2个杂交籼稻和2个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及双重PCR技术的初步研究

 用460对水稻SSR引物对5个杂交籼稻及其双亲和16个粳稻品种（系）进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳,筛选出12对稳定性好、多态性高、杂带少的SSR引物作为核心引物,构建了国稻6号和两优培九的SSR指纹图谱。另外,还筛选出9对核心引物,构建了粳稻品种盐稻8号和徐稻4号的分子指纹图谱。其中,筛选出国稻6号的特异性标记5个,两优培九的特异性标记3个,盐稻8号的特异性标记1个,徐稻4号的特异性标记2个。这些特异标记可用于种子纯度的快速鉴定。另外,挑选扩增条带稳定、特异性较好的引物组合,进行了双重PCR分析。     

24份西番莲种质SSR分子标记分析

采用SSR标记对24份西番莲材料的遗传多样性进行研究,从45对引物组合中筛选出16对扩增带清晰、重复性好的引物组合。结果表明：16对SSR引物共产生68条扩增带,其中58条为多态性条带,多态性条带比率平均为85.3 %,24份材料的遗传相似系数(GS)的范围为0.09-1.0;UPGMA法聚类分析结果表明,24份西番莲种质以0.45为阈值可分为7大类,SSR标记丰富的多态性可在西番莲分子生物学领域中广泛应用。     

棉花SSR标记在红麻中的通用性

红麻与棉花属于锦葵科不同属的天然纤维作物,利用棉花SSR引物的通用性可以丰富红麻SSR标记。本研究从陆地棉每条染色体上随机均匀挑选10对SSR引物,共260对,对24份不同来源的红麻种质进行多态性分析。结果显示,139对(53.5%)引物扩增出了清晰的条带,128对(49.2%)引物表现出多态性,共扩增出292条带,平均每对引物扩增出2.1条带,平均多态信息量为0.5419。表明这些引物在红麻中的通用性和多态性好。位于陆地棉染色体A1、A5和D8上的SSR引物在红麻中扩增多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质可分为2个类群,进一步划分为4个亚群,与地理来源和系谱关系较一致。这些结果既证实了棉花SSR引物应用于红麻是可行的,又有助于红麻与棉花比较基因组学和遗传育种研究。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱.结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100％;采用GenAlE...     

小麦穗部组织 EST-SSR标记引物开发及其在小麦遗传多样性分析中的应用

为了筛选光温敏雄性不育系（PTGMS）小麦穗部的EST-SSR 分子标记,探讨其EST-SSR标记用于小麦品种遗传差异研究的可行性,用SSRSCAN软件对PTGMS小麦穗部的3 264条EST序列进行SSR 位点查找,结果得到108条含有SSR标记的序列。设计64对引物并进行PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳。结果显示,64对引物中有41对能在42个小麦品种中扩出PCR条带,有多态性条带的为36对,具有较高的扩增效率。聚类分析结果显示,42个小麦品种的遗传相似系数在0.64~0.87之间,3个PTGMS小麦品种具有较高的遗传相似系数。     

茶树新品系铁香茗的SRAP亲缘关系分析

茶树新品系铁香茗制茶具有天然的兰花香,但至今尚未明确其亲本来源。本文采用针对开放式阅读框扩增的SRAP标记中的21对引物,对铁香茗及选取的40个有代表性的茶树品种进行扩增,获得共81条带,其中多态性带数为77条,平均每对引物组合产生3.7条带,其多态性比率为60%~100%,平均为95.32%。铁香茗与金萱相似系数最近,达到0.8,并且与适制乌龙茶品种和来自福建的品种亲缘关系较近,据此推测,铁香茗的父母本或者一方来源于福建并且是适制乌龙茶的品种。     

利用SRAP分子标记鉴定内蒙古栽培大豆与野生大豆杂交后代真实性

以通辽市科左后旗查金台牧场野生大豆和栽培品种大白眉种间杂交后代为材料,通过SRAP分子标记鉴定其真实性并构建杂交后代指纹图谱,首先从234对引物中筛选出15对扩增条带较多、信号强、背景清晰的引物组合,再利用2个亲本对引物进行筛选,筛选出10对能扩增出父本特异性条带的引物。对50个杂交后代进行真实性鉴定,鉴定结果为50个杂交后代中有2个后代未扩增出父本特征带,被鉴定为假杂种。用筛选出的15对引物组合对大豆各株系进行PCR扩增,共扩增出347个位点,其中有265个为多态性位点,多态性位点的百分率为76.37%。结果表明,SRAP分子标记可以用于鉴定大豆杂交后代的真实性,所筛选出的15对引物组合可以有效地应用于杂交大豆种质资源的SRAP分析。     

利用SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰组培突变体

以8份蝴蝶兰种质资源为材料,使用SSR标记进行蝴蝶兰种质资源和突变体的鉴定。从25对SSR荧光标记引物中筛选出10对扩增效果理想的SSR荧光标记引物,鉴定4个不同品种的蝴蝶兰及其相应的突变体。10对SSR引物中有9对引物在这8个种质中能扩增出多态性条带,共扩增出38个等位基因,利用其中3对引物SSR3+SSR8+SSR9的组合即可将4个品种及其突变体全部区分开,说明SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰突变体高效可行。     

SRAP对东北区骨干甜菜单胚品系的遗传多样性分析

为了探明东北区甜菜单胚不育系的遗传基础和类群划分,使用SRAP分子标记技术对48份东北区甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性进行分析。筛选出21对多态性较高的引物组合对供试材料进行PCR扩增,共扩增出366条带,其中196条是多态性带,平均多态性条带比率是53.6%。平均遗传距离是0.3945,平均遗传相似系数是0.6740。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,供试材料被分为5个类群。结果表明,东北区48份甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性较为丰富,利用各类不育系做亲本,将可获得杂交优势好的杂交组合。     

RAPD和SSR标记检测海南普通野生稻籼粳分化的比较研究

应用RAPD和SSR分子标记技术分别对来自海南省的51份普通野生稻样品籼梗分化情况进行研究.结果表明,40条RAPD引物中筛选出具有多态性的引物15条,共扩增出具有多态性标记位点96个,占总位点的78.05%,所用引物多态性信息量(PIC)平均值为0.720.28对SSR引物中筛选出条带清晰且多态性高的22对引物,共扩增出188个标记位点,其中172个具有多态性,占总位点的92.10%,SSR引物的PIC平均值为0.794.显然,SSR检测出多态性条带的能力优于RAPD.RAPD和SSR标记的分子聚类获得了趋势相近但不完全相同的聚类树状图.聚类结果表明.2种标记均揭示了海南普通野生稻具有一定程度的籼粳分化.其中偏粳多于偏籼.本研究为进一步明确海南普通野生稻在中国栽培稻起源演化上的地位.并对海南普通野生稻资源的发掘利用提供理论依据.     

43份茶树品种资源遗传多样性的SSR研究

采用SSR分子标记技术对43个茶树品种(系)进行了遗传多态性分析。用37对可扩增引物对43个茶树品种(系)扩增,经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,其中有34对引物产生多态性,不同引物扩增带数分布在1～11条之间,扩增片段大小介于150～350bp。应用DPS软件,进行遗传距离和相似性系数计算,43份材料遗传距离的变化范围在0.059～0.820之间,说明供试茶树资源间的遗传变异十分宽广。根据UPGMA法构建聚类树状图,在平均遗传距离水平上,可将43份材料划分为7个类群。     

通过分子标记估算遗传距离预测甘蓝型油菜的杂种优势

用甘蓝型油菜4个恢复系、3个保持系及其相应的12个F1代共19份材料，研究SSR和SRAP两种分子标记方法估算的遗传距离与油菜重要性状杂种优势的关系。结果发现，在4个恢复系和3个保持系中，45对SSR引物共扩增出87条多态性条带，25对SRAP引物共扩增出131条多态性条带。基于SSR标记估算的遗传距离与产量杂种优势的相关系数为0.423,决定系数为0.179。基于SRAP标记估算的遗传距离与产量杂种优势的相关系数为0.654 （达到0.05显著水平），决定系数为0.428。基于SSR和SRAP混合数据计算的遗传距离与小区产量杂种优势的相关系数为0.642（达到0.05显著水平），决定系数为0.412。表明SRAP标记对产量杂种优势预测的效果要显著高于SSR标记预测的效果，是目前为止报道的通过鉴定亲本遗传多态性预测油菜杂种优势最为有效的分子标记手段，可作为油菜杂种优势预测的一种有效辅助方法。     

热辣2号辣椒纯度鉴定及优良自交系遗传多样性分析

为了提高种子质量和充分利用辣椒种质资源,应用SSR分子标记对热辣2号杂交种纯度进行鉴定并对部分辣椒优良自交系进行遗传多样性分析。以热辣2号母本材料CAYB02和父本材料CAYB01为模板筛选85对辣椒SSR引物,其中12对引物在亲本间能扩增出明显的多态性,多态性比率为14.12%,多态性标记分别位于辣椒1、3、4、6、7、9、11、12号染色体,利用3对位于不同染色体上的SSR标记对热辣2号黄灯笼椒杂交种的纯度进行鉴定,热辣2号种子纯度为98.79%,标记鉴定结果与田间鉴定结果一致。研究结果表明,利用SSR标记鉴定辣椒杂交种纯度是切实可行的。利用12对多态性明显、稳定可靠的SSR引物对部分辣椒自交系进行遗传多样性分析,共扩增出60条条带,多态性位点比率为100%,平均每对引物检测出5个等位基因。30份辣椒自交系间遗传相似系数变幅为0.33~1.00,平均为0.65,表明供试材料间具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.47时,可以将中国辣椒和一年生辣椒区分开来。在遗传相似系数为0.85时,30份辣椒优良自交系分为11个类群,辣椒种质遗传关系与地理来源和农艺性状具有一定的相关性。     

花生空间诱变及SSR标记遗传多态性分析

本研究以返回式卫星搭载花生品种粤油7号种子为材料，经过3年地面种植和选择，获得21个变异株系。选用110对SSR引物对21个变异株系进行SSR多态性分析，有5对引物的扩增在变异株系与对照品种之间表现出多态性。说明太空能够诱导花生种子发生基因变异，空间诱变可作为花生种质资源创新和品种选育的方法之一。     

梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

冰草EST-SSR引物和小麦EST-SSR引物在黑麦属基因组的通用性分析

为研究黑麦属植物的遗传多样性,开发R基因组特有的分子标记并绘制其遗传连锁图谱,选用1 343对冰草EST-SSR引物和786对小麦EST-SSR引物对新疆杂草黑麦和栽培黑麦(共计6份材料)的全基因组进行了PCR扩增,结果显示,有679对冰草EST-SSR引物能够扩出清晰的条带,占引物总数的50.6%;其中有187对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物表现为多态性,占其引物总数的13.9%,平均每对引物扩增条带数为1.1。有364对小麦EST-SSR引物可扩增出清晰的条带,占其引物总数的46.3%;其中有135对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物具有多态性,占其引物总数的17.1%,平均每对引物扩增条带数为2.0。冰草EST-SSR引物在黑麦中的有效扩增效率高于小麦EST-SSR的有效扩增效率,但扩增多态性后者大于前者。两种来源引物扩增强带比率分别为51.8%和32.6%。结果表明小麦和冰草的EST-SSR引物均可用于黑麦基因组分析研究。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

利用RAPD和微卫星标记对协优杂交稻及其亲本进行区别与鉴定

选用400个随机寡核苷酸和40个荧光标记的微卫星引物对,对我国主栽的协优杂交稻组合及其亲本进行多态性分析。RAPD分析显示,400个随机寡核苷酸引物中,有364个能够在供试基因型材料中扩增出肉眼可见的DNA条带,其中28个显示扩增的多态性,这中间9个引物产生的13条多态性条带具有清晰、易分辨的特点,可以在供试的水稻组合与亲本之间,以及杂交组合之间进行区别和鉴定。微卫星分析指出,40对荧光标记引物中,13对引物产生的31条标记带,能够在供试基因型材料中显示稳定的多态性,且杂种表现为双亲的互补型。与RAPD相比,微卫星分析具有多态性强、精确性高和重复性好的特点。     

一粒小麦种质遗传多样性分析

为了从野生一粒小麦中发掘有用基因,随机选取33个普通小麦EST-SSR标记和定位于小麦A基因组的41个普通小麦基因组DNA-SSR标记,对35份一粒小麦、3份四倍体小麦和1份普通小麦进行了遗传多样性分析。结果表明,在扩增这些标记位点的引物中有45对在一粒小麦上有扩增产物,其中33对检测出位点多态性,而且基因组DNA-SSR标记的多态检测率明显高于EST-SSR标记多态检测率。这些多态位点包括211个等位位点,平均每个位点有6.03个等位变异。利用PHYLIP分析软件按UPGMA方法对这些一粒小麦种质进行了聚类分析,以遗传距离0.5为界,可以将其分为7种类型。这种聚类关系与对应种质的白粉病抗性呈现出一定的相关性,因此根据聚类结果可以在一定程度上推测相关种质所携带的抗白粉病基因的起源和变异。对一粒小麦与野生二粒小麦种质的遗传距离的分析结果表明,不同来源的二粒小麦的A基因组可能有不同的起源。