表明 ,4个位点平均基因多样性为 0 .5 7,IDVGA 11位点最高 ,为 0 .6 6 ;5个品种的遗传多样性平均为 0 .5 7,南阳牛达0 .6 6 ,延边牛和韩国牛的多态性相对较低 ,西门塔尔、皮埃蒙特杂种的观测多样性明显低于期望的多样性 ,反映存在选择和近交 ;延边牛和韩国牛、西门塔尔牛与皮埃蒙特杂种牛之间有很高的基因流 ,说明它们的来源相近 ,由于品种间杂交 ,延边牛和西门塔尔牛、皮埃蒙特杂种牛和南阳牛之间也有较大的基因流 ;群体间遗传距离与基因流结果相符。     

东北马鹿Myostatin基因单核苷酸多态性研究

Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。以物种最近的牛（Bos taurus cattle登陆号：AB076403）的Myostatin基因序列为模版,根据该基因保守序列,进行引物设计。应用pcr-sscp和测序的方法对东北马鹿Myostatin基因的第3外显子进行了多态性分析。结果表明,位于Myostatin基因DNA序列第3外显子948处发生G→A突变。该突变并没有引起氨基酸的变异,GTA、GTG密码子都编码缬氨酸（val）。     

鹅Myostatin基因编码区核苷酸多态性研究

利用鹅Myostatin基因3个外显子设计4对引物,分析扬州鹅、皖西白鹅和五龙鹅3个品种鹅的Myostatin基因编码区的单核苷酸多态性。结果表明:鹅该基因编码区高度保守,仅第3外显子的第263 bp处检测到由A→C的单碱基“沉默“突变,该突变位点仅检测到AA、AB 2种基因型,且杂合子频率极低(2.5%),皖西白鹅群体未能检测到AB型个体。对五龙鹅群体的初步分析发现,AB型个体具有较高的产肉性能,但因所检测到的杂合子个体数较少,故该位点各基因型与生产性能间的关系有待于进一步研究证实。     

Sequence Variations in the Bovine IGF-I and IGFBP3 Genes and Their Association with Growth and Development Traits in Chinese Beef Cattle

The objective of this study was to determine the genotype effects of the bovine insulin-like growth factor I (IGF-I) and its binding protein 3 (IGFBP3) genes on growth and development traits in beef cows,including 130 Chinese Simmental,42 Nanyang,and 47 Luxi Yellow cattle.Sequence variations in the bovine IGF-I and IGFBP3 genes were investigated by single strand conformation polymorphism (SSCP).SSCPs were detected in 6 fragments,which is the 5'-flanking region,the 2nd exon,the 5th exon,and the 5th intron of the IGF-I gene,and the 2nd exon,the 3rd exon of the IGFBP3 gene.Two polymorphisms,an A-to-G transition in the 2nd exon of the IGF-I gene and a T-to-C transition in the 2nd exon of IGFBP3 gene were detected in 3 breeds.The allele frequencies of 2 polymorphisms were 0.0411 (A),0.9589 (B),and 0.7237 (A),0.2763 (B),respectively.These 2 loci were analyzed to associate with body weight,height at withers,body length,heart girth,rump width,and beef production index (BPI) at 0,6,12,24,and 36-month old.The 1GFBP3 locus was shown to be associated with rump width,heart girth at 24-month and 36-month.Animals with BB genotype had higher rump width (24.86±0.47) cm at 24-month and (27.50±0.63) cm at 36-month.The heart girth was highest for the individuals with BB genotype (171.33±1.84) cm and higher than those with AB genotype (166.68±1.13) cm (P＜0.05) at 36-month.     

东北马鹿Myostatin基因编码序列的克隆及序列分析

根据Myostatin基因的保守性,选择牛(Bos taurus cattle登录号:AB076403)的Myostatin序列为模板进行引物设计,首次从东北马鹿基因组中扩增出Myostatin序列,扩增产物连接pMD18-T载体,克隆出3个外显子片断。根据5-′GU-AG-3′规则和同源基因比对拼接出完整的编码序列,全长为1 128 bp(发表到GenBank登录号:EF629535),Myostatin蛋白前体由375个氨基酸组成。同源比较结果表明:Myostatin在进化过程中具有高度保守性,东北马鹿与猪Myostatin编码序列同源性最高达到98%,鸟类与哺乳动物间Myostatin编码序列同源性为85%~89%,鱼类与其他动物间编码序列同源性为60%~67%。Myostatin编码序列能够真实反映远缘物种的进化关系,可以作为远缘物种进化分析较理想的标记。     

Sequence Variations in the Bovine IGF-Ⅰ and IGFBP3 Genes and Their Association with Growth and Development Traits in Chinese Beef Cattle

The objective of this study was to determine the genotype effects of the bovine insulin-like growth factor Ⅰ （IGF-Ⅰ） and its binding protein 3 （IGFBP3） genes on growth and development traits in beef cows, including 130 Chinese Simmental, 42 Nanyang, and 47 Luxi Yellow cattle. Sequence variations in the bovine IGF-Ⅰ and IGFBP3 genes were investigated by single strand conformation polymorphism （SSCP）. SSCPs were detected in 6 fragments, which is the 5＇-flanking region, the 2nd exon, the 5th exon, and the 5th intron of the IGF-1 gene, and the 2nd exon, the 3rd exon of the 1GFBP3 gene. Two polymorphisms, an A-to-G transition in the 2rid exon of the IGF-Ⅰ gene and a T-to-C transition in the 2rid exon of IGFBP3 gene were detected in 3 breeds. The allele frequencies of 2 polymorphisms were 0.0411 （A）, 0.9589 （B）, and 0.7237 （A）, 0.2763 （B）, respectively. These 2 loci were analyzed to associate with body weight, height at withers, body length, heart girth, rump width, and beef production index （BPI） at 0, 6, 12, 24, and 36-month old. The IGFBP3 locus was shown to be associated with rump width, heart girth at 24-month and 36-month. Animals with BB genotype had higher rump width （24.86 ± 0.47） cm at 24-month and （27.50 ± 0.63） em at 36-month. The heart girth was highest for the individuals with BB genotype （171.33 ± 1.84） cm and higher than those with AB genotype （166.68 ± 1.13） cm （P〈 0.05） at 36-month.     

朗德鹅MSTN基因外显子3多态性的研究

肌抑制素基因(MSTN)属于转化生长因子-β超家族成员,其主要功能是负向调控肌细胞生长发育。为检测朗德鹅MSTN外显子3多态性,采用PCR-SSCP的方法,对肌生成抑制基因外显子3进行了分析;结果发现,该片段存在PCR-SSCP多态性;对具DNA多态性的片段测序分析发现:MSTN基因外显子3第1 023处发生了单碱基的改变(A→G)。通过研究MSTN基因的多态性,为朗德鹅的选种和选育提供实验基础和理论依据。     

促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)多态性及其与西农萨能奶山羊产羔性状关系的研究

在所选具有头3胎产羔记录的西农萨能奶山羊和布尔山羊群中检测促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)的多态性,根据检测结果分析GnRHR基因对产羔性状的影响。设计7对引物,采用单链构象多态(PCR-SSCP)技术检测该基因第1和第2外显子在西农萨能奶山羊和布尔山羊中的单核苷酸多态性。结果发现:引物P3和P7扩增片段具有多态性。P3扩增片段,在西农萨能奶山羊和布尔山羊都检测到AA和AB基因型,AB型与AA型相比在外显子1有+714缺失A和+731插入G二个突变;P7扩增片段,在布尔山羊中检测到CC和CD基因型,在西农萨能奶山羊中只检测到CC基因型,CD型与CC型相比在外显子2有+1440C→A一个突变。经过统计分析发现,西农萨能奶山羊AA和AB基因型频率分别为0.86和0.14,杂合体AB型平均产羔数比纯合体AA型多0.31只(P<0.05)。推测,GnRHR基因可能是控制山羊繁殖力的主效基因或是与之紧密遗传连锁的标记。     

獭兔MITF基因部分外显子多态性研究

M ITF是色素细胞发育成熟中的重要因子,参与黑素生成的调控,从而影响动物毛色。采用PCR测序技术,检测了白色獭兔、海狸色獭兔样本中MITF基因5个外显子区域的多态性。结果表明,外显子2,4未表现出多态,外显子1,5,7中存在一些多态位点,这些多态位点存在于白色个体之间或白色和海狸色个体之间。表明MITF中部分多态与獭兔毛色有显著关联,说明MITF是影响毛色的关键基因。     

信阳水牛GH基因多态性与部分生长性状的相关性

本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术,以106头信阳水牛为材料,采集血样,提取基因组DNA,以GenBank公布的牛GH基因序列(NC_007317)为参照序列,设计PCR引物,对GH基因的第2、3外显子及部分内含子进行了遗传变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行了相关分析。结果表明:每个位点的PCR产物经SSCP分析均出现不同的带型,第2外显子存在1处SNP(G413A),第2内含子存在4处SNPs(G495C,A523C,A541G,G699A),信阳水牛GH基因的GH-P3位点的多态性与部分生长性状没有显著相关性。