柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析

为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息,以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料,提取DNA后构建350 bp短片段文库,采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序,进行基因组组装、完整性评估和注释分析。结果表明,柑橘大实蝇的基因组大小为368.14 Mb,重复序列占比为16.27%,杂合率为0.79%,属于中等杂合度基因组。基因组组装得到43 124条contigs,contig N50长度为94 994 bp。BUSCO评估显示,组装的基因组可完整覆盖98.80%昆虫保守的单拷贝直系同源基因,表明该组装的完整性很高,可以满足后续分析。通过EVM注释流程整合了从头预测、同源预测和基于转录组预测等不同方法的注释结果,共预测到35 655个蛋白编码基因,其中24 343个基因有功能注释。     

武昌罗索线虫线粒体基因组分析

采用滚环复制和两步长PCR扩增相结合的方法,成功测出武昌罗索线虫Romanomermis wuchangensis线粒体基因组全序列。序列的注释和分析结果表明,武昌罗索线虫线粒体基因组序列全长为14832bp,共有12个蛋白质基因、2个rRNA基因、23个tRNA基因和一段富含AT的D-loop区。与GenBank中现有的6种索科线虫序列对比,结果表明索科线虫线粒体基因组具有以下特点：①线粒体基因排列顺序各不相同;②部分线虫（包括种内）线粒体基因存在重复现象,且重复次数不同;③线粒体长度存在很大差异（14~26kb）。     

木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析

 木贼镰孢菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样。本研究基于Illumina Hiseq 4000和PacBio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定及组装,共组装出16个基因组片段,GC含量48.01%,总长40 776 005个碱基,Gap数为0。对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA、重复序列等基因组信息均进行分类统计,外显子40 110个,总长19 787 286 bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500~1 499 bp,tRNA 333个,rRNA 71个,sRNA 69个,snRNA 31个,miRNA 108个,共预测的重复序列1 713 918 bp,占基因组4.2033%。比较基因组学分析发现木贼镰孢菌组装结果较好,特有基因3 483个和共有基因1 805个,并对共有基因进行了COG分类注释。基因家族分析发现2 500多个单拷贝同源基因。构建进化树发现木贼镰孢菌和假禾谷镰孢菌的遗传距离最近,在全基因组水平上确定了其进化地位。本研究为基因表达的调控机制、基因功能演化分析、病害防控等研究提供基础的数据。     

木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析

 木贼镰孢菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样。本研究基于Illumina Hiseq 4000和PacBio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定及组装,共组装出16个基因组片段,GC含量48.01%,总长40 776 005个碱基,Gap数为0。对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA、重复序列等基因组信息均进行分类统计,外显子40 110个,总长19 787 286 bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500~1 499 bp,tRNA 333个,rRNA 71个,sRNA 69个,snRNA 31个,miRNA 108个,共预测的重复序列1 713 918 bp,占基因组4.2033%。比较基因组学分析发现木贼镰孢菌组装结果较好,特有基因3 483个和共有基因1 805个,并对共有基因进行了COG分类注释。基因家族分析发现2 500多个单拷贝同源基因。构建进化树发现木贼镰孢菌和假禾谷镰孢菌的遗传距离最近,在全基因组水平上确定了其进化地位。本研究为基因表达的调控机制、基因功能演化分析、病害防控等研究提供基础的数据。     

结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析

 植物防御素是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白,在抗病反应中起着重要作用。本研究以结球白菜和拟南芥基因组序列为材料,利用生物信息学手段进行基因鉴定、染色体定位和进化分析。结果表明,结球白菜有11个防御素基因成员,数量少于拟南芥(15个),基因组DNA全长183~637 bp,开放阅读框全长183~363 bp;除结球白菜Bra029208序列外,其余防御素基因均有1个内含子;基因定位结果表明,一些基因成簇分布,推测由串联重复所致,拟南芥的3号、结球白菜的1、4、5和10号染色体均没有防御素基因的分布;进化分析结果表明,26个防御素成员可分为三大类,Ⅰ类有10条序列,Ⅱ类13条,Ⅲ类最少,仅3条。     

氰氟草酯防治水稻直播田杂草试验研究

为明确氰氟草酯的田间最佳施药剂量,及不同生产厂家提供的不同剂型氰氟草酯对水稻直播田禾本科杂草稗草和千金子的田间防除效果。2011年组织开展了十家农药公司提供的不同制剂的氰氟草酯对直播水稻田稗草和千金子的田间药效试验。结果表明：氰氟草酯有效成份75g／hm^2-180g／hm^2用药量对稗草和千金子防效较好,对千金子的防效优于稗草,同时对水稻安全;不同农药厂家生产的不同剂型的氰氟草酯对直播稻田禾本科杂草的防效有一定差异。     

哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(GenBank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomespathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。     

假高粱及其近似种rDNA ITS序列同源性分析

根据高粱属核糖体基因转录间隔区(ITS)序列设计通用引物S9/S3,分别扩增了假高粱及其几个近似种的ITS区段,并对PCR产物进行了序列测定和分析.扩增的序列长度为559～564bp.序列分析的结果表明S. halepense、 S. silk、 S. vulgare×S. sudanense、 S. vulgare、高粱S. bicolor等属于同一聚类组,亲缘关系比较近,同源性为97.9%～100%.S. nitidum和S. versicolor属于另一个聚类组,亲缘关系比较近,同源性为97.7%.S. halepense和S. nitidum、S. versicolor ITS区序列差异大,亲缘关系较远,同源性仅为90.3%.序列分析结果支持S. nitidum属于Parasorghum区组.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析

通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。     

水稻田千金子发生危害与防除对策

千金子为一年生禾本科杂草，在水稻本田期有两个出草高峰。由于栽培方式的变革和选择性除草剂的广泛使用，千金子发生量逐年上升，危害程度仅次于稗草。在加强农业防除的基础上，水稻本田初期可用于苄进行土壤处理，水稻生育中期用千金乳油茎叶处理，能取得较好的防除效果。     

禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较

利用禾谷镰刀菌Fusarium graminearum和稻瘟病菌Magnaporthe grisea基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较.结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个SSR序列,总长度为96.2kb,占基因组全长的0.27%.平均7.7kb碱基中有一个大于15 bp的SSR序列.在稻瘟病菌基因组中共发现16398个SSR系列,其总长度达到330kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36kb碱基中就分布有1个SSR序列.在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列.两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列.尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR的总体数量上,还是在各类SSR的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别.     

浙江稻区千金子对氰氟草酯和噁唑酰草胺的抗药性及其分子机制研究

千金子是中国直播稻田的优势禾本科杂草之一,严重威胁水稻的产量和品质。为了进一步明确浙江地区水稻田千金子对芳氧苯氧丙酸类除草剂的抗性发生情况,本研究从浙江部分稻区共采集了11个千金子种群 (其中1个为敏感种群),通过整株植物测定法检测了各种群对氰氟草酯和噁唑酰草胺的敏感性。结果显示:共有8个种群对氰氟草酯产生了抗性 (抗性指数为2.1~79.1),9个种群对噁唑酰草胺产生了抗性 (抗性指数为2.0~31.0),其中对氰氟草酯的抗性问题更为显著。在此基础上,通过基因扩增和克隆,对敏感种群和抗性种群的乙酰辅酶A羧化酶 (Acetyl-CoA carboxylase,ACCase) 基因部分序列进行比对,结果在3个抗性种群中发现突变,其中1个种群为Ile-1781-Val突变,另外2个种群则为Trp-2027-Cys突变。该研究结果表明,目前浙江部分稻区千金子种群已对氰氟草酯和噁唑酰草胺产生了抗药性,其中靶标酶基因突变是导致部分种群产生抗药性的原因之一。     

旱播水管直播稻田杂草发生规律及化除技术研究

旱播水管直播稻田杂草种类多、数量大、出草期长,多数田块是禾本科杂草、莎草科杂草和阔叶杂草混生.水稻播后苗前用丁·恶混剂对杂草有良好的防除效果.水稻苗期用二氯喹啉酸,对稗草有较好的防效.氰氟草酯可同时防除稗草和千金子.二氯喹啉酸 苄磺隆能防除稗草与阔叶杂草.异恶草松 吡嘧磺隆能同时防除禾本科杂草、莎草科杂草和阔叶杂草.     

南京地区禾本科草坪上禾本科杂草的发生规律及苗后防除方法

禾本科草坪上防除难度最大的杂草是与禾本科草坪亲缘关系很近的禾本科杂草。南京地区面积最大的冷暖季禾本科草坪主要有马尼拉、百慕达和高羊茅3种。文章针对这3种草坪上禾本科杂草的出草规律、苗后防除方法进行初步的探讨。     

江苏省太仓市稻田杂草发生情况及防除措施

江苏省太仓市稻田杂草共19种,隶属9个科,其中禾本科和莎草科杂草占多数,分别为5种和6种;直播稻田的杂草共有16种,优势杂草为耳叶水苋、鸭舌草、稗草、千金子,空心莲子草、莹蔺;机插稻田的杂草有15种,优势杂草为鸭舌草。     

肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis）浙江杭州 群体形态学和分子特性及寄主范围

 肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis）是一种重要的蔬菜线虫,寄主范围和分布很广。本文根据形态学特征和形态测量将来自浙江省杭州市蔬菜上的肾状线虫群体鉴定为肾形肾状线虫,为浙江省首次报道。该群体的形态学特征及形态测量值与模式标本基本吻合,个别形态测量值(比值)有变异。通过对该肾形肾状线虫群体的rDNA中ITS区和编码28S RNA基因中的D2D3区的PCR扩增和序列测定,明确二序列长度分别为808 bp和786 bp;序列分析发现该群体ITS序列与肾形肾状线虫种内一些两性生殖群体的亲缘关系较近,同源性高达99.5%～100%,而与一孤雌生殖群体同源性为92.4%;编码28S RNA基因中的D2D3区与已报道群体的同源性达到99.4%,相似度较高;本研究还发现杭州肾形肾状线虫群体的寄主涉及11个科16个属的果蔬。     

海洋贝莱斯芽胞杆菌Bam-6全基因组测序及生物信息分析

贝莱斯芽胞杆菌Bam-6对柑橘溃疡病等植物病原菌具有较强抗菌活性,同时具有杀灭桃蚜的作用,为挖掘Bam-6特殊功能基因及基因簇,深入研究其抑菌杀虫机制,采用第二代BGISEQ与第三代Pac Bio平台相结合的测序技术对Bam-6进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、共线性分析、次级代谢产物合成基因簇预测和比较基因组分析等。Bam-6全基因组全长为3928774 bp,GC含量为46.53%,共编码3861个ORF,含有86个t RNA基因、27个r RNA、0个s RNA、122个串联重复序列和2个卫星RNA。在NR、Swiss-Prot、eggNOG、GO和KEGG数据库分别注释到基因3840、2156、3485、3319和2721个。同时,生物信息学分析表明此菌株基因组中有12个次级代谢产物基因簇,包括3个未知功能的基因簇、8个相似度较高的抗生素合成基因簇（surfactin、macrolactin H、fengycin、bacillaene、difficidin、bacillibactin、bacilysin和mersacidin）和1个相似度仅为7%...     

棉铃虫膨胀线粒体基因组的鉴定与分析

以已公布的棉铃虫线粒体DNA序列对来自4头棉铃虫雄蛹的DNA的三代测序数据进行筛选,获得了11条与线粒体DNA有同源性的三代read序列,并根据其中的read 66003鉴定出了一种膨胀的线粒体基因组。该线粒体基因组大小为27 113 bp,其保守区域包含13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因以及1个AT富集区,与已公布的棉铃虫线粒体基因组的结构相似。膨胀区域位于cox1基因编码区内部,大小为11 467 bp,经预测含有一个完整的真核基因(依赖ATP的RNA解旋酶)以及多种转座元件的片段,但与线粒体DNA无同源性,也无I类或Ⅱ类内含子存在的证据。对田间和室内棉铃虫DNA样品的PCR扩增未能检测到膨胀线粒体基因组的存在。以上结果表明膨胀片段可能是细胞核DNA序列通过偶然的水平转移事件而整合到线粒体基因组中的,且该种膨胀方式的发生概率极低。本文报道的膨胀线粒体基因组为日后动物线粒体基因组学的研究提示了一种独特的变异方式。     

33％二甲戊灵乳油防治水稻旱直播田杂草试验

2012--2013年采用大田药效试验,研究了33％二甲戊灵乳油对于华南地区早稻和晚稻田杂草的防除效果、最佳使用剂量及其安全性。结果表明：该药剂在水稻播后苗前进行土壤喷雾处理,使用推荐剂量742．5～990．0ga．i．／hm2,能有效防除稗草、千金子等一年生禾本科杂草及异型莎草、碎米莎草、水虱草等莎草科杂草和尖瓣花等阔叶杂草,在推荐使用剂量内对水稻安全,高浓度处理没有药害发生。     

假茄科雷尔氏菌菌株RSCM的全基因组测序及基因组比较分析

为丰富假茄科雷尔氏菌Ralstonia pseudosolanacearum基因组数据库并探索其致病机理，以前期从南瓜上分离的菌株RSCM为研究对象，采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术对其进行全基因组测序，利用SMRT Link、Arrow和eggNOG等软件对测序得到的原始数据进行组装、拼接和注释，并通过比较基因组方法分析其与菌株GMI1000的差异。结果表明，菌株RSCM基因组大小约为6 000 712 bp，由3 788 542 bp的环形染色体和2 212 170 bp的环形宏质粒组成，含有5 047个编码基因，其中分别有3 579、4 240、3 171个基因获得GO、COG和KEGG数据库的注释；在菌株RSCM基因组中预测到58个tRNA、4个5S rRNA、4个16S rRNA、4个23S r RNA和4个ncRNA，含有5个前噬菌体序列和35个基因组岛。ANI分析发现研究对象与菌株GMI1000的亲缘性最近，ANI值为99.0%；基因组对比分析结果显示，与菌株GMI1000相比，菌株RSCM中存在易位、倒置、易位兼倒置的基因有571个...