应用灭光定量RT-PCR方法检测PRRSV变异株在仔猪体内动态分布

为进一步了解高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株(HuN4株)在体内的动态分布规律和特点,探讨病毒对组织器官的嗜性,本研究将HuN4株和细胞传代致弱毒株HuN4-F65人工感染40日龄健康仔猪,分别于感染后1 d、3 d、5 d、7 d、10 d、14 d、21 d和28 d各迫杀2头,并应用建立的荧光定量RT-PCR方法对脑、颌下淋巴结、扁桃体、肺脏、肝脏和十二指肠等组织及血清中的PRRSV进行定量检测.结果显示:感染后HuN4组各器官病毒载量比HuN4-F65组高100倍,病毒栽量峰值期出现在感染后7 d,随后呈下降趋势.HuN4株在仔猪体内分布广泛,在21 d的试验期内持续存在,并且各器官的病毒载量呈正态分布规律;而HuN4-F65株血清病毒载量较低,并且集中在单核巨噬细胞相对密集的扁桃体和颌下淋巴结,与HuN4株主要嗜性器官肺脏相比发生了改变.     

不同品种猪感染HP-PRRSV后肺组织间PRRSV受体基因差异表达的研究

为进一步了解藏猪、藏梅猪和大约克夏猪对高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV） JXA1分离株具有不同易感性的分子机理,本研究建立实时荧光定量RT-PCR方法比较分析藏猪、藏梅猪和大约克夏猪感染JXA1分离株前、感染后4、7和14 d肺脏中HSPG2、SIGLEC1、CD163、VIM和NMMHC-ⅡA 5个PRRSV受体基因的差异表达情况。结果显示,藏猪感染JXA1分离株后4和14 d肺脏中HSPG2的表达量显著高于感染前（P < 0.05）,而感染后7 d HSPG2的表达量显著低于感染前（P < 0.05）,藏梅猪在感染后14 d HSPG2的表达量显著高于感染后7 d（P < 0.05）;藏猪感染后4和14 d肺脏中SIGLEC1的表达量显著高于感染前（P < 0.05）,大约克夏猪感染后4、7和14 d SIGLEC1的表达量均显著低于感染前（P < 0.05）;藏猪和藏梅猪感染后14 d肺脏中CD163的表达量均显著高于感染前（P < 0.05）,大约克夏猪则感染后7和14 d均显著低于感染前（P < 0.05）;藏猪感染后7 d肺脏中VIM的表达量显著高于感染前（P < 0.05）,大约克夏猪在感染后7 d显著低于感染前（P < 0.05）;藏梅猪感染后4 d肺脏中NMMHC-ⅡA的表达量显著高于感染前（P < 0.05）,大约克夏猪在感染后4和14 d NMMHC-ⅡA的表达量显著高于感染前（P < 0.05）。结果表明,5个PRRSV受体基因中,SIGLEC1和VIM基因可能是影响藏猪、藏梅猪和大约克夏猪对JXA1分离株易感性存在差异的潜在关键基因。     

荧光定量RT-PCR法对高致病性PRRSV变异株感染猪体内分布规律的研究

根据GenBank发表的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株Nsp2基因序列设计1对特异引物,以重组质粒作为阳性标准品,采用SYBR-Green Ⅰ嵌合荧光染料建立了1种荧光定量RT-PCR方法用于检测该病毒核酸载量,在101~106拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0.999 8,扩增效率为E=0.950,对质粒标准品最低检测限为12.8拷贝/μL,重复性检测的变异系数低于2.0%。用高致病性PRRSV变异毒株人工感染25日龄非免疫仔猪,对不同时间采集的血清进行了病毒核酸定量检测,结果表明病毒血症于攻毒后48 h被检测出,于7~10 d达到高峰,其病毒核酸载量能达到106拷贝/μL。试验猪临床表现为体温升高至40.5℃以上,持续7~11 d;出现嗜睡、打喷嚏、眼结膜炎、偶见一过性的耳尖发绀、皮肤苍白或有小疱疹、被毛粗糙、消瘦、便秘、后躯无力等临床症状。感染猪发生高热期与毒血症消长规律有一定相关性。对人工感染猪体内病毒分布检测结果表明,以多种脏器均有病毒存在,如扁桃体、淋巴结、心脏、肾脏中含量较高,肝、脾脏和肺次之,脑组织中也检测到病毒存在。试验表明,该方法可用于PRRSV变异毒株核酸定量检测,为该病毒致病性、致病机理、疫苗免疫及诊断等方面的研究提供了技术手段。     

CYP11A1基因在藏猪和藏梅猪卵巢、子宫和输卵管组织表达差异

CYP11A1基因是催化类固醇激素生成过程中的第一个水解酶,也是该过程的限速酶,对于受到激素调节的动物繁殖生理过程有重要作用。本文研究了CYP11A1基因在产仔数有明显差异两个猪种卵巢、子宫和输卵管三个组织中的表达差异,结果发现CYP11A1基因在卵巢组织中表达最丰富,且在两个不同猪种中有显著差异(P<0.05)。这说明CYP11A1基因猪卵巢功能发挥具有重要作用。     

荧光定量RT-PCR法对犬瘟热病毒PS株感染犬血清和粪便中病毒的检测

为研究犬人工感染犬瘟热病毒(CDV)后病毒在血清和粪便中的含量及变化,本实验根据CDV核衣壳蛋白(NP)基因序列设计一对特异引物,扩增NP基因.并以NP基因重组质粒作为阳性标准品,建立检测CDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法.结果表明,该方法102拷贝～109拷贝范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0.998,扩增效率为E=98.3％,敏感度高,最低检测限为6.1拷贝/μL,重复性检测变异系数低于2.62％.该方法与常规RT-PCR方法比较,其敏感性提高102倍.两只人工感染CDV PS强毒株的犬,分别于接种后17d、19d发病死亡,采用荧光定量RT-PCR方法对人工感染犬的血液和拭子液中的病毒核酸栽量进行定量检测以及对收集的22份临床样本拭子液进行检测,均检测到CDV.本研究结果表明,该方法可以用于CDV核酸定量检测,为该病毒的致病机理及病毒传播途径的研究提供了一种快速和敏感的检测手段.     

猪捷申病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

参考Gen Bank中猪捷申病毒(PTV)基因序列,通过比对分析,设计引物和Taq Man探针,建立荧光定量RT-PCR检测方法。该方法的最低检测灵敏限度为12.6拷贝/μL,组内组间重复试验的变异系数均小于2%,具有较好的特异性,对猪常见病原如猪瘟病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒和伪狂犬病病毒等均没有特异性扩增。用本研究建立的荧光定量RT-PCR方法检测来自猪场的156份猪粪便,阳性检出率为38.5%,与套式RT-PCR符合率达100%,表明本试验建立的荧光定量RT-PCR方法适用于PTV的快速批量筛检,为PTV感染的流行病学调查提供了必要的技术手段。     

猪δ冠状病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立与初步应用

本研究旨在建立一种灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。参照GenBank中PDCoV有关基因序列,设计一对特异性引物用于扩增PDCoV M 基因。将测序正确的基因片段克隆入pMD18-T载体,构建重组质粒作为建立标准曲线的病毒模板。设计合成一对特异性引物与TaqMan探针,进行反应条件和反应体系的优化,建立快速检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并进行该方法的灵敏性、特异性与重复性验证。结果表明,该方法能有效扩增1.0×10^1 ~1.0×10^9 拷贝·μL^-1 的PDCoV标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系。该方法的检测灵敏度为1.0×10^1 拷贝·μL^-1;对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒等病原不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%,重复性良好。对2017—2018年期间收集的河南省不同猪场的100份腹泻病料进行检测,PDCoV的阳性检出率为23%(23/100),与PDCoV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的符合率为100%。人工感染PDCoV的仔猪,取攻毒后不同时间的粪便样品,应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的灵敏度远远优于常规RT-PCR。上述结果表明,本研究所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法能够灵敏、特异地检测PDCoV,可用于临床PDCoV的检测。     

猪蓝耳病病毒变异株TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR鉴别诊断方法的建立

根据GenBank收录的PRRSV基因序列,设计一对引物F、R和一条TaqMan荧光探针P,建立了猪蓝耳病病毒荧光RT-PCR检测方法.该方法敏感性比常规的RT-PCR高100倍,对PRRSV细胞培养物的检测下限可以达到2个TCID50,能特异检测出蓝耳病病毒,并且可以鉴别诊断PRRSV变异株和经典株,同时根据灵敏度试验建立的标准曲线,能够对PRRSV RNA进行相对定量.     

猪札幌病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据猪札幌病毒(Porcine Sapovirus,SaV)的VP1保守基因序列设计引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法,并与常规RT-PCR检测方法进行了比较。结果表明,荧光定量RT-PCR方法的检测灵敏度可达16.1拷贝.μL-1,而常规RT-PCR方法的灵敏度为1.61×103拷贝.μL-1。对216份粪样的检测结果进一步表明该法(检出4份)比常规RT-PCR方法(检出3份)的灵敏度高。系统进化分析表明,该4株病毒均为GⅢ型,与SaV上海分离株(FJ387164)同源性为100%。该方法具有灵敏度高、特异性强、操作简便等优点,适合于猪SaV感染的流行病学调查和临床诊断。     

Detection of Actinobacillus pleuropneumoniae in pigs by real-time quantitative PCR for the apxIVA gene

A real-time quantitative PCR (qPCR) for detection of the apxIVA gene of Actinobacillus pleuropneumoniae was validated using pure cultures of A. pleuropneumoniae and tonsillar and nasal swabs from experimentally inoculated Caesarean-derived/colostrum-deprived piglets and naturally infected conventional pigs. The analytical sensitivity was 5colony forming units/reaction. In comparison with selective bacterial examination using tonsillar samples from inoculated animals, the diagnostic sensitivity of the qPCR was 0.98 and the diagnostic specificity was 1.0. The qPCR showed consistent results in repeatedly sampled conventional pigs. Tonsillar brush samples and apxIVA qPCR analysis may be useful for further epidemiological studies and monitoring for A. pleuropneumoniae.     

实时定量PCR对猪圆环病毒2型感染猪体内病毒分布规律的研究

根据发表的猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因序列设计了一对特异引物,并以克隆重组质粒作为阳性标准品,采用SYBR-GreenⅠ嵌合荧光染料建立了一种用于检测PCV2的实时定量PCR方法。该方法在10^7～10^1范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0．997,扩增效率为E=0．920;对质粒标准品检测下限值为8．2拷贝／μL,检测变异系数低于2．0％。该方法与常规PCR及过氧化物酶单层细胞试验（IPMA）比较,其敏感性提高10^3倍以上。采用该法对PCV2人工感染猪的心、肝、脾、肺、肾、腹股沟淋巴结等组织中病毒核酸载量检测结果表明,在多种脏器中均可检9n,4到病毒,其中腹股沟淋巴结、扁桃体和脾脏中病毒含量较高（为3．4&#215;10^9拷贝儋～1．7&#215;10^10拷贝／g）,这表明病毒主要在免疫器官增殖,导致淋巴细胞耗损。对来自国内不同地区的28份临床发病猪病料进行病毒DNA定量检测,有半数以上病料的病毒载量达到10^9-10拷贝／g。实验表明,实时定量PCR可用于PCV2核酸定量检测,为该病毒体内外定量检测提供了一种技术手段。     

实时荧光定量PCR法检测转基因猪外源基因整合拷贝数

以GFP转基因猪为研究对象,以转铁蛋白受体基因为内参基因,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR建立针对外源基因GFP和内参基因的双标准曲线和方程。对转基因猪基因组DNA中外源基因和内参基因的拷贝数同时定量检测,外源基因与内参基因起始模板拷贝数的比值即为外源基因在转基因猪中的整合拷贝数。同时,利用Southern-blot进行验证分析。结果显示:实时荧光定量PCR法检测2头转基因阳性猪外源基因拷贝数分别为3和2,2头转基因阴性猪外源基因拷贝数均为0,结果同Southern-blot检测一致。结果表明:实时荧光定量PCR法高通量、灵敏、方便,可以更好的用于转基因猪外源基因整合拷贝数的检测。     

藏系绵羊VEGF基因的克隆、同源性分析及其表达水平的实时荧光定量PCR检测

采用PCR技术从藏系绵羊皮肤组织细胞中扩增出了血管内皮细胞生长因子(VEGF)基因,长度为573 bp,共编码190个氨基酸;序列比对发现,VEGF基因在所选择的多个物种之间具有高度同源性,相似性在100%～74.5%之间,其中藏系绵羊与普通绵羊的VEGF基因序列完全相同,其次为牛和猪,相似性分别为99.1%和96.2%,而与鸡的同源性最低,相似性为74.5%。采用实时荧光定量PCR SYBR Green I荧光染料法,对藏系绵羊皮肤组织细胞中VEGF基因的表达水平进行了相对定量分析,建立了快速检测VEGF基因表达量的方法。检测结果表明:给妊娠后期藏系母羊补饲自制的营养舔砖和颗粒饲料后,所产羔羊体内VEGF基因的表达水平分别为对照组的11.5倍和0.85倍。为提高羔羊皮肤组织中VEGF基因mRNA的表达水平,对妊娠后期藏系母羊补饲自制的营养舔砖,效果优于补饲颗粒饲料。     

Detection of equine herpesvirus-1 in nasal swabs of horses by quantitative real-time PCR

Background: Early identification of inhalation-transmitted equine herpesvirus type 1 (EHV-1) infections has been facilitated by the availability of a number of real-time quantitative PCR (qPCR) tests. A direct comparison between nasal swab qPCR and traditional virus isolation (VI) requires a method for normalizing the qPCR samples and controlling for PCR inhibitors present in some clinical samples.
Objectives: To quantify EHV-1 shedding in viral swabs using an internal control and to compare fast qPCR to VI for the detection of EHV-1 in nasal swabs from horses.
Animals: Fifteen horses experimentally infected with EHV-1.
Methods: Experimental study : Nasal swab samples were collected daily after experimental infection for up to 21 days. VI was performed by conventional methods. The DNA was prepared for qPCR with the addition of a known quantity DNA of Marek's disease virus as an internal control. qPCR was performed.
Results: The qPCR method detected virus up to day 21 after challenge, whereas VI detected virus only to day 5. The median Kaplan-Meier estimates for EHV-1 detection were 12 days for qPCR and 2 days for VI ( P < .0001). When compared with VI, the sensitivity and specificity of qPCR were 97 (95% CI: 86–100) and 27% (95% CI: 20–35).
Conclusions and Clinical Importance: We conclude that fast qPCR of nasal swab samples should be chosen for diagnosis and monitoring of herpesvirus-induced disease in horses. Recommended reference ranges of C _T values are provided as well as justification of a minimum 10-day quarantine period.     

Quantification of Mycobacterium avium subspecies in pig tissues by real-time quantitative PCR

Background

Mycobacterioses in animals cause economical losses and certain Mycobacterium avium subspecies are regarded as potential zoonotic agents. The evaluation of the zoonotic risk caused by M. avium subspecies requires information about the quantities of Mycobacterium strains in infected animals. Because M. avium subspecies in pig tissues are difficult or even impossible to quantify by culturing, we tested the suitability of a culture-independent real-time quantitative PCR (qPCR) assay for this purpose.

Methods

Mycobacterial DNA was extracted from porcine tissues by a novel method and quantified by Mycobacterium genus specific qPCR assay targeting the 16S rRNA gene.

Results

The response of the qPCR assay to the amount of M. avium subspecies avium mixed with porcine liver was linear in the range of approximately log10⁵ to log10⁷Mycobacterium cells per 1 g of liver. The assay was validated with three other M. avium subspecies strains. When the assay was applied to porcine lymph nodes with or without visible lesions related to Mycobacterium avium subspecies infections, around 10⁴–10⁷ mycobacterial genomes per gram of lymph nodes were detected.

Conclusions

The qPCR assay was found to be suitable for the quantification of Mycobacterium avium subspecies in porcine lymph nodes and liver.     

荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的研究

为建立一个荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的方法,根据GenBank登录的莱姆病螺旋体鞭毛蛋白FlaB序列,应用生物学软件进行序列比对,在保守的C段区设计与筛选特异引物和TaqMan探针。对荧光定量PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性,并通过对感染螺旋体的蜱样本的检测,评价该方法的实用价值。结果显示,自然感染莱姆病螺旋体的35份蜱标本检测阳性符合率100%,正常蜱20份标本的检测结果均为阴性。该方法对牛巴贝斯原虫、泰勒原虫、边缘无浆体、金龟子绿僵菌、大肠杆菌等蜱体常见病原微生物所抽提的DNA的检测均呈阴性。荧光定量PCR方法检测质粒的灵敏度可达1×102拷贝/μL。TaqMan荧光定量PCR方法检测硬蜱体内莱姆病螺旋体具有较好的敏感性和特异性,可适于莱姆病的流行病学调查和监控。     

军牧1号白猪、杜洛克猪和藏猪的氟烷基因和酸肉基因多态性分布

为了研究军牧1号白猪、杜洛克猪和藏猪氟烷基因和酸肉基因的多态性分布情况,试验采用PCR-RFLP方法对61头军牧1号白猪、51头杜洛克猪和51头藏猪的氟烷基因和酸肉基因多态性进行了检测。结果表明:军牧1号白猪的氟烷基因表现为单一的NN型;杜洛克猪的氟烷基因表现为多态性,等位基因N的频率为0.196 1,基因型分布符合哈代-温伯格平衡(χ2=3.033 9,P=0.081 5);藏猪的氟烷基因表现为单一的nn型。3个猪种的酸肉基因均表现为单一的rn/rn型。