猪H-FABP基因PCR-RFLP分子标记研究

利用PCR-RFLP(Hinf 、Hae 和Msp 3种限制性内切酶)分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉白猪、八眉猪和野猪等8个猪种,共计265头猪心脏脂肪酸结合蛋白基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异。结果表明,在Hinf -RFLP位点上,上述猪种和野猪均存在多态性,等位基因H的频率分别为0.7500,0.7188,0.9167,0.3333,0.1250,0.6909,0.1167,0.8500和0.9375;除汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)外,其余猪种的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinderg平衡状态(P>0.05);大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉白猪和野猪表现为低度多态性(PIC<0.25),杜洛克猪、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态性(0.25相似文献   

MHC-DRB3.2基因在牛亚科3个群体中的PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切酶HaeⅢ、BstY1分别对鲁西黄牛、渤海黑牛和山区水牛MHC—DRB3．2基因的Semi—Nest PCR产物进行酶切。结果表明：3个群体均在HaeⅢ酶切位点上表现多碱基突变,山区水牛等位基因数少于前2个群体;鲁西黄牛和渤海黑牛在BstYI酶切位点上表现多碱基突变,而山区水牛未检测到突变;x^2。适合性检验表明,3个群体在HaeⅢ酶切位点上碱基突变均未达到Hardy—Weinberg平衡状态,而鲁西黄牛和渤海黑牛在Bst Y I酶切位点碱基突变已达到或基本接近Hardy—Weinberg平衡。结果提示：用牛的PCR—RFLP体系可进行水牛的MHC—DRB3．2基因的研究;群体规模的急剧下降导致基因频率的失衡;山区水牛MHC—DRB3．2基因的突变率低于黄牛。     

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型：AA型（1条带：440bp）、AB型（3条带：440、282、158bp）、BB型（2条带：282、158bp）;基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。     

牛亚科5个群体β-Lg基因PCR-RFLP分析

应用PCR-PFLP技术,分析荷斯坦奶牛、鲁西黄牛、闽南黄牛、渤海黑牛和青海牦牛5个群体741头个体β-乳球蛋白（β-Lg）基因第4外显子和β-Lg 5′侧翼区2个基因座的多态性。结果表明：前4个群体β-Lg A、B基因频率分别为0.4125/0.5875、0.1419/0.8581、0.0333/0.9667和0.1857/0.8143,β-Lg 5′侧翼区A、B基因频率分别为0.412 5/0.5875、0.7286/0.2714、0.7328/0.2672和0.8637/0.1364;牦牛β-Lg B和E基因频率为0.0732/0.9269,未发现其他等位基因。适合性检验表明：β-Lg第4外显子在荷斯坦奶牛、鲁西黄牛和渤海黑牛3个群体中已达Hardy-Weinberg平衡状态,而闽南黄牛未达到平衡状态;β-Lg 5′侧翼区位点荷斯坦奶牛群体接近平衡,其余群体均已达平衡。群体遗传学分析表明：除闽南黄牛β-Lg 5′侧翼区为低度多态外,2个位点在其余群体内均为中度多态,荷斯坦奶牛这2个位点的杂合度和期望杂合度最高,闽南黄牛最低。提示这一研究成果为开展地方遗传资源保护奠定了基础。     

猪HSL基因PCR-RFLP多态性研究

激素敏感脂肪酶 (HSL)是动物体脂肪分解的关键酶。本研究采用PCR RFLP法研究了 5个不同品种猪HSL基因部分 5’端区域和第 6内含子至第 9外显子区域DNA多态性。结果在对应于基因第 7内含子的DNA扩增片段中发现一AluI酶切位点多态性 ,梅山猪和湖北白猪中表现 3种等位基因型 (PP、PQ和QQ) ,等位基因P和Q的频率分别为 0 .6 5、0 .35和 0 .1 5和 0 .85,而通城猪中全部表现为PP基因型 ,大白猪和长白猪中全部表现为QQ基因型     

金华猪H-FABP基因位点多态性研究

应用PCR—RFLP技术测定了142头金华猪H—FABP的基因型，结果表明，在金华猪第二内含子区域MspI和HaeⅢ酶切后均表现为单一的AADD型；而该基因5′—上游区表现为多态性，其中H的基因频率为0．6585。因此在金华猪上可以利用H—FABP基因5′—上游区的多态遗传标记来分析其与肌肉脂肪的关系。     

猪PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明,PGC1基因序列经AluⅠ酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7;江苏省地方品种猪中,TT基因型占绝对优势,T等位基因频率平均为0.99,梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR-RFLP基因型分布χ2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪、梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

东北民猪SLA-DQA基因的PCR-RFLP多态性分析

采用克隆测序和PCR-RFLP的方法对SLA-DQA基因的整个编码区进行了扫描和多态性分析。结果表明该基因的第2外显子是整个基因的高变区,突变率达到5.6%,其中80%为有效突变,但没有发现新的等位基因;PCR-RFLP结果表明外显子2用限制酶EcoR I酶切可获得3种基因型:254 bp(AA)、254 bp/88 bp/ 166 bp(AB)、88 bp/166 bp(BB),用限制酶PvuⅡ酶切可获得3种基因型:254 bp(AA)、254 bp/129 bp/125 bp (AB)、129 bp/125 bp(BB),外显子3用限制酶FbaⅠ酶切可获得3种基因型:282 bp(AA)、282 bp/130 bp/152 bp (AB)、130 bp/152 bp(BB),外显子4用限制酶Hin1Ⅰ酶切可获得3种基因型:184 bp(AA)、184 bp/83 bp/101 bp (AB)、83 bp/101 bp(BB);Hardy-Weinberg平衡分析表明民猪在EcoRⅠ位点处于平衡状态(P<0.05),而在PvuⅡ位点处于不平衡状态(P>0.05),FbaⅠ和Hin 1Ⅰ位点处于极不平衡状态(P>0.01)。     

5个绵羊群体的BMPR-IB基因多态性分析

选择骨形态发生蛋白受体IB基因(BMPR-IB)作为一种侯选基因.采用PCR-RFLP方法检测其在杜泊绵羊、湖羊、小尾寒羊及杜湖、杜寒杂交F1代群体中的多态性分布规律.结果显示:在杜泊绵羊中只存在1种基因型,即野生型( );在湖羊和小尾寒羊中检测到两种基因型,纯合突变型(BB)和杂合突变型(B );湖羊中BB、B 基因型频率分别为0.909和0.091,小尾寒羊中BB、B 基因型频率分别为0.563和0.437;在杜湖和杜寒杂交绵羊中发现两种基因型(B 和 ),杜湖羊B 和 基因型频率分别为0.875和0.125;杜寒羊B 和 基因型频率分别为0.786和0.214.BMPR-IB分子标记可作为一种新颖的辅助技术用于评估杜泊绵羊与湖羊或小尾寒羊杂交后代的繁殖力.     

大约克猪和二花脸猪SLA-DRB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法分析大约克猪和二花脸猪SLA-DRB外显子2的多态性.结果显示:Rsa Ⅰ酶切后得到3种等位基因条带,分别为A(141/93/11 bp)、B(111/69/54/11 bp)、D(93/48/39/54/11 bp).χ2检测表明:二花脸猪SLA-DRB基因外显子2处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>005),而大约克猪处于非平衡状态(P<001).两品种A等位基因均为优势等位基因,AA型为主要基因型,其频率在品种间无显著差异.首次发现等位基因B、D分别出现在二花脸猪和大约克猪中,有望用于区分两品种.     

母猪繁殖性能相关5个候选基因的PCR-RFLP多态性研究

为了比较ESR、NCOA1、ADAMTS1、FUT1和RBP4基因对猪繁殖性能的效应大小,采用PCR-RFLP技术,分别检测了杜洛克、长白和大白群体内5个基因的基因型频率和等位基因频率,并分析不同基因型与3个猪群体的总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生窝重(BLW)相关性。结果表明:对猪繁殖性能影响效应最大的是NCOA1和RBP4基因,其次是FUT1和ADAMTS1基因,最小的是ESR基因。NCOA1基因在杜洛克和大白群体内AA型的NBA比BB型的分别高1.11和1.92头,AA型的TNB比BB型的分别高1.18头和0.53头。RBP4基因在3个猪群体内AA型的TNB比BB型的高0.53—0.86,在杜洛克和大白群体内AA型的NBA比BB型的分别高1.1头和1.29头。FUT1在杜洛克和大白群体内AA型的TNB比CBB型的分别高0.47和0.56),AA型的NBA比BB型的分别高0.76头和1.06头。ADAMTS1基因在3个猪群体内AB型的TNB比AA型的高0.67—0.88,AB型的NBA比AA型的高0.54—0.86。在大白群体内ESR基因的BB型的TNB、NBA比AA型的分别高0.36头和0.41头。5个基因的不同基因型对3个猪群体BLW影响不显著。     

5个绵羊群体微卫星多态性分析

采用微卫星DNA标记对甘肃高山细毛羊、滩羊等5个绵羊群体(125只个体)的5个微卫星座位等位基因进行检测,分析5个绵羊群体的遗传多样性和亲缘关系。结果表明:5个绵羊群体中共发现78个等位基因,其中在甘肃高山细毛羊肃南县群体中发现的等位基因数最多(57个),滩羊最少(43个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据分析表明:在研究的5个绵羊群体中甘肃高山细毛羊天祝县群体和肃南县群体的遗传多样性较丰富,而滩羊的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和DS遗传距离构建的邻接(NJ)系统发育树均表明:甘肃高山细毛羊天祝县群体和肃南县群体与藏羊的亲缘关系较近,为一类;而滩羊与小尾寒羊的遗传距离较近,为另一类。     

4个不同地理群体中华鳖pomc基因PCR-RFLP分析

为探讨不同地理群中华鳖的pomc基因的多态性,建立区分中华鳖不同地理群的分子遗传标记,采用PCR-RFLP的方法扩增得到4个不同地理群(太湖鳖群体、沙鳖群体、台湾鳖群体和黄河鳖群体)中华鳖的pomc基因,比较4个地理群中华鳖的pomc基因的同源性,构建遗传进化树,对其亲缘关系进行分析,并用AccⅡ、BscBⅠ、AsuⅠ和TscⅠ4种限制性内切酶对pomc基因进行酶切分析。结果显示： 4个不同地理群的中华鳖均能扩增出786 bp的pomc基因。亲缘关系分析表明：在遗传上台湾鳖和沙鳖亲缘关系较近,而太湖鳖与黄河鳖亲缘关系较近。用酶切分析pomc基因扩增产物,结果表明:用AccⅡ内切酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中沙鳖切出303 bp和483 bp 2个条带,而其他3个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用BscBⅠ酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中台湾鳖和沙鳖切出351 bp和435 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用AsuⅠ酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中台湾鳖和黄河鳖切出349 bp和437 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用TscⅠ酶对中华鳖pomc基因进行酶切,其中黄河鳖和太湖鳖切出349 bp和437 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。这4个限制性内切酶的联合使用分析,可使这4个地理群的中华鳖在分子水平都得到明确的鉴定。从这4个地理群的中华鳖pomc基因核苷酸序列的显著差异和酶切位点的变化,进一步证明pomc基因可以作为区分这4个不同地理群中华鳖的分子遗传标记。     

莆田黑猪H-FABP基因单核苷酸多态性分析

利用PcR．SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因的多态性．结果表明：在H-FABP基因5＇-调控区检测到两个多态性位点（G7T和C11A）,由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0．740和0．260;在外显子2处存在3个多态性位点（A2C、T62C和T65C）,由两个等位基因控制,定义为c和D,基因频率分别为0．164和0．836．群体遗传分析表明,H-FABP基因5＇-调控区属中度多态（0．25〈PIC〈0．5）,外显子2区属低度多态（PIC〈0．25）．）c2适合性检验表明,两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）．将莆田黑猪H-FABP基因外显子2的核苷酸序列与GenBank中野猪核苷酸序列进行同源性比对,同源性为100％,而与牦牛、驴、人、大鼠、鸡和斑马鱼的同源性分别为94．0％、92．4％、87．8％、82．4％,77．9％和67．2％．     

猪MC5R基因在7个群体中的基因型分布研究

MC5R基因是黑素皮质素受体家族的一员,与动物肥胖相关。利用PCR-RFLP技术,对该基因在猪7个不同群体的多态性进行了检测,发现在大白、梅山、大梅和梅大群体只有AA型,长大只有AB型,在长白猪群体则3种基因型均有分布。     

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

 【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】(1)在5′-上游区：HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区：HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC=0.3222);Hae Ⅲ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为：HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,BB＞Bb＞bb;遗传效应值分别为：4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。     

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

 【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】()在5'-上游区：HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区：HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC= 0.3222);Hae Ⅲ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为：HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,BB＞Bb＞bb;遗传效应值分别为：4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在T→C的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。