植原体TaqMan探针实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

 本研究成功建立了植原体分类鉴定和检测的TaqMan探针实时荧光PCR方法,该方法根据植原体16S rDNA保守区设计了1个TaqMan广谱探针和3个植原体组间点突变特异性探针,并对9种植原体和5种细菌以及3个植物样本进行实时荧光PCR。结果表明,用广谱探针可检测到所有植原体产生荧光信号,而细菌不产生荧光信号。当用植原体组间特异性探针检测时,仅能检测到该组植原体产生荧光信号,检测的敏感性比常规的PCR-电泳检测高约100倍、检测速度有较大提高。由于PCR产物是荧光探针检测,本方法特异性强,并可以用组特异探针直接确定植原体种类。实验采用完全闭管检测,降低了污染机会。本研究为其它原核生物、特别是不能培养菌、难培养菌的检测鉴定和分类提供了新方法。     

喜树丛枝植原体的分子鉴定及TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

 为确定在云南文山地区喜树上发生的疑似丛枝病的病原种类及快速检测喜树丛枝病,本研究利用植原体16S rDNA基因通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对感病喜树总DNA进行常规PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,通过系统进化分析,明确了喜树丛枝植原体属于16SrXXXII组。然后根据喜树丛枝病植原体16S rDNA基因保守区域设计并合成特异性引物和TaqMan探针,制备了喜树丛枝病植原体标准质粒,确定了最优引物浓度和最佳探针浓度,制作的标准曲线有极好的线性关系,决定系数(R²)达到0.999,建立的实时荧光定量PCR检测方法能够特异性地检测喜树丛枝植原体。本研究首次明确了喜树丛枝植原体的分类地位,优化和建立了喜树丛枝植原体TaqMan探针qPCR检测方法,为快速检测喜树丛枝病植原体提供参考。     

梨衰退植原体Cycleave 实时荧光PCR检测方法的建立

 根据植原体16S rDNA 保守区设计Cycling 探针LST2probe及引物,建立了梨衰退植原体Cycleave实时荧光PCR检测方法。结果表明,探针LST2probe 能特异的检测梨衰退植原体,供试同一组内不同亚组植原体及参试病原细菌均为阴性,检测灵敏度可达0.5 pg/μL。该Cycleave实时荧光PCR检测方法可用于梨衰退植原体的快速检测,并为其他有害生物鉴定提供借鉴依据。     

实时荧光定量PCR(SYBR Green I)检测不同抗枣疯病枣树品种嫁接接穗中的植原体浓度

在枣疯植原体16S r DNA片段内设计并合成引物对DZ16SF-2/DZ16SR-2(扩增190 bp片段),用重组质粒p MD18-DZ16S为模板建立标准曲线,并建立枣疯植原体实时荧光定量PCR(SYBR Green I)检测体系。溶解曲线分析显示:该引物特异性好,该体系对质粒模板的检测灵敏度达102copies/μL。利用该体系对不同月份、不同发病级别的嫁接接种枣树接穗样品进行植原体含量测定。通过对高抗品种‘星光’,中抗品种‘黑腰子枣’、‘嘎嘎枣’和‘葫芦枣’,感病品种‘月光枣’、‘马牙枣’、‘莲蓬子’、‘北流西冬枣’和高感品种‘大红袍枣’嫁接到发病‘冬枣’砧木上所表现出的不同病级、病情指数和病原浓度比较结果发现,表现无症状的样品中植原体的含量在每克鲜重105~106个,发病Ⅰ~Ⅱ级枝条中植原体浓度在106~107个/g,Ⅲ~Ⅳ级发病枝条含量在107~108个/g鲜重,而V级发病枝条达到每克鲜重109个,表明接种发病的接穗症状严重度与其体内植原体浓度积累密切相关。高抗枣疯病‘星光’品种嫁接接穗体内病原浓度明显低于感病品种,而且有较多‘星光’接穗嫁接的发病砧木症状有所减轻,植原体浓度也有所降低。本研究可为探索枣树品种的抗病机制、抗病性鉴定及枣疯病植原体的防治提供参考。     

苜蓿萎蔫病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

苜蓿萎蔫病菌是我国对外检疫性二类有害生物，目前国内尚无发生6在出入境捡验检疫中主要是采用生物学和血清学方法进行检测，劳动强度大，耗费时间长。根据苜蓿萎蔫病菌与其它细菌菌株16SrDNA序列差异，设计出对苜蓿萎蔫病菌具有稳定点突交特异性探针，利用该探针对棒形杆菌属4个种及其它属细菌进行了实时荧光PCR检测实验。结果表明，只有苜蓿萎蔫病菌能检测到荧光信号，其它细菌没有荧光产生。该方法特异性强，灵敏度高，能检测到21．4fg质粒DNA，比常规PCR灵敏100倍，而且整个过程只需要2～3h。该方法可有效地应用于进出境病原菌检测之中。     

玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法.该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR.结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍.整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理.     

TaqMan探针实时荧光定量PCR快速鉴定欧洲樱桃绕实蝇

为建立快速、灵敏检测欧洲樱桃绕实蝇的实时荧光定量PCR方法,本研究利用欧洲樱桃绕实蝇及其近似种类的线粒体DNA(mtDNA)中COI基因序列差异,设计筛选特异性引物和探针OYF/OYR/OYP,并对引物及探针特异性和灵敏性进行检测。结果表明,设计的引物和探针能够特异性检测出欧洲樱桃绕实蝇,灵敏度为0.001 ng/μL。     

应用TaqMan探针实时荧光定量PCR技术早期检测稻瘟病

 稻瘟病是一种严重危害水稻生产的真菌病害,早期监测和防治是关键。温室接种大田主栽品种合系39和感病水稻蒙古稻,定时观察发病症状。提取水稻病样总DNA,根据稻瘟菌28S rDNA基因序列,设计特异引物和TaqMan探针,进行荧光定量PCR检测。结果表明稻瘟菌在蒙古稻和大田主栽品种合系39上症状最初出现时间为接种后72 h,蒙古稻典型症状出现时间为接种后168 h,在合系39上出现典型症状的时间为接种后190 h以后。利用TaqMan探针荧光定量PCR技术,在接种12 h的蒙古稻和合系39上均能检测到稻瘟菌DNA,接种48 h,菌量拷贝数达到最高峰,接种72 h,菌量拷贝数开始下降。不同品种中病原菌拷贝数存在差别,在接种12 h的蒙古稻中稻瘟菌含量为7.2×103个拷贝数,在合系39中为4.9×103个拷贝数。本研究结果表明,应用实时荧光定量PCR技术可以在接种后12 h症状未显现之前检测到稻瘟菌,为稻瘟病流行监测和早期防治提供了科学依据。     

利用TaqMan探针实时荧光PCR方法检测香石竹细菌性萎蔫病菌

 根据香石竹细菌性萎蔫病菌基因组16S-23S rRNA保守序列,设计并合成了一对特异性引物和一条具有稳定点突变特异性探针,建立了对香石竹细菌性萎蔫病菌的TaqMan实时荧光PCR检测方法。除香石竹细菌性萎蔫病菌外,还对其他7种病原细菌菌株进行了荧光PCR检测。结果表明,只有香石竹细菌性萎蔫病菌产生荧光,其他病原细菌均没有荧光产生。与常规PCR相比,实时荧光PCR检测特异性强,灵敏度高,能检测到浓度为0.4 pg/μL的DNA,且能直接用于苗木等样品的检测,适合病害的快速诊断和口岸检验检疫应用。      

薄壳山核桃疮痂病菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

疮痂病是薄壳山核桃上最具毁灭性的病害,带菌植物材料是传播疮痂病的重要来源。准确、灵敏、快速的检测方法可为该病害流行规律调查和防控提供有力的依据。本文通过比较薄壳山核桃疮痂病菌Venturia effusa及其近似种之间的ITS序列差异,设计了特异性引物和TaqMan探针,建立了薄壳山核桃疮痂病菌的荧光定量PCR检测方法。特异性检测结果表明,该方法可以检测不同地区的薄壳山核桃疮痂病菌菌株,而对其近似种以及薄壳山核桃上的其他真菌均没有信号。本研究建立的检测方法对薄壳山核桃疮痂病菌DNA的最低检测限可达0.5 pg/μL。该方法用于田间样品检测时,检测时间仅需1 h,远快于常规的分离培养法。本研究建立的基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测方法为薄壳山核桃疮痂病菌的快速检测和监测提供了有力工具。     

TaqMan探针法实时荧光定量RT-PCR检测番茄斑驳花叶病毒

番茄斑驳花叶病毒（tomato mottle mosaic virus,ToMMV）为近年来发现的一种烟草花叶病毒属新成员,是茄科作物上危害严重的主要病毒之一,近几年EPPO全球数据库报道多个国家从进境辣椒和番茄种子中截获该病毒。为防止番茄斑驳花叶病毒通过种子种苗进行传播扩散,本文根据该病毒GenBank中不同分离株外壳蛋白（coat protein,CP）基因保守序列设计特异性引物和探针,建立了TaqMan探针法实时荧光定量RT-PCR检测ToMMV的方法。结果表明,本检测方法特异性强,对烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）、番茄花叶病毒（tomato mosaic virus,ToMV）、番茄褐色皱果病毒（tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV）、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）、辣椒轻斑驳病毒（pepper mild mottle virus,PMMoV）、番茄环斑病毒（tomato ringspot virus,TomRSV）6种病毒均无交叉反...     

大豆茎溃疡病菌TaqMan MGB探针实时荧光PCR检测

 The technique of TaqMan MGB real-time fluorescent PCR was established to detect Diaporthe phaseolorum var.caulivora (DPC) and D. phaseolorum var.meridionalis (DPM). The primers and TaqMan MGB probes were designed based on the ITS of DPC, DPM, D. phaseolorum var. sojae and Phomopsis longicolla. A series of genomic DNA dilution were used to detect sensitivity of the technique, the results showed that the limits of detection for DPM and DPC were 7 fg/μL and 6 fg/μL DNA respectively.     

柑桔溃疡病菌实时荧光定量PCR检测与应用

根据地毯草黄单孢Xac306菌株(Xanthomonas axonopodis pv.citri,Xac306)已知全基因组中独有蛋白基因序列设计的特异性引物对和探针,建立并优化SYBR Green I(SGI)荧光染料和Taq-Man探针实时荧光定量PCR检测体系,用于柑桔溃疡病早期诊断鉴定。结果表明,建立的两种定量PCR体系均能特异地检出Xac的细胞和其基因组DNA,而对其它测试的植物病原菌和柑桔表面的腐生黄单孢菌都不能检出。SGI法和TaqMan探针法对Xac细菌悬浮液的检测灵敏度均可达到1~5个细菌/反应,对Xac靶标片段DNA的检测灵敏度可达1fg/μL。两种定量PCR检测方法比常规PCR灵敏度高2~3个数量级。对田间采集的328个柑桔显症、疑似症状和无症带菌材料富集培养样品进行了实际检测,结果表明,实时荧光PCR适合柑桔无症带菌样品的早期检测。     

实时定量PCR方法检测转基因产品

实时定量PCR方法检测转基因产品，操作简单，省时省力，结果可靠、准确性高。该方法利用特异性荧光探针实时监测目的的基因的扩增，同时循环参数（Ct值）和PCR体系中起始DNA量的对数值之间有严格的线性关系。利用阳性标准样品的Ct值，制成标准曲线，再根据未知样品的Ct值就可以准确确定起始DNA的数量。高纯度探针和适宜的镁离子浓度是该方法准确定量的关键。实时定量PCR方法有效地解决了其他定量方法所存在的假阳性及定量准确度不高的难题。     

一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。     

扁桃拟茎点霉TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

扁桃拟茎点霉(Phomopsis amygdali)引起的桃缢缩溃疡病是桃生产上重要的病害之一。带菌苗木及接穗是病害向无病区传播的主要途径。严格的检疫措施是保证无病区健康生产的关键。准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行检疫措施及研究病害发生规律的有力工具。将扁桃拟茎点霉组蛋白H3(histone H3)基因与其近缘种比对发现,该基因特异性强,适合作为分子检测的靶标。针对histone H3基因为靶标,设计了特异性引物和Taq Man探针,建立了扁桃拟茎点霉的荧光定量PCR检测方法。结果发现,该方法只能特异识别扁桃拟茎点霉。检测灵敏度可达4×10~1copies·uL~(-1),比常规PCR检测方法高1 000倍;孢子检测最低限达2个孢子,比常规PCR检测方法高10倍,且仅需1 h即可完成检测。该方法用于田间样品检测,扁桃拟茎点霉的阳性检出率达86%,高于分离培养法和常规PCR检出结果。本研究建立的基于Taq Man探针的荧光定量PCR检测体系可用于田间对扁桃拟茎点霉的快速检测。     

LNA探针实时荧光定量PCR检测小麦矮缩病毒体系的建立

 本研究通过对多个小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus, WDV)小麦分离物进行序列分析,在编码Rep蛋白N 端的基因保守区域设计一对特异性引物和一条长度为19 bp的TaqMan LNA探针,经过探针和引物浓度的系列优化,建立了WDV田间样品LNA探针实时荧光定量PCR检测方法,确定最优反应条件下的引物和探针终浓度分别为0.5 μmol/L和0.3 μmol/L。该方法建立的标准曲线斜率及相关系数分别为-3.424 3和0.997 3,扩增效率为96.0%,重复性试验组内变异系数为0.11%~1.34%,组间变异系数为0.44%~1.21%,最低检测限为55 copies/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍以上。与普通TaqMan探针荧光定量PCR相比,该方法所用探针长度大大缩短,减少了探针间形成二级结构的机会,探针设计更加简单、方便。该方法适用于田间样品的早期监测,为病害流行调查提供了高效快捷的技术支撑。     

TaqMan探针实时荧光PCR快速检测苹果牛眼果腐病菌方法的建立

苹果牛眼果腐病菌(Neofabraea malicorticis、N.perennans、N.alba和N.kienholzii)是我国检疫性植物病原真菌,为建立该病菌的实时荧光PCR检测法,根据病菌及其近缘种的翻译延伸因子(EF-1α)的保守序列设计了特异性探针,分别以苹果牛眼果腐病菌菌株和本研究构建的EF-1α重组质粒DNA为阳性标准品检验探针的特异性和灵敏度。结果显示探针MAL-P、PER-P、ALB-P和KIE-P分别对N.malicorticis、N.perennans、N.alba和N.kienholzii表现特异性阳性扩增,而与近缘种及其他常见的果腐病菌无交叉反应,单重探针和4种探针混合液的灵敏度分别达1 fg/μL和10 fg/μL DNA。总计从美国、智利、新西兰、法国进境截获的29批可疑病果的分离物中检测到PCR阳性荧光信号,包括20批N.perennans、8批N.alba和1批N.kienholzii。该方法在6 h内即可完成整个检测流程,其特异性强、灵敏度高,适用于实际样品中苹果牛眼果腐病菌的快速检测。     

甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

 甘蔗宿根矮化病是由Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx)引起的一种世界性甘蔗细菌病害。根据Lxx的Pat1基因保守序列,设计并合成了一对特异性引物Pat1F (5′-GGTTCCATTGCTTACCGATT-3′)/Pat1R(5′-CAAGTTTCGACAGGAACAGC-3′),和一条TaqMan探针(FAM-5′-CCACGGCTACGTCAATTCGGG-3′-TAMRA),建立了一种特异性强、灵敏度高的甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR方法,对Lxx的检测最低下限为10² copies·μL^-1。应用实时荧光定量PCR与常规PCR方法对14个甘蔗品种进行Lxx检测,阳性检出率分别为86%和43%,表明实时荧光定量PCR比常规PCR检测方法具有更高的灵敏度。研究结果为甘蔗宿根矮化病的诊断、田间发生动态监测、脱毒健康种苗检测及品种/材料交换检疫检测提供了新技术支撑。     

松材线虫TaqMan探针实时荧光PCR诊断

 松树萎蔫病主要在日本、中国、韩国、葡萄牙以及北美地区报道发生,给世界林业造成严重危害。