云南花生丛枝植原体secY基因序列分析及结构预测

 对采自云南元谋的花生丛枝植株总DNA进行secY基因的巢式PCR扩增,得到约1700bp的特异扩增片段,将该扩增产物克隆后进行序列测定,表明该片段长1709bp,该序列包括部分rpl15基因、全部secY基因序列以及部分的map基因,为植原体部分spc核糖体蛋白操纵子,其中secY基因编码的蛋白包括420个氨基酸,为含有10个明显跨膜区的整合性跨膜蛋白。通过同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于台湾、海南的花生丛枝植原体亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII A亚组成员。该分类结果与基于16SrDNA及rp基因的分析结果一致。     

云南花生丛枝植原体secY基因序列分析及结构预测

目的 确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。 方法 通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。 结果 本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因(nested PCR)、1 171 bp 的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rII-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。 结论 小驳骨丛枝病(Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym)是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rII-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明：secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。     

云南蔓草虫豆丛枝植原体16S rDNA和secY基因序列分析

【目的】为确定在云南元谋地区蔓草虫豆上发生的疑似丛枝病的病原种类。【方法】利用植原体16S rDNA基因及secY基因通用引物对蔓草虫豆感病植株总DNA进行直接PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,分别获得1.8 kb和1.7 kb的16S rDNA、secY基因片段。【结果】16S rDNA片段i PhyClassifier在线虚拟RFLP及系统进化分析表明:蔓草虫豆丛枝植原体属于16SrII-A亚组成员(相似系数为1.00),与候选种Candidatus Phytoplasma australasiae相关。基于secY基因同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于云南、台湾的花生丛枝植原体组各株系的亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16S rDNA基因的分析结果一致。【结论】本研究首次采用分子生物技术确定了云南元谋蔓草虫豆丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。     

泡桐WPR基因家族鉴定及其对丛枝植原体的响应

为研究WPR基因家族在泡桐丛枝病叶片黄化中的作用,在泡桐全基因组水平上,采用生物信息学方法对WPR基因家族成员进行鉴定、进化分析、染色体定位、共线性、基因结构、蛋白性质、顺式作用元件和表达量的研究.结果表明,白花泡桐基因组中共存在16个WPR基因,分布在9条染色体上,其中,12个基因具有种内共线性,9个基因与拟南芥具有...     

泡桐E2基因家族分析及对丛枝植原体的响应

泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色.为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析其在泡桐丛枝病发生过程中的作用.结果表明,白花泡桐基因组中含有56个E2基因家族成员,分别属...     

橡胶丛枝植原体两个株系的tuf基因克隆及序列分析

对采自海南省儋州市表现橡胶丛枝病的橡胶植株总DNA进行植原体tuf基因克隆、测序,分别获得橡胶丛枝植原体两个株系RTSF-DS1A和RTSF-DS1B的tuf基因片段(Gen Bank登录号:KY130429、KY130430)。对RTSF-DS1A和RTSF-DS1B的tuf基因片段进行序列分析和系统进化分析,结果表明,植原体RTSF-DS1A的tuf基因片段(KY130429)大小为842 bp,共编码281个氨基酸,与16Sr I组植原体的tuf基因亲缘关系最近。RTSF-DS1B的tuf基因片段(KY130430)大小为845 bp,共编码282个氨基酸,与16Sr II组植原体的tuf基因亲缘关系最近。本研究克隆并分析了橡胶丛枝植原体两个株系的tuf基因,丰富了植原体的系统分类基因信息,并为橡胶丛枝病防控提供了基础。     

白花泡桐bZIP基因家族鉴定及其对丛枝植原体致病过程的响应

【目的】全基因组范围内鉴定白花泡桐(Paulownia fortunei)基因组中的碱性亮氨酸拉链转录因子(basic leucine zipper, bZIP)家族成员,并研究该家族基因在泡桐丛枝病发生过程中的作用。【方法】基于白花泡桐基因组图谱,利用隐马尔科夫模型、拟南芥bZIP蛋白质序列和本地BlastP程序,以E-value<0.001为阈值进行PfbZIP家族成员鉴定;使用MAGE7.0软件进行蛋白质序列比对及系统发育进化树构建,使用Tbtools软件进行基因结构及启动子顺式作用元件分析,并利用泡桐丛枝病发生前后及恢复过程中的转录组数据筛选与泡桐丛枝病发生相关的基因。【结果】鉴定到PfbZIP基因家族共有89个成员,根据系统进化分析将该家族基因分为13个亚家族;共线性分析发现该家族内发生了63次片段复制事件;顺式作用元件分析表明,PfbZIP基因家族可能响应光照、植物激素调控、生物与非生物胁迫等生物学过程。对泡桐丛枝病发生前后及恢复过程中的转录组数据分析发现,30个PfbZIP基因在发病前后显著差异表达,其中PfbZIP46基因表达在恢复过程中也有明显变化,故推测Pfb...     

组培法保存花椰菜丛枝植原体的初步研究

对采自云南省元谋县的花椰菜丛枝病植原体感病植株进行组织培养。将带菌组培苗分别置于冰箱(4~8 ℃)低温保藏和光照培养箱中常温保藏,经定期观察和继代培养,结果表明:以感病植株的茎段作为组培材料,经丛生芽诱导培养可得到长势较好的花椰菜潜带植原体组培苗;同时,采用低温保藏可延长继代培养的间隔时间(每2~3月进行1次),期间每月在培养箱中补光3~7 d,在12个月后经PCR检测表明组培苗中仍含有植原体,达到植原体株系长期保存的目的。     

新疆柳树花变叶植原体分子鉴定

为研究新疆7个地区柳树花变叶病为何种病原物所造成,本研究以分子生物学技术对其进行鉴定。通过CTAB法提取柳树总DNA,对其16S rRNA基因和tuf基因进行PCR扩增,将测序得到的基因片段通过Blast比对、同源性比较,构建系统进化树和16S rRNA虚拟RFLP分析。结果显示,PCR扩增分别获得16S rRNA(1 238 bp)和tuf(824 bp)的片段,证明该病害与植原体有关,将其命名为柳树花变叶植原体(WPP);16S rRNA序列分析表明,WPP与中国桃黄化植原体(‘Prunus persica’ yellows phytoplasma)、枣疯病(‘Ziziphus jujuba’ witches’-broom phytoplasma)、杏褪绿卷叶植原体(Apricot leaf roll phytoplasma)同源性均为99.68%;16S rRNA虚拟RFLP分析结果表明,WPP与枣疯病株系(GenBank登录号：AB052876)有99.8%的相似性,虚拟RFLP模式与16SrV-B亚组的参考模式相同,相似系数为1.00,进一步证明WPP为16SrV-B亚组成员...     

许昌泡桐丛枝病植原体的分子鉴定

对采自河南许昌的表现丛枝症状的泡桐样品进行了病原鉴定,并通过序列同源性分析确定了其分类地位。采用16SrDNA基因的通用引物R16mF2/R16mR1、R16F2n/R16R2和延伸因子(EF-Tu)tuf基因的通用引物fTufu/rTufu,对样品总DNA进行PCR扩增,分别得到了约1.2kb和840bp的特异条带。经克隆测序,并在NCBI网站比对分析,确定所得序列分别为植原体特定的16SrDNA和tuf基因序列。将测得序列与已报道的翠菊黄化组植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,显示河南许昌的泡桐丛枝病植原体属于16SrⅠ-D亚组。     

山东桑萎缩植原体secY基因序列分析

对采自山东宁阳的表现萎缩症状的桑树植株总DNA进行secY基因PCR扩增,得到约1.4 kb的特异片段,将该片段克隆后进行序列测定,结果表明,该片段长1 361 bp,包含secY基因1 242 bp,编码414个氨基酸。通过构建系统进化树、同源性比对及利用9种限制性内切酶进行模拟RFLP分析,初步确定该分离物属于secYⅠ-B亚组,在亚组水平上进一步明确了桑萎缩植原体的分类地位。     

北京地区枣疯病植原体16SrDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段.对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%.序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组.     

枣疯病植原体的分子检测与同源性鉴定

[目的]采用植原体16S通用引物建立枣疯病植原体PCR检测体系.[方法]采用植原体16S rDNA通用引物R16mF1/R16mR1,对陕西和山西具有枣疯病的枣树植株总DNA进行PCR扩增,获得了相关的枣疯病植原体序列.采用DNAMAN软件分析其同源性,绘制系统进化树.运用pDRAW32软件对17种具有16S rDNA分组的典型的限制性内切酶进行计算机模拟RFLP,确定枣疯病植原体同源性关系.[结果]从陕西和山西的枣疯病的植株中,分别得到1 433 bp和1 432 bp的条带,与已报道的枣疯病植原体比较,同源性达到99;以上,而与其他植物的植原体16S rDNA同源性多低于93;,并且与16S rDNA V-B组的遗传距离最近.pDRAW32软件模拟RFLP结果表明它们和已报道的JWB的RFLP图谱相似.[结论]枣疯病植原体归属于16SrDNA V-B,为枣疯病植原体PCR检测体系提供了理论基础.RFLP分析进一步验证了枣疯病植原体属于16SrDNA V-B,具有随地域变异性较小的特性,这将有利于不同地区枣疯病检测技术的建立.     

莴苣丛枝植原体胶体金免疫层析试纸条的初步研制

采用柠檬酸三钠还原法制备25 nm粒径胶体金颗粒,在pH 8.5的条件下与21μg/m L兔抗莴苣丛枝植原体(Le WB)免疫膜蛋白(Imp)多克隆抗体形成稳定的胶体金蛋白复合物,将兔抗莴苣丛枝植原体免疫膜蛋白IgG与羊抗兔IgG分别点在硝酸纤维素膜上作为检测线(T)和质控线(C),组装成胶体金免疫层析试纸条。结果表明:该试纸条除可以检测莴苣丛枝植原体外,还能检测与其具有相同免疫膜蛋白特性且隶属16SrⅡ-A亚组的其他植原体株系,如菊苣丛枝植原体(Ch WB)、扁豆花变绿植原体(Le VP)、蕹菜丛枝植原体(WSWB)、银胶菊花变绿植原体(Pa VP)等。试纸条可特异检测16SrⅡ-A亚组植原体株系,对莴苣丛枝植原体阳性材料的检测灵敏度为稀释100倍。     

萝卜细胞质雄性不育的分子鉴定及orf138/orfB基因序列差异性分析

【目的】本研究旨在了解萝卜雄性不育细胞质的分子特征。【方法】以8份萝卜细胞质雄性不育系及其保持系、5份不育材料及6个萝卜品种为试材,利用线粒体基因orf138及orf B为分子标记,设计特异引物对材料进行扩增,并对扩增产物进行测序分析。【结果】8份萝卜细胞质雄性不育系、5份不育材料及5个萝卜品种检测到含有orf138特异片段,为Ogura胞质类型,不育系相应保持系则未检测到特异片段;对扩增产物测序发现所有Ogura胞质材料可分为2种类型,Type A和Type H;27份材料orf B特异扩增后,其产物按编码区核苷酸序列的差异可分为2个类型,Ogura胞质中序列一致,普通胞质中序列一致。【结论】由此可见,orf138与orf B基因在Ogura胞质与普遍胞质间均差异明显,可利用orf138的有无及orf B基因的核苷酸序列差异进行胞质类型鉴定。     

北京地区枣疯病植原体16S rDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段。对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1 248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%。序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组。     

广东省兰花建兰花叶病毒分子鉴定及其外壳蛋白基因序列分析

根据已报道的建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)基因组序列设计PCR引物,采集广东省顺德等地墨兰(Cymbidiumsinense,car．margicoloratum)和文心兰(Oncidium sp．)表现病毒病症状的兰株,抽提病叶组织总RNA,经RT-PCR反应在约70％的样品中获得预期大小的DNA扩增产物,并对其中来自不同品种的3个扩增产物进行克隆和序列分析。结果表明所获得的核苷酸序列与世界各地已报道的CyMV外壳蛋白(CP)基因序列高度同源,据此将RT-PCR反应呈阳性的病样病原鉴定为CyMV。通过对CyMVCP基因序列进行进化树分析,表明CyMV的多样性可能起因于其广泛的地理分布,而不是起因于寄主多样性。     

重庆北碚桑树萎缩病植原体分子鉴定

运用16S rDNA基因分子检测技术,使用16m F2/R16mR1,R16F2n/R16R2引物对扩增采集于重庆北碚地区表现萎缩病症的桑叶样品的总DNA,结果发现在编号为C,I,S的样品中扩增出了约1.2 kb的特异条带.经克隆测序并通过NCBI比对分析后,确定所得序列为植原体的特定序列16S rDNA,将测序结果与已报道的桑树萎缩病植原体序列进行同源性比对,结果表明重庆北碚地区桑树萎缩病植原体均属于16S r I亚组,其中C样品中萎缩病植原体鉴定为B亚组.研究结果为明确北碚地区桑树萎缩病病原及该病害的有效防治提供了基础依据.     

苦豆子丛枝病植原体的分子检测与鉴定

[目的]对苦豆子丛枝病植原体做出分子检测与鉴定.[方法]通过PCR扩增技术,分别利用植原体16S rRNA基因,16S-23S rRNA间区及tuf基因序列的通用引物对表现丛枝病症状的苦豆子总DNA进行扩增,得到约1.2、0.3和0.8 kb特异片段.将所得片段分别进行克隆、测序及序列同源性分析.[结果]苦豆子丛枝病植原体(SAWB)上述3序列与榆树黄化组B亚组(16SrV-B)的枣疯病植原体(JWB)相应序列的同源性最高.[结论]苦豆子丛枝病植原体为16Sr V-B亚组成员.     

鸡卡氏杆菌的分子鉴定及其16S rRNA基因序列分析

2003年Christensen等将过去归为输卵管炎放线杆菌、禽溶血性巴氏杆菌及鸭巴氏杆菌的细菌归为巴氏杆菌科中的一个新属——卡氏杆菌属。卡氏杆菌主要引起产蛋母鸡发病,可以导致输卵管炎、卵巢炎、腹膜炎、败血症、心包炎、肝炎、肠炎和呼吸道疾病等。