用PBA标记和各种DNA标记构成二倍体马铃薯的综合遗传图

为了综合反映马铃薯（Solanum tuberosum）的遗传图信息，本试验中我们用已开发的PBA（P450 based analogue，即P450基因模型）标记以及不同的DNA标记来构成了遗传图。供试材料为二倍体马铃薯的F1群体，用各种DNA标记共计401个来检测了双亲间的多态性；这401个标记分别为111个SSR，33个RFLP，87个RFLP-SIS，45个CAPS，94个RAPD，15个PBA，9个AFLP，3个RGL以及4个ISSR。结果在这401个标记中有127个标记（172个基因位点）显示出了亲本间的多态性，     

陆地棉5个突变基因的标记与定位

本文以3个陆地棉突变体材料T582、T586、ml分别与海7124杂交获得的F2作为标记群体,对红株（R1）、花粉颜色（P1）、芽黄（v1）、花瓣叶（ml）、丛生铃（cl1）这5个表型性状进行基因定位,用Mapmaker／Exp3．0b进行连锁分析,将红茎基因（R1）定位于第16条染色体的NAU751和NAU450标记之间,与它们的遗传距离分别是5．3cM,11．3cM;黄花粉基因（P1）定位在第5条染色体的NAU569c和CIR253b之间,与它们的遗传距离分别是5．2cM,5．5cM;芽黄基因（v1）定位在第20条染色体上,与CIR094a的遗传距离为10．3cM;花瓣叶基因（ml）定位在第4条染色体上,与SSR标记位点NAU2623a的距离为0．6cM;丛生铃基因（cl1）定位在第16条染色体上,与BNL1694a的遗传距离为0．1cM,并且cl1和R1,的遗传距离为45．9cM。     

ISSR和EST-SSR标记在检测中国、日本和肯尼亚茶树品种遗传多样性上的比较分析

本研究利用ISSR和EST-SSR标记对中国13个、日本4个与肯尼亚5个茶树品种的遗传多样性进行分析,重点比较了ISSR和EST-SSR在多态性位点数、引物解析能力、多态性信息含量和标记系数等方面的差异。结果表明在位点检测能力上ISSR明显高于EST-SSR,每条ISSR引物可检测的平均条带数（12.5）比每对EST-SSR引物（3.1）高三倍。ISSR标记的Rp值是EST-SSR标记的6.3倍,其多态性信息含量（PIC）和标记系数（MI）也明显高于EST-SSR,这表明ISSR具较高的多态性位点检测能力和较高的标记效率。EST-SSR揭示的Nei基因多样性（H=0.28）高于ISSR（0.21）,这种差异进而会影响到遗传距离和聚类分析的结果。在检测中国、日本和肯尼亚茶树品种的遗传差异上,两种标记表现出较一致的趋势,中国茶树品种在多态性位点数量、Nei基因多样性、遗传距离上均大于日本和肯尼亚的茶树品种。研究还表明,由于EST-SSR可检测到等位位点的变异,它比ISSR可以更准确地反映和揭示供试品种的遗传多样性水平。同时由于单个EST-SSR标记检测到的位点数量较ISSR标记少,且特异性较强,谱带较易分辨,因此比ISSR标记更适用于对大量样本的分析。     

南江黄羊体重性状的微卫星标记研究

通过10个微卫星位点，对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测，方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后，利用该引物对随机群体进行检测，应用线性模型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现，BM3413位点的186bp和190bp等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因，这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关，相关系数在0.5180～0.7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、MB066位点的98bp等位基因，这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著（极显著）的负相关，相关系数在-0.6539～-0.388之间。     

遗传标记在石榴种质资源研究中的应用

石榴属石榴科石榴属植物,具有较高的营养价值、药用价值和观赏价值。笔者从形态、细胞、生化和DNA分子等不同层面对遗传标记在石榴种质资源研究中的应用进行阐述,并对遗传标记方法的优缺点及存在的问题进行分析和探讨,最后提出了一些建议。遗传标记的应用,特别是分子标记的发展,将为石榴遗传多样性研究、亲缘关系分析、分类研究、品种鉴定、遗传图谱构建以及功能基因定位等相关研究开辟新的途径。     

转基因林木中安全标记基因的研究进展

近年来,林木转基因研究进展迅速。但是,由于基因工程技术中使用选择标记基因可能对生态、环境、非靶标生物等带来危害,标记基因的安全性问题已越来越受到人们的关注。据报道在基因工程研究特别是植物转基因研究中使用安全标记基因遗传转化系统方面已作了大量尝试。本文主要综述林木植物转基因研究中应用安全标记基因遗传转化系统的研究现状,重点介绍了正选择标记的使用,可重组系统去除标记基因,利用位点特异性重组去除叶绿体DNA中标记基因的叶绿体遗传转化表达载体系统,及未来基于高转化率和大量快捷PCR筛选的完全无选择标记基因的遗传转化体系等研究进展与应用前景。     

利用SSR分子标记进行海岛棉遗传多样性研究

中国农科院棉花所陈光等利用SSR分子标记，对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种（系）及8个国外品种的遗传多样性进行研究。通过256对SSR引物的筛选，选择24对扩增效果好的引物对53个海岛棉种质资源进行遗传多样性的检测分析，共检测出106个等位位点，每对引物等位位点数在2～8之间，平均为4.4。     

DNA分子标记及其在遗传育种上的应用

本文比较系统地介绍了DNA分子标记的种类（RFLP、“小卫星”DNA、“微卫星”DNA、AP－PCR、RAPD和AFLP等）、含义、技术、原理和特点，重点阐述TDNA分子标记在遗传育种上的应用前景。     

大豆育种群体中Satt 481分子标记与缺铁失绿抗性相关

大豆育种学家已经采用传统的育种方法改良了缺铁失绿（IDC）抗性，然而许多IDC抗性品种的产量都低于IDC敏感品种。环境在IDC抗性表达方面的重要性阻碍了IDC抗性育种进展。不依赖于环境的选择策略，如标记辅助选择可能会提高育种效率。本文旨在研究以前报道的位于控制IDC抗性数量性状位点的SSR标记是否与育种群体的IDC抗性有关。本试验在衣阿华检测了与8个控制IDC抗性QTL遗传连锁的108个SSR标记。本研究所用育种群体是由Pioneer9254与A97—770012的组合建立的。     

采用SSR标记辅助选育具有Xa22（t）的云南高原粳稻新种质

以高原粳稻新品种滇粳优1号为轮回亲本，携带Xa22（t）基因的云南地方稻种扎昌龙为供体亲本，回交后代BC3F1290个株行和BC3F2290个株行为供试材料，采用与Xa22（t）紧密连锁标记RM224及其它1l对SSR标记进行辅助选择。290株BC3F1个体在RM224位点上杂合基因型个体的比率为21．04％；其它11对SSR标记位点的轮回亲本纯合基因型个体比率平均为93．07％，但不同染色体标记位点上纯合基因型的比率不同。用云南高原粳稻上的白叶枯病优势菌株YH24对亲本、BC3F1单株和BC3F2株行接种鉴定，     

功能标记及在品种鉴定和辅助育种中的应用前景

功能标记是根据功能基因内部引起表型性状变异的多态性基序开发出来的一种新型分子标记.由于来自基因内的功能性基序,此类标记不需要进一步验证就可以在不同的遗传背景下确定目标等位基因的有无.本文详细描述了功能标记的概念及与其它几种类型遗传标记相比存在的优势:提出了功能标记开发的基本条件和发展策略.利用关联分析方法和近等基因系途径可以获得直接或间接的功能标记.结合本单位的研究方向,探讨了功能标记在分子标记辅助育种和品种鉴定中的应用潜力和开展相关工作的一些设想.     

基于转录组数据的三雌蕊小麦中SNP/InDel位点的挖掘

为了进一步定位Pis1基因,加快小麦的分子标记辅助育种工作,获得高质、高产、稳产的小麦品种。以川麦28(CM28)与其三雌蕊近等基因系CM28TP为研究材料,对CM28和CM28TP幼穗的3个阶段(幼穗长度为0.2～0.5 cm, 0.5～0.7 cm, 0.7～1.0 cm)进行转录组测序,然后通过GO数据库对变异位点所在的基因进行分类分析,并选取4个位于Pis1基因附近的SNP标记进行验证。结果表明,CM28TP和CM28幼穗3个阶段共有的SNP/InDel位点为5 310个,其中SNP位点5 024个,InDel位点286个。SNP位点中转换类型(63.33%)多于颠换类型(31.28%),两者的比值达到了2.02;InDel位点中插入类型(152个)多于缺失类型(134个);SNP/InDel位点在A基因组上分布最多、其次是B基因组、D基因组上最少。对SNP/InDel所在的基因进行GO分类注释表明,生物学进程中基因的占比最高,其次是细胞组分和分子功能。SNP/InDel位点对蛋白质功能的影响预测表明,有36个变异位点会严重影响蛋白质功能,中度影响蛋白质功能的位点有1 279个。从Pis1基因的定位区间附近筛选了4个SNP位点进行PCR扩增和测序验证,发现这4个位点与RNA-Seq分析结果一致,这表明挖掘出的SNP/InDel位点是准确的。本研究丰富了小麦中的SNP/InDel标记,为小麦高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种奠定了基础,同时开发出的4个位于Pis1基因附近的SNP标记,为图位克隆该基因提供了可能。     

目标起始密码子多态性(SCoT):一种基于翻译起始位点的目的基因标记新技术

随着功能基因组学的发展,分子标记领域已开始从传统的随机或匿名性分子标记转向目的基因标记和功能性标记.目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCOT)标记是一种基于翻译起始位点的目的基因标记新技术,具有操作简单、重复性好等特点,根据ATG翻译起始位点侧翼保守序列来设计单引物,扩增产生偏向候选功能基因区显性多态性标记,适合不同层次实验室的不同领域的广泛应用,SCoT标记已开始在水稻和花生上得到运用.本文旨在介绍给研究者一种可以作为传统的RAPD、ISSR标记有效补充的目的基因标记新技术,希望其广泛的应用于生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状标记等方面.     

全糯特种小麦——白糯麦17的选育研究

糯小麦（Waxy wheat）指小麦籽粒中的淀粉99％以上由支链淀粉构成（直链淀粉含量〈1％，Amylose-free），由于糯小麦具有普通小麦所没有的淀粉特性，有较大的商业开发价值和广阔的市场前景。本研究利用Kanto 107（Wx-A1b，Wx-B1b）与白火麦（Wx-D1b）的杂交后代98Y1441作为糯质隐性突变基因供体，以高产小麦品种川麦107（Wx—B16）作为高产供体，采用Wx-A1、Wx-D1位点的2个共显性STS标记和Wx-B1位点的1个显性STS标记对杂交后代进行辅助选择，结合有限回交、异地加代繁殖、生化标记辅助选择等技术，将糯性、高产以及适应性相聚合，历经5年10季，选育获得了籽粒淀粉中具有100％支链淀粉含量的新型全糯特种小麦——白糯麦17。白糯麦17具有极低的峰值粘度、低谷粘度和最终粘度，其峰值粘度为270．9cp（22．5RVU），低谷粘度26．1cp（2．2RVU），最终粘度41．6cp（3，5RVU），并且富含具有保健功能的戊聚糖和Fe、Mg、Se等矿质营养元素，具有高的工业应用价值。白糯麦17籽粒白色、商品性高，产量与四川省目前生产上的主推品种相当，利用白糯麦17面粉制作的汤圆口感滑爽、细腻，营养丰富且不混汤，市场开发前景广阔。     

亚洲棉种质资源的SSR遗传多样性分析

 对我国棉花中期库保存的200份不同地理来源的亚洲棉代表性样本进行了SSR遗传多样性分析,结果表明：亚洲棉分子水平的遗传多样性较高。83个多态性位点共检测到368个等位基因变异,其中多态性的等位基因数为329个,平均每个SSR位点3.964个。位点多态性信息量（PIC）变幅为0.010～0.882,平均0.578,PIC值大于0.7的标记有33个（占39.8%）。基因多样性（H′）变幅为0.031～2.163,有效等位基因数（Ne）变幅为1.010～8.496。华南棉区基因遗传多样性最高,其次为长江流域棉区、黄河流域棉区,从理论上支持被广泛接受的亚洲棉在我国的传播路线是由南到北,华南棉区是中棉种系的遗传多样性富集中心。利用软件NYSTS-pc2.20,采用类平均法(UPGMA)进行聚类分析,种质间SSR相似系数变幅为0.58～0.997,平均0.745,在阈值0.73处200份亚洲棉聚为8个类群,贵池小子棉白子单独聚为一群,与其他种质遗传距离较远。遗传距离和地理距离没有必然联系,但种质间亲缘关系处于极端远或极端近时,则地理距离一般也趋于较远或较近。     

我国棉花抗枯、黄萎病骨干品种（系）基于AFLP的遗传多样性

利用AFLP分子标记技术，对我国20世纪50年代开展抗枯、黄萎病育种以来培育的105份骨干品种（系）的遗传多样性进行了研究。结果表明，筛选的20个AFLP引物组合在该品种群体中扩增了1498个AFLP标记，其中多态性标记232个，占总标记数的15．5％。单一引物组合扩增的DNA标记数变幅在49-111之间，平均每个引物组合扩增的总标记和多态性标记分别为74．9和11．6。     

利用AFLP Brassica-SSR标记构建萝卜分子连锁图

利用中国萝卜“黄河红丸”和日本萝卜“打木源助”间的F1杂种群体，根据AFLP标记、Brassica衍生的SSR标记和自交不亲和性的特定SLG标记构建成了萝卜的分子连锁图。供试38组AFLP、60组SSR和1组SIG引物时，共发现了328个多态型；241个基因位点（221个AFLP，19个SSR和1个SLG）处于由9组主要连锁群和2组小连锁群构成的并且全长为675．8cM的连锁图中。在第2连锁群中发现了自交不亲和性基因（S-基因位点）。     

黑龙江省主栽大豆品种遗传多样性和群体结构分析

利用187对SSR标记对近25年（1992-2017）在黑龙江省栽培的202个大豆品种进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,从试验材料的基因组DNA中扩增出多态性位点808个,平均每对引物扩增出多态性位点4.42个;多态性位点最多的引物是satt703和satt311,均为10个;等位变异频率最高的引物是satt417和satt575,等位变异频率均为99.5%。供试品种间的遗传相似系数为0.283~0.930,平均值为0.519。同一个育种单位育成的部分品种具有较高的遗传相似性。群体结构、主坐标分析和NJ聚类将202个品种划分的结果是一致的,均为3个类群。类群中的部分材料血缘不是独立的,而是相互渗透的。     

普通菜豆根系相关性状的关联分析

幼苗期根系发育对作物的生长发育具有重要作用。利用生长袋纸培系统对324份普通菜豆种质的主根长、根干重、根体积、根表面积等9个根系相关性状进行表型鉴定,并结合覆盖全基因组、有多态性的116对SSR标记,利用MLM（Q+K）模型进行表型和标记的关联分析。表型分析表明,324份材料的9个根系相关性状表型变异丰富,平均变异系数的变动范围是10.09%~37.03%;基因型分析表明,116个多态性SSR标记共检测到919个等位变异位点,每个标记的平均基因多样性指数为0.59,多态性信息含量（PIC）平均值为0.54,显示这些标记具有较高的基因多样性;群体结构分析表明,供试材料分为两个亚群,与普通菜豆起源于两个基因库对应;关联分析结果显示,以P<0.01作为显著条件,共检测到48个显著标记位点,其中有10个位点同时与2个以上性状相关联,有5个位点与前人研究结果一致。研究结果为进一步理解普通菜豆根系的遗传机理提供了理论参考,也为分子标记辅助选择改良普通菜豆根系奠定了基础。     

分子标记技术在蔬菜作物品种鉴定与纯度检测中的应用

品种鉴定与遗传纯度检测是蔬菜作物种子品质检验极为重要内容。本文综述了以蛋白质、DNA为基础的分子标记,如蛋白质与同工酶、RELP、RAPD、SSR、ISSR等分析技术应用于蔬菜种子检测的基本原理与进展。利用标记分析技术成功进行F1种子纯度检测的关键是亲本与杂交种间稳定差异位点的获得。已获得的重要园艺性状紧密连锁的遗传标记将有利于F1种子纯度鉴定。由于分子标记客观、稳定、快速、高效,这些技术将在今后种子检测中起到重要作用。