枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究

搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析。结果显示共获得103509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73604个,占71.1%,以AT/TA为主。三核苷酸重复类型占15.0%,以AAG/CTT为主。对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32～206 Mb的reads,测序深度为12.9×～81.3×。本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型。‘早钟6号’的测序深度达到12.9×,能够覆盖80%的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析。枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4%),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12 962个(占12.5%),这些位点产生的多态性条带分别为2～10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个。从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发北大核心CSCD

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析北大核心CSCD

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发

【目的】明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础。【方法】采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析。【结果】在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51%(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值)。其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72%和18.48%。A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元。对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物。随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性。【结论】李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记。     

80个梨品种SSR特征指纹数据表的构建

【目的】通过鉴定80份梨种质资源SSR指纹数据,构建梨品种指纹图谱数库表,为实现梨种质资源鉴定及新品种DUS测试的可视化和简便化奠定数据基础。【方法】利用荧光标记技术检测SSR位点,并对SSR位点基因数目进行统计,SSR位点排序,并对供试品种进行排序区分和数据标示,构建了80个梨品种的特征指纹数据表。【结果】12对引物中,可利用NH039A、NH007b、NAUpy97a、NB105a、NB141b、NAUpy82r 6对引物区分所有供试品种,可作为区分这80个梨品种的核心引物。【结论】筛选出了区分供试80个梨品种的核心引物,为梨指纹图谱数据库的共建和共享提供了数据基础。     

应用SSR荧光标记法构建22个柚类品种的分子身份证

【目的】应用荧光SSR分子标记构建柚类种质分子身份证，用于品种资源鉴定。【方法】收集22份柚类材料，筛选SSR荧光标记引物，采用荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子质量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每份柚材料进行标记。采用个位阿拉伯数字和小写英文字母对不同等位基因分子质量大小进行编码，再按照引物扩增带型数由大到小顺序将各位点赋值编码的数字串联排序，构建供试样品的分子身份证。【结果】筛选出4对多态性较好的引物，使用这4对引物共检测到49个扩增带型和41个SSR等位位点，平均每对引物的有关带型数12.25个、位点数10.25个。【结论】通过扩增带型分析，构建了22份柚类种质的分子身份证，包括12条信息独特的身份证。遗传聚类与分子身份证分析结果一致，为柚类品种鉴定和保护提供了重要依据。     

基于SSR标记技术的南丰柑橘种质资源亲缘关系研究

【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。     

应用枇杷二代测序数据进行染色体步移研究

【目的】枇杷基因组数据尚未公布,限制了枇杷分子生物学的研究。当前很多研究集中在上游转录因子和下游基因启动子之间的调控关系上,所以获得目的基因的启动子显得尤为重要。传统方法使用PCR方式进行染色体步移来获得启动子区域,耗时且难出结果。【方法】对‘火炬’枇杷进行二代测序,二代测序为双端测序,片段含盖200到500bp的序列。根据下游基因序列通过测序片段来实现染色体步移。使用现有程序Magicblast和新开发的Promoter_Scan脚本程序来快速获取目的基因启动子区域。Promoter_Scan对每对Reads构建10 bp的索引序列,先使用索引匹配目的基因,匹配后使用目的基因前30 bp序列再次匹配目标Reads,最后完成拼接。【结果】通过二代测序共获得61.77 GB的‘火炬’枇杷基因组数据,测序深度约为85倍。使用Magicblast检索匹配Reads耗时长,难以二次开发,需要手动拼接延伸,每个基因启动子挖掘需要9.5 h。新开发Promoter_Scan脚本程序通过两次匹配,能够更快更准确地找到启动子序列。对枇杷中8个基因进行启动子查找,向上延长2 000 bp序列平均需要拼接11.7次,耗时21.3 min。根据步移后的序列设计引物进行验证,结果显示:Sanger测序结果和预测的序列高度一致。【结论】使用Magicblast检索方式能够达到实验要求,不需要编程技能,但是耗时长。Promoter_Scan能够实现自动延伸,显著缩短启动子挖掘时间。本研究中的两种方法不仅可以用于枇杷分子生物学的研究,对其他未公布基因组数据的物种同样适用。     

八仙花黄化对光合特性的影响研究

运用LI-6400XT便携式光合测定仪,以大棚里不同黄化程度的八仙花叶片为试验材料,对其净光合速率、光合响应曲线指标及气孔导度等生理指标进行了测定和分析,以期探究八仙花叶片黄化对光合特性的影响.结果表明:随着黄化程度的加深,其净光合速率、气孔导度均呈下降趋势,正常叶片的光补点(LCP)、光饱和点(LSP)均最低.     

植物遮荫效应的研究进展

植物为了适应遮荫的环境,改变自身的生理生化特性,如叶绿素含量、光合特性、蒸腾特性、气孔导度、与光合作用相关的酶、膜脂过氧化物酶、膜保护酶活性、内源激素含量、游离脯氨酸含量及花色素苷含量等,从而保证植物体自身能在遮荫的条件下充分利用光能进行正常的生命活动.现从遮荫对植物生长环境、生长发育、生理生化特性等方面的影响介绍目前的研究进展.     

种茎大小对山药产量影响研究

为了弄清山药种茎大小对产量的影响,按大小把山药种茎分成9个等级种植,分别编号为A:10～25 g/个、B:25～50 g/个、C:50～100 g/个、D:150～200 g/个、E:250～300 g/个、F:350～400 g/个、G:450～500 g/个、H:550～600 g/个、I:650～700 g/个。结果表明:种茎越大,总产量越高。当种茎重量达到一定值后,总产量增加趋缓,可供出售的商品产量则下降。通过比较,认为种茎重量在350～600 g/个范围内比较合理。     

石斛兰营养特性及施肥技术初探

设置６个不同营养液配方研究了石斛兰营养生长和开花情况。结果表明；石斛兰在５－８月为旺长期，需养分为每周每株Ｎ１．７６ｍｇ，Ｐ０．４７ｍｇ，Ｋ２．１０ｍｇ，Ｃａ１．５４ｍｇ，Ｍｇ０．９５ｍｇ。正常生长植株茎叶养分含量为Ｎ１．１８％，Ｐ０．３１％，Ｋ１．６２％，Ｃ工．２８％，Ｍａ０．６８％。     

新垦殖紫色土果园土壤熟化研究

通过对紫色土新垦殖果园理化性状的测试和不同有机物料配比对土壤改良效果及对植株生长影响的观察，提出了对新垦殖果园土壤的改良应以有机营养为主。鲜体绿肥、秸秆能迅速分解提供果树所需的矿质氮素及其它营养元素，同时能有效地改善土壤的有机无机复合状况，提高新形成的腐殖质与土壤无机部分的复合；饼肥分解缓慢。适量的秸秆与绿肥配合施用，既有利土壤结构的改善，提高改土效果，又能增加腐殖质的矿化性，促进幼树生长。     

东壁龙眼低产成因及改造措施

东壁龙眼是鲤城区主栽的早熟优良鲜食品种,由于受气候、环境和管理水平等影响,经常出现冲梢现象,造成产量下降。我们选择鲤城区玉霞果场东壁龙眼（树龄15年,面积0．67hm^2,土壤为砂壤土,株行距6m×6m）,其中约200株采取培育秋梢结果母枝、控制冬梢、     

食用菌博览会对举办地经济发展的影响

运用2008年~2019年的面板数据,构建固定效应模型进行实证检验,结果表明,食用菌博览会的举办能够显著提升社会经济发展水平,其作用路径可理解为食用菌博览会的举办能够直接提升农民的收入水平,带动消费和经济的快速发展。除此之外,食用菌作为高附加值的经济作物,其栽培面积、年产值、栽培人数、博览会投入费用等都与经济发展水平呈显著正相关。     

苹果果实套袋后真菌种群结构的变化

为探讨苹果套袋后果实在袋内微域环境下不同生长期和不同部位真菌种群结构变化及其对果实安全性的影响,以红富士苹果为试材,利用选择性培养基,对套袋苹果袋内真菌进行了分离、鉴定和分类,分析了套袋和不套袋果实不同生长期、不同部位真菌种群的变化。结果表明,在红富士苹果套袋微域环境下,不同部位、不同时期的主要真菌是链格孢霉(Alternaria),且在套袋后的整个生长季一直存在,7月后的不同时期,分别分离出青霉(Penicilli-um)、木霉(Trichoderma)和曲霉(Aspergillus);不同部位真菌种群结构有差异,除链格孢霉外,非皮孔处其他真菌的出现均要早于皮孔处;不同时期真菌种群结构,青霉和木霉在不同部位分离出的时间有异,且持续存在时间也不一致,曲霉仅在非皮孔部位于摘袋后分离出。与不套袋果相比,套袋后真菌的种类仅多了曲霉,而且没有表现出致病能力。因此认为,套袋后微域环境下产生的真菌类群对果实的安全性没有直接影响。     

温室环境对番茄生长影响的参数优化

以温室番茄的鲜重作为温室环境控制的目标进行决策,为温室作物生长提供经济适宜的环境参数和生长条件.重点研究了温室内番茄生长的环境参数(温度、相对湿度、光照强度)对番茄鲜重的影响规律和温室环境系统最佳参数.结果表明:影响试验指标的主要因素是温度、相对湿度、光照强度,其较优组合是温度为24℃、相对湿度为80%、光照强度为17.2 klx.     

平菇ISSR-PCR反应体系影响因素研究

为提高ISSR分析结果的可靠性和可重复性,以平菇黑丰268为材料对反应体系进行优化,建立平菇ISSR-PCR反应体系.实验结果表明,平菇ISSR-PCR最优体系为体积20 μL,其中Mg<'2+>浓度为1.2 mmol·L-1,模板浓度为50 ng,引物浓度为0.6μmol·L-1,dNTPs浓度为200μmol·L-1,Taq酶浓度为1.2 U·20-1·μL-1,1×PCR Buffer.