五株猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及序列分析

为研究猪流行性腹泻病毒的流行情况并分析该病毒的培养特性,对甘肃、北京、河北、山西、浙江五个猪场送检的疑似猪流行性腹泻病猪小肠内容物,用RT-PCR方法进行检测,证明为猪流行性腹泻病毒核酸阳性。然后将阳性病料进行传代培养、病毒含量测定以及特异性检验,证明获得五株猪流行性腹泻病毒,分别命名为Ningxia9、Beijing5、Gaocheng8、Shanxi1、Zhejiang08。对分离的毒株进行S基因全长测序及氨基酸序列分析。结果表明:五株分离毒株在盲传19代开始出现明显的细胞病变,盲传到24代,出现稳定的细胞病变且五株分离毒株的24代病毒含量在104.5~5.0TCID50/m L之间;用S蛋白进行进化树分析表明,五株分离毒株与近年来国内流行毒株亲缘关系很近,在同一个进化分支上;分离的五株野毒株之间的氨基酸同源性高达99.2%~99.9%,而这五株野毒与Gen Bank上提交的2011年、2012年分离的野毒株的之间的氨基酸同源性为98.4%~99.9%;实验室分离毒株及国内近年流行毒株均与国内外经典毒株存在一定的共性,即特定位置氨基酸的插入、缺失或置换。     

猪流行性腹泻病毒陕西HZ株的分离与鉴定

从陕西省某养猪场送检的腹泻仔猪小肠内容物中分离到1株病毒,用Vero细胞盲传至8代以后出现较为稳定的CPE,经理化特性检测、TCID50测定、RT-PCR鉴定及序列比对,最终确定该分离毒株为流行性腹泻病毒(PEDV),将其命名为PEDV HZ株。以分离株RNA为模板,经RT-PCR扩增出大小为681bp和1 326bp的M基因和N基因,并与其他国内外分离株的相应基因进行比较,结果显示,PEDV HZ株与其他国内外分离株的M基因和N基因核苷酸序列的同源性分别为98.1%~100%和93.9%~100%,氨基酸序列的同源性分别为96.9%~99.6%和93.0%~100%,遗传进化树分析显示,PEDV HZ株与中国株CHGD-01处于同一个进化分支,亲缘关系最近。     

10株猪流行性腹泻病毒序列分析

为了分析2015-2018年北方地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,通过RT-PCR分段扩增、测序,获得10株PEDV S基因序列。分析发现,10株S基因核苷酸序列同源性为96.8%～99.4%,推导编码的氨基酸序列同源性为96.5%～99.3%;与参考株核苷酸序列同源性为93.4%～99.5%,与参考株氨基酸序列同源性为92.0%～99.4%。其中,4株序列基因长度均为4 161 nt,编码1 386个氨基酸;6株序列基因长度均为4 158 nt,编码1 385个氨基酸,与目前流行的变异株和经典株CV777相比,这6株S基因推导的氨基酸序列已分别在131位、1 196位出现1个氨基酸缺失,在进化树中已形成多个小分支。由此表明,我国PEDV在流行过程中已出现较大变异。作者研究结果为监测和分析我国PEDV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析

用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。     

猪流行性腹泻病毒SD株的分离与鉴定

利用Vero细胞自安徽合肥腹泻仔猪小肠内容物中分离到一株病毒,经胶体金、PCR方法和攻毒试验,确定为猪流行性腹泻病毒,命名为SD株。SD株在Vero细胞上传代,第8代(F8)开始出现稳定的细胞病变(CPE),F8代的毒价(TCID50)为10-6.25/0.1 m L,F8代细胞培养物接种未吃初乳仔猪,接种仔猪均出现典型腹泻症状,死亡仔猪3头(50%),未死亡猪生长严重发育不良,说明SD株具有较强的致病性。     

猪流行性腹泻病毒SDbz株的分离与鉴定

病料应用套式RT-PCR检测呈现PEDV阳性,经处理将其接种到含终质量浓度50 mg/L胰酶的Vero细胞上进行病毒分离传代,盲传到10代左右开始出现局灶性CPE,20代以后特征性CPE稳定出现.将病毒Vero细胞培养物应用毒价测定及病毒中和试验、套式RT-PCR和间接免疫荧光进行检测鉴定,证明所分离到的病毒为PEDV,并将其命名为PEDV SDbz株.     

猪流行性腹泻病毒SZ株的分离与鉴定

从资阳某猪场发生腹泻症状的猪肠道内容物中分离得到一株病毒,经荧光检测、RT-PCR检测及序列分析鉴定后,证实该分离株为猪流行性腹泻病毒,命名为SZ株。PCR方法克隆S基因的部分片段,序列分析结果表明PCR扩增的部分S基因与其他毒株比对,结果表明与CH/XJUrumqi及韩国AF500215 S1的亲缘关系较近。     

猪流行性腹泻病毒SDbz株的分离与鉴定

取病死仔猪十二指肠、空肠及肠内容物制成匀浆,应用套式RT-PCR检测呈现猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性,经处理将其接种到含终浓度50μg/mL胰酶的Vero细胞上进行病毒分离传代,盲传到10代左右开始出现局灶性细胞病变(CPE),20代以后特征性CPE稳定出现。将病毒Vero细胞培养物应用毒价测定及病毒中和试验、套式RT-PCR和间接免疫荧光进行检测鉴定,证明所分离到的病毒为PEDV,并将其命名为PEDVSDbz株。     

猪流行性腹泻病毒CZ2014株的分离鉴定

2014年江苏某规模猪场发生腹泻疫情,采集发病仔猪小肠组织及肠内容物,经RT-PCR检测,仅猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性。将病料接种Vero细胞,盲传3代后,出现明显的细胞合胞体病变,细胞空泡化,最终裂解脱落。将细胞反复冻融后,收获病毒,经RT-PCR以及间接免疫荧光(IFA)鉴定后,确认所收获的病毒为PEDV,将该分离毒株命名为CZ2014株(Gen Bank:KT428878.1)。RT-PCR扩增其S基因,序列分析结果表明,CZ2014株S基因序列与近年来流行的毒株同源性较高,而与经典疫苗毒株同源性较低。PEDV流行毒株的分离为该病毒致病机制研究及其防控奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒河南分离株全基因扩增及序列分析

为进一步了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的分子流行病学特征,从阳性病料中分离得到1株河南毒株(命名为HeN17-2011),设计13对引物,对分离株HeN17-2011的基因序列进行RT-PCR扩增和全基因组3′Race、5′Race扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其全基因序列,并与近十几年的流行毒株进行了序列比对分析。结果显示:分离株HeN17-2011基因组全长为28 038 bp(不含polyA尾),基因组结构为5′UTR-ORF1-S-ORF3-E-M-N-3′UTR,与PEDV基因组的结构特征相符;通过与GenBank中已发表的国内外毒株ZJCZ4、CV777、DR13等26株PEDV序列进行比对发现,HeN17-2011与NW8的同源性最高为99.4%,与标准株CV777、韩国毒株DR13(JQ023161.1)和DR13(JQ023162.1)、美国毒株Illinois261、意大利毒株PEDV-1842-2016-ITA的同源性分别为96.9%,97.7%和97.3%,99.2%,98.7%,与SD-M的同源性最低为96.4%;PEDV分离株HeN17-2011与标准株CV777、韩国毒株DR13处于不同的分支上,遗传关系较远,属变异毒株,但与我国的流行毒株CH-SCZY103-2017、NW8等遗传关系较近;通过对全基因组序列分析发现,我国PEDV流行株在ORF1b、ORF3、E基因、M基因和N基因上的长度是保守的,它们虽然均存在点突变,但没有碱基的插入和缺失,我国流行株基因组长度变化主要与5′UTR、ORF1a、S基因、ORF3和3′UTR的碱基插入、缺失密切相关。     

猪流行性腹泻病毒的分离鉴定

目的:讨论猪流行性腹泻病毒的分离鉴定。方法:选取大型猪场中疑似猪流行性腹泻病死的仔猪的肠道内容物制成标本进行分离,RNA提取,反转录,RT-PCR,小白鼠感受性试验。结果:使用胰酶检测细胞的毒性,结果50μg/ml以下的胰酶含量对细胞没有毒性。经过RT-PCR检测确定病毒为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。在小白鼠感受性试验中,小白鼠没有死亡,将其内脏解剖后,没有确定的变化。结论:经过分离达到病毒PEDV,在诊断中使用RT-PCR检测确诊可行。     

猪流行性腹泻病毒YT1401株分离鉴定及分子进化分析

猪流行性腹泻病毒(PEDV)是一种引起猪腹泻的病原体,但由于引发该病的病原体众多、病因复杂,仅通过临床症状和病理组织学变化并不能对PEDV确诊,本研究参考40株PEDV基因设计了1对能高效扩增该N基因片段的引物,建立了PEDV分子诊断方法。并采用该方法从山东烟台某猪场的腹泻样本中检测获得了1株PEDV,采用分段重叠策略扩增获得了该毒株全基因序列,并在此基础上分析了该毒株全基因序列以及S基因的遗传进化关系。所有分析结果均表明,本研究分离获得的PEDV毒株与经典毒株比较发生了重大变化,为新的变异株。该结果提示我们,采用PEDV经典毒株或是早年分离的毒株制作的疫苗并不能有效防控当前流行的PED,研制以当前流行毒株为背景研制新型PEDV疫苗势在必行。     

3株临床分离的猪流行性腹泻病毒S基因克隆及序列分析

对临床分离鉴定的3株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆及序列分析,对丰富我国PEDV的遗传衍化特征具有重要意义。S基因序列分析发现,JX18毒株与CV777亲缘关系较近,核苷酸同源性为99.71%,氨基酸同源性95.7%,属于G1-b进化分支。JX18毒株与CV777经典毒株S蛋白氨基酸序列相比较,不存在氨基酸的插入或缺失,在中和表位区及已鉴定抗原表位区仅有一处氨基酸突变。SD18、JingTai18与PEDV CV777亲缘关系较远,核苷酸同源性分别为93.64%和92.64%,S蛋白氨基酸序列同源性分别为93%和93.5%。SD18和JingTai18位于G2-b进化分支。SD18与JingTai18株与CV777经典毒株相比,S蛋白氨基酸序列中存在插入缺失及多位点的氨基酸突变。研究结果为进一步了解我国PEDV流行及变异情况提供了数据支持。     

猪流行性腹泻病毒JS2017株的分离鉴定及S基因序列分析

为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。     

猪流行性腹泻病毒JS2017株的分离鉴定及S基因序列分析

为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。     

2株猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及ORF3基因的克隆与序列分析

为研究、防控广东地区猪流行性腹泻,首先通过RT-PCR法确定某猪场粪便样品中存在猪流行性腹泻病毒,随后利用Vero细胞进行盲传,最后经核酸类型鉴定、RT-PCR、病毒TCID50的测定、目的基因测序和序列分析等方法,确认分离到2株猪流行性腹泻病毒毒株,命名为PEDV GDKP-2013和PEDV GDKP2-2013,通过ORF3全基因核苷酸序列分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株与经典参考毒株的氨基酸序列一致性为 JX261936-CHGD-01,98.2%,98%;JQ039903-CH-GD-2011,98.6%,98.4%;AF353511-CV777,95.4%,95.1%;KC344845-STPED0810,95.1%,94.8%;EU054929-DR13,95.5%,95.2%;KF272920-USA-Colorado-2013,95.1%,94.8%,表明此2毒株与国内分离株的氨基酸同源性高,与韩国、泰国和美国分离株的氨基酸同源性要低一些,同时,与疫苗参考株的氨基酸同源性也相对较低;基因系统进化分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株主要处在Ⅰa分支,均与弱毒疫苗株（Ⅰb分支）相互之间遗传进化关系较远。     

猪流行性腹泻病毒SD201604株的分离鉴定及致病性研究

本研究旨在获得猪流行性腹泻病毒（PEDV）分离株,并对其致病性进行研究。应用Vero细胞从山东某猪场腹泻病料中进行病毒分离,通过细胞病变、免疫荧光试验、电镜观察和RT-RCR进行鉴定,并对分离株的S基因序列进行分析;应用10^3.5 TCID₅₀/mL分离株口服接种3日龄仔猪并观察临床症状和病理变化;用不同滴度的分离株分别口服接种3日龄仔猪（3 mL/只）,统计各组仔猪的死亡率,确定最小致死量。结果显示,成功分离到1株PEDV,命名为PEDV SD201604株。该分离毒株能在Vero细胞上增殖,产生细胞病变,传代至F6代时病毒滴度可达10^3.5 TCID₅₀/mL,免疫荧光试验和RT-RCR检测均为PEDV阳性。电镜观察可见直径大小约为100 nm的病毒粒子,有明显的囊膜和纤突,具有PEDV病毒粒子典型的形态特征,确定分离株为PEDV。S基因序列分析显示,分离株为国内流行的PEDV变异株。动物回归试验结果显示,口服感染该分离株的5头3日龄仔猪全部出现典型的PED临床症状和病理变化,其中3头死亡。最小致死量试验结果表明,口服感染3 mL病毒含量为10^4.5 TCID₅₀/mL的分离株可使仔猪全部死亡。本试验结果可为PEDV的分离鉴定及生物学研究提供参考与借鉴。     

猪流行性腹泻病毒HeN21株的分离鉴定及致病性研究

为了解河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行及变异情况,本研究从该地区某疑似感染PEDV的发病猪场采集粪便样品,经RT-PCR检测并测序,结果显示该猪场为PEDV感染。将阳性样品接种Vero细胞进行病毒分离,并通过RT-PCR扩增、测序及间接免疫荧光试验(IFA)鉴定,结果显示分离到一株PEDV,命名为HeN21株。经PCR分段扩增病毒全基因组,测序、拼接后的结果显示,该病毒基因组全长28 036 bp。为进一步分析HeN21株的遗传演化特征,利用MegAlign分析HeN21株全基因组与GenBank中5株PEDV参考株全基因组序列的相似性;采用MEGA 11软件中NJ法构建HeN21株与Gen Bank中31株PEDV参考株S基因的系统发育树;采用MegAlign分析HeN21株S蛋白氨基酸序列的变异特征;进一步评价HeN21株对哺乳仔猪的致病性。相似性分析结果显示,HeN21株与PEDV参考株的相似性为96.6%～98.9%,其中与经典GIa亚型代表株CV777的相似性最低为96.6%,与GIIa亚型代表株AH2012和GIIb亚型代表株AJ1102的相似性均为98.5%。进...     

猪流行性腹泻病毒的分离和鉴定

从广州某猪场采集疑为病毒性腹泻的病猪粪便，除菌处理后接种PK—15传代细胞，采用在接种物和细胞维持波中加入60μg/mL胰蛋白酶的方法，分离到一株野毒。中和试验、动物回归试验和电镜观察结果表明，分离的病毒为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。     

猪流行性腹泻病毒的分离与鉴定

为了研究一种快速、敏感、特异的诊断猪流行性腹泻的方法,试验采用国内外已发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因序列及其相关的RT-PCR方法,以吉林市周边地区2个大型养猪场病死仔猪肠道内容物为样本进行鉴定。结果表明:分离得到的病毒为PEDV,确定了此次疾病流行的病因。说明在临床诊断中,用试验所建立的PEDV RT-PCR检测方法进行确诊是可行的。