牦牛IL-4基因的克隆及其遗传演化关系分析

克隆牦牛白细胞介素-4（IL～4）基因,并对其进行遗传演化分析。从刀豆素（ConA）和脂多糖（LPS）联合刺激培养的牦牛外周血淋巴细胞提取总RNA．利用RT—PCR方法扩增牦牛IL-4全长cDNA,将其克隆到pMD18～T载体上,测序后进行序列分析。成功克隆到牦牛IL-4基因全序列,序列分析表明,克隆的牦牛IL-4基因序列与GenBank所登录的牛IL-4核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别这99．8％和100％,与人、猕猴、猪、山羊、马等物种的核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别在44．4％～96．3％和27．4％～91．1％之间。在国内首次成功地从牦牛外周血淋巴细胞中克隆到IL-4的基因,其ORF为408bp,推导编码135个氨基酸。     

猪(杜长大三元杂)白细胞介素-6基因的克隆及序列分析

分离猪(杜长大三元杂)外周血单核细胞(PBMC)进行体外培养,经诱导剂LPS或ConA的诱导培养48 h后,提取细胞总RNA,应用RT PCR扩增猪IL基因,并克隆到pMD18 T载体后测序。结果成功获得猪IL 6基因重组质粒pMDpIL 6,序列分析发现所获得的猪IL 6cDNA长度为716 bp,开放阅读框为636 bp,编码211个氨基酸,相对分子质量约24 ku,等电点5.5。所获得的猪IL6与GenBank上已报道的不同来源猪的IL 6有单个氨基酸存在差异;与人和其他动物IL 6氨基酸序列的同源性为78.1%~90.1%,同时反映出IL 6基因具有种的多样性,不同种动物的IL 6基因亲缘关系越近,进化关系也越近。     

贵州白香猪白细胞介素4全基因的克隆与序列分析

为获得贵州白香猪白细胞介素4的基因,以提取的经刀豆蛋白A诱导培养的贵州白香猪外周血淋巴细胞总RNA为模板,应用RT-PCR技术扩增全长猪白细胞介素4(Interleukin-4,IL-4)基因,并克隆到pM D18-T Simple Vector载体后测序。测序结果表明:IL-4基因的ORF为402 bp,可编码133个氨基酸,其中前24个为信号肽序列,后109个氨基酸为成熟肽,具有3个潜在的N-糖基化位点;贵州白香猪除与AF493991(99.4%),L12991(98.1%)氨基酸一致性相对较低外,与其他猪源IL-4基因氨基酸一致性均为100%,而与其他种属动物的IL-4基因氨基酸一致性则较低,为37.2%~82.7%。     

三种猪Ⅰ型干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank中收录的三种猪Ⅰ型干扰素（porcine interferon,pIFN）基因序列,设计了3对特异性引物。运用RT—PCR技术从长白猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到了三种猪干扰素基因,并将其克隆至pGEM-T Easy载体上。序列测定结果显示,获得的猪干扰素α1基因序列全长570bp,编码189个氨基酸,获得的猪干扰素α2基因序列全长540bp,编码179个氨基酸,获得的猪干扰素β基因序列全长563bp,编码186个氨基酸。三种猪Ⅰ型干扰素基因与已知猪Ⅰ型干扰素核苷酸序列和氨基酸序列的相似性最高可达99％～100％。     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。     

北京鸭Ⅱ型干扰素基因分子克隆与序列分析

应用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR）技术，从伴刀豆球蛋白A（ConA)刺激培养的北京鸭脾淋巴细胞提取的总RNA中扩增得到北京鸭Ⅱ型干扰素（IFN－γ）基因（DuIFN-γ2）。序列分析表明，DuIFN-γ2基因长度与报道的鸭IFN－γ基因（AF087134）长度一致，为497个核苷酸，共编码145个氨基酸的成熟蛋白，推测其分子量约17ku。两者核苷酸水平的同源性为99．6％，有2个位置发生非同义变异，其氨基酸序列的同源性为98．6％；与其他禽类同源性为67．0％－68．0％，与人的同源性为34．4％。     

牛疱疹病毒1型洛精株gD基因的分子克隆及序列分析

根据已发表的牛疱疹病毒1型（BHV－1）P8－2株gD基因的核苷酸序列设计了1对特异性引物，对我国BHV－1洛株gD基因进行PCR扩增，并对其克隆，测序和分析，结果表明，gD基因的核苷酸长度为1251bp，其编码417个氨基酸，BHV－1洛精株gD与国外报道的P8－2株的gD基因的核苷酸的同源性高达99．92％，氨基酸的同源性高达100％，这说明BHV－1的gD糖蛋白高度保守。     

猪细小病毒Z株NS部分基因的扩增及序列分析

从猪细小病毒Z株提取基因组DNA，利用PCR扩增部分基因，并对该扩增片段进行测序与分析。结果表明，扩增的NS基因长330bp，编码109个氨基酸。氨基酸序列中含有猪细小病毒的重要保守序列。并有1个潜在的糖基化位点NFSN。Z株NS基因与其他猪细小病毒Kresse、NADL2-2、NADL2-1株的核苷酸同源性分别为99％、98％、98％，氨基酸同源性均为99％。     

猪细小病毒SY-99株非结构蛋白NS1基因的克隆及序列分析

猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV)SY-99株由本室分离，提取SY－99株的基因组DNA，利用PCR扩增出全长NS1基因，将该基因克隆到 核表达载体pET28a中并测序。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸，氨基酸序列中含有PP 制过程中发挥重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点，分别位于356－359、446－449、513－516位氨基酸处，SY－99株NS1基因与其它PPV毒株NADL2－1、NADL2－2、Kresse株核苷酸同源性分别为98％、99％、99％，氨基酸同源性分别为97％、99％、995。SN1基因的克隆为研究NS1在PPV的复制中所发挥的功能及利用人工表达的NS1来制备诊断抗原提供了可能。     

成华猪γ-干扰素基因分子克隆与序列分析

为研究猪γ—干扰素在抗御传染性疾病和肿瘤生物治疗中的免疫增强作用，本实验以ConA刺激成华猪外周血淋巴细胞提取激活淋细胞的mRNA，设计合成特异的引物序列，应用反转录—聚合酶链式反应(RT—PCR)扩增和克隆成华猪IFN—γ基因并进行序列5ll定。成华猪IFN—γcDNA约长500bp，从第68位核苷酸开始编码其信号肽，到569位核苷酸为终止子。IFN—γ基因的开放框架(ORF)由498bp构成，编码166个氨基酸。成华猪IFN—γ与猪IFN—γ基因核苷酸间同源性为98％，在261—269存在点突变，在氨基酸水平完全一致。IFN—γ氨基酸与鼠同源性为30％，与人同源性为40％。     

荣昌猪自细胞介素-6基因的克隆与序列分析

根据GenBank收录的猪白细胞介素-6（PIL-6）设计1对特异性引物，经刀豆蛋白素A（Co—nA）诱导猪淋巴细胞并提取总RNA，用1it—PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上，经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明：该基因cDNA全长741bp，开放阅读框由639个核苷酸组成，推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现：荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高，为99．8％。100％，氨基酸的同源性为99．5％-100％。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析，表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。     

鲫鱼干扰素基因的克隆与序列分析

试验应用反转录-聚合酶链（RT—PCR）技术,从100μg／mL刀豆蛋白A（Con A）刺激培养24h后的鲫鱼血液淋巴细胞总RNA中扩增出鲫鱼干扰素基因并测序,然后进行序列分析。结果克隆得到的鲫鱼干扰素基因大小为558bp,编码186个氨基酸。将克隆得到的鲫鱼干扰素基因与GenBank中发表的斑马鱼、虹鳟鱼、鸡、小家鼠干扰素基因以及人的1干扰素基因进行比较,核苷酸同源性分别为98．7％、31．9％、26．3％、26．1％、29．2％,氨基酸序列同源性分别为96．2％、12．0％、6．5％、7．1％、4．8％。     

藏猪白细胞介素-2基因的克隆及序列分析

将藏猪外周血淋巴细胞在伴刀豆球蛋白 A(Con A)的刺激下体外培养 70 h后 ,提取激活淋巴细胞总 RNA,应用RT- PCR技术扩增出藏猪淋巴细胞白细胞介素 - 2 c DNA (TPIL - 2 ) ,克隆到 p MD- T载体上并测序。测序结果显示 ,克隆的TPIL- 2 c DNA全长为 5 0 3个碱基 ,开放阅读框 (ORF)为 4 6 5个碱基 ,编码 15 4个氨基酸 ,分子量为 17.4 kd,等电点为 5 .38;疏水氨基酸 4 0 .3% ,亲水氨基酸 37.0 % ,碱性氨基酸 11% ,酸性氨基酸 11.7%。此 c DNA与报道猪的 IL - 2同源性为 10 0 % ,证实克隆到了藏猪白细胞介素 - 2基因 c DNA。     

内江猪γ干扰素基因的克隆、序列分析及真核表达载体的构建

将内江猪的外周血淋巴细胞在刀豆素（ConA）的刺激下培养24 h后，提取总RNA,应用一步法RT-PCR扩增γ干扰素（IFN-γ）cDNA,克隆到PMD18-T载体，命名为pMD-N-IFN-γ，测序结果证明克隆的cDNA全长603 bp，其ORF为501 bp，编码166个氨基酸，与Genbank公布的IFN-γ比对，核苷酸同源性在99.4%以上，从而证实成功地克隆了内江猪IFN-γ基因。以pMD-N-IFN-γ质粒为模板亚克隆完整ORF区,连接到真核表达质粒pcDNA3.1(+)的EcoRI、XhoI两位点之间，经单双酶切鉴定，成功的构建了IFN-γ真核表达载体pcDNA3.1(+)-N-IFN-γs。     

北极狐白介素-18基因的克隆与序列分析

根据GenBank中登录的犬白介素-18（IL-18）基因序列,设计了1对特异性引物。将北极狐外周血淋巴细胞经植物血凝素（PHA）诱导,用TRIzol裂解,提取总RNA,通过反转录聚合酶链式反应（RT—PCR）扩增狐狸IL-18基因,连接pMD18-T载体,转化DH5d感受态细胞,获得阳性重组质粒。核苷酸测序结果显示,获得的基因序列全长590bp,含582bp的开放阅读框,编码193个氨基酸,与已知犬IL-18序列的同源性高达98．7％,氨基酸同源性为96．4％。     

荣昌猪白细胞介素15成熟肽基因的克隆、表达及其表达产物活性检测

运用RT—PCR技术从由刀豆蛋白（ConA）诱导培养的荣昌猪外周血淋巴细胞（PBMC）扩增出猪白细胞介素15（pIL-15）完整开放阅读框（ORF），共489bp，编码162aa。与已公布的2个猪IL-15基因核苷酸同源性均为99．4％。分子进化分析表明其与人及哺乳动物IL-15基因的进化关系较近，而与鸡的IL-15基因进化距离较远。运用PCR技术从含荣昌猪IL-15开放阅读框序列质粒中扩增其成熟蛋白编码基因，共345bp。将其定向克隆于原核表达载体pET-32a（＋）后在E．coli BL21中诱导表达，SDS-PAGE结果显示表达的融合蛋白约为34ku，重组蛋白以包涵体形式表达，表达产物约占菌体总蛋白的38．7％；Western blot分析表明，在相对分子质量34ku处有一条特异性带；对诱导重组菌进行转录检测得到约356bp的特异性片段。MTT法试验证实，表达产物初步纯化、透析复性后，可明显增强淋巴细胞的增殖。荣昌猪IL-15成熟肽成功在体外表达，获得的高效表达的产物具有一定的生物学活性。     

香猪SRY基因的克隆及序列分析

试验参照猪SRY基因保守序列设计了1对引物,对香猪基因组DNA进行PCR扩增。将扩增产物通过T—A互补法克隆到质粒pGEM—T载体中,筛选阳性克隆进行DNA测序。测序结果显示,香猪SRY基因开放阅读框全长627bp,编码227个氨基酸。其中核心区域HMG—box长237bp,并且编码79个氨基酸。与白鲸、人、牛、绵羊4种哺乳动物的SRY基因序列相比较,香猪和白鲸的SRY序列具有较高的相似性,相似度达82．1％。序列相似性和邻接法聚类树的结果均显示,在SRY基因中香猪和白鲸有着较近的亲缘关系,表明以白鲸为代表的鲸目和以香猪为代表的偶蹄目有较近的亲缘关系。     

柔嫩艾美耳球虫第二代裂殖子表面抗原基因(λMZ5-7)的克隆及序列分析

本文选择E.tenella第2代裂殖子表面抗原基因（λMZ5－7）为侯选抗原基因，利用RT－PCR方法从E.tenella第2代裂殖子中扩增出了λMZ5－7基因，反这一片段克隆到PGEM－T－easy克隆载体上，得到的阳性克隆经PCR鉴定及酶切分析。结果表明，重组子（PGEM－T－λMZ）中含有λMZ5－7基因，且是正向插入的。核苷酸序列分析结果表明，该序列全长984bp，有一个开放阅读（933bp），与国外报道的λMZ5－7基因比较，同源性为98．8％，只是在335～347bp处缺少12bp，基余部分相同，缺少的12bp没有造成氨基酸编码的错位，缺少的4个氨基酸为Thr、Ser、Gln、Gln。克隆出的λMZ5－7基因可用于将来重组疫苗的研究。     

广西巴马小型猪IFN-Y基因的克隆和序列分析

将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增广西巴马小型猪Y-干扰素(IFN-Y)基因,并克隆到PMD18-T载体上,进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长558个碱基,包含501个碱基开放阅读框架,编码166个氨基酸,分子量为19．42ku。此cDNA与人、牛、山羊、马、狗和鼠的IFN-Y基因核苷酸比较,同源性分别为74．9％,86．5％,86．9％,81％,58．7％和63．3％,与其它猪种的IFN-Y基因核苷酸比较同源性为100％。     

猪淋巴细胞趋化因子XCL1的电子克隆和编码区序列RT-PCR验证

淋巴细胞趋化因子（XCL1）是C族趋化因子的一员,可由CD8＋T细胞、NK细胞、γδT细胞、肥大细胞等多种细胞产生,其趋化性主要作用于CD8＋T细胞和NK细胞。根据猪的EST数据库中猪XCL1基因序列,设计引物采用RT—PCR的方法从猪胸腺中扩增猪XCL1全基因序列,将其连接到pMD-19T载体上并测序,得到猪XCLl基因（GenBank登录号为EU743945）。猪XCL1cDNA大小为333bp,编码由110个氨基酸残基组成的多肽。该多肽序列含Chemokine-C、Chemokine、Chemokine-CC和SCY等功能域,与羊和人的氨基酸序列相似率分别为81．6％和68．4％。预测分析其为分泌蛋白,信号肽剪切位点在21A和22V。猪XCL1基因定位于猪4号染色体（CU468871）,基因结构与人XCL1的相似,都由3个外显子组成。该基因ORF翻译起始处基本符合Kozak规则,ORF起始密码子上游同一相位有终止密码子,ORF后有1个加尾信号,预测得到4个可能的启动子,可能性高达85％～98％。总之,通过电子克隆与试验验证,成功地克隆了猪新基因XCL1。