Nei氏标准遗传距离的估测精度

以实际基因频率为基础,用计算机模拟和实例分析等方法研究了Ｎｅｉ我标准遗传距离估测精度的影响因素。指出：（１）稀有等位基因和在品种间低变异度的基因对聚类分析贡献极小,实验设计中可不予考虑;（２）相似品种间具有较低的遗传距离期望值,此时遗传距离的估测精度较低,实验设计中应鑫闰点数和个体数;（３）位点数较少时遗传距离估测精度较低,可行性不高,使用很少位点进行聚类分析的工作以后不应再度进行;（４）随个体数     

鸡的遗传背景检测方法比较

遗传背景分析是指鉴定动物的品种或品系,确认个体间的同胞或亲子关系,确保系谱记录的准确性和种质资源的质量。用于遗传背景分析的方法有很多,但在鸡的遗传背景分析中,目前常用的有2种方法,其一是应用的20个微卫星位点方法;其二是评价鸡微卫星DNA遗传多样性座位表中的30个微卫星位点法。本研究以矮小蛋鸡纯系和洛岛白纯系为试验群体,分析研究2种方法的精准性。结果表明:矮小蛋鸡纯系和洛岛白品系之间的遗传距离分别是0.4156和0.4527;另外,用2种方法检测矮小蛋鸡纯系同一群体遗传距离为0.0693和0.1893、遗传相似系数为0.9331和0.8275。由此可以判断,20个微卫星标记位点对蛋鸡遗传背景的检测精度高于DNA遗传多样性检测技术规程标准。     

多位点基因型遗传距离的估测精度

用计算机随机取样研究了多位点基因型遗传距离的估测精度，指出：（１）在所研究遗传距离期望值范围内，遗传距离期望值对遗传距离的估测精度没有明显影响，这表示品种间不论远近，在相同条件下都有相似的测定精度；（２）随着取样个体数增加，遗传距离测定精度增加，多位点基因型遗传距离的测定精度高一同样条件下的Ｎｅｉ氏标准遗传距离测定精度，这表示多位点基因遗传距离的测定可以使用较少个体，另外，本文讨论了多位点基因型遗     

家畜遗传标记方法的进展

选择合适的遗传档记对于研究家畜遗传多态现象具有十分重要的意义，家畜遗传标记从最早的形成标记，进入细胞水平标记，发展到目前的分子水平标记，各种方法互有利弊，其中以ＲＡＰＤ为代表的分子标记法最为理想，已成功目前及未来家畜遗传多态性研究中最有效的手段，以及进行生物技术改造和利用生物的依据。     

利用AFLP标记分析几个牛品种间的遗传距离

利用扩增片断长度多态性 (AFL P)技术 ,检测意大利褐牛、玛列姆牛和经高度选择的荷斯坦 -弗里生牛品种间 (内 )AFL P多态性 ,并估计它们的相对遗传距离。利用一种等位基因置换程序来估算遗传距离间的方差。用 2 4 8个多态标记分析4 7头荷斯坦 -弗里生牛品种内遗传距离 ,结果表明种用公牛的平均遗传距离比母牛低。另外 ,用 10 6个多态标记比较了意大利褐牛、玛列姆牛和经高度选择的荷斯坦 -弗里生牛 ,结果在这3个品种间没有观察到特异性条带。品种内平均遗传距离的贡献值是品种间的 85 % ,但是其结果和根据品种来源的聚类结果是一致的。根据品种间的遗传距离分析 ,玛列姆牛处于相对分化的位置。然而 ,复等位基因标记表明 ,品种的形成过程对标记位点多样性的影响作用很小     

遗传标记及其在动物遗传育种中的应用（上）

本文综述了几种常用的遗传标记方法及其各自的优缺点，以及遗传传标记在动物遗传育种中的应用同状，着重对分子生物学标记作了较系统的阐述。     

RFLP在奶牛遗传改良中的应用

利用ＤＮＡ重组技术发现的限性片段长多态性方法（ＲＦＬＰ），作为一种新的遗传标记研究已广泛应用于家畜育种。这种方法为数量性状位点（ＱＴＬ）图谱和育种操作的研究开避了广阔的前景。通过品种间杂交等方法即可建立一定的品种大量探针图谱。模拟研究表明，大约１２５个同多太包括基因组中８０％的序列，标记间距离为２０分摩。根据公畜女儿资料的遗传标记与ＱＴＬ连锁研究，可对群体中５０％的ＱＴＬ图谱作以分析，利用的公畜越     

不等微卫星座位数目对Nei氏标准遗传距离估测精度的影响

以实际测定的19个微卫星座位的基因频率为基础，分析了中国4个山羊品种在3、6、9、12、15个微卫星座位情况下的遗传距离精度，结果表明：随着微卫星数目的增多，遗传距离精度也随着升高。￡检验结果表明：15个座位下测得的遗传距离精度与在3、6、9、12座位时的估测精度呈显著差异。分析群体间遗传关系时应选用较多的座位。     

中国地方猪种微卫星和血清蛋白基因座的遗传多样性

采用FAO-ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记和8个常用血清蛋白多态性标记对55个中国地方猪品种和3个引入猪品种（杜洛克猪、长白猪、大白猪）进行遗传多样性分析。通过计算基因频率、平均遗传杂合度、多态信息含量,F-统计量、Hardy-Weinberg平衡检验和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以两种标记的联合聚类结果为基础。将55个中国地方猪种分为9类。探讨了各猪种之间的遗传关系,本研究为我国地方猪品种资源的保护和合理利用提供了科学的依据。     

微卫星标记遗传多样性的度量指标及影响因素

本研究对微卫星标记分析畜禽遗传多样性的方法、步骤、度量指标、影响因素及影响因素的原因、解决对策等进行了分析讨论,并对微卫星标记在绵、山羊遗传多样性上的应用与研究进展作了概述,为遗传育种工作提供参考依据。     

西南区野生狗牙根遗传多样性的ISSR标记与地理来源分析

利用72条ISSR引物对西南区42份野生狗牙根和3份栽培品种的遗传多样性进行研究,发现仅11条引物能产生清晰扩增产物。在45份供试材料中,11个ISSR标记共产生82条扩增片段,每条引物能产生5~10条,平均为7.45条。在这82条扩增片段中,有58条具有多态性,占70.9%,平均每个ISSR标记能产生5.27条多态性片段。ISSR标记揭示的西南区45份材料间的遗传相似系数变化范围为0.69~0.98,其中42份野生狗牙根间的遗传相似系数变化范围为0.77~0.98,表明西南区野生狗牙根具有较丰富的遗传多样性,与栽培品种有较大的遗传异质性。利用UPGMA聚类分析表明,ISSR标记能够将西南区45份材料区分开。供试材料可聚为4类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为3类。基于地理距离和遗传距离的相关分析显示,西南区野生狗牙根材料间的遗传关系与其地理来源间没有严格的一致性关系。     

6个中国固有绵羊品种的群体遗传学分析

从 3 0个随机引物中筛选出 5条 ,对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共 6个绵羊品种的基因组进行扩增分析 ,然后用 6种聚类方法 (欧氏距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基 )进行聚类。结果表明 ,分布在我国西北部的绵羊品种以及大尾寒羊在大多数情况下总是先聚在一起 ,相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊总是和西北部的品种间距离较远。同羊和小尾寒羊之间距离也很远 ,较接近品种志中的记载。6种聚类方法均可     

Genetic distance and classification of domestic animals using genetic markers

Genetic distance is used to classify and elucidate the evolutionary relationship between populations, such as species, which have been diverging for a long period. The properties of genetic distance measures in livestock classification have hitherto not been investigated. We used simulation studies to compare the accuracy of eight genetic distance measures to classify recently diverged populations. The effect of varied population sizes from generation to generation were also taken into account. Comparatively better results are obtained from Nei's standard distance with two alleles at each locus and from Nei's D_A distance with four alleles at each locus under various conditions. However, the difference in accuracy among distance measures was small and very high correlations were shown. The number of alleles at each locus had a greater effect on accuracy than the number of loci or type of distance measures. It indicates that highly polymorphic markers, such as DNA microsatellite, are powerful tool to improve the accuracy in classification of domestic animals. The six distance measures had a linear relationship with generation number at constant population size. None of the distance measures, however, showed a linear relationship when population size varied. The effect of fluctuating population size on the average distance was obvious over the first few generations but declined when the number of generations was increased.     

杂交狼尾草新品系遗传关系的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术分析狼尾草属11个品种（品系）12份材料间的遗传关系,结果发现7个引物共扩增出82条带,其中多态性条带为60条,多态位点达73.2%,表明在这11个品种（品系）间具有较高的遗传多样性。从SPSS聚类分析结果发现,杂交狼尾草新品系1号、杂交狼尾草新品系2号与原品种杂交狼尾草有较为密切的亲缘关系,杂交狼尾草新品系1号与杂交狼尾草的遗传距离为0.033,杂交狼尾草新品系2号与杂交狼尾草的遗传距离也仅为0.067,从而为杂交狼尾草新品系1号、杂交狼尾草新品系2号与杂交狼尾草之间亲缘关系的确定提供了重要依据。此外,也发现象草新品系与摩特矮象草具有最小的遗传距离（0.033）。     

分子遗传标记与家畜育种进展

分子遗传标记随着分子遗传学和分子生物技术的发展而成为当今研究的热点,并广泛用于家畜群体遗传变异分析、标记辅助选择、基因定位、标记-QTL连锁分析、杂种优势预测、个体亲缘鉴定、遗传距离分析等,本文拟就RFLP、RAPD、VNTR和mtDNA等分子遗传标记研究及其在家畜育种上的应用作一综述。     

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况.结果 表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25＜PIC＜0.5,属于中度多态,表明这8个地...     

Supervised independent component analysis as an alternative method for genomic selection in pigs

The objective of this work was to evaluate the efficiency of the supervised independent component regression (SICR) method for the estimation of genomic values and the SNP marker effects for boar taint and carcass traits in pigs. The methods were evaluated via the agreement between the predicted genetic values and the corrected phenotypes observed by cross‐validation. These values were also compared with other methods generally used for the same purposes, such as RR‐BLUP, SPCR, SPLS, ICR, PCR and PLS. The SICR method was found to have the most accurate prediction values.     

Genetic conservation of five endangered Spanish donkey breeds

The genetic diversity of most livestock species is being reduced, and it is not possible to preserve all of these livestock breeds. In order to preserve as much of the genetic diversity as possible, we must first have a robust method of measuring genetic diversity among breeds. Three different methods of study that graphically represent relationships among breeds are presented; Weitzman's method, principal component analysis (PCA) and a neighbour‐joining tree with allele sharing. Diversity was evaluated on the basis of 15 microsatellite markers typed over a total of 513 DNA samples collected from five Spanish donkey breeds. Breed differentiation was confirmed by the clustering based on the genetic distances between individuals, which essentially grouped all individuals in discrete clusters. The genetic distance among breeds was used to measure the global diversity of the set in breeds considered, and to evaluate the marginal loss of diversity attached to each breed. The Catalana breed appeared to be the most ‘unique’ in the set considered. In addition to this, the usefulness of global evaluations of diversity using molecular markers to choose breeds is worthy of conservation.     

黑龙江省野生桑树种质资源的遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术,对黑龙江省境内收集的24份野生桑树种质资源进行遗传多样性分析,揭示其遗传分化关系,以利于对耐寒、抗旱类型野生桑树种质资源保存与应用价值的准确鉴定和评估。从20个RAPD随机引物中筛选出4个有效引物,对24份野生桑树种质材料的基因组DNA进行扩增,共获得275条带,其中多态性带273条,多态性比率为99.3%,单引物对每份种质材料扩增获得的条带数在2～5条之间。24份野生桑树种质材料的遗传距离在0.047～1.000之间,其中,杜蒙2号和杜蒙3号,宁安1号和宁安3号两组种质材料的相似性最大,杜蒙3号和宁安3号的相似性最小。24份野生桑树种质材料的亲缘关系与其地域分布基本吻合。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。