猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组的遗传变异分析

参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计了9对引物，用RT-PCR从猪瘟兔化弱毒疫苗株细胞培养物中扩增得到了覆盖猪瘟病毒基因组全长的9个cDNA片段，将所得cDNA片段分别克隆至pMD18-T载体中，经测序和拼接后，获得了猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全长12310个碱基，其5’非编码区（5＇-NCR）和3＇-NCR分别由373和239个碱基组成，在3’末端有富含T的碱基插入，其间为1个大的开放阅读框架，编码3898个氨基酸残基的多聚蛋白，与国内外已发表的另外7个猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列相比，核苷酸同源性为98．7％～99．9％，氨基酸同源性为98．6％～99．9％。基因组全序列比较显示，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组在遗传上相当稳定。     

猪瘟病毒C株(脾淋毒)全长cDNA分子几个突变位点的重组改造

采用RT-PCR、Nested PCR和Half-nested PCR技术从试验感染兔脾组织的总RNA中得到了猪瘟病毒(CSFV）C株全长cDNA的3个待改造片段，分别克隆于pMD18-T载体后进行测序。用重组技术分别从前期构建的5′半长cDNA或3′半长cDNA中替换F1、F3和F51，构建成2个新的半长cDNA，进一步连接成新的全长cDNA，经测序证实全长cDNA中3个致死性突变位点均得到改正。初步鉴定证明该全长cDNA具有感染性。为猪瘟病毒C株反向遗传操作系统的建立奠定了基础。     

口蹄疫病毒WFL株基因组全长cDNA的克隆及序列分析

根据口蹄疫病毒基因组的结构特点以及GenBank上公布的全序列，用DNAMAN分别设计了涵盖整个基因组序列的3对引物，从接种口蹄疫病毒WFL株的细胞培养液中提取了病毒基因组RNA，采用RT-PCR方法和RACE法分别扩增了3条基因片段，并将扩增片段分别与T载体连接，在体外分别进行了5-半分子和3’半分子的构建。最后将5’半分子和3’半分子连接成基因组全长cDNA分子。经PCR鉴定、酶切鉴定及全长cDNA测序，证实成功构建了口蹄疫病毒wFL株基因组全长eDNA分子。序列分析结果表明，供试口蹄疫病毒基因组全长为8155nt，5＇UTR长1059nt；具有一个大的读码框，其核苷酸长度为6969nt。包括201aa的前导蛋白基因和2122aa的聚合蛋白基因；3＇UTR长127nt，包括34nt的polv（A）。     

猪瘟病毒E2基因的克隆与鉴定

根据猪瘟病毒Brescia株全基因序列设计合成特异性引物对P1/P2对，采用异硫氰酸胍一步法（略加修改），从PK15细胞培养物中提取石门株、兔化弱毒疫苗株、野毒03株及野毒07株猪瘟病毒的总RNA。应用RT-PCR方法成功地扩增出E2全基因组约1273bp的cDNA片断，经电泳证明其大小与推测相符。分别将石门株、兔化弱毒疫苗株、野毒03株及野毒07株的E2基因片段克隆到pGEM-T载体质粒，通过对这4个重组质粒的EcoRI酶切鉴定、直接与套式PCR扩增，并对E2主要抗原区域进行224bp的序列测定，表明E2全基因克隆成功，为E2全序列测定和结构与功能的分析奠定了基础。     

猪瘟病毒石门株基因组全长cDNA的克隆与序列分析

参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物，通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段，将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体，经测序和拼接后，获得了猪瘟病毒石门株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟病毒石门株基因组全长12297个碱基，含有一个大的开放阅读框架，编码1个由3898个氨基酸残基组成的聚合蛋白，其5’非编码区（5＇UTR）和3’非编码区3’（UTR）分别由373和227个碱基组成，与已发表的2个猪瘟病毒石门株的全序列相比，核苷酸同源性分别为99．4％和99，6％，氨基酸同源性分别为99．4％和99．7％，在3’末端第12133位T碱基发生缺失。比较了27个猪瘟病毒全序列的3’UTR，结果提示12133位碱基T缺失区域可能是猪瘟病毒的高变异区。     

中国猪瘟C-株(脾淋毒)全长cDNA的分子克隆

应用RT-PCR、Nested PCR和Half-nested PCR技术从实验感染兔脾组织的总RNA中得到了覆盖猪瘟病毒(CSFV)C-株全基因组的7个cDNA重叠片段，分别克隆于pMD18—T或pGEM-T Easy载体后进行测序。运用T-A克隆和多片段一步连接法，将cDNA重叠片段F1、F2、F3、F4与F5、F6、F7分别克隆到pGEM-5Zf( )载体后，得到两个半长cDNA亚克隆重组质粒pGEM-5Zf( )／F1-4和pGEM-5Zf( )／F5-7。再将两个半长cDNA重叠片段连接并克隆到pGEM-5Zf( )载体，构建出了CSFVC-株全长cDNA重组质粒pGEM-5Zf( )／F1-7。全长cDNA的成功构建为进一步研究CSFV分子生物学提供了良好的工具。     

猪瘟弱毒C81株全基因组测序及分子结构预测

参照已发表的猪瘟病毒弱毒株的序列,设计7对覆盖全长基因纽的引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒弱毒株的PK-15细胞中扩增得到7个cDNA片段,分别克隆到pMD18-T载体并测序,利用DNASIS软件获得猪瘟病毒C81株全基因组序列（GenBank：AY665656）。C81株基因组全长12310nt,只有一个大的开放阅读框,编码3898个氨基酸的聚蛋白。序列分析表明,c81株开放阅读框与其它各毒株核苷酸和氨基酸序列的同源性变化较大,分别为84．4％～99．6％和91．6％～99．4％。同时,我们绘制了26株CSFVORF的进化树,比较了CSFV5’非翻译区核苷酸序列并推测其二级结构,发现不同毒株之间存在较大的差异,另外对C81株聚蛋白的功能域和三维结构进行了预测。     

口蹄疫病毒全长cDNA克隆的快速构建

利用RT—PCR和3’cDNA末端快速扩增(RACE)技术分别扩增出包含口蹄疫病毒(FMDV)全基因组的2个重叠cDNA片段，将其分别插入到载体pcDNA3．1zeo( )和pGEM—T—Easy中，然后利用片段本身单一酶切位点将FMDV全长cDNA克隆至pcDNA3．1zeo( )载体，经PCR扩增、酶切鉴定和序列测定。结果表明，重组质粒(pcDNA3．1／FMDV)携带了FMDVOH／99基因组全长cDNA序列。     

猪瘟野毒E2基因同源性比较

以人工感染发病猪的脾为材料提取总RNA，根据已报道的猪瘟病毒基因组序列，设计合成了2对引物，以总RNA为模板，利用反转录聚合酶链式反应（RT－PCR）、套组聚合酶链式反应（nPCR)及测序技术，对流行于我国甘肃省、陕西省、宁夏和广西自治区的5株野毒株的主要外膜糖蛋白E2基因的核苷酸序列进行了测定，用DNAstar软件比较分析了5株野毒之间及其与猪瘟兔化弱毒株（C－ST株）E2基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果发现，5株野毒与C－ST株核苷酸序列的同源性为81．7％－83．1％，氨基酸同源性为87．3％－88．6％，表明它们之间存在较大的差异；但5株野毒之间核苷酸序列的同源性高达98．8％－99．3％，氨基酸同源性为96．6％－99．2％，表明它们之间的差异较小。     

狂犬病病毒Flury-LEP株全基因组的克隆与序列分析

用RT-PCR法获得了涵盖狂犬病病毒Flury LEP株全基因组的3个重叠的cDNA片段,将获得的cDNA片段分别克隆至pMD18-T Simple载体上并进行序列测定,对测序结果进行拼接,得到全长cDNA序列,结果表明,Flury LEP株全长为11 924 bp,3-′UTR长58 bp,编码区核苷酸为11 723 bp,5-′UTR为131 bp。     

猪瘟病毒C-株(脾淋毒)3′-UTR的克隆和二级结构分析

根据已发表的CSFVC—株序列，设计合成了3′—UTR特异性PCR引物对F—R及半套式上游引物F′。从兔脾组织中提取总RNA，应用RT—PCR及Half—nested PCR，成功地扩增出了C-株3′—UTR，克隆到pMD-18T载体后进行了序列测定。与AID株、Alfort/187株、Brescia株、F114株、Eystrup株、Riems株和Shimen株的相应区段进行了序列比较分析，同源性分别为98．7％、98．2％、98．2％、98．7％、97．8％、97．8％和98．7％。C—株3′—UTR中存在一富含T的插入序列，可能是C—株在兔化致弱时产生的变异标记，对其二级结构具有较大影响。在其它疫苗株的3′—UTR不同位置，亦存在相似的插入序列，该序列可能与病毒的毒力有直接关系。     

猫杯状病毒2280株反向遗传系统的构建

为构建猫杯状病毒(FCV)2280株感染性克隆,本研究在FCV 2280株基因组5'末端和3'末端分别引入T7 RNA聚合酶启动子和丁型肝炎核酶(Hdv Rz)序列;并将FCV基因组中唯一的XbaⅠ限制性酶切位点序列进行同义突变作为遗传标记;将基因组分为3段分别进行RT-PCR扩增,通过酶切依次克隆于pOK-12载体中,构建FCV基因组全长cDNA重组质粒。以其为模板经体外转录制备其全长基因组RNA,并在5'末端加帽,转染CRFK细胞,24 h后出现典型的细胞病变。提取出现细胞病变的病毒液的总RNA制备cDNA模板,PCR扩增FCV遗传标记片段并进行XbaⅠ酶切鉴定分析,表明拯救的病毒为FCV重组病毒。而且拯救的病毒生长动力学与亲本病毒无明显差异。本实验为进一步研究FCV的生物学特性和致病机制奠定了基础。     

一步法扩增IBDV上海株全长基因组cDNA

为了研究鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）上海株的全部核苷酸序列，应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA，应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列，设计合成了两对引物，一步扩增出IBDV上海株全长基因组cDNA的A片段和B片段。为了验证获得的A片段和B片段的正确性，以扩增出的A片段为模板，成功扩增出的IBDV的VP2基因，并应用T载体进行了克隆和测序，测序结果显示，其与国内外数株IBDV毒株的同源性很高，表明醉建立的扩增IBDV全长基因组cDNA的一步法正确、可行。     

猪瘟病毒Shimen株E2基因的克隆及其逆转录病毒表达载体的构建

根据已发表的猪瘟病毒（classical swine fever virus，CSFV）Shimen株的全基因组序列，设计2对引物P1／P2和B1／B2，在B1和B2的5’端分别加上EcoR 1和BamH 1位点，以CSFV—Shimen株脾毒为材料。一步法提取总RNA。并以此为模板采用反转录PCR（RT—PCR）和套式PCR（nPCR）。成功地扩增出约1．2kb的E2基因。将PCR产物回收后与pMD18-T载体连接并转化。经PCR和酶切鉴定获得重组质粒E2-T。将E2-T经EeoR 1和BamH 1酶切消化、回收目的基因后。与经BamH 1／EcoR 1酶切的逆转录病毒载体pBABE—puro连接并转化，经酶切鉴定获得重组质粒pBABE—puro—E2。序列测定表明，目的基因的插入位置、方向和读码框完全正确。