利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性

本研究应用微卫星标记技术,选取15个微卫星位点分析云南省10个地方山羊品种(弥勒红骨山羊、圭山山羊、马关无角山羊、师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊)以及参照群波尔山羊的遗传多样性及遗传关系。结果表明:除MCM200外,其他14个微卫星位点均属于高度多态位点;11个群体观测杂合度值(0.573～0.692)、期望杂合度值(0.608～0.696)、平均多态信息含量(0.562～0.655)均大于0.5,表明群体遗传多样性丰富;群体间遗传变异系数为0.112,处于中等以下分化程度,群体近交系数均为正值(除马关无角山羊),表明云南省地方山羊品种内都存在不同程度的近交;群体间的基因流大于1,说明品种间存在着一定程度的基因交流;基于Nei氏遗传距离计算和UPGMA聚类分析,波尔山羊与10个云南地方山羊品种亲缘关系较远,单独为一支;10个云南地方山羊品种分为2个类群,弥勒红骨山羊、圭山山羊和马关无角山羊聚为一支,师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊聚为一支。     

利用微卫星标记对波尔山羊遗传多样性的研究

利用5个微卫星位点对波尔山羊进行了遗传多样性研究，通过检测，除INRA0023外均呈现多态，基因杂合度在0.2062～0.7368之间，多态信息含量在0.3743～0.6770之间；并对不同微卫星与生产性状的关系进行了分析。     

微卫星标记BM143在4个山羊品种中的遗传多样性分析

利用经筛选的微卫星引物BM143,对4个山羊品种的BM143基因座进行了多态性分析,研究结果表明,该基因座的等位基因大小在100～123bp范围内,分析检测了各山羊品种该位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明,该微卫星标记BM143在4个山羊品种中的遗传多态性可以用于山羊遗传多态性的评估,为山羊品种的保存和利用提供了一定的科学理论依据。     

微卫星DNA标记在川渝山羊品种遗传多样性研究中的应用

微卫星,又称短串联重复序列（Short Tandem Repeat,STR）或简单重复序列（Simple Sequences Repeat,SSR）,是20世纪80年代末期发展起来的一种新型DNA标记。常用于检测个体基因型,统计群体中微卫星位点等位基因的数目和频率,并结合分子遗传学和数量分类学原理,计算各个品种的遗传变异程度、生存稳定性,初步评估品种的遗传多样性及品种间的亲缘关系与分化关系。论述了遗传多样性的研究进展及微卫星在遗传多样性研究中的应用,并以川渝山羊品种（类群）为重点进行了系统讨论,以期为今后的相关研究提供理论基础。     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

山羊品种遗传多样性的分析

利用6个微卫星标记对中西部7个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、西农萨能羊、关中奶山羊、太行山羊、黄淮山羊、伏牛山羊)共计322个个体进行了遗传多样性检测,并根据Nei氏遗传距离进行了聚类分析。结果表明:6个微卫星标记在这7个品种中存在高度多态性;陕北白绒山羊的遗传变异程度最大,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8401和0.8244;而关中奶山羊的遗传变异程度相对较小,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7990和0.7784。UPGMA聚类分析表明,黄淮山羊和伏牛山羊聚为一类,陕南白山羊,太行山羊,陕北白绒山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为一类最后加入。     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性

研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。     

利用微卫星标记对四个绵羊品种遗传多样性的初步研究

采用3个微卫星标记，对4个中国地方绵羊品种进行遗传多样性检测。利用POPGENE软件分析了受试羊等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、遗传杂合度。     

微卫星标记BMS2508在4个山羊品种中的遗传多样性研究

微卫星DNA又称简单序列重复、短串联重复序列和简单序列长度多态性,广泛存在于真核生物基因组中.微卫星多态性是由于减数分裂过程中不等交换造成变异而产生的,具有保守性,其核心序列为2～6 bp,重复约10～20次,属于等显性遗传.自1989年在人类基因组研究发现微卫星多态性后,目前在马、牛、猪、绵羊和鸡等动物基因组中也筛选出了大量的微卫星标记,但山羊等动物中则相对较少.     

探讨微卫星作为地方山羊品种生长性状的遗传标记

采用微卫星技术及最小二乘拟合线性模型，利用崂山奶山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊和莱芜黑山羊4个地方山羊品种中的10个多态性微卫星基因座，分析了微卫星基因座及其等位基因对山羊生长性状的关联效应。结果表明：与品种、性别和年龄等因子比较，标记因子对山羊体重和体尺性状的影响较小，但发现BM6404、BM1818、BM812和BM6444基因座对体重有显著影响（P〈0．05或P〈0．01），BM6404、BM1818、BMS12484、MAF70基因座对主要体尺性状有显著影响（P〈0．05或P〈O．01）。BM6404基因座的等位基因130可能对山羊的胸围、体高、尻宽均有正效应；120对胸围有较强的负效应，而对体高、尻长则有较强的正效应；168对尻长、尻宽均表现为负效应。MAF70基因座的等位基因142对体长有正效应，178对体长有负效应。BMS1248基因座的等位基因128对管围有正效应。     

辽宁绒山羊7个微卫星位点的遗传多样性分析

试验分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438I、LSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性。结果表明,7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性。OarAE101位点多态信息含量最高,为0.727;BM143位点多态信息含量最低,为0.526。在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个;平均多态信息含量为0.635;遗传杂合度均值为0.638。说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。     

利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

微卫星标记BM1329在2个山羊品种中的初步研究

依据微卫星标记在相近物种中具有高度保守性这一特点,选择与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的一个微卫星标记BM1329,分析其在云南黑山羊和努比山羊中的多态性以及与山羊产羔数的关系。结果表明:微卫星标记BM1329在2个山羊品种中均存在AA、AB和BB型3种基因型。统计检验表明,品种与基因型显著相关,云南黑山羊以AA型为主,努比羊以AB型为主。虽然本研究表明微卫星标记BM1329不同基因型最小二乘山羊产羔均数差异不显著,但云南黑山羊与努比羊的产羔数差异极显著,即存在AB型山羊产羔数大于AA型山羊产羔数的趋势,所以微卫星标记BM1329仍可作为探讨山羊高繁殖性能的一个候选标记进行深入研究。     

济宁百日鸡群体遗传多样性的微卫星标记分析

采用微卫星标记技术,在分布于家鸡的22条染色体的25对微卫星引物中,筛选出10对多态性丰富的微卫星位点,对60个个体的DNA多样性进行了检测。结果共检测到29个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数目为2~5个,平均等位基因数为2.90,该鸡群的平均基因杂合度(H)为0.348,多态性信息含量(PIC)为0.511。表明所检测的济宁百日鸡群体的遗传多样性较丰富,具有一定的选择潜力,可以做进一步的选择利用。