云龙矮脚鸡系统进化及遗传多样性的研究

通过对云龙矮脚鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨云龙矮脚鸡的遗传多样性和母系起源。结果显示,云龙矮脚鸡mt DNA D-loop区全长1231~1232 bp,1231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在19只个体中,共发现25处单核苷酸多态位点,8种单倍型。系统发育分析发现,云龙矮脚鸡8种单倍型可以分为A、B、C和E 4个分支。A和B与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这2个分支可能起源于云南、缅甸的附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。D分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为云龙矮脚鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

基于mtDNA控制区遗传变异分析大骨鸡遗传多样性及系统进化

为探讨大骨鸡遗传多样性和系统进化,了解大骨鸡母系起源,以大骨鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,对大骨鸡线粒体DNA (mtDNA)控制区全序列进行测序,并与GenBank公布的19条红色原鸡D-loop区全序列进行比对分析。结果表明:30只大骨鸡mtDNA控制区序列全长为1 231或1 232bp,这2个序列均有15只个体,但1 231bp序列的个体在859bp处存在C碱基缺失。30只个体共发现22个多态性位点、7种单倍型。系统发育分析显示,7种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支。其中A和B分支均与原鸡滇南亚种聚为一类,推测可能起源于红色原鸡滇南亚种;C分支与4个原鸡亚种聚为一类,推测有多个母系起源;E分支与原鸡印度亚种聚为一类,推测可能起源于红色原鸡印度亚种。这一研究从分子水平上为大骨鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

基于线粒体DNAD-loop区全序列分析藏鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究

通过对藏鸡线粒体DNA(mt DNA)Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA(mt DNA)Dloop区全长1 231~1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在20只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,7种单倍型。系统发育分析发现,藏鸡7种单倍型可以分为A、B、E三个分支。A分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支,B和E与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平上为藏鸡的遗传资源保护和开发利用提供参考     

2个云南原始鸡种遗传多样性及其与红色原鸡的亲缘关系

对60只个体的线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增和测序,并结合GenBank中红色原鸡的D-loop区序列,分析其线粒体D-loop区多态性。结果发现,2个原始地方品种鸡mtDNA D-loop区全长1 231~1 232bp,在60只个体中共发现19处单核苷酸多态位点和8种单倍型。系统发育分析发现,8种单倍型可以分为A、B、D和E 4个分支,其中A和B为主要分支。A和B分支各有3种单倍型,D和E分支分别只有1种单倍型。A和B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,E分支与红色原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类,D分支与4个红色原鸡(Gallus gallus)亚种聚为一类。表明2个品种有多个母系起源,红色原鸡滇南亚种在2个原始鸡种形成过程中贡献最大。研究为家鸡的起源和遗传分化提供基础材料,同时也为2个品种的选育改良、遗传资源保护以及进一步的开发利用提供重要的理论依据.     

德化黑鸡线粒体DNA控制区全序列测定及起源研究

根据红色原鸡基因组DNA序列设计引物,获得了德化黑鸡线粒体DNA D-loop区全序列,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的红色原鸡序列,探讨了德化黑鸡的母系起源。结果表明,德化黑鸡线粒体DNA D-loop区全长1 231 bp,T、C、A、G平均含量分别为33.5%、26.5%、26.7%、13.3%。系统发育分析发现,德化黑鸡与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测德化黑鸡可能起源于云南省或者附近的红色原鸡滇南亚种。     

基于线粒体控制区分析固始鸡遗传多样性和起源进化

为探究固始鸡遗传多样性和母系起源,以73只固始鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,获得固始鸡线粒体DNA控制区全序列,并与19条红色原鸡序列构建系统发育树。结果表明：固始鸡mtDNA控制区全长为1 231或1 232 bp, 1 231 bp个体在859 bp处存在C缺失。73只个体共发现15处单核苷酸多态位点,为6种单倍型。遗传多样性分析表明,固始鸡平均核苷酸差异数(K)为5.287,核苷酸多样度(Pi)为0.004 29±0.000 13,单倍型多样度(Hd)为0.600±0.034。系统发育分析显示,6种单倍型可分为A和C 2个分支,A分支与原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)、原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)、原鸡指名亚种(Gallus gallus gallus)以及原鸡印尼亚种(Gallus gallus bankiva)聚为一类,推测固始鸡可能有多个母系起源。这一研究为从分子水平探究固始鸡遗传资源保护和开发利用提供参考。     

基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究

为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231~1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

淮北灰驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mtDNA D-loop区部分序列进行测序,与GenBank已公布的一些驴品种的mtDNA D-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性（Pi）为0.021 95,单倍型多样性（Hd）为0.778,平均核苷酸差异（K）为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系(大午褐壳蛋鸡)共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型(≥48.89%);慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势...     

基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析

通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231~1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。     

DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

Genetic diversity and differentiation of four goat lineages based on analysis of complete mtDNA d-loop

The complete sequences of mtDNA D-loops from 362 individuals were analyzed in order to investigate the genetic diversity and differentiation of their lineages. The results indicated that all of the analyzed sequences were differentiated into four clear lineages (A, B, C, and D). Lineages C and D might originate from Lineages B and A, respectively. The genetic diversity of complete mtDNA D-loop of four lineages was very abundant. The 76 bp insertion and the 17 bp deletion were detected in the longest and the shortest sequences, respectively. The 76 bp insertion was a repeat like motif found in many other animals. Lineages C and D were differentiated into two subclades (C1 and C2) and (D1 and D2), respectively. Lineage C might originate from Asia, and Lineage D might originate from Fertile Crescent.     

原鸡与家鸡杂交F_1代肉质特性分析

以原鸡滇南亚种(父本)与原鸡(母本)、茶花鸡(母本)、绿耳乌骨鸡(母本)、楚雄麻鸡(母本)不同组合F1代为研究素材,分析比较了其常规肉质性状和基本营养成分。结果表明:宰后45 min,原鸡杂交F1代胸、腿肌pH值显著低于纯种原鸡(P<0.05),宰后24 h pH值与宰后45 min相比呈下降趋势,纯种原鸡下降最为明显;胸、腿肌系水力、滴水损失率、蒸煮损失率、肌纤维直径(密度)等指标在不同组合间多数存在显著差异(P<0.05)。就营养成分而言,胸、腿肌水分含量及胸肌粗蛋白含量在各组合间差异均不显著(P>0.05),原鸡(父本)与茶花鸡(母本)杂交F1代、纯种原鸡腿肌粗蛋白含量显著高于其余两组(P<0.05);胸肌及腿肌的粗脂肪、粗灰分含量在不同组合间存在差异,且多数达到显著水平(P<0.05)。总体而言,原鸡(父本)与茶花鸡(母本)肉质特性杂种优势较大,原鸡(父本)与楚雄麻鸡(母本)杂种优势较小。     

中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。     

基于线粒体DNA分析青鱼养殖群体的遗传多样性

为了解安徽省养殖青鱼群体的遗传多样性变化,基于线粒体Cytb基因与D-loop区采用直接测序的方法,分析了安徽省滁州、怀远和无为3个青鱼养殖群体的遗传多样性和群体分化,并评估突变、环境选择和基因流等因素对遗传多样性的影响。结果显示:3个群体具有丰富的遗传多样性(Hd 0.5,Pi 0.05);群体间出现了高度分化(Fst 0.15),但是仍有遗传背景交叉;Cytb基因与D-loop区分别检出9个和41个变异位点;群体间基因交流明显(Nm 1);受到纯化选择作用(Ka/Ks=0～0.099)。