基于EST信息的百合SSR标记的建立

依据已知的百合EST（expressed sequence tags）序列信息,开发新的SSR(simple sequence repeats)标记,在NCBI的EST数据库1 688 EST中检索到98条含有101个SSR的序列, SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%。EST-SSR的重复基元共搜索到47种,其中三核苷酸重复基元类型最为丰富,大约占重复基元类型总数的一半。利用部分EST-SSRs序列共设计23对SSR引物, 以铁炮百合‘Snow Queen' DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%。本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法。     

橄榄转录组SSR信息分析及分子标记开发与应用

选取不同品种（系）橄榄成熟果进行转录组测序,结果获得296 314条序列,应用MISA软件进行SSR位点分析,获得86084个SSR位点,分布在70686条序列中,SSR在所检测序列中出现频率为23.86%,其中54735条序列含有两个及以上的SSR位点,占比达68.4%;橄榄转录组中SSR序列以复合型核苷酸、单核苷酸、二核苷酸重复类型为主,三者占SSR总数的88.88%;单核苷酸、二核苷酸重复类型中优势基元分别为A/T、AG/CT/TC/GA。以6个不同橄榄品系（种）为研究对象,对随机挑选的99对SSR引物进行有效性与多态性筛选,最终开发了53个有效性SSR分子标记,12个多态性SSR分子标记。利用开发的12个多态性EST-SSR标记对59份橄榄种质进行多态性评价与群体结构分析,结果共检测到48个多态性位点,香农多样性指数平均0.876,多态信息含量平均0.426。利用混群模型分组、UPGMA聚类和PCA对59份橄榄种质进行群体结构分析,混群模型分析结果与UPGMA聚类结果、主成分分析结果有类群上的交叉,但类群数有所不同,混群模型将其划分为3个类群;UPGMA聚类分析在遗传相似系数为...     

南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究

 利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes（38 Mb）,通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点（2.24%）,其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14 ~ 25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3 ~ 4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以（AG/CT）_n、（AT/AT）_n、（AAG/CTT）_n、（AGC/CTG）_n、（AGG/ CCT）_n 和（ATC/ATG）_n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的（CG/CG）_n和（CCG/CGG）_n重复。通过L₉（3⁴）正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10 μL PCR体系中含DNA 20 ng,1× PCR缓冲液,MgCl₂ 20 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25 μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

金针菇基因组SSR位点分析及标记开发

以金针菇(Flammulina velutipes)基因组序列为基础,对其SSR位点进行分析,设计16对引物对其中16个SSR位点进行标记设计,并对6个商业化的金针菇品种进行筛选.统计结果表明,金针菇基因组有1279个位点,SSR位点密度为35.53/Mb,并以三核苷酸基序为主,重复数≥10的SSR(即高频)基序数目总计246个,占所有SSR位点的19.23％.设计的16对SSR标记均能扩增条带,多态率仅为18.75％.     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

利用荧光SSR标记构建杏新品系的分子身份证

以15份杏种质(包括4个新品系)为试材,采用6个荧光SSR标记进行PCR试验,构建了4个杏新品系的分子身份证,以期为利用分子鉴定技术对4个杏新品系进行品种权保护提供参考依据。结果表明:利用6个标记共检测到47个等位基因,57个带型,平均每个标记获得9.8个带型;利用其中5个标记构建10位数的分子身份证,‘开园’‘春华’‘英华’和‘美华’4个新品系的分子身份证分别是2578231744、5878341744、277a231344和6768174612,既互不相同,也与其它种质的分子身份证不同。这些结果为4个杏新品系利用分子鉴定进行品种权保护提供了依据。     

基于花脸香蘑基因组的SSR分子标记开发

以4个花脸香蘑菌株及已公布的花脸香蘑基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了花脸香蘑基因组上的SSR类型及分布,设计了50对SSR引物开展试验验证,以期为花脸香蘑的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明：总计检索到7种SSR类型的2 486条序列,其中主要以单碱基(P1)类型为主,占总SSR的67.70%,且分布密度较高;四、五、六碱基重复的类型较多,但数量较少。由验证试验获得4对多态性高、重复性好、特异性好的引物,分别为HLMSSR001、HLMSSR004、HLMSSR015和HLMSSR041。其中,HLMSSR001和HLMSSR004可以通过单一的引物扩增即可将4个花脸香蘑菌株进行区分鉴定。同时,基于4对引物进行花脸香蘑DNA指纹编码的构建,获得了4个花脸香蘑菌株唯一的8位数分子指纹数据库编码。     

南方红豆杉SSR 分布特征分析及分子标记的开发

 利用基因组勘测序列（GSS 序列）探讨开发南方红豆杉（Taxus wallichiana var. mairei）SSR 标记的可行性。从1 923 条GSS 序列中搜寻到184 个SSR 位点。其中二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重 复所占比例分别为88.6%、10.3%和1.1%。不同核苷酸在重复序列中的频率分析表明,a 和t 所出现的频 率远远高于c 和g 的频率。对所获得的184 个SSR 位点设计引物,开发出90 个候选SSR 引物。在所获 得的获选标记中选取20 对引物在南方红豆杉中进行试验检验,结果19 对（95%）SSR 引物能够获得清晰 稳定的主带,表明GSS 序列可以高效地用于开发基因组SSR 标记,这些标记将为南方红豆杉的相关研究 奠定基础。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析北大核心CSCD

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

大白菜品种鉴定的SSR核心引物筛选及其应用

为筛选出一套大白菜（Brassica rapa L. ssp. pekinensis）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）的核心引物,以54份大白菜骨干自交系为材料,从已发表的2 129对白菜SSR引物中,初步筛选出分布于白菜整个基因组、具有唯一扩增位点、扩增稳定性及重复性好的多态性SSR引物51对。进一步根据引物的多态性信息量（PIC）、等位基因数量、位点的物理位置和主成分分析（PCA）等分析结果,确定了一套包含28对SSR引物的核心引物组合。比较核心引物组合、51对多态性SSR引物和123个标记（72个SNP标记与51对多态性SSR引物）对54份大白菜骨干自交系的聚类分析结果,三者具有较高的一致性;该套引物可将262份大白菜高代自交系区分开,具有较好的鉴别能力。利用这套核心引物构建了242份大白菜品种的指纹图谱。该研究获得的28对SSR引物可以用于大白菜的遗传多样性分析和品种核酸指纹库构建等研究,可为大白菜新品种的特异性、一致性、稳定性检测体系的建立和新品种保护提供技术支持。     

分子标记在园林植物育种中的应用

分子标记技术已成为当前植物遗传多样性研究的主要手段,近年来更在园林植物辅助育种领域发挥重要作用。主要从遗传多元性和亲缘关系分析、遗传图谱检查、辅助选取育种等层面,介绍了分子标记技术在园林植物育种的应用,并探讨其存在的问题。     

番茄ps-2基因的SSR及CAPS标记开发

含有ps-2雄性不育基因的番茄材料可通过自交获得100%的雄性不育后代,从而方便地应用于番茄杂交制种。以优良的加工番茄品系92155为父本,以来自保加利亚含有ps-2基因的不育材料CMC1ps2为母本,构建了123个F2代分离群体,育性表型分离比例完全符合孟德尔遗传规律,为隐性单基因。根据番茄形态和分子标记整合遗传连锁图谱,选取相应的SSR、RFLP及COS标记,分别筛选了5对SSR引物、13对由RFLP探针序列转化来的CAPS引物及1对COSⅡ引物。经连锁遗传分析,获得了与ps-2基因紧密连锁的1个SSR标记(SSR450)和1个CAPS标记(命名为TG123),它们与ps-2基因的连锁遗传距离分别是4.9cM和11.6cM,位于该基因两侧,均为共显性标记。这两个标记的获得可直接用于标记辅助育种和杂种纯度鉴定,加速番茄雄性不育的转育与利用。     

基于SSR标记的杜鹃品种亲缘关系分析

杜鹃野生种花色多样、种类丰富,在杜鹃杂交育种中具有良好的应用前景,有必要对杜鹃种质资源的亲缘关系进行研究。现以19份野生杜鹃品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了19份野生杜鹃品种间的亲缘关系,以期为合理挖掘和利用杜鹃种质资源提供理论基础,为杂交育种亲本选择提供科学依据。结果表明:10对SSR引物共扩增出138条谱带,其中多态性谱带134条,多态性比率为97.06%。遗传相似系数(GS)在0.502 7~0.918 0,平均值为0.678 9,表明19份杜鹃品种的亲缘关系较远、具有较广泛的遗传基础。当相似系数为0.70时,19份参试材料划分为五大类群,与经典分类学一致。     

萝卜EST 资源的SSR 信息分析及EST-SSRs 标记开发

 从NCBI 数据库下载了287 349 条萝卜EST 序列,经预处理后得到无冗余EST 序列58 105 条,全长38 622.476 kb。利用MISA 搜索SSR 位点,得到含有SSR 位点的EST 序列3 523 条,共3 718 个SSR,平均每10.39 kb 就出现1 个SSR。分析发现萝卜EST 序列中存在265 种重复基元类型,其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型,二核苷酸中以比例高达91.34%的AG/CT 重复基元为主;三核苷酸中主导的重复基元类型是AAG/CTT,比例为35.86%;六核苷酸中,存在两种主要的重复基元,分别为AAGGAG/CCTCTT 和AAGAGG/CCTTCT,所占比例为12.78%。这些结果表明,萝卜EST-SSRs 出现频率较高,类型丰富,具有良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3.0 批量设计,并以不同主导重复基元类型初步合成183 对EST-SSR 引物,以12 份典型萝卜种质、1 对亲本及其F1 的基因组DNA 为模板,对其有效性进行验证,筛选出有清晰扩增产物的引物159 对,其中具多态性引物64 对;在试验亲本及其F1 中表现多态性的引物30 对,共显性引物27 对。     

基于SSR标记的观赏桃亲缘关系分析

观赏桃种质资源丰富,遗传背景复杂,使用SSR标记进行鉴定评价,以期为观赏桃亲缘关系研究提供借鉴。以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和1份毛桃共42份种质为试材,利用16对位于李属植物参考图谱上的SSR标记进行观赏桃亲缘关系研究。结果表明,筛选出的16对SSR引物共扩增出124个清晰条带,多态性条带百分率为87.99%;...     

SSR标记及其在葡萄上的应用

SSR(simple sequence repeat)作为第2代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传。对SSR引物开发,SSR标记在葡萄品种鉴别、系谱重建、遗传图谱构建、商业品种保护等方面的研究进展进行了综述,并指出了未来的研究方向。     

重庆市园林植物种类及开发应用探讨

通过对重庆市目前园林植物种类的实地调查,基本摸清了重庆市常见园林植物的种类、应用情况和存在的问题,并根据重庆市的客观实际研究提出了最具应用价值的园林植物树种。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.