绍兴鸭微卫星DNA遗传多样性分析

采用鸭的6个高度多态且分布在不同连锁群上的微卫星标记,对原种绍兴鸭种群中48个体和青壳II系绍兴鸭种群中34个体分别进行遗传多样性分析,共检测到152个等位基因,每个微卫星座位上等位基因数介于20～30,基因频率分布在0～0.2,在两个种群中每个微卫星标记的杂合度及多态信息含量均在0.8以上。原种绍兴鸭在3个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而青壳II系绍兴鸭在2个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而且它们都在AY493314座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。研究结果表明:原种绍兴鸭与青壳II系绍兴鸭群体内均存在丰富的遗传多样性。     

水稻微卫星标记与遗传多样性的检测

遗传多样性是种内不同群体之间或一个群体内不同个体遗传变异的总和。千百年来，人类就是利用遗传多样性来培育新的农作物品种以对抗新虫害、新病害以及适应多变的气候和环境条件。检测手段从形态到分子水平的发展使得对遗传多样性的检测产生了质的飞跃，微卫星标记等位基因多态性高，通过PCR对其进行测定简单经济，作为第二代分子标记在检测物种的遗传多样性方面是一类很有应用价值的遗传标记。本文概述了微卫星标记在检测水稻遗传多样性中的应用及其数理统计的方法。     

‘蜂糖李’栽培群体果实性状遗传多样性及数量分类分析

为深入了解‘蜂糖李’栽培群体的遗传多样性,对‘蜂糖李’栽培群体中的74个李单株的26个果实性状（12个数量性状和14个描述型性状）开展数量分类研究,并与‘蜂糖李’果实性状进行比较,旨在为贵州地方李资源科学保护和合理开发利用提供参考。根据《李种质资源描述规范和数据标准》,采用性状分布频率、变异系数、Shannon-Wiener信息指数、Simpson遗传多样性指数、表观聚类、主成分分析和显著性差异分析等方法进行分析研究。结果表明：（1）26个果实性状的Shannon-Wiener多样性指数和Simpson遗传多样性指数的范围分别为0.3425～2.1838和0.1928～0.8775;14个描述型性状中,果核形状无变异类型,其余描述型性状平均变异类型2.9个;12个数量性状的变异系数为0.50%～31.92%,其中Vc变异系数最大,其次为单果重。（2）Q型聚类分析结果显示,在欧式距离为16.65时,可将74份材料分为A、B、C、D 4个组群,各组群材料数依次为16、12、28、18份。其中A组群、B组群、C组群与‘蜂糖李’亲缘关系较近,D组群与‘蜂糖李’的亲缘关系较远,且D组群与‘蜂糖李...     

‘京红久’忍冬叶绿体基因组微卫星序列特征分析

‘京红久’忍冬(Lonicera×heckrottii’Gold Flame’)是一种极具观赏价值的优良藤本,被誉为“最帅的攀援植物”。本研究利用前期测定的‘京红久’忍冬叶绿体基因组序列结果,应用生物信息学软件对其微卫星的分布特征进行了全面分析。结果发现：‘京红久’忍冬叶绿体基因组共有168个微卫星位点,相对丰度和相对密度分别为1 080.82 loci/Mb和10 280.69 loci/Mb,主要分布于大单拷贝区(large single copy regions, LSC)。在微卫星的碱基组成中,以单碱基微卫星为主(占总数的63.10%),其次是三碱基微卫星(占总数的29.17%),二碱基微卫星的数量最少(占总数的2.98%),未检测到五碱基重复序列和六碱基重复序列。同时,以A/T重复为主,占单碱基微卫星的61.90%。在微卫星重复次数中,单碱基微卫星位点序列的重复次数集中在8～17之间,三碱基微卫星的重复次数分布在4～5之间。相关性分析结果表明,微卫星重复序列的数量与长度、相对丰度和相对密度呈极显著正相关。不同物种的叶绿体基因组微卫星重复类型相差较大。本研究结果为‘京红久’忍冬...     

云南野生大蜜蜂(Apis dorsata)群体遗传多样性的微卫星分析

为了阐明大蜜蜂的群体遗传特征,评价云南地区大蜜蜂的遗传多样性,本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的35群野生大蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。在大蜜蜂群体中共检测到51个等位基因,平均等位基因数为3.642 9,平均有效等位基因数2.809 2,平均期望杂合度为0.573 0,平均多态信息含量为0.524 3。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对35群大蜜蜂进行亲缘关系分析,结果聚为A,B,C,D共4个支系。结果表明云南大蜜蜂群体遗传多样性相对贫乏,分化程度较低。     

基于微卫星标记的中华鳖淮河品系遗传多样性分析

为了解中华鳖淮河品系的遗传多样性和遗传结构。本研究利用25个微卫星DNA标记分别对淮河品系中华鳖(淮河鳖)、黄河品系中华鳖(黄河鳖)和日本品系中华鳖(日本鳖)3个品系的遗传结构和系统进化进行分析。淮河鳖、黄河鳖和日本鳖的平均等位基因数(N_A)分别为5.08、5.44和6.20,平均有效等位基因数(N_E)分别为2.696、2.733和3.221,淮河鳖期望杂合度(H_E)为0.572高于黄河鳖(0.556),低于日本鳖(0.603),日本鳖遗传多样性最高,淮河鳖次之,黄河鳖最为贫乏。25个微卫星位点多态性均较高,淮河鳖、黄河鳖、日本鳖平均PIC为0.513、0.498和0.558,淮河鳖和日本鳖均属高度多态(PIC>0.5),黄河鳖为中度多态(0.25ST)分析显示,淮河鳖与黄河鳖之间属于中度分化(0.05 ST<0.15),淮河鳖与日本鳖、黄河鳖与日本鳖之间均属于高度分化(0.15ST     

林甸鸡和大骨鸡微卫星DNA标记遗传多样性的比较研究

为了从分子水平上揭示林甸鸡和大骨鸡的群体遗传结构,利用鸡基因组中5个微卫星标记,检测了林甸鸡和大骨鸡群体的遗传多样性。同时探讨了林甸鸡和大骨鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数5个,为最少,而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数9个,为最多;5个微卫星位点的平均等位基因数为7．6个。林甸鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示,林甸鸡和大骨鸡与边鸡、日照麻鸡及寿光鸡之间有比较密切的亲缘关系;而林甸鸡和大骨鸡与鲁西斗鸡的亲缘关系均较远。总体而言,该系统聚类结果与7个鸡种的分化与选育历史是一致的。     

‘寒富’ב岳帅’苹果杂交后代遗传多样性的SSR分析

本研究通过SSR标记,分析‘寒富’ב岳帅’杂交后代的遗传多样性。研究结果显示:20条SSR引物共扩增出54条带,其中多态性条带49条,多态性比率为90.7%,供试样品的基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.52和0.83。研究结果表明通过杂交,‘寒富’ב岳帅’杂交组合发生了基因的分离和重组,产生了丰富的遗传变异,可为今后育种提供优异种质材料。     

黑龙江省大豆遗传结构及遗传多样性分析

利用22个表型性状和60个微卫星(simple sequence repeat, SSR)位点对黑龙江省140份代表性种质(78份地方品种和62份育成品种)进行分析, 根据UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean)和Model-base对SSR数据进行遗传结构划分。结果表明, 参试品种可分为2大类群, 第II类群的各项多样性指标均高于第I类群, 2个类群遗传距离为0.2427;PCO结果显示这2个类群分布在不同区域, 这与地理来源和育成年代密切有关。依据品种类型分为育成品种和地方品种两组, 后者的各项多样性指标均高于前者, 两组间的遗传距离为0.1131。依据表型数据的PCO分析表明, 分布区域与品种类型有关, 与SSR结构分类的结果吻合度低, 两组品种主要在3个主成分的6个表型性状上有所不同。它们不是2个相对独立的遗传群体, 根据分子标记和表型分类各有特点;建议在种质遗传多样性研究中将分子数据和表型数据结合起来。     

黑龙江省大豆种质遗传结构及遗传多样性分析

利用22个表型性状和60个微卫星(simple sequence repeat,SSR)位点对黑龙江省140份代表性种质(78份地方品种和62份育成品种)进行分析,根据UPGMA(unweighted pair group method with arithmetic mean)和Model-base对SSR数据进行遗传结构划分.结果表明,参试品种可分为2大类群,第Ⅱ类群的各项多样性指标均高于第1类群,2个类群遗传距离为0.2427;PCO结果显示这2个类群在不同区域,这与地理来源和育成年代密切相关.依据品种类型分为育成品种和地方品种两组,后者的各项多样性指标均高于前者,两组间的遗传距离为0.1131.依据表型数据的PCO分析表明,分布区域与品种类型有关,与SSR结构分类的结果吻合度低,两组品种主要在3个主成分的6个表型性状上有所不同.它们不是2个相对独立的遗传群体,根据分子标记和表型分类各有特点:建议在种质遗传多样性研究中将分子数据和表型数据结合起来.     

利用微卫星变异分析香瓜的遗传变异性

香瓜(Cucumis melon 2n=24)是葫萝科重要的栽培植物。Pitrat等(2000)描述了不同地理起源的香瓜栽培种和野生种，这些种内的叶片、植株和果实性状有极大的形态变异性。Kirkbride(1993)研究了这种变异，并试图只根据其果实特征对香瓜亚种的变异性进行分类。     

秦川牛微卫星基因位点遗传多样性分析

利用PCR 技术和电泳银染技术检测了秦川牛BM2113、IDVGA2、TGLA44、IDVGA27、ETH10、ILSTS005、和IDVGA46等7个微卫星位点的多态性分布,计算了各个基因座的表观及期望杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、固定指数和Shannon信息熵。结果显示,秦秦川牛群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于秦川牛遗传多样性评估。     

基于分子和表型性状的大豆骨干品种遗传多样性分析

绥农14是集优质、高产、抗病、广适应性于一身的大豆优良品种,对绥农14系谱亲本进行分子和表型的遗传基础解析,为有目的地选择杂交亲本拓宽遗传基础提供理论指导.利用包含有生长性状、产量性状、品质性状、抗逆性状、固氮性状在内的50个表型性状和550个微卫星位点对绥农14系谱亲本进行分析.550个SSR位点共检测出等位变异1 494个,平均每个SSR位点的等位变异为2.716 4,平均PIC值为0.445 0,其中30个多态性高的位点可作为评价大豆种质资源遗传多样性的重要位点;连锁群CI的多态性位点比例最高为0.961 5,连锁群A2的保守片断最多为11个,构建绥农14系谱亲本的指纹图谱最少需2个位点.50个表型性状共检测到等位变异255个,每个位点的平均等位变异为5.1个,平均PIC值为0.683 2,主成分分析结果表明,6个主成分的累积贡献率在80.1％以上,分析每个主成分的组成发现,产量性状、生长性状,品质性状、抗逆性状、固氮性状在分析大豆种质资源遗传多样性时均具有重要的作用,进行每一类性状的主成分分析,选出重要性状作为大豆综合性状考察的主要指标.基于SSR的UPGMA聚类结果与基于农艺数据的UPGMA聚类结果的相关系数仅为0.393 0,2种聚类方法都只能在一定程度上揭示品种间的亲缘关系,因此,在进行种质资源遗传多样性研究时应将分子数据分析与表型性状解析相结合.     

贵州旱稻种质资源的SSR遗传多样性分析

本研究利用24对水稻微卫星（SSR）标记对源自贵州部分县乡种植以及早期基因库收集的112份地方旱稻材料的遗传多样性进行分析,结果共检出187个等位基因,每个位点的等位基因变幅为4～13个,平均Nei＇s基因多样性指数为0.6431,平均香农指数为1.3669。籼粳亚种均具有较高的遗传多样性,前者稍高于后者,但差异不明显。黔西南州拥有最多的种质,存在丰富的遗传变异,是贵州旱稻种质资源遗传多样性分布中心。分子方差分析表明,旱稻种质总变异的88%是由各地区内的群体间差异造成,地区间和各个群体内的遗传变异较小,均为6%。不同地区旱稻种质的遗传分化程度不一,变幅为2%～18%。聚类分析将供试旱稻材料较为明显地分为籼粳两个类群,而地理分组不明显。     

板栗及其近缘种叶绿体SSR遗传多样性分析

为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。     

国审小麦新品种‘山农116’遗传背景及其高产优质稳定性分析

为了使新审定的高产稳产强筋小麦品种‘山农116’尽快大面积应用于生产,从其杂交亲本遗传背景和在国家、山东省区域试验中高产稳产性表现,多年份品质测试结果的强筋稳定性表现等方面进行了深入分析。结果表明,‘山农116’国家区域试验和山东省区域试验均比对照增产达极显著水平,国家试验比高产对照品种‘周麦18’增产4.0%,山东省试验比对照‘济南17’增产3.8%;2018—2021连续4年在全国小麦质量鉴评中,‘山农116’的品质测试指标均达GB/T17892标准强筋或中强筋小麦。‘山农116’株高76.9 cm,株型紧凑,穗层整齐,熟相好,聚合了母本的强筋、抗病、早熟和父本的高产、节水、抗倒伏等优异特点,适宜黄淮麦区大面积推广和市场订单种植利用。     

小麦纹枯病抗源的遗传多样性及抗性基因位点SSR标记分析

为揭示小麦纹枯病抗源的遗传多样性,发掘优异的抗性种质,利用沟带接种法对前期筛选出的88份抗性种质进行了3年田间抗性鉴定,鉴定出抗或中抗纹枯病的小麦种质32份。利用分布于全基因组的SSR标记对这些抗源进行了遗传多样性分析,59个SSR标记共检测到308个等位变异,每个标记可以检测到2~13个等位基因,平均5.2个;多态性信息含量(PIC)的变异范围为0.12~0.89,平均为0.61,表明材料的遗传丰富度较高。根据聚类分析和主成分(PCA)分析,32份小麦纹枯病抗源按照遗传相似系数可划分为2个组群,国外引进品种和国内改良品种聚为一类,国内农家品种聚为一类,并且与地理分布特征相符。利用与纹枯病抗性QTL紧密连锁的14个SSR标记对32份抗源进行基因型分析,发现与抗性QTL连锁的2BS上的Xwmc154和7DS上的Xbarc126普遍存在,可用于分子标记辅助选择。在武农148、陕983、陕农78、Coker 983、H-Line、Mason和Compair中仅检测到一个已报道的抗病QTL,而在Tyalt中没有检测到已知抗病QTL,这些材料有可能携带新的纹枯病抗性基因/QTL,可以在育种中加以利用。     

SSR标记技术在植物遗传多样性研究上的应用

微卫星(microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)是以1～6个碱基为基本单元的串联重复序列,具有含量丰富、多态性高、共显性和检测方法简单等优点,是研究植物遗传多样性的优异的分子标记之一,已被用于多种植物的遗传多样性研究。概述了微卫星DNA标记的原理及特点,介绍了其实验技术方法及发展,探讨了其在植物遗传多样性中的应用和发展前景。     

云南马铃薯地方品种‘转心乌’实生群体遗传多样性的ISSR分析

本研究采用ISSR标记技术,从公开发表的文献中选取多态性丰富,稳定性好,重复性高的12条IS-SR引物对马铃薯品种‘转心乌’及其100个实生个体的遗传变异性进行研究。研究结果表明,12条引物共检测到77条带,其中每条引物检测到5～7条带,平均每个位点的等位基因变异数为6.4条;多态性条带数为43条,多态性比例为55.84%。供试材料间的遗传相似系数的变异范围介于0.78～0.96之间,在0.785处可将所有供试材料划分为3大类。UPGMA聚类分析结果表明,100个材料与母株相比,虽然遗传相似性很高,亲缘关系较近,但均有不同程度的变异,没有1个材料与母株在基因型上表现完全相同;实生群体内在分子水平上也没有检测到完全一致的两个个体,这表明要利用实生群体获得完全一致的群体有相当的难度。该结果也表明利用实生种子保存种质,不失为保存马铃薯遗传多样性的有效方法。