绵羊RXRG基因的生物信息学分析

以绵羊RXRG基因为目的基因,利用生物信息学软件预测其结构和功能。结果表明,绵羊RXRG基因编码463个氨基酸,开放阅读框长度为1 392 bp,起始密码子位于228 bp处,终止密码子位于1 619 bp处。RXRG基因编码蛋白的相对分子质量为50 845.19 Da,等电点为7.55,在氨基酸组成中亮氨酸所占比率最高,色氨酸占比最低。亚细胞定位主要位于细胞核中,不属于分泌蛋白;不存在信号肽序列;存在两个保守结构域,并且为疏水性蛋白,二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,三级结构主要由无规卷曲缠绕折叠形成。     

绵羊NRCAM基因的生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊神经原相关的细胞粘附分子基因(neuro-related celladhesion molecule,NRCAM)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并对其编码的蛋白质的功能进行预测。结果表明,绵羊NRCAM基因含有1个最大长度为3 648 bp的开放阅读框,编码1215个氨基酸残基。NRCAM基因编码产物的分子质量为134 367.13 KDa,理论等电点为5.49。亚细胞定位主要位于细胞质(26.1%),属于分泌蛋白,且存在信号肽序列。存在5段IGc2区、1段IG区,1段低复杂性区域以及4段FN3区,且有1段跨膜结构;二级结构以无规卷曲和β折叠为主,三级结构主要由无规卷曲和β折叠缠绕形成。     

绵羊LHβ基因多态性与繁殖性能的相关性

设计6对引物,采用PCR-SSCP技术检测促黄体素β基因(LHβ)5′调控区和外显子在高繁殖力绵羊品种(湖羊)和低繁殖力绵羊品种(陶赛特、特克赛尔和哈萨克)中的单核苷酸多态性(SNPs),并探讨该基因与湖羊繁殖力的关系。结果显示,在5′调控区发现4个多态性位点(286 bp T→C、424 bp A→G、439 bp T→C、705 bp G→A),在第2外显子区发现2个多态性位点(1 042 bp C→G、1 136 bp C→T),在第3外显子区内没有任何SNPs位点。研究初步表明,湖羊LHβ基因AB型的平均产羔数比AA型多0.45只(P0.05),GJ型的平均产羔数比GG型多1.83只(P0.05),EE型平均产羔数比EF型多0.03只,但差异不显著(P0.05);AB基因型初生重最小二乘均值比AA基因型多0.56 kg(P0.05),体高最小二乘均值比AA基因型多2.12 cm(P0.05);其他基因型的初生性状之间差异均不显著(P0.05)。     

绵羊HMGA1基因的生物信息学分析

高迁移率族蛋白A1基因（high mobility group protein A1,HMGA1）是一类对DNA转录起调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究HMGA1基因在绵羊体内的功能,对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析。结果显示,绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子式为C443H759N151O151S1,分子质量为10.648 35 kDa,等电点pI为10.31。绵羊HMGA1蛋白为不稳定蛋白、亲水性蛋白、非分泌蛋白且无信号肽序列和跨膜结构;亚细胞定位主要存在于细胞核（95.7%）。绵羊与牛的HMGA1蛋白相似度为100%。其二级结构和三级结构主要以无规卷曲组成。     

绵羊ANXA10基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊膜联蛋白A10（AnnexinA10, ANXA10）基因进行生物信息学分析,从而预测ANXA10基因编码产物的理化性质以及功能结构域并构建ANXA10同源基因系统进化树。结果表明,绵羊ANXA10基因含有1个729 bp的开放阅读框,编码324个氨基酸; ANXA10蛋白分子质量约为25.0 KD,理论等电点为8.16; ANXA10编码产物的二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种生长因子参与机体的调控。     

绵羊KCNH1基因的生物信息学分析

以绵羊钾电压门控通道H亚家族成员1（potassium voltage-gated channel subfamily H member 1,KCNH1）基因为研究对象,利用生物信息学数据库及其相关软件,对其进行生物信息学分析,以初步了解其结构和生物学功能。结果表明,绵羊KCNH1基因所含最大长度序列为2 961 bp,且编码986个氨基酸残基。KCNH1基因编码的蛋白质分子式为C₄₉₇₂H₇₈₁₆N₁₃₄₂O₁₄₄₇S₄₀,其蛋白分子质量为110 827.28 KDa,理论等电点（pI）为7.52。亚细胞定位结果表明其编码产物主要可能定位于质膜（43.5%）,其次为内质网（34.8%）,属于非分泌蛋白。KCNH1蛋白质中不存在信号肽序列,但存在5段跨膜结构区域,该蛋白的二级结构以α螺旋为主,三级结构主要由α螺旋盘曲缠绕的方式形成。     

绵羊GP5基因的生物信息学分析

为探讨绵羊血小板糖蛋白V基因(Glycoprotein V,Platelet,GP5)编码蛋白的结构和功能,以NCBI网站的GenBank数据库中发布的绵羊GP5基因序列(登录号为XM₀27965957.1)为基础,采用生物信息学在线工具和软件对绵羊的GP5基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊GP5基因序列中包含1个最大长度为1 620 bp的开放阅读框,推测其编码539个氨基酸,其中亮氨酸含量最多,为22.6%。GP5基因所编码的蛋白其相对分子质量约为59 305.38 KDa,理论等电点为9.40;亚细胞定位结果表明其主要位于内质网(44.4%)。GP5蛋白含有信号肽和跨膜螺旋结构,在二级结构预测中,该蛋白以无规卷曲为主,为70.14%。GP5蛋白三级结构主要由无规卷曲折叠缠绕形成,与二级结构预测结构一致。     

绵羊HTR4基因的生物信息学分析

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊羟色胺受体4基因(hydroxytryptamine receptor4,HTR4)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并进行功能预测。结果表明,绵羊HTR4基因所含最大长度的开放阅读框为1 317 bp,编码438个氨基酸残基。HTR4基因编码的蛋白分子质量为49 437.09 KDa,理论等电点(pI)为8.32。亚细胞定位结果表明其编码产物主要定位于质膜(60.9%),且不属于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信号肽序列,存在7段跨膜结构且无低复杂性段区域,该蛋白的二级结构以α螺旋为主,且三级结构主要由α折叠缠绕形成。     

绵羊STMN2基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊微管解聚蛋白2基因进行生物信息学分析,从而预测STMN2基因编码产物的理化性质以及功能结构域,并构建STMN2同源基因的系统进化树。结果表明,绵羊STMN2基因含有1个540 bp的开放阅读框,编码179个氨基酸;STMN2蛋白分子质量约为12.5 KD,理论等电点为11.57;STMN2编码产物的二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种生长因子参与机体的调控。     

绵羊ADRA1B基因生物信息学分析

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊ADRA1B基因进行生物信息学分析,初步了解其结构并进行预测。结果表明,绵羊ADRA1B基因含有1个1548 bp的开放阅读框,编码515个氨基酸残基。ADRA1B蛋白分子质量为56 385.55 KDa,理论等电点PI为9.53。亚细胞主要定位于质膜,不属于分泌蛋白。不存在信号肽序列。存在七段跨膜结构且有2段低复杂性区域,二级结构以无规卷曲为主,三级结构主要由无规卷曲缠绕折叠形成。参与心肌、血管、肌肉的收缩调节。     

绵羊RPS20基因的生物信息学分析

核糖体蛋白20基因(ribosomal proteinS20,RPS20)是一类参与蛋白质生物合成及对细胞增殖、分裂、分化、凋亡具有调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究RPS20基因在绵羊体内的功能,运用生物信息学数据库及其软件分析了该基因及其编码的产物。结果发现,绵羊RPS20基因总共编码了119个氨基酸残基,所编码的蛋白质分子式为C587H995N173O171S5,分子质量为13.372 71 KDa,等电点pI为9.95。通过基本理化性质的分析可知,绵羊RPS20蛋白是稳定性强、具亲水性的非分泌蛋白,不含信号肽序列且无跨膜结构。亚细胞定位结果表明,其编码产物主要存在于细胞质中(65.2%)。绵羊与牛、马、黑猩猩、野生双峰驼等哺乳动物的RPS20蛋白相似度均为100%。该蛋白的二级结构和三级结构主要以无规卷曲、α螺旋和β折叠组成。     

绵羊BMPR1B基因的生物信息学分析

【目的】利用生物信息学软件对绵羊BMPR1B基因进行分析,并了解其功能和结构,为进一步探讨BMPR1B基因在绵羊生长繁殖以及绵羊卵泡生长和分泌和产羔率等研究奠定遗传信息基础.【方法】利用生物信息学对绵羊骨形态发生蛋白1β(bone morphogenetic protein 1beta,BMPR1B)基因的蛋白理化性质、亚细胞定位、潜在信号肽剪切位点、蛋白跨膜螺旋结构、糖基化和磷酸化位点、蛋白保守结构域、亲疏水性和编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构和三级结构等进行分析预测.【结果】绵羊BMPR1B基因CDs编码蛋白质的502个氨基酸残基中,带电荷氨基酸、疏水氨基酸和极性氨基酸含量较高.相对分子量为56 907.4U,理论等电点pI为7.78;亚细胞主要定位于细胞核,不属于分泌蛋白;无信号肽序列;预测含有32个磷酸化位点和2个糖基化位点;存在一段跨膜结构且分别有一个GS和S-TKc的结构域,二级结构以无规卷曲为主.预测该蛋白在翻译和脂肪代谢过程中有着重要意义.【结论】绵羊BMPR1B蛋白包含502个氨基酸,为细胞核合成蛋白,该蛋白翻译后修饰的主要方式是磷酸化,在细胞内主要行翻译和脂肪代谢作用.蛋白二级结以无规卷曲为主,三级结构主要由α螺旋和无规卷曲缠绕折叠形成.     

绵羊APOA4基因的生物信息学分析

为进一步探索绵羊APOA4基因及其编码蛋白的生物学功能,给APOA4基因与绵羊健康和生长发育的关系提供依据,以绵羊载脂蛋白A-IV(Apolipoprotein A-IV,APOA4)基因为研究对象,采用生物信息学数据库及分析软件进行生物信息学分析,预测绵羊APOA4基因基本结构、理化特性和生物学特征。结果显示,绵羊APOA4基因ORF编码380个氨基酸残基,编码蛋白为不稳定亲水蛋白,存在信号肽,不存在跨膜结构,为分泌性蛋白,主要在细胞外发挥生物学作用,二级结构和三级结构均以α-螺旋为主。绵羊APOA4基因编码蛋白与山羊和牛的同源性最高。     

绵羊ESR基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊雌激素受体（estrogenreceptor,ESR）基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊ESR基因含有1个1413bp的开放阅读框,编码470个氨基酸;ESR蛋白分子质量为53393．85D。ESR基因主要位于细胞核中,参与机体转录调控过程。     

绵羊HSPA1L基因的生物信息学分析

为了解绵羊热休克蛋白1L (heat shock protein family A member 1 like,HSPA1L) 基因及其编码产物的基本结构和生物学特征,给绵羊的抗热应激和免疫等方面的研究提供依据,利用生物信息学数据库及软件对绵羊HSPA1L基因进行生物信息学分析。结果表明,该基因最大长度的ORF有1 926 bp,编码641个氨基酸序列。其编码的蛋白质分子式为C3094H4985N859O969S20,理论等电点为5.89,不稳定指数为32.56。该蛋白无信号肽和跨膜结构,为非分泌性蛋白,主要在细胞质中发挥生物学作用。无规则卷曲是构成该蛋白二级结构和三级结构的主要方式。     

绵羊ELOVL5基因的生物信息学分析

极长链脂肪酸延伸酶蛋白家族（elongation of very-long-chain fatty acids, ELOVLs）是一类催化脂肪酸合成的限速酶,主要调控血脂、血糖及一些代谢疾病的发生。为探究绵羊ELOVL5基因的结构和功能,本研究对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析。结果显示,绵羊ELOVL5基因编码737个氨基酸,其编码蛋白分子式为C₁₆₅₆H₂₄₄₈N₄₁₆O₄₁₅S₁₆,其分子质量为35 335.39 Daltions,理论等电点为9.47,估计半衰期为30 h,不稳定性指数为33.35。亚细胞定位主要位于内质网中（55.6%）,ELOVL5基因编码蛋白没有信号肽序列,不属于分泌蛋白。该蛋白存在多个跨膜区域,属于跨膜蛋白,存在7个保守结构域,并且为亲水性蛋白,二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,三级结构主要由α螺旋缠绕折叠而成。     

绵羊Ghrelin基因的克隆和生物信息学分析

根据GenBank中报道的绵羊Ghrelin基因mRNA序列设计特异性引物,以甘肃肉用绵羊新品种选育群羔羊皱胃组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增出绵羊Ghrelin基因并克隆到pMD18-T载体中进行测序验证.用生物信息学软件预测其结构,并构建系统进化树,探讨了绵羊Ghrelin基因的生物学功能.结果表明:克隆的绵羊Ghrelin基因序列共409bp,包含完整的编码区序列,含有1个351bp的完整开放阅读框,编码116个氨基酸;Ghrelin蛋白分子质量为12 975.74u,理论等电点为4.70,信号肽切割点位于第23～24位氨基酸之间,整条多肽链表现为疏水性,是一种典型的跨膜脂溶性蛋白;Ghrelin基因编码产物的二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,主要位于胞外(包括细胞膜),作为一种激素参与机体胁迫应答、免疫应答和转录调控.     

绵羊LDHβ基因的生物信息学分析及其在不同剩余采食量绵羊肝脏和肌肉组织中的表达

【目的】为鉴定绵羊乳酸脱氢酶β(lactate dehydrogenase B,LDHβ)基因的分子特征,研究其在不同剩余采食量绵羊肝脏和肌肉组织中的表达差异.【方法】测定了137只‘湖羊’公羔的剩余采食量(residual feed intake,RFI),按RFI进行排序,分别筛选出RFI最高(high-residual feed intake,H-RFI)和RFI最低(low-residual feed intake,L-RFI)的羊各15只,屠宰后,采集肝脏和肌肉组织,利用Q-PCR技术检测绵羊LDHβ基因分别在H-RFI和L-RFI羊肝脏和肌肉中表达量,并利用生物信息学软件构建了该基因的系统进化树和预测其结构与功能.【结果】绵羊LDHβ基因开放阅读框(open reading frame,ORF)为1 005bp,编码334个氨基酸,其蛋白质分子质量为36 479.43U,理论等电点为6.40.绵羊LDHβ基因与山羊的亲缘关系较近,其次为牛,序列同源性高.功能结构域预测结果显示,该基因编码产物在内质网中参与辅酶因子生物合成的可能性最高.Q-PCR结果显示,绵羊LDHβ-mRNA基因在L-RFI羊肝脏和肌肉中表达量均显著低于H-RFI羊(P0.01).【结论】绵羊LDHβ基因作为能量代谢的关键酶参与绵羊饲料效率的调控.     

绵羊GDF9基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对生长分化因子9（Growth Differentiation Factor 9,GDF 9）基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊GDF 9基因含有1个1 362 bp的开放阅读框,编码452个氨基酸;GDF 9蛋白分子质量为51 773.63 D;GDF 9基因主要位于细胞膜及膜外,参与机体的信号转导调控。     

绵羊TGFβ2基因及其剪切体的克隆与生物信息学分析

旨在克隆绵羊TGFβ2(Transforming growth factor-β2)基因CDS,解析其序列及编码蛋白的生物学特性,为绵羊生产利用提供理论基础。采用PCR技术克隆获得TGFβ2基因的CDS,并进行生物信息学分析。结果表明:绵羊TGFβ2基因的CDS长度为1 329bp,编码442个氨基酸;其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2由于CDS部分缺失分别编码331和414个氨基酸。绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2编码蛋白的理论等电点分别为8.74、7.60和8.82,均存在1个信号肽和1个跨膜结构域,由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成;序列同源性分析发现,绵羊TGFβ2基因编码区的核苷酸和氨基酸序列与其他哺乳动物同源性较高,进化树分析表明,绵羊TGFβ2氨基酸序列与人类的进化关系较近,与斑马鱼较远;细胞定位分析表明TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2主要在细胞外基质中发挥作用,调控下游靶基因的表达。获得绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2完整的CDS,与TGFβ2转录本相比,TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2分别缺失111和28个氨基酸序列,其可能通过与TGFβ2转录本不同的分子调控机制发挥重要的生物学作用。