茶花鸡FSHR基因多态性及其与产蛋性能的相关性研究

[目的]旨在探索FSHR基因多态性与茶花鸡产蛋性能的相关性,以期挖掘出影响茶花鸡产蛋的分子遗传标记。[方法]以茶花鸡为研究对象,采用测序技术来筛选FSHR基因SNPs位点,并与茶花鸡产蛋性能进行相关性分析,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术探究FSHR基因在高、低产组间不同组织中的基因表达情况。[结果]在FSHR基因外显子1中发现了2个SNPs位点(g. 34847A→G和g. 35000C→T),均属于中度多态;关联分析显示:g. 35000C→T位点的TT型个体开产日龄显著高于CT型(P<0.05);CT型个体43周龄产蛋数显著高于CC型和TT型(P<0.05);FSHR基因在高产组卵巢和下丘脑中的表达量显著高于低产组(P<0.05),高产组和低产组中卵巢的表达量都显著高于下丘脑(P<0.05)。[结论]茶花鸡FSHR基因具有一定的多态性和组织表达差异,发现一些影响茶花鸡产蛋性能的潜在分子标记,为地方鸡产蛋性能分子机理及茶花鸡的选育提供了理论基础。     

南江黄羊ARHGAP11A基因SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位点。g.3483AG和g.3621GA的纯合突变具有增加南江黄羊体重(2月龄、6月龄和12月龄)以及胸围(6月龄)指标的趋势(P0.05),而在g.3525AG位点AG型羊初生重、12月龄体重和12月龄胸围显著高于GG型个体(P0.05)。AAGT单倍型山羊体重体尺均高于AGGT和GGAT个体(P0.05)。【结论】南江黄羊母羊群体中ARHGAP11A基因突变与生长发育密切相关,进一步验证其功能后在选育中可考虑其作为辅助选择标记。     

中国荷斯坦牛CSN3基因多态性及其与泌乳性状的关联性

【目的】研究中国荷斯坦牛CSN3基因的多态性,并探索其与泌乳性状的关系。【方法】采用DNA测序方法,对565头中国荷斯坦牛CSN3基因进行群体变异分析,将检测到的单核苷酸多态性(SNP)位点与中国荷斯坦牛泌乳性状进行关联性分析,同时分析不同双倍型对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响。【结果】从中国荷斯坦牛CSN3基因中共检测到4个SNP位点,分别为g.463AG、g.1012AC、g.2015TA和g.2396AT,除g.2396AT外,其余3个SNPs位点与中国荷斯坦牛泌乳性状紧密关联,其中g.463AG、g.2015TA均可以显著影响乳脂率和乳蛋白率,g.1012AC可以显著影响乳脂率。双倍型关联性分析发现,H14H14的乳脂率显著或极显著高于其他双倍型。【结论】CSN3基因可以作为中国荷斯坦牛泌乳性状的候选基因用于标记辅助选择。     

文昌鸡FSHR基因多态性及其对繁殖性状的遗传效应

【目的】寻找与文昌鸡繁殖性能相关的遗传标记。【方法】以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序分析,对FSHR基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,收集文昌鸡繁殖性能指标,分析FSHR基因多态性与繁殖性状的关系。【结果】共发现4个区域存在SNPs位点,分别为:区域4中exon 4编码区43bp处的T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变;区域2中exon 2编码区5′端-49bp处的C→T突变;区域6中exon 6编码区3′端+12bp处的A→G突变;区域9中exon 8编码区3′端+38bp处的G→T突变。对以上4个区域不同基因型与繁殖性状的相关性分析表明,文昌鸡FSHR基因第4外显子呈现的3种基因型(CC/CD/DD)多态性,与文昌鸡300日龄产蛋数及平均联产天数显著相关(P<0.05)),而且CD杂合基因型的300日龄产蛋数及平均联产天数显著高于其他基因型(P<0.05)。【结论】FSHR基因可作为影响文昌鸡产蛋数的候选基因。     

如皋黄鸡开产性状加性遗传及母体遗传效应分析

【目的】以动物模型分析加性遗传、母体遗传对如皋黄鸡开产性状的影响,并计算开产性状遗传参数。【方法】收集如皋黄鸡2009—2012年生产数据,包括10 454个动物个体、31 362条生产记录。依据是否考量母体效应,设计4种统计模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)剖分表型方差,以似然比统计值检验模型适用性。以单性状模型分析遗传力,以多性状模型分析遗传相关系数和表型相关系数。【结果】母体环境对开产日龄有显著的影响,模型II为开产日龄最适模型,开产日龄遗传力为0.28±0.02;母体遗传对平均开产蛋质量影响显著,模型III适合计算开产蛋质量遗传力,开产蛋质量加性遗传力为0.23±0.02、母体遗传力为0.03±0.01;母体遗传和母体环境对开产体质量有显著影响,开产体质量加性遗传力为0.34±0.03、母体遗传力为0.04±0.01,模型IV为开产体质量最适模型。如皋黄鸡开产蛋质量、开产体质量加性遗传与母体遗传存在负相关。开产体质量、开产蛋质量与开产日龄之间的遗传相关系数分别为0.36±0.07、0.33±0.07,开产蛋质量与开产体质量之间的遗传相关系数为0.65±0.05。【结论】如皋黄鸡开产日龄、开产体质量、开产蛋质量等开产性状均受母体效应影响,且遗传力较低。     

鸡催乳素受体基因多态性与就巢及产蛋性状的关联分析

【目的】揭示与繁殖性状关系密切的催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因与中国地方鸡种的就巢性及产蛋性能的关系。【方法】本试验采用PCR-SSCP方法,以576只宁都黄鸡为材料,检测PRLR基因的多态性,并进行多态性与就巢和产蛋性状间的关联分析。【结果】证实了前人研究过的SNP1（T10862C,外显子3）和SNP2（T25670C,外显子6）均与就巢性状无显著关联（P＞0.05）;SNP2对300 d产蛋量影响显著（P＜0.05）;新发现的SNP3（G30716A,内含子8）显著影响开产日龄（P＜0.05）;新发现的SNP4（A31900G,外显子10）极显著地影响就巢率（P＜0.01）,显著影响就巢天数和300 d产蛋量（P＜0.05）。由4个SNPs构建的不同单倍型在开产日龄上的差异达到极显著水平（P＜0.01）,在其它性状上的差异不显著（P＞0.05）。【结论】PRLR基因的多态性与就巢和产蛋性状相关,SNP4的效应更为突出。     

NCOA1基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的相关性分析

 以邵伯鸡核心群母系母鸡为试验材料,利用PCR SSCP技术检测核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因的SNPs,并分析基因多态性与开产日龄（AFE）、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的关联性。结果显示：在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现1个SNPs位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到 AA,AB,BB 3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC,CD,DD 3种基因型。不同基因型与各性状间有显著相关,其中AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59d,开产蛋重重0.6g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著（P<0.05）;CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51d,开产蛋重重1.04g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著（P<0.05）;组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BBDD基因型组合。因而,NCOA1基因可作为鸡产性状的标记基因用于分子标记辅助选择中。     

绿壳蛋鸡基础群生产性能分析

【目的】旨在探索引进绿壳蛋鸡群体生产性能。【方法】将1 200只绿壳蛋鸡饲养至261日龄,统计开产日龄、开产体重、开产蛋重、261日龄体重、蛋重、绿壳蛋率、个体总产蛋量、周产蛋率等生产指标。【结果】该群体的开产日龄为148日龄;开产体重为1 328.7g;开产蛋重为35.9g;261日龄体重为1 490.2g;蛋重为35.9g,产蛋量为35.98枚,单只鸡最大产蛋量为84枚;绿壳蛋率为90.39%;总产蛋量在40~49枚的个体最多;周产蛋率在前期一直保持稳定上升,27周龄以后呈现出不规律的起伏,主要范围在30.82%~50.23%,30周龄达到产蛋高峰。【结论】该群体个体间产蛋性能存在较大差异,可以通过加强选择强度,达到提高群体产蛋性能的目的。     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。     

内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因多态性及其与生产性状的相关性分析

【目的】探究生长激素受体(GHR)和生长分化因子9(GDF9)基因多态性与内蒙古白绒山羊生产性状的相关性。【方法】采集452只阿拉善品系内蒙古白绒山羊雌性个体(其中包括382只18月龄左右的育成羊和70只36月龄左右的成年羊)的耳组织并测定其体质量和体尺数据。提取试验羊耳组织的DNA,通过InDel分型和琼脂糖凝胶电泳技术鉴定出452只内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因的多态性,利用SPSS 23.0分析软件探讨其与生产性状的相关性。【结果】在内蒙古白绒山羊GHR基因第1内含子中检测到9-bp插入缺失标记(InDel)位点(NC_022312:g.42801_42809delCTGTGGCAT),该位点属于低度多态(PIC0.25)且处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05);在GDF9基因3′调控区检测到12-bp InDel位点(NC_022299.1:g.66028950insTACTTTCAACAA),该位点属于中度多态(0.25PIC0.50)且处于哈代-温伯格非平衡状态(P0.05),2个InDel位点均存在纯合插入型、杂合型和纯合缺失型3种基因型。在育成羊中,GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点纯合插入基因型个体体质量、体长、胸围和胸宽均值显著大于杂合基因型个体(P0.05);在成年羊中该位点两种基因型间各生长指标差异不显著(P0.05)。在育成羊中,GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点杂合基因型和纯合缺失基因型个体体质量、体高和胸围均值极显著大于纯合插入基因型(P0.01);在成年羊中,GDF9基因该InDel位点纯合插入基因型个体体质量、胸围和管围均值显著大于纯合缺失基因型(P0.05)。【结论】GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点和GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点多态性与内蒙古白绒山羊体质量和部分生长性状具有显著或极显著的相关性。     

神经肽(NPY)基因多态性与邵伯鸡母系繁殖性状的关联性分析

以神经肽(NPY)基因为候选基因,利用PCR-SSCP技术检测该基因的SNPs,并分析基因多态性与邵伯鸡母系母鸡的开产日龄、开产蛋重、开产体重以及300日龄总产蛋数之间的关联性。结果显示,在NPY基因上发现1个SNP位点,带有1对等位基因A和B,基因频率分别为0.35和0.65;不同基因型仅与开产体重性状间有显著相关,表现为基因型AA个体的平均开产体重比基因型AB个体的平均开产体重重119.03 g,且差异显著(P<0.05),基因型AA个体的平均开产体重比基因型BB个体的平均开产体重重47.6 g,但差异不显著(P>0.05);基因型BB个体的平均开产体重比基因型AB个体的平均开产体重重71.43 g,差异显著(P<0.05)。     

二郎山山地鸡肉用系SD02、SD03品系第一、二世代产蛋性能选育效果分析

【目的】分析二郎山山地鸡产蛋性能的选育效果。【方法】通过测定该群体两品系、两世代的多种产蛋性状,对其产蛋性状进行多重比较和相关性分析。【结果】结果表明:二郎山山地鸡的大部分产蛋性状在世代间和品系间差异显著(P<0.05);开产日龄和开产蛋重呈极显著的正相关(P<0.01),与开产体重、300日龄产蛋量呈极显著的负相关(P<0.01);开产体重与300日龄产蛋量呈显著正相关(P<0.05);开产蛋重和300日龄产蛋量呈极显著的负相关(P<0.01)。【结论】二郎山山地鸡经过两个世代的选育,其产蛋性能的提高效果比较明显,为二郎山山地鸡的后续选育提供了参考资料。     

鸡卵球蛋白G_2、G_3多态性与经济性状关系的研究

以新扬州鸡L和I系为材料,研究了卵球蛋白G_2、G_3基因型和经济性状—开产日龄、不同日龄体重、产蛋量及蛋重间可能存在的关系。结果表明:G_2位点基因型与体重、产蛋量和开产日龄相关,基因G_2~D优于G_2~C;G_2、G_3位点基因型间蛋重无显著差异;G_3位点对产蛋量和体重无影响。     

蛋鸡资源群体产蛋性状遗传参数分析

【目的】利用平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡资源群体产蛋总重、产蛋数、40周龄蛋重和开产性状遗传参数,剖析产蛋性状遗传参数变化规律。【方法】以白莱航鸡与东乡绿壳蛋鸡为基本素材,依照F2设计组建资源群体,包括亲代、F_1代和F_2代总计2 326只母鸡。每一世代采集开产性状数据,每日记录产蛋信息。蛋鸡32～60周龄采集蛋重数据19 825条。以多性状动物模型评估遗传方差、残差和表型方差。【结果】(1)品种、世代对产蛋性状有着重要影响,将其列入固定效应;(2)32～60周龄产蛋总重遗传力为0.28±0.05,累积产蛋数遗传力为0.33±0.05,40周龄蛋重遗传力为0.58±0.05,开产日龄遗传力为0.35±0.05,开产体重遗传力为0.65±0.05,开产蛋重遗传力为0.44±0.06;(3)产蛋总重与产蛋数遗传相关系数为0.78±0.04,与40周龄蛋重遗传相关系数为0.27±0.10,与开产日龄遗传相关为-0.41±0.12。【结论】选择产蛋总重性状,宜以个体选择结合家系选择方能有效获取遗传进展。     

光照对贵州黄鸡ONECUT1基因在不同产蛋期各组织中表达的影响

【目的】分析光照对蛋鸡不同组织和不同产蛋时期ONECUT1基因的差异表达，探讨该基因对鸡产蛋性能的影响，为深入开展光照对鸡繁殖性能分子机理的研究奠定基础。【方法】选取贵州黄鸡体重相近的10周龄母鸡216只，在半舍饲养殖条件下(舍饲+运动场)随机分为自然光照组和早晚各增光1 h组，140日龄、200日龄、480日龄屠宰各4只，采集垂体、下丘脑、视网膜、输卵管和卵巢等组织，利用qRT-PCR技术检测ONECUT1基因的差异表达。【结果】ONECUT1基因在肌肉组织中表达量最高，输卵管、卵巢次之，肝脏最低。在垂体、下丘脑和卵巢组织中，ONECUT 1基因在产蛋高峰期(200日龄)的表达量显著高于开产日期(140日龄)和产蛋后期(480日龄)。垂体组织中200日龄的增光组显著高于自然光照组，输卵管中140日龄的自然光照组显著低于增光组。【结论】ONECUT1基因的表达具有时空特性，并受光照调节，与鸡产蛋性能有关。     

蛋肉兼用系HS2黄胫和青胫群体生产性能比较分析

【目的】分析蛋肉兼用系HS2黄胫与青胫对生产性能的影响。【方法】试验分别测定了两群体的开产日龄、开产体重、开产蛋重、300日龄体重、300日龄蛋重和300日龄产蛋量,并对两群体21到43周龄的产蛋曲线进行了分析。【结果】统计分析结果表明胫色对开产日龄、开产体重、开产蛋重、300日龄产蛋量、300日龄鸡重、300日龄蛋重的影响不显著(P0.05);两种胫色的产蛋曲线接近。相关分析结果表明,开产日龄与开产体重、开产蛋重呈显著正相关(P0.05),与300日龄产蛋量、300日龄蛋重呈显著负相关(P0.05);开产体重与开产蛋重呈显著正相关(P0.05);开产蛋重与300日龄蛋重呈显著正相关(P0.05)。【结论】蛋肉兼用系HS2青胫和黄胫群体生产性能差异不显著,可保留两群体,分别培育青胫系和黄胫系。     

雷州黑鸭FSHβ基因多态性与产蛋性能的关联分析

[目的]明确促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因在雷州黑鸭群体中的遗传变异情况,为雷州黑鸭群的品种选育提供分子标记.[方法]采用PCR-SSCP对200羽雷州黑鸭FSHβ基因的外显子2(exon2)和内含子1(int1)进行多态性检测,通过测序筛查出多态性位点(SNP位点),同时分析不同基因型与雷州黑鸭产蛋性状间的相关性.[结果]在雷州黑鸭FSHβ基因的g.1103451A>T(int1)处发现一个单核苷酸突变位点(A→T),其存在3种基因型(AA型、AT型和TT型),对应的基因型频率分别为0.538、0.359和0.103.T等位基因频率(0.718)高于A等位基因频率(0.282),且g.1103451A>T位点在雷州黑鸭群体中符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).雷州黑鸭的开产日龄以TT型个体最早,其次是AT型个体,分别比AA型个体提前5.48和4.00d,其差异均达显著水平(P<0.05,下同);在开产体重和300日龄产蛋数方面,也表现为TT和AT型个体显著高于AA型个体,且以TT型个体最高,分别为1299.31g/羽和134.37枚;其他产蛋性状指标在不同基因型个体间的差异均不显著(P>0.05).[结论]雷州黑鸭FSHβ基因int1存在一个SNP位点(g.1103451A>T),其与产蛋性能间存在显著相关性,主要对早期产蛋和生长发育具有促进作用,可作为雷州黑鸭品种选育的辅助选择分子标记.     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

荔波瑶山鸡POU1F1基因多态性与繁殖性状的相关性

【目的】为探明荔波瑶山鸡POU1F1基因多态性与繁殖性状的关系,为荔波瑶山鸡的选择性育种提供参考。【方法】针对POU1F1基因设计6对引物,采用PCR测序法筛选出多态位点,并利用荔波瑶山鸡母系60个个体进行繁殖性状的关联分析。【结果】荔波瑶山鸡POU1F1基因有8个多态位点,其中POU1F1基因58(A→G)与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、300日龄就巢次数均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01);65(T→C)与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、300日龄就巢次数呈显著相关(P0.05);11041(T→C)与300日龄产蛋量、首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01)。【结论】POU1F1基因58(A→G)和65(T→C)可作为300日龄产蛋量、首次就巢日龄和300日龄就巢次数的辅助选择标记;11041(T→C)可作为300日龄产蛋量、首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔的辅助选择标记。