基于转录组测序筛选鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失菌的差异表达基因

旨在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序中分析适应环境变化及细菌分泌通路,筛选相关基因。通过使用实时荧光定量PCR对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果进行验证,从而对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的细菌趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路进行深入分析,筛选相关的重要调控基因。结果显示：在细菌趋化性通路中筛选出yiaD、STM3138、STM3216和malE等4个共表达基因;在细菌分泌通路中筛选出spaP、invA、prgH、invE、spaS、invG和ssaV等7个共表达基因;在细菌双组分通路中筛选出ybfM、htrA、pagO、STM3138、STM3031、ttrB、hilD、pstS、STM1530、hilA、pgtC、hydH、pocR、STM3216、ttrR和fljB等16个共表达基因。在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路中筛选出差异表达基因,hfq能够对这些基因进行调控,从而影响如运动性、毒力等相关作用,为沙门菌中的sRNA与hfq后续研究及沙门菌的防治奠定一定基础。     

基于转录组测序筛选鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失菌的差异表达基因

旨在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序中分析适应环境变化及细菌分泌通路,筛选相关基因。通过使用实时荧光定量PCR对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果进行验证,从而对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的细菌趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路进行深入分析,筛选相关的重要调控基因。结果显示:在细菌趋化性通路中筛选出yiaD、STM3138、STM3216和malE等4个共表达基因;在细菌分泌通路中筛选出spaP、invA、prgH、invE、spaS、invG和ssaV等7个共表达基因;在细菌双组分通路中筛选出ybfM、htrA、pagO、STM3138、STM3031、ttrB、hilD、pstS、STM1530、hilA、pgtC、hydH、pocR、STM3216、ttrR和fljB等16个共表达基因。在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路中筛选出差异表达基因,hfq能够对这些基因进行调控,从而影响如运动性、毒力等相关作用,为沙门菌中的sRNA与hfq后续研究及沙门菌的防治奠定一定基础。     

基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因

为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50d鸭后,于接种后66、90和114h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,结果显示:DEV接种66h时鸭脾的差异表达基因有511个,参与免疫相关生物学过程的为70个,其中上调基因46个,下调基因24个;90h时差异表达基因有485个,参与免疫相关生物学过程的为64个,其中上调基因49个,下调基因15个;114h时差异表达基因有531个,参与免疫相关生物学过程的为66个,其中上调基因35个,下调基因31个。GO数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程;KEGG数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、ECM受体互作、PPAR等信号通路;荧光定量PCR对7个差异表达基因进行检测显示,差异表达基因相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致。这些结果为进一步阐明DEV感染机制和机体免疫应答机制奠定了基础。     

牦牛复胃离乳期差异表达基因筛选与分析

为了研究牦牛离乳期复胃差异表达基因,试验采用健康幼年牦牛(2~3月龄)复胃组织为试验样品,以健康成年牦牛(3~5岁)复胃组织为对照,采用抑制消减杂交(SSH)技术对犊牦牛复胃组织在离乳转换期的差异表达基因进行筛选,获得差异表达cDNA文库,随机挑选96个单克隆进行测序,其中包含20个表达序列标签(ESTs)序列。结果表明∶在前胃(瘤胃、网胃、瓣胃)中发现的9个差异表达基因具有调控蛋白质合成、促进细胞生长、保护细胞等功能,在皱胃中筛选出的11个差异表达基因具有调控蛋白质合成与修饰、信号传导、激素的调节等生物功能。     

基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。     

基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性(G1组)和阴性(G2组)个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。     

表达谱芯片筛选獭兔毛色相关候选差异表达基因

本研究旨在了解青紫蓝色獭兔和白色獭兔毛色形成的分子遗传学机理。试验分为3组,每组包含全同胞青紫蓝獭兔和白色獭兔各1只。利用安捷伦基因芯片技术分析不同分组之间差异基因表达情况,并通过实时荧光定量PCR方法对部分差异显著基因进行验证。差异表达分析结果显示,3组青紫蓝色獭兔对白色獭兔分别筛选出545、1 680和2 092个差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),共有172个共同基因;GO(Gene Ontology)分类结果显示,这些基因主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、离子转运、免疫应答等生物学过程。通过实时荧光定量PCR技术对Creb1、Wnt2、Gnaq和Gna14基因在组织样中的表达量进行检测,结果与表达谱芯片一致。通过表达谱芯片结果结合生物信息学分析和文献报道,筛选出了Creb1、TH、Wnt2、Gnaq、Dvl1、Mapk12等对毛色形成可能具有重要影响的候选基因。     

肠炎沙门菌感染鸡lncRNA表达谱分析

研究旨在分析鸡感染肠炎沙门菌后长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱,了解lncRNA在肠炎沙门菌感染过程中发挥的作用.通过提取脾脏组织总RNA进行高通量测序,利用生物信息学方法进行比较分析.根据差异显著的lncRNAs与mRNAs之间的位置关系预测lncRNAs顺式调控的邻近基因,并对邻近基因进行GO富集和KEGG...     

沙门菌感染后鸡不同组织中Nod1基因表达量的变化分析

采用Real-time PCR的方法检测了AA肉鸡感染沙门菌后6h和1、2、3、5、7d的胸腺、脾、法氏囊和小肠中Nod1基因的表达量,分析Nod1基因在沙门菌感染过程中的表达量变化情况,在转录水平探讨沙门菌感染对Nod1基因表达量的影响。试验分为3组,鸡白痢沙门菌组,肠炎沙门菌组和对照组。结果显示,感染组与对照组相比,在4个器官中Nod1基因的表达量在2种沙门菌感染后的一定时间内均出现了上升,表达量达到高峰的时间分别为2d(胸腺)、5d(脾脏)、2d和3d(法氏囊)及5d和7d(小肠)。结果表明,2种沙门菌感染均可激活Nod1基因表达,提示Nod1基因可能与鸡的抗感染免疫作用有关。     

鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq调控基因的筛选

为筛选鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq所调控的基因,本实验基于本研究室前期对指数生长期和稳定期的鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果,从中随机挑选6个在转录水平差异表达的基因,并通过荧光定量PCR技术验证转录组数据的可靠性,然后在转录组数据可靠的前提下将两个转录组中所有显著差异表达(log_2FoldChang1)的基因GO富集细菌致病机制生物学过程,Pathway富集细菌ABC转运通路和群体感应通路,在富集得到的基因中筛选指数生长期和稳定期均表现为转录水平差异表达且趋势相同的基因。荧光定量PCR检测结果显示,6个基因转录水平差异上调或下调的趋势与转录组分析结果中一致,表明转录组数据可靠,可进行后续的研究。GO与Pathway富集结果显示,在鼠伤寒沙门氏菌hfq基因缺失株指数期和稳定期中均表现为转录水平差异上调或下调且差异倍数均大于2的基因共26个。其中,与细菌致病机制生物学过程相关的13个基因均上调;与细菌ABC转运通路相关的基因11个,其中9个基因转录水平均上调2个基因转录水平均下调;与细菌群体感应相关的2个基因转录水平均上调。26个基因中仅rpoE经验证受Hfq直接调控。以上结果表明,Hfq主要参与细菌致病机制生物学过程以及细菌ABC转运通路的负调控。本研究为后续Hfq靶基因的鉴定及其作用机理的研究提供了理论基础,同时丰富了Hfq调控基因的数目。     

鸡白痢沙门菌基因组差异片段的筛选与分析

采用抑制性消减杂交技术（SSH）对鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门菌Sg9株进行了基因组差异片段分析.结果,从C79-13株中共检出13个特异性差异片段.经同源分析,这些序列可分为3类：噬菌体相关序列、质粒相关序列和已知功能序列.这些差异片段包含一些重要的沙门菌毒力相关基因,如编码大肠杆菌素、IpaJ蛋白、尾突蛋白、切除酶的基因.结果表明,鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门茵Sg9株基因组问存在较多差异基因,这些差异片段为确定鸡白痢沙门菌特异性遗传标志,建立分子鉴别新体系提供了基础.     

雏鹅人工感染沙门菌的病理组织学观察

为了研究沙门菌感染雏鹅的主要病理组织学变化。采取腹腔注射沙门菌人工感染7日龄健康雏鹅,对发病雏鹅进行病理剖检,并采取肺脏、肝脏、脾脏和肠道病料制作病理切片,光学显微镜下进行病理组织学观察。受感染雏鹅剖检病变可见皮下、心肌、肺脏、脾脏、肠道、脑膜等多处出血,肝脏坏死,胆囊、脾脏肿大;显微病理组织学变化为肝、脾、肺、肠道等器官出血、细胞变性、坏死,有炎性细胞浸润。结果表明,感染沙门菌雏鹅出现了广泛性的组织损伤,同时伴随着机体各器官明显的炎症反应。     

沙门菌毒力基因研究进展

沙门菌具有染色体和质粒毒力基因。毒力岛是存在于细菌染色体上编码毒力相关基因的特定区域,SPI含有许多与毒力有关的基因,其中,SPI1含有与细菌侵袭力有关的毒力基因,含有这些基因编码型分泌系统的成分;SPI2编码细菌含有在吞噬细胞和上皮细胞内复制的相关基因。除染色体上的毒力岛编码的毒力基因外,还有小部分毒力基因位于毒力质粒上。论文就沙门菌毒力岛、毒力质粒上毒力基因的研究进展进行综述。     

沙门菌基因分型研究进展

沙门菌是一种常见的致病菌,种类繁多,具有2 600多种血清型。近年来,基于基因序列的分型方法被应用于沙门菌基因分型的研究中,并且显示了很好的分型能力,并成为沙门菌传染病暴发调查和分子流行病学分析中的常规工具。基因分型方法主要有:脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)、基因组重复序列PCR(repetitive extragenic palindromic PCR,Rep-PCR)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、全基因组单核苷酸多态性分型(whole gene single nucleotide polymorphism,wgSNP)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)等,每种分型方法也有各自的优缺点和使用条件及适用范围。其中,随着全基因组测序(WGS)时代的到来,cgMLST和wgSNP方法已经成为当前研究热点。     

鼠伤寒沙门菌人工感染鹅的病理组织学观察

为研究鼠伤寒沙门菌感染鹅的病理组织学变化,采取肌肉注射鼠伤寒沙门菌的方法,人工感染58日龄健康鹅,对试验鹅进行病理剖检,并采取心脏、肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、脑、胰腺和肠道病料制作病理切片,观察病理组织学变化。结果可见,受感染鹅18 h内开始出现死亡,死亡率达66.7%;主要病理变化为皮下、心肌、肝脏、脾脏、肠道、脑膜等多组织器官多处充血、出血,肝脏实质肿胀,表面可见大量大小不一的雪花状坏死灶,胆囊、脾脏肿大;病理组织学变化为心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肠道等多组织器官的细胞变性、坏死,大量红细胞及炎性细胞浸润。研究结果表明,鼠伤寒沙门菌感染鹅,致病性强、死亡率高,感染鹅可出现全身多组织器官充血、出血与组织细胞变性、坏死的急性败血症。     

肠炎沙门菌毒力基因在感染济宁百日鸡中的表达规律研究

选择2日龄肠炎沙门菌阴性济宁百日鸡作为试验动物,口服灌注肠炎沙门菌。感染后第1、7、14、21、28和35天分别采集试验组、对照组盲肠内容物并进行稀释涂布,测定各样品含菌量。提取试验组个体肠道内容物中肠炎沙门菌总RNA,利用荧光定量PCR测定肠炎沙门菌毒力因子invH、sefA、lpfC在感染宿主后不同时间点盲肠内容物中的表达,探究在感染宿主中毒力基因的表达规律。结果显示:肠炎沙门菌invH、lpfC与sefA三种毒力基因感染宿主后第7、14、21、28、35天的表达量均呈下降趋势,毒力基因在感染宿主后的表达量下降,比感染前下降了3个数量级。表明感染宿主后,肠炎沙门菌毒力基因的表达受到抑制,这种抑制作用随着时间的延长而增强。     

DHPLC对环丙沙星诱导沙门菌靶基因和调控基因的突变筛选

选择11株动物源沙门菌(包括6种血清型)进行环丙沙星耐药性体外诱导.应用变性高效液相色谱(DH-PLC)对11株诱导株不同诱导阶段的靶基因gyrA、gyrB、parC、parE的喹诺酮耐药决定区(QRDR)和mar操纵子基因marO、marR、marA、marB、soxR、soxS及外排泵acrAB的抑制基因acrR(包括启动子区)进行基因突变筛选,并对筛选出的突变基因进行测序确证.结果显示,6种血清型沙门菌在诱导过程中,GyrA突变集中在S83F和/或D87G,marR、soxR、acrR均出现新突变,提示在环丙沙星诱导压力下,因靶基因和调控基因突变使耐药性不断增加.     

几种差异表达基因筛选方法比较

生命有机体在不同发育时期不同部位的基因表达具有差异性,其按照时间和空间顺序有序地进行复杂而精细的网络调控过程。基因的这种差异表达决定着每一个生命体的生长发育、分化、细胞周期调控、衰老及死亡等生命过程。比较不同细胞或不同     

疲劳小鼠骨骼肌中差异表达基因的筛选和鉴定

选用 30只普通级 BAL B/ c雄性小鼠为试验对象 ,随机分成对照组、浸水组和游泳疲劳组。利用改进后的 m RNA差异显示法筛选疲劳小鼠骨骼肌中的差异表达基因 (DD- ESTs) ,经反向 Northern blot和测序鉴定后 ,获得了 4条阳性目的片段 ,其中有 3条 DD- ESTs只在游泳疲劳组表达 ,另一条呈现下调表达现象 ,登录 Gen Bank数据库获得登录号为 AY5 4 36 4 9、AY5 4 36 5 0、AY5 4 36 5 1和 AY5 4 36 5 2 ,为阐明疲劳产生的分子机制奠定了一定的理论基础     

驴内脏组织中脂肪沉积相关基因的差异表达

脂肪沉积相关基因在动物内脏中的异常表达与某些疾病相关。应用RT-qPCR技术分别检测2岁~3岁健康公、母新疆驴内脏器官心、脾、肾、肝、小肠、大肠和肺中脂肪沉积相关基因H-FABP、PLIN1、LPL、HSL、PPARγ和FASN的表达差异。结果显示,新疆驴内脏器官中脂肪沉积相关基因的表达,性别对基因的差异表达影响较小;在各组织间,H-FABP基因在心脏、PLIN1基因在肝脏组织中的表达都显著的高于其他组织;LPL、HSL基因在心脏、肾脏的表达量较高;PPARγ基因在脾、肺中表达最高,而FASN基因在心、脾中表达最低。研究结果可为新疆驴内脏器官有关疾病的监测与预防提供一定的参考。