基于线粒体Cytb基因序列的西江流域广西境内卷口鱼遗传多样性分析

为了解西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群遗传结构及分化程度,采用线粒体Cytb基因序列对西江流域广西境内6个江段的139尾野生卷口鱼的遗传多样性进行了分析。结果显示,线粒体Cytb基因长度为1 053 bp,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.1%、27.7%、29.3%、13.9%,其中A+T (58.4%)高于C+G(41.6%)。共定义20个单倍型,并聚为2个分支,未观察到明显的地理聚群。6个卷口鱼群体的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.768 2、0.002 3,其中红水河群体(单倍型多样性h=0.748 7,核苷酸多样性π=0.003 3)遗传多样性最高,柳江群体(h=0.274 4,π=0.000 4)和左江群体(h=0.374 7,π=0.000 3)的遗传多样性相对较低。卷口鱼总体的遗传分化指数(F_(ST))为0.461 4 (P0.01),表现出较大的遗传分化。两两群体间遗传分化结果显示,左江和柳江种群之间的遗传分化程度最大,而柳江和西江之间最小。AMOVA分析表明西江流域的卷口鱼群体遗传变异一半来自群体内(53.86%),一半来自群体间(46.14%)。中性检验(Tajima's D=-1.082 8,P0.05;Fu's Fs=-6.572 5, 0.01P0.05)与碱基错配分布分析表明西江流域卷口鱼种群大约在0.07～0.187 Ma经历了种群扩张。综上,西江流域广西境内的卷口鱼柳江群体和左江群体遗传多样性较低,总群体分化程度较大,但仍属于一个种群,其中空间距离与地理阻隔对卷口鱼的遗传分化具有一定的促进作用。     

基于线粒体D-loop的西江流域粗唇鮠群体遗传多样性分析

为研究西江流域粗唇鮠(Leiocassis crassilabris)种群遗传多样性,以采自西江流域7个不同江段的227尾粗唇鮠为样品,采用PCR与DNA测序技术,获得7个江段粗唇鮠线粒体D-loop序列长度为666 bp,碱基T、C、A、G的平均含量为32.9%、23.3%、29.4%、14.4%,A+T(62.3%)明显高于C+G(37.7%)。7个江段群体的遗传多样性处于较低水平,整个群体单倍型多样性指数为0.052 24,核苷酸多样性指数为0.000 11,其中,均以西江群体最高,分别为0.199 51、0.000 52,都柳江、柳江、郁江和左江群体最低,均为0.000 00,整体呈现下游高于上游,南方高于北方的现象。NJ系统树表明本次调查的粗唇鮠群体拥有6种单倍型。群体间表现出很小的遗传分化,Fst为-0.010 62～0.019 77。AMOVA分析结果显示,变异几乎全部来自种群内部,其中不同江段群体间的变异占0.13%,群体内部占99.87%。动态历史分析结果表明,西江流域广西段粗唇鮠的有效种群可能是在距今0.75～1.25 Ma前由单一、少数种群所产生,西江流域粗唇鮠种...     

黄鳍棘鲷线粒体D-loop序列的遗传结构

为探明分布于我国华南沿海的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性与遗传分化状况,实验采用线粒体控制区(D-loop)基因序列分析华南沿海的厦门、汕尾、阳江、海口、三亚、北海、钦州和防城港8个地理位置的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性及群体遗传结构.结果 显示,黄鳍棘鲷8个群体320条D-loop序列全长为947～958bp.共检测到29个插...     

基于线粒体D-loop基因的中国海三疣梭子蟹遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(F_ST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68～26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(N_em>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记,基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明,比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等,且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明,所有的单倍型随机地聚集在一起,没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示,3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上,3个蛇(鱼句)...     

东山湾青石斑鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、C、A和G碱基平均含量分别为33.4%、17.3%、35.4%和13.9%,共发现53种单倍型,包括179个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.019 7,单倍型多态性(Hd)为1.000,核苷酸多态性(π)值为0.017 2。研究表明,东山湾青石斑鱼种群的遗传多样性处于中等水平。     

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区序列的长麦穗鱼遗传多样性研究

为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(H_d)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173～0.03615 (Cyt b)、0.00193～0.02639 (D-loop);遗传分化指数(F_st)和基因流(N_m)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,...     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

内蒙古达里湖及岗更湖东北雅罗鱼D-loop基因序列及多样性研究

文章对内蒙古达里湖和岗更湖东北雅罗鱼（Leuciscus waleckii Dybowski）的mtDNA D-loop 序列进行扩增,获得了896 bp的同源基因序列,得到的同源基因片段中A、T、C和G碱基的平均含量,达里湖群体为 32.0%、32.2%、21.3%和14.5%;岗更湖群体为32.0%、32.2%、21.4%和14.5%;达里湖和岗更湖鱼群D-loop基因CG含量相当,未见明显差异。2个群体内和群体间都存在丰富的序列多态性,两湖群体的D-loop基因896个位点中存在可变位点33个,其余位点较为保守;达里湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变位点21个,11个单倍型;岗更湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变体位点31个,17个单倍型;岗更湖鱼群D-loop基因多样性高于达里湖。遗传距离计算显示,岗更湖和达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 0。达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.003 6;岗更湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 4。岗更湖鱼群D-loop基因的平均遗传距离大于达里湖鱼,前者群体D-loop基因进化速度大于后者。     

珠江卷口鱼形态特征与染色体组型

对珠江卷口鱼形态特征和染色体组型进行了初步研究。在珠江干流西江的肇庆、郁南、桂平以及其上游柳江的柳州采集野生卷口鱼450余尾,全长165～236 mm,体重167.84～586.25 g。随机选取试验鱼进行观察、解剖、测量和拍照。发现卷口鱼具有形态多样性。在体型上,一种体高较高,为高背型,主要来自桂平极其下游;另一种为平背型,主要来自柳州及上游。在体色上,腹部颜色变异较大。腹部颜色有乳白色、黄色和棕黑色三种。无雌雄异型现象。卷口鱼口下位,内卷;咽齿较发达,鳞中等大,侧线鳞式37～46,5～8/5～6-A。胃不发达,肠长为体长的1.36～1.51倍。肋骨14,脊椎骨38-40。以肾脏为材料,用空气干燥法制备染色体标本,卷口鱼的染色体数目为2n=50,核型公式为12 m 16 sm 18 st 4 t,NF=78。     

恢复生态学的理论与研究进展

为了解西江流域广西境内卷口鱼 (Ptychidio jordani) 种群遗传结构及分化程度,采用线粒体Cytb基因序列对西江流域广西境内6个江段的139尾野生卷口鱼的遗传多样性进行了分析。结果显示,线粒体Cytb基因长度为1 053 bp,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.1%、27.7%、29.3%、13.9%,其中A+T (58.4%) 高于C+G (41.6%)。共定义20个单倍型,并聚为2个分支,未观察到明显的地理聚群。6个卷口鱼群体的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.7682、0.0023,其中红水河群体 (单倍型多样性h=0.748 7,核苷酸多样性π=0.003 3) 遗传多样性最高,柳江群体 (h=0.274 4, π=0.000 4) 和左江群体 (h=0.3747, π=0.000 3) 的遗传多样性相对较低。卷口鱼总体的遗传分化指数 (F_ST) 为0.461 4 (P<0.01),表现出较大的遗传分化。两两群体间遗传分化结果显示,左江和柳江种群之间的遗传分化程度最大,而柳江和西江之间最小。AMOVA分析表明西江流域的卷口鱼群体遗传变异一半来自群体内 (53.86%),一半来自群体间 (46.14%)。中性检验 (Tajima's D=−1.082 8, P>0.05;Fu's Fs=−6.572 5, 0.01<P<0.05) 与碱基错配分布分析表明西江流域卷口鱼种群大约在0.07~0.187 Ma经历了种群扩张。综上,西江流域广西境内的卷口鱼柳江群体和左江群体遗传多样性较低,总群体分化程度较大,但仍属于一个种群,其中空间距离与地理阻隔对卷口鱼的遗传分化具有一定的促进作用。

     

南四湖泥鳅 mtDNA 控制区遗传多样性分析

利用PCR-测序技术,对采自南四湖和淮河的12个泥鳅个体的mtDNA 控制区5’端416 bp序列进行了测序,共发现86个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.206。这些核苷酸的变异位点中55个为插入缺失,31个为碱基替代,变异位点的分布主要集中在6～36,110～158,366～384核苷酸区段中,其余核苷酸区域相对保守。南阳湖、微山湖与淮河三个泥鳅种群间的遗传距离在0.071～0.080之间,表现出高的遗传变异率。     

基于线粒体DNA D-loop的都柳江鲇形目两种经济鱼类种群遗传多样性研究

以采自贵州都柳江的鲇鱼、斑鳠各39尾个体为样品,采用PCR和DNA测序技术,研究了这两种鱼类线粒体DNA D-loop的结构和种群遗传多样性。获得了鲇鱼、斑鳠D-loop 5′端长度分别为544~545bp、546~547bp的DNA序列,并分别检测到58、15个变异位点。同时,识别了该2种鱼类D-loop终止序列区和中央保守区的核心序列,在中央保守区之后均有一个Poly-T结构。都柳江鲇鱼、斑鳠种群D-loop序列中,分别有51、12个多态位点,并分别定义了11、8种单倍型。都柳江鲇鱼、斑鳠种群单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.772、0.02301、12.451和0.331、0.00131、0.714。目前,都柳江鲇鱼种群遗传多样性较为丰富,具有良好的种质价值和保护前景;斑鳠种群遗传多样性贫乏,保护和恢复该种群的数量和遗传多样性刻不容缓。     

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高,但是各种群之间存在一定的遗传分化,可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用,特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远,更具引种价值。     

西江鱼类群落多样性及其演变

2005-2008年对珠江下游西江江段6个采样点进行鱼类多样性调查,共采集鱼类96种,隶属于13目29科75属,辐斑虫纹东方鲀(Takifugu vermicularis)、南方波鱼(Rasbora steineri)、西江鲇(Silurus gilberti)等8种为西江新记录鱼类。西江鱼类群落多度大于1%的种类有17种,前5位依次是鲮(Cirrhina molitorella)、(Hmiculter leucisxulus)、赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)、广东鲂(Megalobrama hoffmanni)、子陵吻虾虎鱼(Rhinogobius giurinus);多度小于0.1的有28种。西江鱼类群落以定居性、杂食性种类为主;与历史比较杂食性、定居性鱼类种类所占百分比上升,肉食性、洄游性、半洄游性鱼类所占比例下降。聚类分析发现西江鱼类群落可以分为3个类群,即:上游类群、中游类群和下游河口类群;物种组成差异分析结果表明,不同江段鱼类群落有明显的差异,相同生境类型江段的鱼类物种相似性较高;上游的物种多样性明显高于下游。通过个体生态学指数(autecology index)分析,西江鱼类群落底层生活、口下位、喜急流生活、肉食性种类受影响程度大,而口端位、杂食性、喜缓流的种类演变成优势种群。航道整治、大规模无序挖沙、河口水体污染、过度捕捞等因素是影响西江鱼类群落变动的主要原因。     

5种类型鲤鱼线粒体DNA D-loop及邻近区段的遗传多样性分析

采用PCR技术对乌克兰鳞鲤、德国镜鲤、框鳞镜鲤、红镜鲤和州河鲤共97尾个体的线粒体DNA D-loop及邻近区段进行了扩增,经测序后获得碱基顺序排列清晰的DNA片段,长度分别为1342、1343、1344 bp。共得到8种单倍型(GenBank序列号为MG786481~MG786483,MG786485~MG786487,KC292935,KC292936)。使用Mega 6.0软件计算出5个群体的组内及组间遗传距离,并构建邻接系统树。线粒体DNA D-loop及邻近区段、单独D-loop区段的碱基序列分析结果表明,单倍型Ⅰ至Ⅳ为欧洲血统,碱基差异位点数较多,变异程度较高;单倍型Ⅴ至Ⅷ为亚洲血统,碱基差异位点数较少,变异程度较低。在线粒体DNA D-loop及邻近区段内,德国镜鲤组内平均遗传距离为0.00462,核苷酸多样性指数为0.00458,平均核苷酸差异性为6.150,遗传多样性最大;州河鲤组内的平均遗传距离为0.00065,核苷酸多样性指数为0.00065,平均核苷酸差异性为0.870,遗传多样性最低。     

3个地理群体仿刺参D-loop序列的变异及系统发生分析

为研究中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)3个仿刺参群体的遗传结构,实验采用PCR扩增和测序技术,对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D-loop序列进行了分析。结果显示,D-loop序列长度为447~465 bp,平均A+T含量(59.2%)显著高于G+C含量;共检测到119个变异位点,多态位点比例为24.24%,其中简约信息位点为53个,共有40种基因型,群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示,3个群体均显示出较丰富的遗传多样性;分子方差(AMOVA)分析表明,3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化,且93.04%的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远,为0.042,KN群体与RV群体之间遗传距离最近,为0.037 4。将本研究所得序列结合GenBank中青岛(QD)和威海(WH)仿刺参的D-loop序列构建系统发育树,QD与WH仿刺参首先聚为一小支,然后与CD群体聚为一大支,KN群体与RV群体聚为独立一支,这一聚类方式符合地理隔离模式。