青海省同德牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

[目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景.[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定.经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Ar-lequin和Network等生物信息学软件综合分析...     

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析

为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。     

青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分...     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...     

西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析

采集西藏地区5个牦牛类群（西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛）共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7 655 923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.336 4;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

亚丁牦牛和拉日马牦牛遗传多样性及遗传结构分析

亚丁牦牛和拉日马牦牛均为肉乳兼用型优良地方牦牛资源,本研究旨在探究亚丁牦牛和拉日马牦牛的遗传多样性及各牦牛群体间的亲缘关系,对亚丁牦牛、拉日马牦牛以及其他7个地方牦牛群体(九龙牦牛、麦洼牦牛、金川牦牛、昌台牦牛、中甸牦牛、玉树牦牛、类乌齐牦牛)进行RAD简化基因组测序,基于检测到的SNP信息计算遗传统计量.结果表明,亚...     

利用微卫星遗传标记评估5个西藏牦牛群体遗传多样性及群体结构

【目的】 评估当前西藏主要牦牛群体遗传多样性,梳理不同地区群体间遗传结构,明确西藏5个牦牛群体（阿里牦牛、斯布牦牛、娘亚牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛）的保种情况和种群间系统发育关系。【方法】 利用13个微卫星标记（SSR）对5个牦牛群体共计195个个体进行基因分型,并对各群体的等位基因数量、基因杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离等遗传参数进行评估。【结果】 阿里牦牛群体等位基因数最多（6.43）,类乌齐牦牛等位基因数最少（5.00）;观测杂合度范围为0.5311（娘亚牦牛）~0.5995（类乌齐牦牛）。各群体内偏离Hardy-Weinberg平衡的位点数为5（类乌齐牦牛）~9（阿里牦牛）个;群体内近交系数最高为0.172（阿里牦牛）,且4个群体（阿里牦牛、娘亚牦牛、斯布牦牛和帕里牦牛）存在显著近交风险（P<0.05）。从遗传结构来看,所有群体间均为显著遗传分歧（P<0.05）,STRUCTURE分析结果显示,5个牦牛群体划分为3个簇,其中阿里牦牛较其他牦牛群体具有更为丰富的遗传背景。系统发育树结果表明,不同群体间系统发育关系相对独立,且与种群栖息地分布不一致。主坐标分析（PCoA）结果显示,不同群体间部分个体存在较近亲缘关系,表明不同群体间存在遗传物质交流。【结论】 5个西藏牦牛群体具有丰富的遗传多样性水平,且种群系统发育关系相对独立,但多数群体存在群体事件风险。本研究不仅有助于明确西藏牦牛地方种群遗传多样性水平,同时可为今后的保种策略提升提供理论参考。     

新疆马鹿群体遗传多样性及起源进化研究

为了科学评价、保护和利用新疆马鹿遗传资源,检测新疆马鹿群体遗传多样性和确定新疆马鹿起源进化的系统地位。对新疆塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿3个群体,及与其距离相近的阿拉善马鹿、甘肃马鹿2个群体共108个个体的D-loop全序列扩增、测序,分析其碱基组成及变异。结果:共检测到40个单倍型,单倍型多样度(Hd)0.998±0.006,核苷酸多样度(Pi)0.041±0.005,平均核苷酸差异数K=36.08。构建NJ和MP分子系统发育树发现,塔里木马鹿与其他马鹿遗传距离较远,分属于不同的类群;阿尔泰马鹿、天山马鹿及甘肃马鹿之间都存在基因交流情况,可能是群体间引种杂交所致。结论:新疆马鹿遗传多样性丰富,新疆塔里木马鹿可能起源于欧洲,其他马鹿起源于亚洲。部分群体间存在基因交流情况。     

青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析

[目的]为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景.[方法]本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记(SRY4、USP9]Y、UTY19、AMELY3和OFD1 Y10)和1个Y-STR标记(INRA189)进行PCR扩增、测序和分型,使用Bi-oEdit、Arlequin和Net...     

麦洼牦牛的随机扩增多态性DNA遗传多样性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记对麦洼牦牛粉嘴和纯黑2个选育群共100头个体进行遗传多样性分析,并用DCFA、Popgen1.32等软件分析了群体间和群体内的基因频率、群体分化指数(Gst)和基因流(Nm)等参数。结果表明:8个RAPD随机引物共检测到65种清晰谱带,其中具有多态性的谱带57条,多态频率为87.7%。在粉嘴群中,多态位点有45个,多态频率为69.23%,Nei氏基因多样性指数(H)为0.245;纯黑群中,多态位点有52个,多态频率为80.00%,H为0.260,显示2个群体遗传多样性均较丰富,且多样性相近。麦洼牦牛2个群体总的多样性指数(Ht)为1.877,有效等位基因数(Ne)为1.455,H为0.280,表明麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。纯黑群体与粉嘴群体间的遗传距离(D)为0.073,群体内遗传变异大于群体间。     

陇东地方牛种遗传多样性研究

对陇东地方牛种及其与秦川牛和南德温牛杂交群体共计113个个体线粒体D-loop区461 bp序列进行多态性分析,结果表明,3个群体该区域A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%),表现出明显的碱基偏倚;3个群体核苷酸变异率介于0.42%和3.27%之间,陇东牛和南德温牛杂交群体核苷酸变异率最高;核苷酸变异类型以转换为主,转换占核苷酸多态位点的90.94%,其次为颠换,占4.59%,同样表现出明显的碱基替换偏倚;3个群体核苷酸岐异度介于0.008 95和0.029 06之间,遗传距离介于0.000 15和0.008 36之间,陇东地方牛及其与秦川牛的杂交群体核苷酸歧异度和遗传距离最小。     

Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds

1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.

2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.

3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area.     

浙江省本地及引进鹅种遗传多样性研究

本研究利用PCR和DNA克隆测序技术扩增并分析了浙江省5个地方鹅种和1个引进家鹅品种96个个体的线粒体DNA D环区(D-loop)全序列。结果表明:浙江省境内的家鹅线粒体DNA D-loop全序长为1 166～1 179 bp,共发现89个变异位点,定义了36种单倍型,群体总核苷酸多样度达到了0.007 25,单倍型多样度为0.862,说明鹅群的遗传资源较为丰富,其中磐石灰鹅的遗传多样性最丰富,朗德鹅的遗传多样性最匮乏,而且没有发现朗德鹅与其他本地鹅种之间的显著差异。同时,个体聚类图中同品种内的个体没有聚在一起,说明浙江省鹅品种的母系来源比较混杂,品种选育偏重于父系,应同时结合基因组水平对其遗传结构进行分析。     

Assessment of genetic diversity and population structure of Vietnamese indigenous cattle populations by microsatellites

Cattle play a very important role in agriculture and food security in Vietnam. A high level of cattle diversity exists and serves different needs of Vietnamese cattle keepers but has not yet been molecularly characterized. This study evaluates the genetic diversity and structure of Vietnamese indigenous cattle populations, using microsatellite markers. A total of 410 individuals from six indigenous cattle populations and an exotic breed was characterized using 27 microsatellite markers A total of 362 alleles was detected and the number of alleles per locus ranged from 8 (INRA005 and ILSTS005) to 17 (ETH185). The level of gene diversity was high indicated by a mean expected heterozygosity (He) across populations and loci of 0.73. Level of inbreeding (mean F_IS=0.05) and genetic differentiation (mean F_ST=0.04) was moderate. The phylogenetic tree based on Reynolds genetic distance reflected geographic distances. Structure analysis indicated five homogeneous clusters. The Brahman, Lang Son, Ha Giang and U Dau Riu cattle were assigned to independent clusters while Nghe An, Thanh Hoa and Phu Yen cattle were grouped in a single cluster. We conclude that Vietnamese indigenous cattle have high levels of genetic diversity and distinct genetic structures. Based on these results, we recommend that for conservation homogenous populations (Nghe An, Thanh Hoa and Phu Yen) can be grouped to reduce costs and U Dau Riu, Lang Son and Ha Giang populations should be conserved separately to avoid loss of genetic diversity.     

基于GBS简化基因组测序评估3个麦洼牦牛保种群的遗传结构研究

麦洼牦牛是青藏高原地区优良的乳肉兼用型牦牛品种,本研究旨在探究四川省龙日种畜场麦洼牦牛保种群的遗传多样性和遗传结构,评价3个不同保种群的保种效果并挖掘重要种质特性基因。对麦洼牦牛3个保种群粉嘴群（n=140）、全黑群（n=211）、弗洛群（n=55）进行GBS简化基因组测序,基于检测到的126122个单核苷酸多态性（SNPs）标记计算遗传统计量,结果表明,整个牦牛群的平均观测杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）为0.3038和0.3036,麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。全黑群、粉嘴群、弗洛群的观测杂合度Ho分别为0.3029、0.3042、0.3044,近交系数Fis分别为0.0144、0.0152、0.0209,弗洛群和粉嘴群受人工选择的强度大于全黑群,较低的近交水平说明3个群的保种效果较好。Structure分析中全黑、弗洛群部分个体血缘较纯正,而其他个体血缘关系非常混杂;粉嘴群和全黑群的遗传分化系数（Fst）和遗传距离（DR）最大为0.03513、0.0358,结合系统进化树表明两者亲缘关系最远,有遗传分化趋势。利用Fst和π法对3个保种群进行选择信号分析,发现有104个受选择基因广泛参与生殖机能、免疫系统、胚胎发育、脂质代谢等条目以及生殖激素、内/外分泌、信号传递等通路,其中部分基因提示麦洼牦牛的繁殖、肉质、毛色性状以及应激反应得到了人工选择,如PPP3CC、KCNMA1、ROCK2、GNAQ、MEF2C、KIT等。现有的麦洼牦牛保种策略是可行的,研究结果为未来麦洼牦牛的保种选育和遗传改良提供了参考依据。