基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。     

基于线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)全基因序列分析我国部分地区兔痒螨的遗传变异特征

为探讨兔痒螨是否会受兔品种、温度带和地域来源的不同而出现遗传变异,采用PCR技术首次对我国6个省份共68个獭兔来源(陕西、河北、河南和湖北)和肉兔来源(山东和四川)痒螨虫株的线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)基因全序列进行扩增,经测序后分析遗传变异情况。68条兔痒螨cytb全序列均为1 100bp,共有96个(8.7%)变异位点和46个单倍型;我国整体种群的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.959 2和0.012 0,具有较高的遗传多样性;我国兔痒螨整体种群的中性检验结果为负值(Tajima’s D=-0.444 01,Fu’s Fs=-1.454 25),且呈现多峰的错配分布曲线现象,暗示我国兔痒螨可能经历过突增长过程;我国所有种群间存在一定的遗传分化(Fst=0.262 2)、基因流水平较低(Nm=0.7);分子方差(AMOVA)分析表明遗传分化主要发生在种群内;单倍型网络图和NJ树显示我国兔痒螨的聚类与兔品种、温度带和地理来源无关。结果表明,我国6个地区的兔痒螨虫株呈现较高的遗传多样性,具有一定的遗传分化,但未形成以兔品种、温度带和地理分布为格局的遗传结构。     

基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析

貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=0.50)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>0.5%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5-DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。     

基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。     

基于ND2基因的崖沙燕遗传多样性和遗传结构初探

利用线粒体DNA中的NADH脱氢酶第二亚基(ND2)对来自齐齐哈尔市50个崖沙燕(Riparia riparia)样本进行扩增和测序,发现了11条新的单倍型序列。结合从GenB ank中下载的104条序列,对崖沙燕3个亚种种群(154只个体)进行序列变异及系统发育分析。结果显示,3个亚种种群中有2个共享单倍型。群体总的单倍型多样性(Hd)为(0. 885±0. 019),群体总的核苷酸多样性(Pi)为(0. 002 92±0. 000 18)。与其近缘物种淡色崖沙燕(Riparia diluta)相比较,崖沙燕种群表现出较低水平的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示变异主要来自种群内(72. 82%)。构建的单倍型系统发育树表明,62个单倍型没有形成明显的亚种分化和地理分化。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

三个类群藏系绵羊线粒体细胞色素b基因序列多态性及其系统进化的研究

为研究藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群的亲缘关系、遗传多样性以及其系统进化,测定该3个类群藏系绵羊的41个个体的细胞色素b基因的全序列。结果表明,41个藏系绵羊的细胞色素b基因的全序列长度均为1 140bp,有27个多态位点,其中单一多态位点16个,简约信息位点11个,共定义13种单倍型,单倍型多样性为0.672±0.078,核苷酸多样性为0.331%。藏系绵羊贾洛类群与欧拉类群遗传距离最远,为0.003 9,红原类群与欧拉类群遗传距离较近,为0.002 64。说明红原类群与欧拉类群亲缘关系较近,藏系绵羊有一个共同祖先,同时存在第2个母系起源。     

中国西南地区5个地方绵羊群体mtDNA遗传多样性及系统进化研究

采用PCR—SSCP技术及mtDNA D-loop序列分析相结合的方法，对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊及西藏的多玛绵羊、江孜绵羊5个地方绵羊群体共232个个体进行遗传多样性及系统进化分析。PCR-SSCP分析显示，在西藏的多玛绵羊和江孜绵羊中均检测到线粒体编码区的Cytb和ND2基因的3种单倍型A、B和C，且在西藏的多玛绵羊、江孜绵羊中C单倍型比例高于B型；而在云南的昭通绵羊、腾冲绵羊和宁蒗绵羊中只检测到单倍型A和B。根据不同的单倍型从5个群体中筛选出39个样品进行mtDNAD-loop区克隆测序，经过系统进化分析揭示西藏绵羊存在A、B、C3种mtDNA单倍型；而云南绵羊只存在A、B2种mtDNA单倍型。以上基于PCR-SSCP和D-loop区序列的分析结果一致提示西藏绵羊有3个母系来源，云南绵羊有2个母系来源。基于mtDNAD-loop序列的多态性分析结果显示西藏多玛绵羊和江孜绵羊的单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）及平均核苷酸差异数（k）均高于云南3个地方绵羊品种，提示西藏绵羊遗传多样性较丰富，云南绵羊遗传多样性相对贫乏。     

青海藏系绵羊高原型与山谷型类群的遗传多样性和分化研究

为了研究青海藏系绵羊高原型祁连县种群和山谷型互助县种群的遗传多样性和分化水平,试验采用聚合酶链式反应的方法获得了2个类群共63个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列全长(1 140 bp)。结果表明:排序后的序列存在35个变异位点,其中包括17个简约性位点和18个单突变位点,共定义了18个单倍型。高原型祁连县种群和山谷型互助县种群单倍型多样度分别为0.81±0.05,0.74±0.08,核苷酸多样度分别为0.003 7±0.002 1,0.004 2±0.002 3,比较而言,遗传多样性偏低,与目前的资源量和分布相适应。分子变异和单倍型网络图分析结果均表明,祁连县高原型与互助县山谷型藏系绵羊类群间并不存在遗传分化。     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究

通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列,对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示,47个样品均被确定为G1基因型,分为10个单倍型(C1~C10),其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同,且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)较低,明显低于中东种群,两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值,遗传结构差异不显著。研究结果表明:中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后,经历了近期群体扩张或遗传瓶颈,在高原地区天然的地理隔离作用下,逐渐发展成了现在的种群。     

基于线粒体DNA序列探讨中国紫貂的起源

为了研究中国紫貂的起源,试验利用PCR方法和直接测序技术对中国境内分布的18只野生紫貂线粒体DNA控制区全序列进行了测定和群体分析。结果表明:所获得的7个单倍型序列长度介于1 073～1 134 bp之间,在保守序列区CSB1与CSB2之间存在AC串连重复序列,长度介于198～258 bp,这是导致紫貂线粒体控制区序列长度异质性的原因;序列中具119个碱基插入/缺失位点、2个颠换位点以及26个转换位点;其整体单倍型多样性(H)为0.880±0.045、核苷酸多样性(Pi)为0.039±0.004,种群总体遗传多样性水平较高。3个地理亚种间存在明显的遗传分化,尤其是长白山和阿尔泰亚种间FST(遗传分化指数)=0.989 49(P>0.01),种群间基因流极低(Nm=0.005);阿尔泰亚种、长白山亚种分别与大兴安岭亚种的个别种群存在较近的亲缘关系,该结论与紫貂化石证据结合即可推测出紫貂大兴安岭亚种是我国境内分布的3个紫貂种群中首先分化形成的,然后以大兴安岭为中心向南分化形成长白山亚种以及向西分化形成阿尔泰亚种。     

新疆3个地区银盾革蜱种群的遗传多样性分析

为了解银盾革蜱遗传多样性和种群分化情况,本研究在新疆伊犁、阿勒泰和巴州地区采集硬蜱562份,对其进行形态学鉴定后,PCR扩增其中的50份银盾革蜱的COI基因序列后对其进行遗传多样性分析。结果显示,在50条597 bp的COI基因序列中,共检出84个变异位点。所有样品共检测到12种单倍型,群体单倍型和核酸多样性指数分别是0.757和0.05554。COI基因系统发育树分析结果显示,新疆3个地区银盾革蜱各地理种群间可划分为2个不同的谱系,且不同地理群体间存在着基因交流。中性检验显示,研究区域内的群体在近期未经历种群扩张;巴州地区内两个种群出现遗传分化现象。表明,3个地区银盾革蜱整体遗传多样性水平高,且种群内部出现了遗传分化现象。本研究结果为银盾革蜱不同地理种群间的系统发育及进化关系的研究提供遗传学信息。     

藏系绵羊mtDNA遗传结构及多样性研究

为了研究青海地区藏系绵羊遗传结构、多样性和母系起源,采用PCR扩增和直接测序方法获得了青海地区高原型、欧拉型、山谷型和青海黑藏羊8个群体共187个个体的mtDNA D-loop序列片段,对序列数据进行遗传多样性、遗传结构、系统发育和网络关系分析。结果显示,187个个体均获得长度为527bp的mtDNA D-loop序列片段,共定义了94个单倍型。青海地区高原型藏羊具有较高的遗传多样性,而欧拉型和青海黑藏羊遗传多样性相对较低,这与各类群藏系绵羊在青海地区的资源现状、分布范围相适应。种群间遗传分化及AMOVA分析均显示,欧拉型与其他类群间存在较显著的遗传分化,其余类群间分化不明显。系统发育分析表明青海地区藏系绵羊可能有3个母系起源,与以往研究相一致。     

甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源分析

为了研究甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源,利用设计的1对引物对绵羊mtDNA D-环序列进行PCR扩增和纯化测序.对序列数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示:120只绵羊mtDNA D-环序列(部分)表现出2种长度变异,其中3个序列长度为573 bp,117个序列长度为648 bp.对117个长度为648 bp的序列进行分析,发现77个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在蒙古羊都较高,而在兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊都较低.系统发育树和网络关系分析均将77个单倍型明显的分为3个分支.研究认为:含有4个重复单元(75 bp)是甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环的序列特征,在甘肃6个地方绵羊品种中,蒙占羊的遗传多样性最丰富,兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性最低.系统发育和网络关系分析认为甘肃6个地方绵羊品种有3个母系起源.     

基于线粒体D-loop序列的白头鹤越冬种群遗传结构研究(英文)

白头鹤(Grus monacha)是我国长江中下游湿地的越冬水鸟,湿地退化导致栖息地逐渐丧失,影响越冬种群的稳定,开展种群遗传结构研究对越冬白头鹤的有效保护具有积极意义。本研究共采集安徽菜子湖、升金湖、江西鄱阳湖、上海崇明东滩4个白头鹤越冬地粪便样品221份、羽毛样品9份和肌肉样品4份,从中获得了72份样品的mtDNA控制区(D-loop)1103-1104bp序列。结合从GenBank获得的两个来自日本的白头鹤个体序列(GenBank AB017625、AB023813),对越冬种群进行了遗传结构分析。长江中下游4个越冬种群共发现26个变异位点,定义了23种单倍型。遗传多样性分析结果显示,白头鹤单倍型多样性(h)为0.823±0.042,核苷酸多样性(π)为0.00157±0.00021。各个种群FST值表明我国长江中下游各种群之间无显著的遗传分化。两种中性检验(Tajima’sD = 2.10951, p < 0.05;Fu’s FS=19.351, p < 0.01)分析结果表明,白头鹤在进化史上可能经历了种群扩张。     

云南省不同蚕区桑园中桑粉虱种群的遗传分化初步研究

桑粉虱(Pealius mori)是云南蚕区主要的桑树害虫之一。对滇南至滇西沿线3个蚕桑区7个采样点的桑粉虱种群进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)序列分析,应用Dna SP5.0、Arlequin3.1.1.1、Network4.6软件进行桑粉虱样本的单倍型、遗传多样性、遗传分化分析。在35个样本的mt DNA COⅠ序列中,检测到23种单倍型,其中20种单倍型分别为7个种群独有;总群体的mt DNA COⅠ序列单倍型多样度(Hd)为0.966,各种群单倍型Hd介于0.700~1.000间;总群体遗传分化指数(FST)为0.747 98,基因流(Nm)为0.17。AMOVA分子变异分析表明桑粉虱的遗传变异主要来自种群间,种群内变异小于种群间变异;总群体及各种群间Tajima's D中性检验差异不显著,表明桑粉虱群体在近历史时期无群体扩张。构建的单倍型UPGMA聚类树与单倍型网络图显示,桑粉虱单倍型呈明显种群分布格局。依据研究结果初步认为:滇南至滇西沿线7个采样点的桑粉虱种群因遗传漂变产生了较大遗传分化;桑粉虱mt DNA COⅠ序列单倍型呈现明显的地理区域种群分布格局。     

基于线粒体基因的新疆托氏兔遗传多样性和种群遗传结构评价

旨在利用线粒体基因测序方法评价新疆托氏兔的遗传多样性水平,并探究亚种间的遗传结构.本研究通过PCR扩增及测序技术,获得来自新疆北部、西北部以及中东部地区的共计78例新疆托氏兔线粒体DNA的CO1和D-LOOP基因序列,并采用生物信息学的方法进行数据分析.结果 表明,78个新疆托氏兔样本的合并序列共定义了68种单倍型,新...     

昌宁县中华蜜蜂种群遗传结构调查——基于线粒体DNA COX1分子标记

为了探究云南省昌宁县中华蜜蜂的种群遗传结构,以线粒体DNA COX1基因片段为分子标记,利用生物信息学软件对该地区4个采样点共96群中华蜜蜂进行了遗传多样性分析,共获得了89条序列,所得线粒体DNA片段的序列长度为794bp。结果表明(1)序列碱基组成为:A+T74.3%,表现出显著的A+T偏倚性。(2)共发现23个变异位点其中转换变异位点21个,颠换变异位点2个。(3)共定义了16个线粒体单倍型,表现出昌宁地区丰富的遗传多样性和较高的单倍型多样度,显示出昌宁地区中华蜜蜂群体具有相对独立的遗传结构,同时与华南地区中华蜜蜂种群存在有限的基因交流。     

基于mtDNA d-Loop基因序列的三个地区蒙古群体遗传多样性研究

为研究黑龙江省三个蒙古鲌群体的种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,试验采用形态学和mtDNA d-loop基因序列分析法,探讨兴凯湖(XK)、镜泊湖(JB)和乌苏里江抚远段(FY)蒙古鲌群体的遗传结构与分化。结果表明:三个群体之间的形态差异不显著,虽然个体间的某些特征有一定的分化趋势,但重叠较大,不能分为独立群体。三个群体共检测到18种单倍型,其中hap4和hap5两种单倍型广泛分布于所有群体中。识别了mtDNA d-loop区序列的扩展终止序列区(ETAS)、保守序列区(CSB)和中央保守区(CD)结构。三个群体之间单倍型多样性(HD)较高(0.882~0.890),核苷酸多样性(π)较低(0.475%~0.771%);群体内遗传距离为0.005 08~0.010 16,群体间遗传距离为0.005 66~0.008 25;遗传分化系数(Fst)为-0.010 64~0.048 53,XK与FY群体Fst为负值,两个群体之间基因交流频繁,遗传多样性水平相近;FY与JB群体之间遗传分化系数(Fst)值最大(0.048 53),接近于达到遗传分化水平(P0.05);但三个群体间还没有达到遗传分化标准。单倍型NJ树和网络绘图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性;分子变异分析(AMOVA)显示群体内的变异百分比(97.46%)大于群体间(2.54%)(P0.01)。说明三个蒙古鲌地理群体仍属于同一种群,没有产生遗传分化,其遗传多样性主要来自于群体内部。