11个杨树品种SSR指纹图谱构建及遗传关系研究

利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。     

4个白杨新品种和父母本及近缘种的SRAP遗传分析与指纹图谱构建

【目的】对外观相近、较难区分的4个白杨新品种及其父母本和3个近缘种进行遗传分析并构建指纹图谱,为这些品种在生产应用中的分子鉴定提供技术依据。【方法】采用SRAP分子标记技术,对03-4-9、03-4-22、03-5-17和03-6-11 4个白杨新品种及I-101杨、截叶毛白杨、84K、毛白杨30号、银毛杨共9个白杨品种开展遗传分析及指纹图谱构建。【结果】14对多态性高的SRAP引物对9个白杨品种共扩增出167条条带,平均每对引物扩增条带为11.93条。其中多态性条带143条,多态性比率为85.63%,多态性高。聚类分析表明,9个白杨品种之间的遗传相似系数为0.40~0.76,其中4个白杨新品种与父本截叶毛白杨和毛白杨30号亲缘关系较近,遗传相似系数平均值分别为0.65和0.63,与母本I-101亲缘关系稍远,遗传相似系数平均值为0.49。利用重复性好的3对引物(me5/em10、me7/em2和me7/em3)扩增图谱构建了9个白杨品种的指纹图谱,每对引物均可将9个白杨品种单独区分开。【结论】9个白杨品种在SRAP位点有较高的多态性,SRAP分子标记能很好地用于杨树品种的鉴定及指纹图谱构建。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱数据库的建立

为了建立甜樱桃品种指纹图谱数据库,从而对不同甜樱桃品种进行分子鉴定,以"红灯"、"萨米脱"、"吉塞拉5号"、"吉塞拉6号"等24个甜樱桃主要栽培品种为试材,利用2.5%琼脂糖凝胶电泳进行SSR引物的筛选,选择差异明显且等位基因数目少(2个)的SSR标记,从38对SSR引物中筛选出能够扩增出稳定带型且不同材料之间差异明显的SSR引物,并从中选出10对SSR引物进行甜樱桃分子指纹分析,根据各甜樱桃DNA样品的电泳条带结果进行赋值,利用Visual Basic和Ac-cess软件进行数据库编程,创建一个数据库,入选的10对引物对样品的扩增结果赋值排列起来,即成为甜樱桃的"基因身份证"号码,从而根据分子身份证对不同甜樱桃种质进行鉴别。     

金银花SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以金银花及其常见变种为材料,利用SSR标记技术构建分子指纹图谱,并用于遗传多样性分析。选择25个SSR位点用于多态性分析,其中3个位点具有较强多态性,并构建基于Excel格式的金银花SSR指纹图谱,包括3对引物在6个供试材料中扩增到的18条多态性条带信息。应用该指纹图谱对金银花及其变种的遗传多样性进行分析,结果表明,金银花与山银花之间遗传距离较远,仅0.28。应用该指纹图谱对87个市售金银花进行分析,能够区分出河北、山东、河南等地的金银花品种。SSR标记技术具有快速、稳定的优点,具备金银花种质资源标准化分析及中药材市场化检测应用的价值。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建甜樱桃品种的分子指纹图谱,为甜樱桃品种鉴定提供依据。以“泰山朝阳”、“泰山红日”和“红南阳”等品种为试材,从38对引物中筛选出5对多态性及稳定性高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物扩增出的多态性带数在10—15条,平均为12．6条;引物的多态信息量（PIC）在0．8347—0．9020,平均0．8708。依据甜樱桃SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化甜樱桃SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱。表明SSR标记技术可用于鉴定甜樱桃种质。     

江苏中部地区水稻品种的指纹图谱构建及遗传多样性分析

为江苏中部水稻品种的纯度和真伪性鉴定提供依据,利用SSR分子标记技术研究该地区水稻品种,从48对引物中筛选出26对引物扩增条带具有多态性,占总标记量54%。26对引物共检测出66个等位基因片段,每对引物检测到等位基因为2～4个,平均每对引物的多态性片段为2.5个。每个位点的SSR多态性信息量(PIC)为0.18～0.66,平均为0.40。水稻试验材料间的相似系数为0.46～1.00。     

粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种(系)进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种(系)的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种(系)逐一区分开来。48份粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种(系)分为3类,绝大多数品种(系)都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种(系)的遗传基础相对比较狭窄。     

浙江省46个粳稻新品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用农业部推荐的12对水稻SSR引物(NY/T 1433—2007),对2008年以来由浙江省主要育种单位育成的46个常规粳稻品种构建DNA指纹图谱,并分析其亲缘关系。结果显示,12对SSR引物共检测出84个等位基因,平均多态性频率(FP)值为0.192。46个品种的相似系数在0.735~1.000之间,平均相似系数为0.879,表明近年来浙江省粳稻品种亲缘较近,遗传背景较狭窄。该研究结果可为浙江省水稻新品种选育、鉴别和保护提供参考。     

沃玉964玉米品种SSR指纹图谱的构建

以玉米品种沃玉964及其亲本为试验材料,进行了沃玉964玉米品种SSR指纹图谱的构建研究。结果表明,从72对玉米SSR引物中筛选出在沃玉964双亲间多态性好、重复性高的6对引物(分别为Phi090、umc2105、bnlg2305、umc1125、phi065和umc1506),可用于沃玉964的真实性检测,同时可为鉴定种子纯度提供参考。该方法准确可靠、实用性强,为生产上沃玉964真实性的快速、有效鉴定提供了科学依据。     

基于SSR分子标记的福建百香果品种（系）鉴定及指纹图谱构建

【目的】基于SSR分子标记鉴别福建百香果品种的遗传多样性,构建福建百香果品种的分子指纹图谱。【方法】基于转录组测序,开发西番莲SSR分析标记,并筛选出15个重复性好、多态性高的分子标记用于17个福建百香果品种（系）鉴定及遗传多态性分析,构建百香果品种（系）的SSR分子指纹图谱。【结果】利用MISA软件对1 kb以上的24 319条西番莲（Passiflora caerulea L.） Unigene进行搜索,于8 742条Unigene上检测出11 385个SSR位点,出现频率为46.82%,平均分布距离为7.15 kb。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸分别占总SSR的63.72%、20.40%和14.28%,为数量较大的优势重复基序,其优势重复基元分别为A/T、 AG/CT和AAG/CTT。通过Primer 3.0共获得出28 257对SSR引物。从26对有效扩增引物中选择重复性好的15对引物,对17份百香果品种（系）进行多态性验证分析。15对SSR引物共产生235条多态性条带,PIC平均值为0.95。利用UPGMA进行聚类分析并作图,在遗传距离0.765处,可将17个品种（系）分为7个...     

我国芒果主栽品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]研究芒果主栽品种遗传多样性,构建指纹图谱,为芒果品种创新及选育提供理论依据.[方法]利用115对SSR引物对30个芒果品种进行遗传多样性分析和聚类分析,分析其亲缘关系.[结果]从115对SSR引物中筛选出64对多态性引物,扩增条带总数为343条,多态性比例为73.2％.每对引物可检测到等位位点3.9个,基因多样性为0.54,Shannon's信息指数为1.00,多样性信息平均指数为0.49,具有较高的遗传多样性.聚类分析结果表明,可将30份主栽品种分为四大类,第Ⅰ类包括14份材料;第Ⅱ类包括11份材料,主要为国外引种而获得的品种;第Ⅲ类包括4份材料,为缅三、帕拉英达、白玉和红象牙;第Ⅳ类仅有一份材料,为马切苏.选用7对SSR标记M42、M49、M54、M55、M96、M99和M103构建了30份芒果种质的数字化指纹图谱,可完全区分30份芒果主栽品种.[结论]30份芒果材料的基因组遗传较复杂,遗传信息较丰富,具有较高的遗传多样性.     

基于SSR标记辣椒品种DNA指纹图谱的构建

基于辣椒全基因组开发的SSR标记,对青海地区主栽的26份主栽辣椒品种进行遗传多样性分析并构建分子指纹图谱.结果从117对SSR标记中筛选出6对扩增稳定,多态性较好的引物,6对标记共扩增到36个基因位点,多态性比例为97％;26份青海地区主栽辣椒品种之间遗传相似系数为0.42～1.00,在GS 0.5处可将26份辣椒材料...     

球茎甘蓝SSR分子标记开发及指纹图谱构建

【目的】开发球茎甘蓝SSR分子标记,并构建球茎甘蓝的指纹图谱,以期从分子水平了解球茎甘蓝品种间的遗传多样性及亲缘关系,为球茎甘蓝育种材料选择提供参考。【方法】基于转录组数据,利用生物信息学方法开发球茎甘蓝的SSR标记并分析其分布特征,PCR检测SSR引物的有效性和多态性,筛选出多态性引物,用于分析18份球茎甘蓝材料的亲缘关系并构建指纹图谱。【结果】通过球茎甘蓝转录组测序共获得196642条Unigenes,其中85468条含有SSR位点,SSR出现频率43.46%;单一型SSR位点以单核苷酸（44.74%）为主要类型,其次为二核苷酸（26.37%）和三核苷酸（27.35%）类型。SSR位点有112种重复基序,其中单核苷酸重复基序以A/T为主（占44.16%）,二核苷酸重复基序以AG/CT为主（占18.11%）。PCR筛选获得29对引物能扩增出86条多态性条带,平均每对引物扩增出3.28条。根据扩增出的多态性条带对18份球茎甘蓝材料进行聚类分析,结果显示在遗传距离为0.61处将其分为五大类,同时还构建了18份球茎甘蓝DNA指纹图谱数据库,建立了相应的识别二维码。【结论】开发获得29个球茎...     

杂交棉苏杂118的SSR指纹图谱构建

筛选了217对SSR引物,共有12对引物在两个亲本间具有多态性,其中有7对引物在两亲本间扩增出大小不同的带,且这些标记位点在F1中均表现为杂合带,为共显性标记;另外5个引物的F1带型与母本或父本一致,为显性标记。构建杂交棉苏杂118的SSR指纹图谱,为该品种的真伪鉴定和纯度检测提供了分子依据。     

西北地区主栽豌豆品种SSR指纹图谱构建

采用SSR标记技术对7个西北地区主栽豌豆品种基因组DNA进行扩增,构建了不同品种豌豆的指纹图谱。结果表明,21对不同的SSR引物中有6对扩增出多态性DNA片段,其中1对引物PSAC75可使每一品种具有其自身的特征谱带。因此,SSR技术可从DNA水平鉴别豌豆品种的分子差异,从而为分子标记辅助育种提供技术依据。     

20个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

为了保护农民以及育种者的利益,发展稳定可靠的品种鉴定方法具有重要意义。对南方花生主产区20个品种进行了SSR标记指纹图谱研究,从64对SSR标记引物中筛选出4对构建了20个花生品种的指纹图谱,该图谱能使19个品种相互区分。     

35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系.     

35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系.     

西南常用玉米自交系SSR指纹图谱构建

本文对西南地区目前在生产上正在使用的73份(次)玉米自交系进行了SSR分析。从96对引物中筛选到多态性较丰富的20对引物，利用其中的233、250、265、277、286、290等6个核心引物的指纹组合将供试自交系完全区分开来，构建了西南地区常用玉米自交系的DNA指纹图谱。实验表明。利用SSR技术进行玉米自交系鉴定是可行、有效的。     

胡麻DNA指纹图谱的构建与遗传多样性分析

以61份来源不同的胡麻材料为试材,利用20对多态性较好的SSR引物构建胡麻DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:20对SSR引物共得到88个等位基因位点,其中多态性等位基因位点有87个,多态性比率为98.86%,PIC(多态信息含量)值在0.120—0.870,平均PIC值为0.508。UPGMA聚类分析结果显示:61份胡麻材料的遗传相似系数在0.250—0.780,在遗传相似系数0.771 5处可将61份胡麻材料分为3类。构建的61份胡麻材料DNA指纹图谱可为今后胡麻品种鉴定与选育提供参考。