褐拟谷盗的快速分子鉴定方法

文中应用PCR法和PCR-RFLP法建立了褐拟谷盗的快速分子鉴定方法.结果表明：①PCR法中,采用依据褐拟谷盗COI基因设计的特异性引物进行PCR扩增,其产物经电泳检测证实,能快速准确地鉴定褐拟谷盗;②PCR-RFLP法利用2组简并引物对目标拟谷盗的COI基因进行PCR扩增,并借助HindⅢ限制性内切酶对扩增产物进行酶切后,进行电泳检测,该法也可用于检疫工作中对褐拟谷盗的快速鉴定.     

肉制品中羊源性成分PCR检测方法的建立及其应用

根据羊特异性线粒体DNA片段,设计合成一对引物,并以生、熟羊肉为材料,建立了肉制品中羊源性成分的PCR检测方法,并用于生、熟羊肉的鉴定。PCR扩增产物DNA片段大小为295 bp。用Sau3AⅠ限制性内切酶进行酶切鉴定,酶切产物为204 bp和91 bp。PCR产物和酶切产物的片段大小与预期目标相符,其检测灵敏度达到0.225 pg DNA。合成的羊源性DNA引物可以扩增出羊肉的目的 DNA片段,而对马、狗、驴、兔和猪等14种动物DNA无扩增效果。利用该法对83份羊肉制品进行鉴定,检出率为100%。结果表明,该法快速简便,且具有较高的特异性和敏感性,可用于市售牛肉制品中牛源性成分的鉴定。     

利用PCR-RFLP技术鉴别异尖线虫

应用PCR-RFLP技术对福建沿海海鱼中常见的简单异尖线虫、典型异尖线虫、对盲囊线虫和针蛔线虫幼虫进行鉴定.采用通用引物扩增上述4种异尖线虫幼虫的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列,对PCR产物进行回收、克隆和测序.根据序列分析结果,选用限制性内切酶HinfⅠ和RsaⅠ进行酶切,酶切产物经琼脂糖电泳分析.结果表明:同时使用HinfⅠ和RsaⅠ酶,可以将4种异尖线虫进行分类;应用特异性引物扩增这4种异尖线虫,获得了预期扩增片段.可见,根据4种线虫ITS序列建立的PCR-RFLP技术能够对这4种异尖线虫进行准确、特异和快速的鉴定.     

山羊痘病毒P32基因的PCR—RFLP分析

根据羊痘病毒基因组设计引物,建立了检测羊痘病毒P32基因的PCR方法,并扩增了疫苗毒株、标准毒株、贵州分离株的P32基因;应用生物学软件对山羊痘和绵羊痘病毒P32基因的酶切位点进行分析,选择合适的限制性内切酶对P32基因进行酶切.结果表明,以SDS-蛋白酶K法提取的病毒DNA在含量和纯度上均高于Trizol法,更有利于PCR扩增;所建立的PCR方法对细胞感染物及山羊痘疹样本均能扩增出特异性的目的DNA条带;软件分析选择限制性内切酶Hinf I对羊痘病毒P32基因的PCR产物进行酶切鉴定,可以有效区分山羊痘病毒和绵羊痘病毒.     

蟹源易损气单胞菌气溶素基因的克隆及其PCR检测

利用设计的特异引物,采用PCR技术,对蟹源致病性易损气单胞菌气溶素基因(aer)进了克隆和序列分析,从其基因组中克隆出长为622 bp的基因片断,用限制性内切酶BamHI对扩增产物进行酶切,产生长约570 bp和50 bp两条片断;研究还利用设计的特异引物,对蟹源致病性易损气单胞菌进行PCR快速分子鉴定的研究.     

花斑皮蠹和黑斑皮蠹(鞘翅目:皮蠹科)的快速分子鉴定

斑皮蠹属昆虫个体小,形态高度相似,仅依据外部形态难以鉴定。用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因的通用引物,分别以黑斑皮蠹(Trogoderma glabrum)、花斑皮蠹(Trogoderma variabile)的DNA为模板,进行PCR扩增、测序。比较二者COI的碱基序列,找出所有序列多态性位点及相应的限制性内切酶,最终选取限制性内切酶AflⅡ对二者进行酶切。结果表明,黑斑皮蠹的COI序列可被限制酶AflⅡ切开,形成535bp和347bp两部分,而花斑皮蠹COI片段中因不具有AflⅡ酶切位点而不能被切开,从而将二者成功区分,实现对黑斑皮蠹和花斑皮蠹的快速分子鉴定。     

番茄抗性基因Ty-2和Ph-3多重PCR的检测应用

创建可以同时检测番茄抗黄化曲叶病毒病Ty-2基因和抗晚疫病Ph-3基因分子标记的多重PCR体系,以快速准确地鉴定筛选到目标基因型。采用多重PCR结合CAPS技术,同时加入2对引物T0302和TG328,进行扩增及酶切反应,2%琼脂糖凝胶电泳检测,获得不同基因型相应的带型,从而建立多重PCR及产物酶切体系,优化此体系后再进行验证与应用。该多重PCR体系可靠高效,显示共有9种带型对应Ty-2和Ph-3基因相应的基因型,与采用单引物普通PCR技术分别鉴定的基因型结果一致,可以用于番茄分子标记辅助育种。     

减蛋综合征病毒PVⅢ蛋白基因的克隆与序列分析

根据减蛋综合征病毒PV 蛋白基因序列设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对PV 蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定,初步证明了目的片段的正确性。进一步核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为0.756kb,共编码250个氨基酸。     

Fusarium graminearum sensu stricto和F.asiaticum3种分子鉴定方法的比较

Fusarium graminearum sensu stricto和F.asiaticum是中国主要的禾谷镰刀菌复合种(FGSC)成员,为了提高这2个种的鉴定效率,选取48个引起小麦赤霉病和玉米茎腐病的FGSC菌株,比较了系统发育谱系分析、PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性)和多重PCR 3种分子鉴定方法。系统发育谱系分析首先扩增菌株的EF-1α和Tri101两个基因的部分序列,测序之后利用MEGA 6.06软件构建系统发育树,结果表明,有11个菌株与F.asiaticum聚在一起,37个菌株与F.graminearum sensu stricto聚为一枝,此法繁琐、复杂、成本高,但鉴定结果准确。PCR-RFLP基于组蛋白H3基因特殊的酶切位点,设计引物H3d StyⅠ/H3R1,通过PCR和酶切反应进行鉴定,电泳检测发现,有11个菌株为F.asiaticum,37个菌株为F.graminearum sensu stricto,该法工作量大且对操作过程要求高。多重PCR基于CYP51A基因设计特异引物Fa F/FaR和Fg F/FgR进行鉴定,电泳检测结果表明,有11个菌株为F.asiaticum,37个菌株为F.graminearum sensu stricto,此法操作简单、效率高。以上3种分子鉴定方法结果一致,但多重PCR方法具有快速、准确、高效的特点。     

采用PCR-RFLP法鉴别IBDV强毒BC6/85株和弱毒B87株

选取传染性法氏囊病病毒(IBDV)强毒力代表株BC6/85和弱毒力代表株B87为研究对象,根据VP2基因保守区设计一对通用引物和两个限制性内切酶位点,分别扩增两个毒株的VP2基因,然后进行BamHⅠ和PstⅠ酶切,采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)分析酶切产物,并进行特异性、敏感性和重复性检测.结果表明:所设计的引物均可扩增两个毒株的VP2基因,大小约856 bp;经BamHⅠ和PstⅠ酶切后,BC6/85株的PCR产物被BamHⅠ和PstⅠ切出166、242和449 bp大小的3个片段,而B87株仅被PstⅠ切出242和615 bp大小的2个片段,且重复性好,特异性强.可见,采用PCR-RFLP分析IBDV VP2基因的方法操作简单,是一种能够快速鉴别IBDV强、弱毒株的可靠方法.     

适于PCR-RFLP分析的吊兰DNA提取

为了提取适合于PCR-RFLP分析的高质量的吊兰DNA,采用改良CTAB法提取了南阳市常见的宽叶吊兰、金边吊兰、金心吊兰的基因组DNA.通过测D_(260nm)/D_(280nm)检测了所得DNA的纯度及浓度.以所得3种吊兰DNA为模板,以植物中常用的通用引物trnH-trnK扩增了3种吊兰叶绿体中的基因及基因间隔区,并把所扩增的PCR产物用限制性内切酶Sau3A Ⅰ进行了酶切.结果表明,用该方法获得的吊兰DNA纯度高,D_(260nm)/D_(280nm)多在1.7～1.9之间,且电泳条带清晰,无拖尾,无降解,用作模板能扩增出目标产物,适合于吊兰的PCR-RFLP分析.     

Epstein-Barr病毒胸苷激酶（TK）基因表达质粒的构建

目的：构建高效表达EBVTK的重组克隆体系。方法：以pUC8X为模板，5'-CTGAATTCATG—GCTGGATTTCC-3’及5’CAACTGCAGCCTAGTCCCGATT-3’为引物，用PCR技术扩增出EBVtk基因的DNA片段。EcoR I／Pst I双酶切PCR产物和载体pBV220，T4连接酶使目的基因tk定向克隆至选定质粒pBV220中。结果：重组质粒pBV220-tk经EcoR I／Pst I双酶切后得两条电泳带分别位于1．8kb、3．6kb处；以pBV220-tk为模板，两引物同上进行PCR扩增，产物电泳带于1．8kb处。结论：目的基因tk已定向克隆至质粒pBV220中。     

PCR-RFLP定量检测川贝母真伪的研究

建立了一个适合中药材川贝母的聚合酶链式反应-限制性内切酶(PCR-RFLP)的分子鉴定方法。以提取的DNA为模板进行PCR扩增和酶切反应,真品川贝母扩增产物含有Sam I酶切位点,在100~250 bp之间存在明确的2条酶切条带,而伪品贝母扩增序列中没有Sam I酶切位点不能被切出。此外,还基于PCR-RFLP技术针对川贝母真伪性进行了相对定量分析研究。结果表明,含量10%及以上的真品川贝母能被稳定检测出。     

番茄品种浙粉702 DNA指纹图谱构建

用CTAB法提取番茄品种浙粉702及其亲本的基因组DNA,通过CAPS和SSR方法,构建DNA指纹图谱,并用于种子纯度的鉴定。以浙粉702及亲本的基因组DNA为模板进行筛选,结果表明,13对SSR引物扩增产物表现为多态性;CAPS引物扩增得到PCR产物经酶切分析,有17对引物的扩增产物表现出酶切多态性。经种子真伪鉴定、纯度鉴定、定向验证,表明构建的浙粉702指纹图谱有效。     

缺失GDD保守区的黄瓜花叶病毒复制酶基因的克隆及植物表达载体构建

以CMV亚组1株系Fny-CMV RNA2基因组为模板,根据其序列设计引物进行PCR扩增,得到2.5 kb的全长复制酶基因扩增产物.对此产物进行纯化,并用NcoI和BspHI进行双酶切,得到3个片段,将不含有GDD保守区的2个片段用T4 DNA连接酶连接,并对连接产物进行PCR扩增,得到2.2kb左右缺失GDD保守区的黄瓜花叶病毒复制酶基因的扩增产物.将其克隆到pGEM-T Easy Vector上,进行序列测定,结果表明GDD保守区确已缺失.该缺失不导致开放阅读框架的移码将缺失GID保守区的基因定向克隆到植物表达载体pBI121中,并经三亲交配导入根癌农杆菌中,经PCR及酶切鉴定,证实质粒已被导入.     

腐蹄病A型节瘤拟杆菌纤毛蛋白基因的克隆与序列分析

以腐蹄病A型节瘤拟杆菌染色体DNA为模板,根据设计的上、下游引物进行PCR反应,扩增出了大小约0.78kb的基因片段,用T4DNA连接酶将PCR产物与pGEM-T-Easy载体连接,构建了重组质粒。并以EcoRV和SalI双酶切重组质粒鉴定目的基因的插入方向。经序列测定,克隆的目的基因片段为Pili基因。     

检测猪圆环病毒2型的一种PCR方法

参照genbank已发表的猪圆环病毒2型的基因序列，设计l对2型特异的引物，对广东省20个猪场送检的患病断奶仔猪的病料进行PCR扩增，并将PCR产物连接到pMDl8-T载体上，对重组质粒进行PCR、酶切鉴定及测序，最后发现PCR检测均为阳性。     

两种滑刃亚目线虫的ITS-PCR-RFLP研究

采用ITS区通用引物对阿苏里伞滑刃线虫(Bursaphelenchus arthuri)和燕麦滑刃线虫(Aphelenchusavenae)的基因组DNA进行PCR扩增,对其PCR扩增产物进行序列测定分析,同时用5种限制性内切酶(RsaⅠ、HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和AluⅠ)对PCR扩增产物进行酶切,得到相应酶切图谱。两种线虫的DNA序列测定分析以及ITS-RFLP酶切图谱得到的鉴定结果与形态鉴定结果一致。试验得到的阿苏里伞滑刃线虫和燕麦滑刃线虫ITS-RFLP酶切图谱可以为线虫的分子鉴定提供参考。     

鸡传染性法氏囊病病毒VP2基因植物表达载体的构建

以含鸡传染性法氏囊病病毒(杭州分离株,HZ96)VP2基因的质粒 PBS为模板,根据其序列设计引物进行PCR扩增,得到1.5 kb左右长的VP2基因产物;用KpnⅠ和 SalⅠ酶切纯化的PCR产物;将纯化的酶切产物在 T4 DNA连接酶的作用下定向克隆到植物表达载体Cambia1301 水稻胚乳特异性启动子GT1下游, 并经PCR、酶切和测序鉴定.植物重组表达载体经三亲交配已导入根癌农杆菌中.     

实时荧光PCR法快速检测地中海实蝇的研究

[目的]设计用于扩增地中海实蝇的特异性引物,建立快速、灵敏检测地中海实蝇的实时荧光PCR方法.[方法]采用实蝇科昆虫线粒体DNA COI基因的通用引物扩增地中海实蝇以及其它三种供试实蝇的DNA片段,经测序、比对分析,设计出扩增地中海实蝇的特异性引物,用SYBR Green实时荧光PCR方法验证该引物的特异性与灵敏度.[结果]设计的引物对DZH-F/DZH-R能特异性检测出地中海实蝇,扩增产物的溶解曲线峰值Tm为79.2.该对引物检测地中海实蝇的灵敏度为10-3 ng/μL.[结论]所建立的SYBRGreen实时荧光PCR方法检测地中海实蝇特异性强、灵敏度高.