杜洛克猪HLCS基因多态位点与生长发育性状的相关性分析

本研究旨在明确羧化全酶合成酶（holocarboxylase synthetase,HLCS）基因突变与杜洛克猪生长发育性状的相关性。利用Illumina SNP60芯片测序结果研究HLCS基因的突变位点,分析突变位点的多态性信息、突变位点与生长发育性状的关联性及突变位点的单倍型。结果显示,杜洛克猪HLCS基因具有4个SNPs位点：Ssc13：200455646 T>C、Ssc13：200458655 G>C、Ssc13：200504530 G>T、Ssc13：200551864 T>G,均符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,呈现中度多态性。关联分析结果发现,Ssc13：200455646 T>C位点TT基因型100 kg背膘、剩余采食量均显著高于TC和CC基因型（P<0.05）;Ssc13：200458655 G>C位点GG基因型个体100 kg背膘、剩余采食量均显著高于CG和CC基因型（P<0.05）;Ssc13：200504530 G>T位点GT基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于TT基因型（P<0.05）,GT基因型个体100 kg日龄显著小于TT基因型（P<0.05）;Ssc13：200551864 T>G位点TG基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于GG基因型（P<0.05）,TG基因型个体100 kg日龄显著小于GG基因型（P<0.05）;其余性状各位点不同基因型间无显著差异（P>0.05）。Ssc13：200455646 T>C和Ssc13：200458655 G>C位点呈现高度连锁,Ssc13：200504530 G>T与Ssc13：200551864 T>G位点呈现高度连锁。结果表明,HLCS基因4个SNPs位点的多态性与杜洛克猪的剩余采食量、平均日采食量、平均日增重、100 kg日龄和100 kg背膘均具有显著相关性,可为猪的生长发育遗传改良奠定基础。     

猪剩余采食量的研究进展

剩余采食量是评价动物饲料效率的一个新的选择性状,它是实际采食量与预测采食量之间的差值。本文重点介绍了剩余采食量的特点以及影响猪剩余采食量的一些生物学因素,包括机体组成、营养物质的消化率、新陈代谢能力、基础代谢、能量效率、活动量、免疫反应等,同时以剩余采食量为选择性状的遗传进展明显。     

杜洛克猪HLCS基因多态位点与生长发育性状的相关性分析

本研究旨在明确羧化全酶合成酶(holocarboxylase synthetase,HLCS)基因突变与杜洛克猪生长发育性状的相关性。利用Illumina SNP60芯片测序结果研究HLCS基因的突变位点,分析突变位点的多态性信息、突变位点与生长发育性状的关联性及突变位点的单倍型。结果显示,杜洛克猪HLCS基因具有4个SNPs位点:Ssc13:200455646 TC、Ssc13:200458655 GC、Ssc13:200504530 GT、Ssc13:200551864 TG,均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),呈现中度多态性。关联分析结果发现,Ssc13:200455646 TC位点TT基因型100 kg背膘、剩余采食量均显著高于TC和CC基因型(P0.05);Ssc13:200458655 GC位点GG基因型个体100 kg背膘、剩余采食量均显著高于CG和CC基因型(P0.05);Ssc13:200504530 GT位点GT基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于TT基因型(P0.05),GT基因型个体100 kg日龄显著小于TT基因型(P0.05);Ssc13:200551864 TG位点TG基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于GG基因型(P0.05),TG基因型个体100 kg日龄显著小于GG基因型(P0.05);其余性状各位点不同基因型间无显著差异(P0.05)。Ssc13:200455646 TC和Ssc13:200458655 GC位点呈现高度连锁,Ssc13:200504530 GT与Ssc13:200551864 TG位点呈现高度连锁。结果表明,HLCS基因4个SNPs位点的多态性与杜洛克猪的剩余采食量、平均日采食量、平均日增重、100 kg日龄和100 kg背膘均具有显著相关性,可为猪的生长发育遗传改良奠定基础。     

杜洛克猪PRLR基因的多态性分析

为检测杜洛克猪PRLR基因的多态性分布情况,试验采用PCR-RFLP方法对51头杜洛克猪的PRLR基因多态性进行了检测。结果表明:在杜洛克猪群体中,PRLR基因B等位基因的频率为0.049 0,其基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P0.05)。     

高、低剩余采食量肉牛下丘脑组织中差异表达基因分析

为了分析高、低剩余采食量(residual feed intake, RFI)相关肉牛下丘脑组织中的基因表达图谱,探讨差异表达基因与牛RFI表型变异间的关系,试验选择高剩余采食量(HRFI)、低剩余采食量(LRFI)秦川牛各3头,分为HRFI组和LRFI组,采集下丘脑组织样本,从中提取总RNA进行转录组测序,筛选出RFI相关差异表达基因,对这些基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,并利用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络图,最后随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果表明：HRFI组和LRFI组中均存在1 538个差异表达基因,包括AGRP、PMCH等与采食相关的基因,GH1、MTNR1A和RYR2等与代谢相关的基因,此外差异基因主要富集于钙信号通路、cAMP信号通路和昼夜节律等通路中。通过蛋白质相互作用网络筛选出3个核心子网络和7个核心基因。实时荧光定量PCR验证结果与转录组测序结果一致。说明下丘脑组织中AGRP、PMCH、GH1、MTNR1A和RYR2等差异表达基因及钙信号通路、cAMP信号通路和昼夜节律等多条通路可能参与调控肉牛RFI。     

杜洛克FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对杜洛克FUT1基因多态性进行分析。结果发现:杜洛克FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,AA基因型的频率为0.157,A基因的频率为0.353。分析这3种基因型与杜洛克产仔性能间的关联性。结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体1～5胎每个胎次的产仔数均值均高于AG和GG基因型,且第1胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG和GG基因型(P<0.05),AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

猪HMGA1基因的组织表达及其多态性与背膘厚的关联分析

旨在探究HMGA1基因在猪不同组织、不同日龄下不同品种中的表达谱,并对该基因编码区及3′UTR区的多态性与猪背膘厚进行关联分析。本研究利用实时荧光定量PCR检测大白猪HMGA1基因在7种组织的表达情况,及其在60、150和210日龄大白猪和民猪背部脂肪中的差异表达。对576头大白猪×民猪F2代资源群体的基因组DNA重测序进行HMGA1序列分析,筛选其编码区及3′UTR区SNPs,并以屠宰体重为协变量与背膘厚(第6～7肋)进行关联分析。结果表明,HMGA1 mRNA在大白猪不同组织中均有表达,且在组织间存在显著差异(P0.05),其中在肺中的表达量最高,而在心和肌肉中微量表达。在60和150日龄时,HMGA1基因在民猪背部脂肪中的表达量显著高于大白猪(P0.05);210日龄时在两个猪种中的表达差异不显著(P0.05)。通过对F2群体HMGA1序列分析,在编码区检测出13个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中包含2个错义突变位点:g.3261GA和g.5818GA,且g.3261GA位点与背膘厚显著关联(P0.05)。在3′UTR区检测到3个SNPs,且位于小RNA(microRNA, miRNA)结合靶点,其中g.7217GC和g.7280TC与背膘厚显著关联(P0.05)。研究结果表明,HMGA1作用于猪背部脂肪组织,且该基因g.3261GA、g.7217GC和g.7280TC位点可作为猪背膘厚选育的潜在分子标记,为猪的分子育种奠定基础。     

5种模型估算杜洛克猪的剩余采食量及与饲料效率等指标的相关分析

使用SPSS软件统计分析2017—2019年在农业农村部种猪质量监督检验测试中心(广州)集中测定的359头杜洛克种猪生长性能测定成绩,通过5种模型估算杜洛克猪剩余采食量(RFI)与饲料效率、背膘厚、眼肌面积、日增重等生长指标的相关性,根据RFI高低分组进行了相关分析。发现5种模型估算的RFI均与饲料效率有极显著相关(P<0.01),都可用来估测杜洛克种猪饲料效率;5种模型的RFI与背膘厚、眼肌面积的关系表现出两种相反的趋势:a、b、d、e模型中,低RFI组背膘更厚;c模型中,低RFI组背膘更薄,所以可能低RFI组瘦肉率更低。同时c、d、e模型低RFI组表现出与生长速度更慢(P<0.05)、c、d模型低RFI组表现出日增重更低的趋势(P<0.05)。其呈现的规律提示可能低RFI杜洛克猪虽然饲料效率较好,但生长会更慢、瘦肉率会更低。所以选择RFI模型估算杜洛克种猪瘦肉率、生长速度相关指标时,需要考虑更多生产实际需求。     

AANAT基因编码区多态性与家兔生长性状的关联分析

为研究五羟色胺-N-乙酰基转移酶(AANAT)基因编码区(CDS区)多态性和家兔生长性状的关联性,以天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔作为实验材料,对AANAT基因的外显子进行PCR扩增,直接测序检测家兔AANAT基因外显子的单核苷酸多态性。结果表明:在3个兔品种的CDS区上均发现有5个完全连锁突变位点,分别是C.132TC、C.153TC、C.159 AT、C.234 AG、C.291 AG,形成了野生型TTTTAAAAAA、杂合型TCTCATAGAG、突变型CCCCTTGGGG 3种基因型,突变型新西兰兔在56、70、84日龄的体重显著高于野生型和杂合型(P0.05),而突变型伊拉兔和天府黑兔在70、84日龄的体重显著高于杂合型和野生型(P0.05)。综上可知,AANAT基因可作为肉兔生长性状的候选基因。     

草原红牛剩余采食量相关的GSTM1和SOD3基因多态性分析

为了研究肽硫转移酶mu1(GSTM1)基因与超氧化歧化酶3(SOD3)的基因多态性,探索影响草原红牛剩余采食量性状的候选基因,试验测定了96头草原红牛血液基因组中GSTM1基因的编码区和SOD3基因的5'UTR区,并进行DNA混池、多态性、等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点分析,以探究GSTM1基因与SOD3基因在草原红牛基因组中的多态性表现。结果表明:草原红牛GSTM1基因编码区中704位存在C-T突变,这种突变是错义突变,氨基酸发生变化由丙氨酸变成缬氨酸,可能会使蛋白质结构发生变化。在SOD3基因的5'UTR区存在两个SNP位点,分别在71位发生G-A突变和117位C-T突变,5'UTR区上基因的突变可能导致基因表达发生变化。在遗传水平上草原红牛剩余采食量性状的差异可能是由多个基因多态性造成的。     

猪剩余采食量统计模型的研究现状

剩余采食量(RFI)是如今评价猪饲料转化效率的重要指标之一。与传统的耗料增重比参数不同,RFI是畜禽实际采食量与用于生长和维持的预测采食量之间的差值,通过建立采食量与生产性能和代谢体重的多元线性回归模型获得。猪RFI统计模型的种类很多且各有千秋,不同的统计模型计算的RFI其遗传力、遗传相关、候选基因等具有明显差异。本文着重介绍近年来关于RFI的各种统计模型及不同的统计模型下RFI的遗传参数和候选基因。     

猪乳糖酶基因5’非编码区多态性分析

研究检测国内外猪种乳糖酶基因5’非编码区多态性位点。采用PCR、TA克隆和直接测序的方法,分析大白猪、长白猪、杜洛克、荷包猪、民猪乳糖酶基因5’非编码区多态性。结果表明,在猪乳糖酶基因5’非编码区-630 bp处及增强子区-797 bp处出现G/A两种不同的等位基因,在-539 bp处出现C/T两种不同的等位基因,在-442 bp处出现C/A两种不同的等位基因。     

猪PPARGC1A基因多态性与生长性状的关联分析及其表达

本研究通过直接测序检测PPARGC1A基因启动子区多态位点g.17949513GA在535头杜洛克猪、长白猪以及大约克猪中的遗传结构,并与达到目标体重日龄、平均日增重等生长性状进行关联分析。利用实时荧光定量PCR检测PPARGC1A基因在大约克猪和金华猪背脂和背最长肌组织中的表达量。结果表明,在试验群体中G等位基因的频率高于A等位基因。在长白猪中基因型频率最高的是GG,而杜洛克猪和大约克猪中GA基因型的频率最高。GG基因型个体达到目标体重日龄低于AA基因型和GA基因型,平均日增重高于AA基因型。不同基因型个体之间的100 kg体重活体背膘厚和料重比差异不显著(P0.05)。PPARGC1A基因mRNA水平在大约克猪中显著高于金华猪(P0.05)。综上所述,PPARGC1A基因g.17949513GA位点与生长性状显著关联,该基因的差异表达对生长发育具有一定的影响,可作为猪生长性状选育的潜在分子标记。     

基于猪剩余采食量的分化选择与遗传进展

猪剩余采食量(Residual Feed Intake,RFI)是一个有效评价生猪饲料效率的新性状,用剩余采食量来提高生猪饲料效率是当前养猪界的重要研究方向。本试验测定了2个世代198头军牧1号公猪的周采食量、日增重(ADG)和背膘(BF)等性状,和母猪453头母猪日增重(ADG)和背膘(BF)等性状,然后建立了饲料效率育种值估计模型,以剩余采食量(RFI)为主选性状,ADG和BF为辅助约束性状,通过遗传评估按育种值高低分为高RFI和低RFI 2个群体。在这2个分化群体内进行同质选配2个世代后计算其遗传进展。结果显示,RFI、ADG、BF的遗传力分别为0.15、0.22、0.28。G0代选择群体高、低RFI之间,RFI、ADG、BF性状的育种值差异分别是1.48、0.40、0.56个标准差;G1代高、低RFI测定群体之间3个性状的育种值差异分别是1.52、0.56、0.18个标准差。原始群体与G1代测定群体相比,高RFI群体的RFI、ADG、BF的遗传进展分别是0.732、-0.274、0.101个标准差,低RFI群体的RFI、ADG、BF的遗传进展是-0.788、0.283、-0.079个标准差。此外,肉质检测结果显示2群体间无显著差异。结果表明,用RFI作为主选性状可有效改变猪的饲料效率,建立饲料效率分化品系,遗传进展良好。     

家畜剩余采食量性状候选基因的研究进展

为提高养殖企业的经济效益,实现快速稳定发展,满足我国人民对家畜产品的需求,科研人员力求在不影响家畜生长、育肥及繁殖性能的前提下,提高饲料利用效率,降低饲养成本。利用剩余采食量(residual feed intake,RFI)相对值(即实际采食量与预测采食量的差值),进行家畜选择能够实现这一目标。RFI是衡量动物饲料效率的有效指标,被广泛应用。RFI越低的动物,饲料利用效率越高。RFI性状受很多因素影响,如日粮因素、环境条件、健康状况、遗传因素等。在日粮、环境以及健康状况相似时,个体遗传因素是控制RFI性状的主要因素。目前对剩余采食量性状遗传因素的研究仍处于探索阶段,控制性状的主效基因以及标志性基因还需要挖掘。笔者就近些年研究RFI的候选基因进行总结,为深入研究控制RFI性状的分子机制提供思路。     

绵羊KISS1基因组织表达及其多态性与产羔数关联分析

为研究KISS1基因在常年发情的小尾寒羊和季节性发情的草地型藏羊中的表达模式,以及KISS1基因多态性与绵羊繁殖之间的关系,实验采用qPCR技术对比分析KISS1基因在2个品种绵羊的10种繁殖相关组织中的表达差异,同时利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对常年发情绵羊(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和季节性发情绵羊(滩羊、苏尼特羊和草地型藏羊)KISS1基因2个SNPs位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。qPCR结果显示:KISS1基因在小尾寒羊下丘脑、大脑、垂体和甲状腺中的表达量高于草原型藏羊(P<0.05);分型结果表明,g.1317523C>T位点基因型频率和等位基因频率在常年发情和季节性发情绵羊品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);群体遗传学分析表明,g.1317523C>T位点在6个绵羊群体中均表现为中度多态(0.25T位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊和湖羊中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),g.1311578G>T位点在苏尼特羊和湖羊中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);关联分析表明,这2个SNPs位点与小尾寒羊前3胎产羔数均无显著关联(P>0.05),但g.1311578G>T位点TT型各胎产羔数均大于GT和GG型。综上,KISS1基因与绵羊的季节性繁殖密切相关,并且g.1311578G>T位点对绵羊产羔性状有潜在调控作用。     

猪SGCB基因多态性及其与胴体性状的关联分析

本研究检测了大白猪、长白猪和梅山猪SGCB基因第4外显子上的G/A突变,并进行了多态性研究。采用改进的扩增受阻突变系统-PCR（ARMS-PCR）技术在3个不同猪种和“大白&#215;梅山”F2代资源家系中进行遗传分析,结果表明,等位基因A和G在4个群体中分布平衡。对266头“大白&#215;梅山”F2代资源家系中SGCB基因多态性与胴体性状进行关联分析。结果表明：该位点AA基因型对活体瘦肉率存在极显著影响（P〈0.01）,GG基因型对眼肌高存在极显著影响（P〈0.01）。     

猪PRLR基因多态性及其与产仔性能的关联分析

旨在检测猪PRLR基因第10外显子的多态性及其对产仔性能的影响。采用PCR-RFLP技术检测大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪4个品种（系）221个个体PRLR基因第10外显子的多态性,并采用单变量动物模型分析多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因第10外显子存在NaeⅠ多态位点。在4个猪种中均检测到A、B 2个等位基因和AA、AB 2种基因型,等位基因A为优势等位基因,频率在0.86~0.93之间。该位点对母猪产仔性能有显著影响,AA型母猪的头胎产仔数和产活仔数分别比AB型高1.797和1.293头,达显著水平（P〈0.05）。因此,将该位点作为遗传标记应用于种猪选择中,可能会有利于猪繁殖性能的提高。     

低剩余采食量的猪需要低能量维持

生猪企业一直高度关注饲料效率问题,尤其是在低利润率和高饲料成本的阶段.Nick Boddicker,Nicholas K Gabler,Michael E Spurlock,Dan Nettleton和Jack C M Dekkers介绍,剩余采食量(RFI)是一种计算饲料利用率的方法,即根据猪的增质量和背膘,计算实际采食量与预计采食量之差.