线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因在6种金枪鱼鉴定中的适用性分析

探讨细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)、细胞色素b基因(Cyt b)及16S rRNA基因对主要渔获区的蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)、马苏金枪鱼(Thunnus maccoyii)、黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)、大目金枪鱼(Thunnus obesus)、长鳍金枪鱼(Thunnus alalunga)和正鲣(Katsuwonus pelamis) 6种重要的生食金枪鱼及其易混品种的物种鉴定和进化分析的适用性。采用3对通用引物对6种金枪鱼共63个样品的COⅠ、Cyt b和16S rRNA 3种序列片段进行PCR扩增、测序,并运用DnaSP 5.10、Mega 7.0等软件进行了DNA序列分析、遗传差异分析和进化树分析。结果显示,16S rRNA较为保守,不能很好区分6种金枪鱼,且不能对同一物种不同地理群体进行聚类分析;Cyt b和COⅠ配合使用能很好区分6种金枪鱼,且存在一定同一物种地理群体聚类的趋势。建议COⅠ与Cyt b基因联合用于上述6种金枪鱼的分子鉴别研究。本研究为生食金枪鱼及其制品的物种鉴定及金枪鱼产业的健康发展提供了技术支撑。     

齐口裂腹鱼维氏气单胞菌16S rDNA序列分析

从齐口裂腹鱼(Sclizothorax prenanti肠道中分离出菌株Spc0408,采用常规形态特征的观察、生理生化试验、结合16S rDNA基因序列分析并构建系统发育树.结果表明,该菌为革兰氏染色呈阴性,短杆形,无芽孢;该菌理化特性为具有动力性,H2S、尿素阴性、不发酵木糖、鼠李糖、山梨醇等;β-半乳糖苷酶、葡磷胨水、枸橼酸盐阳性;其16S rDNA长度为1 443 bp,GenBank数据库登录号为JF929912,与GenBank中维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)的相似性高达97％;系统发育树显示,菌株Spc0408和多株维氏气单胞菌聚为一簇.综合分离菌的生化特征及分子鉴定结果,判定该菌株是维氏气单胞菌,从而为气单胞菌的分类鉴定提供参考.     

DNA条形码在西藏水系裂腹鱼亚科鱼类鉴定中的研究

为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o#x02BC;connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。     

16种商品海参16S rRNA的PCR-RFLP鉴定方法

基于570 by左右的线粒体16S rRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(Dde I,Hae III和Sty I)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类.运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标.本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法.本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑.     

Cyt b和12S rRNA基因条形码在灯笼鱼科鱼类物种鉴定中的应用

灯笼鱼科鱼类种类繁多, 且同属鱼类形态学相近, 因此利用分子标记对灯笼鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。为探讨线粒体细胞色素 b 基因(Cyt b)和 12S rRNA 基因在灯笼鱼科物种鉴定中的适用性, 对西北太平洋采集的 56 尾灯笼鱼进行扩增, 并进行序列对比与系统发育分析。研究表明, 采集的样本包括 6 种灯笼鱼, 分别为瓦氏角灯鱼(Ceratoscopelus warmingii)、长体标灯鱼(Symbolophorus californiensis)、粗鳞灯笼鱼(Myctophum asperum)、 细泰勒灯鱼(Tarletonbeania crenularis)、日本背灯鱼(Notoscopelus japonicus)以及某背灯鱼属鱼类(Notoscopelus sp.)。 核苷酸多态性分析显示, 基于 Cyt b 基因的种内与种间遗传距离比基于 12S rRNA 基因的更大。比较灯笼鱼科 2 种基因序列的结构特征, 发现 Cyt b 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 25 倍, 12S rRNA 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 26 倍, 均符合作为 DNA 条形码的基本要求。系统进化分析显示, 每种灯笼鱼均能形成独立分支, 2 个基因均能对 6 种灯笼鱼类进行鉴别; 但在 Cyt b 基因构建的进化树中, 每种鱼类能更好与数据库中已有的序列进行聚类。综上所述, Cyt b 和 12S rRNA 作为 DNA 条形码可以有效地对灯笼鱼科鱼类物种进行鉴定, 且 Cyt b 基因在系统进化关系的研究上具有更高的适用性。     

16S rRNA检测技术及其在水产增养殖中的应用

16S rRNA;微生物;检测;水产     

齐口裂腹鱼败血症的病原分离与鉴定

从发生败血症的齐口裂腹鱼体内分离出2株致病菌，通过细菌的形态特征、培养特性和生化实验鉴定为嗜水气单胞菌和温和气单胞菌。经人工感染健康鱼表现出与自然病鱼相同的症状，并从人工感染死亡鱼中分离获得同种细菌，证实齐口裂腹鱼败血症的病原为嗜水气单胞菌和温和气单胞菌。药敏实验结果表明新霉素、头孢三嗪、庆大霉素对其高度敏感，红霉素、羧苄青霉素、氮苄青霉素和磺胺等不敏感。     

不同海拔拉萨裸裂尻线粒体16S rRNA基因序列变异及遗传多样性分析

为了研究拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi)的种群遗传多样性,为该鱼的资源保护和养殖提供科学依据,对采自雅鲁藏布江4个海拔江段的33尾拉萨裸裂尻鱼样本的线粒体16S rRNA基因片段进行扩增测序,计算遗传距离、核苷酸位点变异、核苷酸多样性和单倍型多样性,构建单倍网络图和系统发育树。经检测,33个样本均获得有效16S rRNA基因扩增片段,片段大小为563 bp,从33个个体中共检出8种单倍型,其中海拔为4 565 m的拉萨裸裂尻9尾,4个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 002 07和0. 833,平均核苷酸差异数最大,为1. 167;海拔为4 005 m的拉萨裸裂尻10尾,4个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 001 89和0. 644,平均核苷酸差异数为1. 067;海拔为3 609 m的拉萨裸裂尻10尾,2个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 000 71和0. 378,平均核苷酸差异数最小,为0. 400;海拔为2 909 m的拉萨裸裂尻4尾,1个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 000 89和0. 500,平均核苷酸差异数为0. 500。分析结果表明,拉萨裸裂尻不同海拔种群的遗传多样性与其相应海拔的人类干预程度呈负相关。     

鲢腐败希瓦氏菌株的16S rRNA鉴定

从患病鲢(Hypophthalmichthys molitrix)体表分离获得1株革兰氏阴性细菌,菌株编号为BD1-5,通过细菌形态学观察、革兰氏染色镜检、16S rRNA序列分析以及构建系统发育树分析等进行鉴定研究.结果表明,患病白鲢体表皮肤溃烂,尤其尾部溃烂严重;对该病例主要组织进行镜检未见明显寄生虫;分子生物学检...     

新疆两种裂腹鱼形态学和COI基因的比较分析

运用多变量形态度量学方法结合线粒体COI基因序列,比较分析了新疆和田河两支流（喀拉喀什河、玉龙喀什河）塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）和厚唇裂腹鱼（S.irregularis）的遗传差异。对这两种鱼67尾的31个测量指标进行分析,其中5个性状表现出极显著差异（P〈0.01）,6个性状表现出显著差异（P〈0.05）。在主成分散点图中,这两种裂腹鱼个体间存在交叉现象,没有明显界限,二者外部形态差异较小,难以有效区分。分析了627bp的COI基因序列碱基组成,均表现为G碱基含量最低而C碱基含量最高,A＋T含量大于C＋G含量。26尾塔里木裂腹鱼和厚唇裂腹鱼共检测到6种单倍型和5个核苷酸多态位点,其单倍型多样度分别为0.733和0.556,核苷酸多样度分别为0.00158和0.00089,其中417bp处的C/T转换为二者特有。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

雅鲁藏布江拉萨裂腹鱼、异齿裂腹鱼及其自然杂交种的形态与COI基因条形码分析

2015年5月,在西藏雅鲁藏布江中游的桑日、朗县段水域开展鱼类调查,发现了1种疑似为拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)和异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)的自然杂交种群体。形态学研究显示,该种的吻、口部、下颌、须等头部上的形态特征居于拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼之间,并明显区别于双亲,且群体中个体的头部形态稳定一致,均具有典型的中间型特征,个体间没有明显差异。基于线粒体COI基因条形码分析显示,在杂交种群体共15个样本中,有4个与拉萨裂腹鱼为同源,其余11个与异齿裂腹鱼为同源,各自间的亲缘关系很近,即杂交种群体中既有属于拉萨裂腹鱼遗传基因的个体,也有属于异齿裂腹的遗传基因的个体。综合以上研究表明,拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在雅鲁藏布江中游的桑日等自然水域中能够自由杂交而产生后代,且两者都可以互为父母本,但以异齿裂腹鱼为母本产生的杂交种在群体中占多数,推测特殊的生态环境可能促使拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在自然水域中容易杂交。     

伊犁裂腹鱼不同年龄鉴定材料的年轮特征比较

对伊犁河雅玛渡河段2010年1～4月采集的39尾伊犁裂腹鱼[Schizothorax (Racoma) pseudaksaiensis (Herzenstein)]样本进行了体表鳞片、臀鳞、脊椎骨、耳石和背鳍条共5种年龄鉴定材料的年轮特征研究。结果表明,体表鳞片没有明显的年轮特征,不能作为年龄鉴定材料,其他4种材料可作为伊犁裂腹鱼的年龄鉴定材料。样本为2+龄时,4种年龄材料鉴定结果的吻合率为100%;3+和4+龄鉴定结果吻合率较高,分别是87.3%和85.4%;5+～8+龄个体吻合率较低,为63.9%。伊犁裂腹鱼3+龄以上个体进行年龄鉴定时不能仅用1种鉴定材料,而应以耳石为主,其他年龄材料为辅。     

伊犁裂腹鱼不同年龄鉴定材料的年轮特征比较

对伊犁河雅玛渡河段2010年1～4月采集的39尾伊犁裂腹鱼[Schizothorax （Racoma） pseudaksaiensis （Herzenstein）]样本进行了体表鳞片、臀鳞、脊椎骨、耳石和背鳍条共5种年龄鉴定材料的年轮特征研究。结果表明,体表鳞片没有明显的年轮特征,不能作为年龄鉴定材料,其他4种材料可作...     

长丝裂腹鱼温和气单胞菌的分离鉴定及药敏检测

2017年4月,四川省西昌某养殖场养殖的长丝裂腹鱼暴发一种以体表、内脏器官出血及角膜浑浊为特征的传染病。为探究此次疫病的病因,自病鱼的肝、脾和肾组织中分离到1株病原菌LXP170412,在脑心浸液琼脂上28℃培养48h,形成白色、半透明、表面光滑的圆形菌落,人工感染试验证实了其病原性;通过表型特征特性测定、16SrDNA和gyrB基因序列分析鉴定,分离菌LXP170412为温和气单胞菌。药敏试验结果表明,温和气单胞菌LXP170412对强力霉素、环丙沙星、氧氟沙星、诺氟沙星等敏感,对头孢拉定、新霉素、阿莫西林、庆大霉素、丁胺卡那、恩诺沙星、青霉素、罗红霉素等耐药。试验证实,温和气单胞菌为此次流行病的病原菌,药敏试验结果将为临床用药提供参考依据。     

中国沿海鳓不同地理群体 16S rRNA基因的遗传变异分析

为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。     

EM在重口裂腹鱼养殖中的应用

EM为有效微生物群的英文缩写，是近年发展起来的新型绿色添加剂，具改善养殖动物消化道有益菌群、提高动物健康水平、促进机体生长发育及提高饲料利用率的特点。此外，EM还具无残留、无毒副作用，可改善养殖生态环境等优点，从而达到生态防治的目的，使养殖生产良性发展，取得更好的经济效益、生态效益。重口裂腹鱼俗称“雅鱼”，主要分布于长江、青衣江等水系上游，为四川省名贵经济鱼类。该鱼肉质鲜美，营养价值高，深受人们喜爱，现已成为一种新的养殖对象，市场批发价格高达150元／千克。本试验探讨了饲料中添加EM对重口裂腹鱼生长性能、饲料转化及水质指标的影响，为EM在水产养殖方面的应用提供参考依据。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体ＣＯＩ基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

宽口裂腹鱼消化系统解剖和组织学观察

该研究采用解剖、石蜡切片和HE染色法对宽口裂腹鱼(Schizothorax eurystomus)消化系统解剖特征和组织切片进行观察。结果显示,其消化管管壁由内向外分别为黏膜层、黏膜下层、肌层和浆膜,主要差别在于黏膜层和肌层。食道黏膜上皮为复层扁平上皮,上皮间分布有大量杯状细胞;前肠和中肠黏膜上皮为单层柱状上皮,明显可见刷状缘、杯状细胞和淋巴细胞分布其间;后肠黏膜上皮为假复层柱状上皮,其间也有杯状细胞和淋巴细胞分布,肠道中杯状细胞由前至后逐渐增多。食道肌层为内环外纵的骨骼肌;前肠肌层为内环外纵的平滑肌;中肠和后肠为内螺旋外环行的平滑肌。消化腺由肝脏和胰腺组成,胰腺弥散状分布在肝脏中,肝小叶不明显。研究表明,宽口裂腹鱼消化系统组织学特征与其食性具有适应性。