SSR分子标记分析云南引种油橄榄种质资源遗传多样性

【目的】对云南油橄榄出现不同品种之间的混淆、同种异名及同名异种进行准确鉴定。【方法】利用SSR荧光标记技术对云南永仁及丽江收集的82份油橄榄样品进行遗传多样性和分子鉴定。【结果】所筛选的20对引物共检测出181个等位变异,每对引物检测出3~14个等位变异,平均为9.05个。整个群体的观望杂合度为0.138 1~0.822 6之间,平均为0.489,期望杂合度为0.509 8~0.871 5之间,平均为0.721 6,PIC值在0.8以上的引物位点有3个,分别是DCA09、DCA18和GAPU71B。20个位点的扩增产物片断大约在53~233 bp之间。根据各品种的Nei’s遗传距离,运用UPGMA方法构建了所有品种的聚类图,结果 82份油橄榄参试样本被聚成了9个大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一大组中。【结论】云南油橄榄选育品种及引种品种均具有高水平遗传多样性。     

苏丹草品种间的RAPD分析

为评价苏丹草品种间的遗传多样性,用RAPD标记对14个苏丹草品种进行了遗传多样性分析.从100条RAPD引物中筛选出20条多态性明显、反应稳定的引物.14个品种共扩增出260条谱带,平均每条引物扩增出11.6条带,多态性比率达88.5％.聚类分析结果表明:苏丹草品种间遗传多样性丰富,材料间遗传相似系数分布在0.586 ～0.831;14个品种分为两大类,来自美国的“伊诺”和“布鲁赛”聚为一类;第Ⅱ类把高大型和低矮型聚为两类.结果显示出:聚类结果与形态特征有一定的对应关系,这为苏丹草种质资源的保存、利用和新品种选育提供了依据.     

卷首语

<正>农业生产是农业科学技术产生和发展的源泉和基础,农业科研工作必须紧密联系生产实际并及时提供指导,《Agricultural Science&Technology》一直注重于此。云南省林业科学院的宁德鲁研究员采用ISSR技术对48个引种和选育的油橄榄品种进行遗传多样性和聚类分析,发现所分析的油橄榄种质具有丰富的遗传多样性,为油橄榄种质资源的利用及进一步的良种选育提供了参考。湖南农业大学的陈烈臣研究员等对具有抑菌和杀虫活性的中草药资源及其在农药上的应用进行了阐述和分析,提出了中草药农药开发应用中值得进一步研究的问题,为中草药资源在农药上的开发提供了参考。     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

早熟枇杷种质资源的RAPD分析

为评价早熟枇杷种质资源的遗传多样性,用RAPD标记对贵州省内收集的16份和省外引进的3份早熟枇杷种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:从60条引物中筛选出6条稳定扩增的引物,共扩增出85条带,其中多态性带67条,多态性比例为78.82%。聚类分析,结果为19份早熟枇杷种质资源遗传多样性丰富,遗传距离在0.10～0.54;当GD=0.32时,19份早熟枇杷种质资源可以分为5类。结论:聚类结果与形态特征有一定的对应关系,这为早熟枇杷种质资源的保存、利用和新品种选育提供了依据。     

利用ISSR与SRAP分子标记分析金线莲种质资源遗传多样性

  目的  研究浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲Anoectochilus roxburghii样品间遗传多样性和亲缘关系,为金线莲种质资源鉴定及优良新品种(系)选育提供科学依据。  方法  以48份新鲜金线莲叶片为材料,分别采用简单重复序列扩增多态性(ISSR)与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,各挑选11条(对)多态性好、扩增条带清晰的引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-PC 2.1和POPGENE 32软件进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析。  结果  ISSR分子标记技术共扩增出86条条带,其中多态性条带84条,多态位点百分率为97.67%;SRAP分子标记技术共扩增出88条条带,其中多态性条带86条,多态位点百分率为97.73%,ISSR和SRAP标记均表现出较高的多态性。不同样本间的遗传距离和遗传一致度表明:浙江省与福建省的金线莲种质混杂严重,而遗传多样性结果显示:福建省的金线莲种群遗传多样性更高。此外,基于ISSR和SRAP标记的UPGMA聚类结果显示:48份不同种源的金线莲依亲缘关系的远近可分为四大类,聚类的划分受到一定地域性的影响,但各地域的金线莲品种在这四大类中均互有混杂。  结论  金线莲在物种水平上遗传多样性较高,在各地区、各品种(系)间遗传交流频繁,ISSR与SRAP分子标记技术可以从分子水平上揭示浙江与福建等地金线莲的遗传多样性,且结合ISSR标记与SRAP标记的分析结果要优于单一的分子标记结果。图4表3参24     

山西野生黄芩种质资源的RAPD分析

应用RAPD分子标记技术对7个山西不同产地的野生黄芩试管植株进行了分析,应用SPSS 19.0软件对结果进行了聚类分析。结果表明,5条引物扩增出20条片段,其中,多态性条带17条,多态率为85%;7个野生种质的遗传距离在0~1,可聚为两类,说明7个不同产地的山西野生黄芩之间存在明显差异,具有丰富的遗传多样性。研究结果为山西野生黄芩种质资源的保护和开发、利用以及黄芩优良种质的选育提供了试验依据。     

30份海南地区引种甘薯种质资源的SSR分析

为热带地区甘薯引种和新品种培育提供重要的理论依据,通过农艺性状比较筛选出在海南地区适应性较好的30份甘薯引种种质资源,利用SSR分子标记技术对30份甘薯种质资源进行遗传多样性分析,明确其在DNA分子水平上的遗传差异。结果表明:11对SSR引物可扩增出57条清晰的条带,其中多态性条带53条,多态性百分率93.0%,平均每对引物5.18条。经遗传相似性和聚类分析,30个甘薯品种遗传相似性系数在0.42~0.96,平均为0.62,甘薯品种间遗传多样性较丰富。以0.61的相似系数为阈值,30份材料聚成3大类。     

基于SRAP和ISSR标记的薄荷种质资源遗传 多样性及亲缘关系分析

[目的]研究薄荷种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为薄荷地方种质资源的收集、保护及材料创新提供参考.[方法]结合SRAP和ISSR标记对48份不同来源薄荷种质材料的DNA进行多态性扩增,并根据扩增图谱进行遗传多样性及聚类分析.[结果]利用筛选的20对SRAP和ISSR引物从48份薄荷种质材料分别扩增出187和183条条带,多态性比率分别为97.33%和97.27%.48份薄荷种质材料的平均Nei's遗传多样性指数(H')为0.1672,平均Shannon's信息指数(I)为0.2762,说明供试薄荷种质材料的遗传多样性较丰富.聚类分析结果显示,48份薄荷种质材料可分为五大类,其中I类又可分为5个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小;在遗传相似系数为0.76处可将33份贵州薄荷资源分为四大类.不同来源的薄荷群体遗传多样性排序为引进群体>贵州群体>重庆群体>云南群体,贵州群体与引进群体遗传距离最大,与云南群体和重庆群体遗传距离较小,说明贵州群体、云南群体和重庆群体亲缘关系较近.[结论]SRAP和ISSR标记对薄荷种质材料的多态性检出率较高.薄荷属种间具有丰富的遗传多样性,但种内遗传变异较小.贵州薄荷种质材料的遗传基础较引进材料狭窄,与云南和重庆的薄荷种质材料遗传背景较近.     

萱草属种质遗传多样性分析及初级核心种质库的构建

本试验在系统收集萱草属种质资源的基础上,以155份萱草属种质资源为材料,采用EST-SSR分子标记对其进行遗传多样性和聚类分析,基于分子标记聚类结果采用多次聚类优先取样策略构建萱草属初级核心种质库,并对初级核心种质库进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:(1)43对引物对155份萱草属种质共扩增出396条多态片段,平均扩增9.21条,引物多态性信息含量(PIC)平均值为0.6064,不同材料间的遗传相似系数平均为0.8642,依据遗传相似系数及聚类树状图,将155份种质聚类分为"黄花菜"和"萱草"2大类群。(2)通过6次取样建立萱草属初级核心种质库,包含32份种质(4个种、1个变种、27个品种)。初级核心种质库为原始群体的20.65%,保留了291个(68.69%)多态性位点,其中‘黄花菜’类群种质8份,占‘黄花菜’类群资源总数的13.56%;‘萱草’类群种质24份,占‘萱草’类群资源总数的25.00%。(3)43对引物对32份核心种质共扩增出272条多态片段,平均扩增6.3256条,PIC值平均值0.6060,不同种质间的遗传相似系数平均为0.7940;32份材料聚类分为"黄花菜"和"萱草"2大类群。     

油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。     

木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1....     

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.454 5~0.959 6。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。     

利用ISSR分子标记分析44份红麻种质资源的遗传多样性

1材料与方法1．1材料征集并选取红麻材料44份,分别来自11个国家和地区,其中包括野生种及半野生种12份,栽培品种32份．品种来源及类型见表1。     

24个荸荠品种遗传多样性RAPD分析

[目的]从分子水平上了解不同地区荸荠地方品种的亲缘关系及遗传多样性,为荸荠品种资源研究和选育提供理论依据.[方法]利用RAPD分子标记技术,对24个不同地区荸荠地方品种进行遗传多样性及聚类分析.[结果]从100条RAPD引物筛选出条带清晰、多态性理想的引物15条,共扩增出83条清晰带,其中多态性带为61条,多态性比例为73.5%.24个荸荠地方品种间的遗传距离为0.0976~0.6757,平均为0 3048;UPGMA聚类分析可将24份荸荠品种分为5组,其中第4组又可分为两个亚组,野生荸荠单独归为一亚组.[结论]24份荸荠品种的遗传基础相对较狭窄,亲缘关系较近,但部分不同地区栽培品种之间仍存在一定的遗传差异性.     

兰属品种间遗传多样性的AFLP分析

为从分子水平上研究兰属植物的遗传多样性和建立适合的分子标记反应体系.本研究采用AFLP分子标记技术,对兰属植物的9个品种进行了遗传多样性分析.结果表明,筛选得到的8对引物共扩增出965条DNA片段,其中多态性条带为931条,平均1对引物扩增条带121条（多态性带116条）,多态性位点频率为95.87％,说明遗传多样性丰富.用NTSYS2＆#183;10进行UPGMA聚类分析,属于同种的品种聚在一起,与表型分类基本吻合.兰属植物间遗传相似系数变化范围为0.416-0.606.此分子标记技术体系可为兰属分类及种质遗传多样性分析提供技术依据.     

用SRAP分子标记分析一串红品种资源的亲缘关系

应用SRAP分子标记,对24个国内外优良一串红品种（系）进行了亲缘关系分析。结果表明,从88个引物组合中筛选到24个多态性较高的引物组合,共扩增出306个多态性条带,平均每个引物组合产生12.8个多态性条带,获得了较高的多态性比率。对不同样本产生的扩增产物进行聚类分析发现,在相似系数0.72的水平上,可以把24个一串红品种（系）分为3大类:本课题组自育品种（系）全部聚在Ⅰ类;国外品种全部聚在Ⅱ类;‘展望白’和‘展望鲑红’聚为Ⅲ类,与其他花色截然分开。一串红SRAP分子标记的多态性与种质来源的关系密切,利用SRAP分子标记的聚类分析结果可为一串红杂交亲本选配、品种鉴定和知识产权保护提供依据。      

24份白肉枇杷种质资源的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对24份白肉枇杷种质资源进行分析.从89条ISSR引物中筛选出16条多态性好、扩增清晰的引物,共获得195个位点,有153个多态性位点,多态性百分率78.46％.采用NTSYS-PC2.0分析软件进行聚类分析,24份白肉枇杷种质资源的遗传相似系数为0.55～0.89,在遗传系数为0.72处将24份白肉枇杷种质资源划分为3类.结果表明,白肉枇杷种间在分子水平上具有丰富的遗传多样性,供试白肉枇杷的亲缘关系与地理来源相关性不甚明显,多数来源相同的种质资源遗传关系近,但也存在明显的不同来源地的种质资源聚为一类;同期检测到的7条特异性条带,可作为供试白肉枇杷的6个品种鉴定的参考性标记;获得的部分特异标记可以区分贵妃、新白1号和新白8号.     

利用RAPD分子标记对30份山茶属种质资源进行分类分析

[目的]对30份山茶属种质资源进行分类分析.[方法]利用RAPD分子标记技术研究30份山茶属种质资源的遗传多样性,并进行分类分析.[结果]17个RAPD引物共扩增出138条带,多态性条带为129条,多态性比率为93.5％,材料间的遗传相似系数（GS）变化范围为0.605 ～ 0.855.[结论]利用NTSYS软件对RAPD扩增结果进行聚类分析,可将30份资源分为5大类群,其分类结果与张宏达分类体系基本一致.