RAPD技术在水产动物中的研究和应用

RAPD技术是在PCR基础之上发展而来的一种DNA多态性检测方法,具有方便、快捷、经济等特点。概述了RAPD的反应原理及特点,总结了RAPD在水产动物群体遗传结构分析、亲缘关系分析和基因图谱构建等方面的作用,并肯定了RAPD技术在水产动物中的应用前景。     

3个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析

随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR技术基础上的检测DNA序列多态性和建立分子遗传标记的技术,Williams等[1]首次运用随机引物扩增寻找多态DNA片段作为分子遗传标记.Welsh等[2]也发现以寡核苷酸作为引物对基因组DNA进行扩增,产物的图谱表现出高度的变异性.因其具有操作简单、能够快速高效地提供许多个体或基因型许多位点的DNA序列多态性数据等优点,在生物的遗传多样性、群体遗传学、分类学及农牧业的遗传育种等研究中得到了广泛的应用.     

RAPD技术在水产动物种质资源研究中的应用

对水产动物的种质资源进行鉴定和评价 ,其方法主要是从形态学、经济性状、同工酶、线粒体DNA和核 DNA等几方面分析。对 DNA的研究以前主要测量 DNA的含量和分子量的大小 ,现在已深入到 DNA序列的测定和功能基因的标记等层次。 RAPD技术目前已被广泛应用。　　一、RAPD技术的原理　　随机扩增多态性 DNA(Random AmplifiedPolymorphic DNA,简称 RAPD)技术由 Williams等 (1 990 )首先运用 ,它是建立在聚合酶链反应 (Polyinerase Chain Reaction,PCR )技术基础上的一种检测基因组 DNA多态性、基因组遗传标记的方法。其原理是…     

RAPD技术在鱼类研究中的应用

RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA, 随机引物扩增多态DNA)技术是1990年由Williams和Welsh两个研究小组同时发展起来的一项DNA多态检测技术.RAPD技术与其他分子标记技术相比具有独特的优势,在生物种群遗传结构分析、遗传多样性检测、物种亲缘进化关系鉴定、基因连锁图谱的构建和基因定位与分离等得到了广泛应用,在鱼类研究中也有了一定应用,并取得相应成果,主要表现在以下方面.     

巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

巨野生群体遗传多样性的 RAPD 分析

巨（Bagarius yarrelli）为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性 DNA（RAPD）技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过 PCR 扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98．51％,个体间平均遗传相似系数为0．8909,个体间平均遗传距离为0．1176;群体 Nei′s 基因多样性指数为0．2916, Shannon 信息指数为0．4269,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

花鲈养殖群体随机扩增DNA多态性分析

利用RAPD技术检测了象山港养殖花鲈种群内的基因组DNA的多态性。从100个10bp随机引物中筛选出25个随机引物,共扩增了165个位点,平均每条随机引物能够扩增出6.6个位点。165个位点中有80个位点表现出多态性,多态位点比率为48.48%。遗传相似度为0.8815,遗传距离为0.1185。表明目前象山港养殖花鲈种群内具有较高遗传多样性,花鲈的人工养殖具有很大的发展前景。     

RAPD技术在水产科研中的应用

RAPD技术是以PCR为基础的一种分子标记.具有简单快速,DNA需要量少等优点.本文主要介绍该技术的产生背景、原理和特点.探讨了RAPD在水产经济动物的标记鉴定,遗传作图,系统发育和进化,亲缘关系、种群划分和群体遗传多样性方面的应用.     

红毛菜种间遗传差异的RAPD分析

在对红毛菜丝状体和叶状体DNA的提取中，突破常规海藻DNA提取方法，通过低温研磨以及温浴、冰浴等措施，提取到较高质量的DNA。应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自我国福建莆田海区红毛菜(Bangia fusco -purpurea Lyngb)和江苏南通海区红毛菜(Bangia spp.)进行了种间遗传差异分析，在使用的20个随机引物中，有14个引物扩增出条带清晰的多态性片段，这2个种的种间相似率为0．5618，遗传距离为0．4382。由此判断福建红毛菜和江苏红毛菜为同一属的2个不同物种。     

SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用

SSR(Simple SequenceRepeat)和：ISSR(Inter-Simple Sequence Repeat)分子标记技术是近几年发展起来的、以PCR为基础的DNA多态性检测技术。它们通常表现为共显性、呈孟德尔式遗传、具有较好的稳定性和多态性、遗传信息量大,目前已广泛应用于基因组研究的各个领域。本文主要论述了SSR和ISSR分子标记技术的原理及实验中的技术要点。并总结了其在物种亲缘关系和遗传多态性研究、DNA指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用。     

斑鳢Channa.maculata(♀)×乌鳢C.argus(♂)杂交子代及其亲本的遗传关系分析与鉴定

应用RAPD技术研究闽香鳢及其亲本之间在遗传结构、种群多样性上的相互关系,由此为探讨种质鉴定提供依据.在所用的90个随机引物中,有35个引物在闽香鳢及其亲本之间呈现多态.通过RAPD分析,获取了闽香鳢及其亲本的RAPD指纹图带.结果表明闽香鳢与斑鳢或乌鳢的遗传距离要比其父母本之间的遗传距离近,即闽香鳢为父母本杂交所产生的后代.闽香鳢种群的多态性比例47.9％与杂合度H=0.122,可作为闽香鳢遗传育种的指标来检测后代的群体遗传多样性.通过多态性比较,获得2条具有群体差异性的DNA片断,大小分别为910 bp和1 011 bp,经过测序后合成特异性引物,此引物可特异性区分上述3种鱼.     

5种石斑鱼遗传差异的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术对鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、驼背鲈（Cromileptes altivelis）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）和鲑点石斑鱼（E.fario）的遗传多样性及系统发生进行了研究。从120个RAPD随机引物中筛选出扩增效果好的引物19个,分别用于5种石斑鱼基因组DNA的扩增。结果显示,5种石斑鱼平均多态性位点比率（P）分别为64.23%,72.61%,60.34%,69.97%,73.94%;个体间平均遗传相似系数（S）分别为0.8238,0.8110,0.8345,0.8277,0.8064;平均遗传距离（D）分别为0.1762,0.1890,0.1655,0.1723,0.1936;平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.1189,0.1364,0.1028,0.1439,0.1648;平均Shannon信息指数（Hi）分别为0.1801,0.1992,0.1530,0.2100,0.2434。5个种间的遗传距离（Dxy）在0.3964～0.6085之间。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

平胸龟遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术对平胸龟(Platysternon megacephalum Gay)的遗传多样性进行了分析,用27个随机引物对福建寿宁平胸龟21个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,共扩增出5187条DNA片段,平均每个个体扩增出247条带。在检测到的247条带中,多态性条带为141条,多态性条带百分比为55.97%(25.0%~88.89%),条带大小在100bp~2000bp之间,21个个体间遗传距离为0.0972~0.3198,平均遗传距离为0.1750±0.0387,表明平胸龟具有较高的遗传多样性水平。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了21个个体相互关系的分子聚类图,表明该地区平胸龟并没有形成种群的分化。     

青蛤北方3个群体遗传多样性分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对辽宁省大连庄河海区、锦州海区及山东省东营海区青蛤群体的遗传结构和遗传变异进行分析.15条随机引物共检测到123个位点(250～2000 bp),3个群体的青蛤最大遗传距离为0.0549,遗传相似性系数超过94%,群体分化不明显,未形成不同的地理种群.3个群体总的DNA多态位点百分率为94.2%,表明3个群体青蛤当前种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.聚类分析显示辽宁锦州群体和山东东营群体优先聚类,亲缘关系较近.     

过滤结构与水流设置

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对造纸废水造成的斑马鱼基因纽DNA损伤进行检测.首先进行急性毒性试验,确定造纸废水96h-LC50浓度为11.328%.从50条RAPD引物中筛选出20条对正常斑马鱼能稳定扩增且重复性好的引物用来检测.利用造纸废水(原浓度的3.8%)对斑马鱼染毒96h,随机提取染毒后6尾斑马鱼基因组DNA,用筛选的20条引物对其进行PcR扩增.用同样的引物对未染毒对照组的另外10尾斑马鱼基因组DNA进行分析,比较两组鱼的RAPD图谱,从而分析造纸废水对斑马鱼的致突变作用.20个引物中引物S112可以检测出造纸废水染毒前后斑马鱼基因组DNA的差异.用引物S112,选取的对照组每个斑马鱼DNA的RAPD谱带均为8条亮带,随机抽取的染毒组20尾鱼中,每尾斑马鱼基因组DNA的RAPD谱带为5～7条,其中有20尾出现了71 3bp稳定条带的缺失,14尾出现了480bp稳定条带的缺失,7尾出现了1 332bp稳定条带的缺失.这20尾鱼的RAPD图谱中的条带总数为120条,低于20尾对照组的条带总数(160条).本文得出的结果显示了造纸废水对斑马鱼的基因组DNA损伤作用,同时验证了RAPD技术在检测造纸废水对水生动物基因组申的致突变作用的可行性.     

ISSR-PCR技术在对虾中的应用初步研究

采用ISSR（Inter Simple Sequence Repeats)技术对中国对虾（Penaeus chinensis)进行了PCR扩增。优化了PCR反应体系和反应参数。对PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，从100条ISSR引物中筛选了40条有清晰产物的引物，每条引物检测到的位点数从1到19不等，平均每条引物可检测到位点数为7．7个。实验发现：中国对虾简单重复序列区主要由两碱基循环组成。通过分析ISSR－PCR技术本身的原理，探讨了该技术相对于同工酶检测和RAPD技术在遗传多样性分析中的优势所在，以及该技术用于遗传标识的确认和遗传图谱构建方面的前景。     

RAPD技术及其在虾、蟹类研究中的应用

RAPD技术即随机扩增多态DNA (RandomAmplifiedPolymorphicDNA)技术 ,是由美国科学家Williams等〔1〕和Welsh等〔2〕两个研究小组在聚合酶链式反应 (PolyineraseChainReaction ,PCR)技术的基础上发展起来的 ,它是一种用于检测基因组DNA多态性和基因组遗传标记的方法。目前已被广泛应用于系统发育研究、动植物种类鉴定、基因图谱构建、种群的遗传分析、人类基因组研究等领域〔3〕。我国的虾、蟹增养殖已有相当长的历史 ,但虾类的增养殖 ,其品种选育还刚刚起步 ,“野捕家养”的种苗供给系统和近亲交配加剧了虾类的种质退化和优良性状…     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

银鲳4个地理种群遗传多样性的初步研究

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自海南(HN)、浙江(ZJ)、江苏(JS)、河北(HB)等近海海域的4个地理群体银鲳进行遗传多样性分析。从20个随机引物中筛选出10个,利用POPGEN Version 1.31软件对多态位点比例和遗传距离进行统计分析。共检测出总位点数56个,其中多态位点有39个,多态位点比例为69.64%。4个海域银鲳群体的Shannon多样性指数分别为0.123 2~0.158 7,Ne i基因多样性指数分别为0.077 6~0.100 4。JS群体与HN群体的遗传距离最远,为0.321 6;JS群体与HB群体的遗传距离最近,为0.231 6。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估银鲳遗传多样性较为适宜的分子标记之一;JS群体保持着最高的遗传多样性,而HN群体多态性比例最低、ZJ群体Shannon多样性指数最低,应采取一些有效的保护措施,以避免HN群体遗传多样性的进一步丧失。