3个地方猪品种BOLL和STRA8基因结构变异位点的群体分布研究

为了探讨BOLL-I6-sv285（15号染色体BOLL基因第6内含子）和STRA8-I4-sv447（18号染色体STRA8基因第4内含子）这两个结构变异在地方猪与欧洲猪品种中的群体分布差异,试验采用PCR方法对从江香猪、江口萝卜猪、荣昌猪和大白猪4个猪品种进行基因分型,并通过在线软件miRBase、UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。结果显示,BOLL-I6-sv285为一段285 bp的插入,经群体验证,3个地方猪品种以DI和DD基因型为主,I等位基因的频率高于大白猪,插入基因型（Ⅱ）对应较高的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）;STRA8-I4-sv447为一段447 bp的插入突变,群体中DD基因型占优势,从江香猪、江口萝卜猪和大白猪的I等位基因频率高于荣昌猪,插入基因型（Ⅱ）对应较低的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）。本试验鉴定的BOLL-I6-sv285和STRA8-I4-sv447两个结构变异可作为从江香猪产仔数的候选分子标记。     

3个地方猪品种BOLL和STRA8基因结构变异位点的群体分布研究

为了探讨BOLL-I6-sv285(15号染色体BOLL基因第6内含子)和STRA8-I4-sv447(18号染色体STRA8基因第4内含子)这两个结构变异在地方猪与欧洲猪品种中的群体分布差异,试验采用PCR方法对从江香猪、江口萝卜猪、荣昌猪和大白猪4个猪品种进行基因分型,并通过在线软件miRBase、UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。结果显示,BOLL-I6-sv285为一段285bp的插入,经群体验证,3个地方猪品种以DI和DD基因型为主,I等位基因的频率高于大白猪,插入基因型(II)对应较高的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关(P0.05);STRA8-I4-sv447为一段447bp的插入突变,群体中DD基因型占优势,从江香猪、江口萝卜猪和大白猪的I等位基因频率高于荣昌猪,插入基因型(II)对应较低的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关(P0.05)。本试验鉴定的BOLL-I6-sv285和STRA8-I4-sv447两个结构变异可作为从江香猪产仔数的候选分子标记。     

6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

七个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布

兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因中的单个氨基酸(R615C)是导致猪应激综合征、影响肉质的重要原因。采用RFLP方法,以大白猪、二个杂交猪群(杜洛克×长白猪×大白猪和长白猪×大白猪)为对照,研究了糯谷猪、萝卜猪、柯乐猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪7个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布类型。结果表明,从柯乐猪中检测到一例杂合基因型RYR1Nn,杂合基因型的发生频率为2.08%,其余6个贵州地方猪种糯谷猪、萝卜猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪均为正常的基因型RYR1NN,对照组中,外三元、外二元杂交猪和大白猪中均检测到RYR1Nn基因型,杂合基因型的发生频率分别为11.11%、12.12%和5.77%,说明贵州地方猪种中RYR1基因的突变频率低于商品猪,但也存在一定的比例,应加强对地方猪种的利用和保护。     

7个猪品种IBSP基因结构变异SV13的群体分析

应用Hiseq 2000平台测定了香猪的全基因组序列,从中发现整合素结合涎蛋白(IBSP)基因内含子4中存在结构变异,命名为SV13,为了进一步探究SV13在猪群体中的分布,采用PCR技术检测了7个猪品种的SV13基因型。7个猪品种群体中均存在DD、DA和AA三种基因型,对纯合的DD和AA基因型测序,明确D等位基因缺失了227 bp。香猪、可乐猪和糯谷猪群体以DD为优势基因型,大白猪以AA基因型为主,6个地方猪品种群体中D的基因频率明显高于大白猪品种(P0.01),香猪和大白猪群体基因型频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。SV13可以作为辅助鉴别6个地方猪品种和大白猪的分子标记。     

6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究

基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异（structure variant,SV）184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物,采用PCR方法对猪群中SV184的分布频率进行比较研究,应用RT-PCR技术,分析CD53基因的原初转录本序列结构,研究SV184对CD53基因的转录是否有直接影响。结果显示,6个猪品种中SV184的分布频率存在明显差异,香猪以VN基因型为主,其他5个猪品种是NN基因型占优势;计算两种等位基因的频率,香猪以缺失的V等位基因为主,其他5个猪品种以正常的N等位基因为主。选择3种基因型个体的血液样本,逆转录后分析CD53基因的原初转录本的序列,从中检测到缺失型和不缺失的两种转录本形式,提示SV184对CD53基因的转录无直接影响。SV184可作为分子标记用于区分香猪和其他猪品种。     

三个贵州地方猪品种SERPINA3基因拷贝数变异的多态性研究

为了研究地方猪品种SERPINA3基因拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)的多态性变化,采用实时荧光定量PCR方法,对香猪、糯谷猪和柯乐猪3个贵州地方猪品种的SERPINA3基因的拷贝数进行了分析,并与大白猪相比较。结果显示,在4个猪品种中,SERPINA3基因的拷贝数均以增加为主,香猪的SERPINA3基因的拷贝数最少,为10.45±0.37,大白猪的拷贝数最多,达18.02±0.92,糯谷猪与柯乐猪分别为14.40±0.94、14.05±0.91。其中香猪、糯谷猪和柯乐猪3个贵州地方猪品种的SERPINA3基因拷贝数与大白猪相比差异极显著(P0.01),糯谷猪与柯乐猪之间的差异不显著(P0.05),糯谷猪和柯乐猪与香猪相比差异极显著(P0.01)。结果提示:SERPINA3基因的拷贝数在猪品种之间存在丰富的多态性变化。     

贵州5个地方猪品种微卫星标记的遗传多样性

采用微卫星DNA标记对白洗猪、从江香猪等贵州5个地方猪品种的18个微卫星标记的等位基因进行检测,分析贵州5个地方猪品种的遗传多样性及亲缘关系。结果表明:5个猪品种的平均等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量、Shannon指数分别为3.0000~3.6667、1.7377~2.6471、0.4042~0.5228、0.7941~1.0367;观察杂合度和期望杂合度分为0.3997~0.5633、0.4647~0.6146,表明贵州5个地方猪品种的遗传多样性较国内大多数地方猪品种低;群体间的遗传分化系数在0.0623~0.2556,表明群体变异主要来源于群体内的遗传变异;基因交流在0.7280~5.0637,表明群体间有一定的基因交流。5个猪品种之间的遗传距离为0.2015~0.3723;聚类结果显示,5个猪品种被分为Ⅰ(宗地花猪)和Ⅱ(白洗猪、黔北黑猪、糯谷猪、从江香猪),Ⅱ支又分为Ⅱ1(白洗猪和黔北黑猪)和Ⅱ2(糯谷猪和宗地花猪)。     

贵州地方猪BF基因遗传变异分析

本试验运用PCR和序列测定法对香猪、可乐猪、黔北黑猪3个贵州地方猪种共计95头猪进行BF基因检测及序列分析。3个品种猪群均在BF基因的第16外显子45 bp出检测出A→C的突变,命名为BF-exon 16-A45C,该突变产生了AA、AC、CC 3种基因型,并且致使编码氨基酸由谷氨酸(E)变为天冬氨酸(D)。3个品种猪群中等位基因频率分布不均匀,分别为:可乐猪(A:0.6667、C:0.3333),香猪(A:0.8788、C:0.1212),黔北黑猪(A:0.7812、C:0.2188)。经χ2适合性检验,只有可乐猪群体在该位点上达到了Hardy-Weinberg平衡,而香猪群体和黔北黑猪群体该位点偏离Hardy-Weinberg平衡。     

皱皮香猪WIF1基因结构变异WIF1-I8-sv889的研究

为探究WIF1（Wnt inhibitory factor 1）基因中WIF1-I8-sv889结构变异位点变异与皱皮香猪躯干被毛形成的关系,本试验采用冰冻组织切片观察皱皮香猪皮肤毛囊的组织学形态,采用PCR方法分析WIF1-I8-sv889位点在猪群中的分布频率,并通过在线软件UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。组织学研究显示,与正常香猪和大白猪皮肤相比,皱皮香猪毛囊毛根鞘伸入真皮层,形成棘突,且皱褶凹陷处毛囊聚集,相反皱褶凸起处毛囊较少;皱皮香猪皮肤毛囊中的毛球宽度显著增大（P<0.05）,单个毛囊中的毛干数极显著增多（P<0.01）。在WIF1-I8-sv889结构变异断点两端设计特异性引物,扩增片段长1383 bp,与参考基因组比,1383 bp中889 bp为结构变异区间,缺失581 bp,倒置308 bp。群体分布结果显示,猪群中WIF1-I8-sv889位点呈现出丰富的多态性,检测到3种基因型：正常的Ⅱ型、杂合的DI型和缺失的DD型,皱皮香猪中未检测到Ⅱ型;与正常香猪和大白猪相比,皱皮香猪中D等位基因占优势（94.44%）;经卡方检验,皱皮香猪D等位基因显著或极显著高于正常香猪和大白猪（P<0.05;P<0.01）。结果提示,WIF1基因中的WIF1-I8-sv889结构变异可能与皱皮香猪毛囊的形态发生有关。     

贵州地方猪品种毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析

为了研究KIT基因的拷贝数与贵州地方猪毛色之间的关系,本试验以黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、香猪4个地方品种为试验材料,采用实时荧光定量PCR方法检测基因组中KIT基因的拷贝数变异,并与荣昌猪和大白猪2个白毛色猪品种相比较.结果显示,4个贵州地方猪种中,全黑/全棕毛色个体的KIT基因拷贝数以缺失为主,黑色带白斑个体的KIT基因拷贝数全部缺失,而棕色带白个体的KIT基因拷贝数增加、正常各半.大白猪的KIT基因拷贝数显著增加,荣昌猪KIT基因拷贝数以正常类型为主.表明大白猪的白毛色由KIT基因拷贝数增加决定,但荣昌猪的白毛色可能与KIT基因的拷贝数变异之间没有直接的联系;4个贵州地方品猪的全黑/全棕色毛色与KIT基因拷贝数的缺失有关,但柯乐猪和香猪中带白斑个体的KIT基因拷贝数并未增加,提示贵州地方猪品种的白斑毛色的形成机制有一定的特殊性.     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

皱皮香猪WIF1基因结构变异WIF1-I8-sv889的研究

为探究WIF1(Wnt inhibitory factor 1)基因中WIF1-I8-sv889结构变异位点变异与皱皮香猪躯干被毛形成的关系,本试验采用冰冻组织切片观察皱皮香猪皮肤毛囊的组织学形态,采用PCR方法分析WIF1-I8-sv889位点在猪群中的分布频率,并通过在线软件UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。组织学研究显示,与正常香猪和大白猪皮肤相比,皱皮香猪毛囊毛根鞘伸入真皮层,形成棘突,且皱褶凹陷处毛囊聚集,相反皱褶凸起处毛囊较少;皱皮香猪皮肤毛囊中的毛球宽度显著增大(P0.05),单个毛囊中的毛干数极显著增多(P0.01)。在WIF1-I8-sv889结构变异断点两端设计特异性引物,扩增片段长1 383 bp,与参考基因组比,1 383 bp中889 bp为结构变异区间,缺失581 bp,倒置308 bp。群体分布结果显示,猪群中WIF1-I8-sv889位点呈现出丰富的多态性,检测到3种基因型:正常的II型、杂合的DI型和缺失的DD型,皱皮香猪中未检测到II型;与正常香猪和大白猪相比,皱皮香猪中D等位基因占优势(94.44%);经卡方检验,皱皮香猪D等位基因显著或极显著高于正常香猪和大白猪(P0.05;P0.01)。结果提示,WIF1基因中的WIF1-I8-sv889结构变异可能与皱皮香猪毛囊的形态发生有关。     

ADCY3和IGF1基因结构变异与香猪繁殖性状的关联分析

试验旨在研究卵巢类固醇生成信号通路中腺苷酸环化酶3（adenylatecyclase 3,ADCY3）、胰岛素样生长因子1（insulin like growth factor 1,IGF1）基因结构变异的遗传多样性及其与香猪母猪繁殖性状的相关性。采用PCR技术对269头香猪进行ADCY3和IGF1基因结构变异研究,利用在线软件计算遗传杂合度（He）、遗传纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）,并利用单因素方差分析、LSD法分析不同基因型与初产和经产香猪的总产仔数、产活仔数、初生重及乳头数等繁殖性状的关联性。结果显示,2个结构变异ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302在香猪群体中均存在多态性,均有3种基因型：DD、DI和II,2种等位基因：D和I。其中,ADCY3-I₁-sv506中DI基因型为优势基因型（0.569）,D为优势等位基因（0.601）;IGF1-I₃-sv302中II基因型为优势基因型（0.717）,I为优势等位基因（0.816）。ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302多态信息含量（PIC）均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,杂合度分别为0.479和0.300。关联性分析结果发现,ADCY3-I₁-sv506位点DD基因型个体的初产和经产母猪总产仔数显著高于II基因型个体（P<0.05）;IGF1-I₃-sv302位点II基因型个体的初产、经产母猪总产仔数和经产母猪产活仔数均显著高于DI基因型型个体（P<0.05）。结果表明,2个结构变异位点ADCY3-I₁-sv506和IGF1-I₃-sv302与香猪母猪的繁殖性能有直接关联,可作为香猪母猪繁殖性能选育的候选分子标记。     

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3个国外引入猪种共473头，应用PCR-SSCP技术在7个中国地方猪种中检测到1个Pit-1基因第4外显子上的突变；应用PCR-RFLP技术在3个国外引入猪种中，扩增长度为1747bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明：外显子4上的突变，在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy-Weinberg平衡；北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy-Weinberg平衡；3个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR—RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′—端上游区(HinfI—RFLP)和第二内含子内(HinfI—RFLP、HaeⅢ—RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明：(1)在5′—端上游区的：HinfI—RFLP位点上，所有的品种都有变异，但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh)；(2)在第二内含子内的HinfI—RFLP位点上，二花脸只有BB基因型，而其它品种都表现出多态性；(3)在第二内含子内的HaeⅢ—RFLP位点上，只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在，等位基因D的频率分别为0．86，0．98和0．68，其余8个猪种均表现为DD型。     

香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究

为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。     

贵州3个地方猪种的mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

为了研究3个贵州地方猪种(白洗猪、从江香猪和黔北黑猪)mt DNA D-loop区的遗传多样性,本试验采用PCR直接测序的方法测定了3个贵州地方猪种共57个个体的mt DNA D-loop区全序列。结果表明,3个贵州地方猪种mt DNA D-loop区序列长度为1254~1314bp,可分为高变区、串联重复区和保守区,串联重复片段有4种,可分为A型和B型;D-loop区的碱基含量特点为A+T明显高于G+C;在白洗猪、从江香猪和黔北黑猪的高变区分别检测到6、6、8个均为转换的突变位点,分别定义了4、4、6种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.6386~0.8974,核苷酸多样度为0.0025~0.0035,3个贵州地方猪种均表现出较为丰富的遗传多样性。