羊口疮病毒重庆分离株008基因的原核表达及生物信息学分析

【目的】研究羊口疮病毒008蛋白的功能,用原核表达系统表达008基因,并对其进行生物信息学分析。【方法】通过重庆临床分离株扩增得到008基因片段,将其连接到pET-28a(+)载体上,构建重组表达质粒,诱导表达该蛋白;对008蛋白利用ProtScale程序分析疏水性,TMHMM server v.2.0分析跨膜区,SignalP 5.0 server预测信号肽以及通过Protean进行B细胞抗原表位预测分析。【结果】羊口疮008基因可以在E.coli中表达,重组蛋白分子量大小约为56 kd,主要以包涵体形式表达且与阳性血清产生特异性结合反应,具有良好的抗原性。生物信息学研究显示,008蛋白属于疏水性蛋白,无跨膜区及信号肽区域,其中B细胞表位可能存在11个。【结论】构建的pET-28a(+)-008质粒在IPTG诱导下成功表达008蛋白,008蛋白具有良好的抗原性。     

BVDV/IBRV主要抗原表位E2/gD基因串联表达及免疫原性

为开发研制牛病毒性腹泻-黏膜病毒(BVDV)及牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的联合亚单位疫苗,开展了BVDV E2蛋白、IBRV gD蛋白主要抗原表位串联表达及免疫原性研究。利用2步PCR法获得E2-gD基因,构建原核表达载体pET28a-E2-gD,转化大肠杆菌BL21感受态细胞,IPTG诱导蛋白表达,SDS-PAGE结果显示重组蛋白表达,BCA工作盒测定纯化蛋白浓度为2.69 mg/mL;Western-blot结果显示其具有作为免疫原的特异性;免疫家兔制备抗血清,血清中和试验结果表明,中和抗体效价为44.7(IBRV)/22(BVDV)。这说明E2-gD蛋白免疫原性较好,可诱导产生较高效价的中和抗体。     

H9N2亚型禽流感病毒河南株NP基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

【目的】克隆H9N2亚型禽流感病毒(AIV)河南株核蛋白(NP)基因,并将NP主要抗原表位区在大肠杆菌中进行表达,为禽流感基因工程诊断抗原的制备和开发奠定基础。【方法】根据GenBank公布的禽流感病毒NP基因序列设计引物,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从H9N2亚型AIV河南株感染的鸡胚尿囊液RNA中扩增AIV河南株NP全基因,将扩增的PCR产物克隆到pGEM-T easy载体并进行测序。通过PCR和酶切方法将NP主要抗原表位区亚克隆到原核表达载体pET-28a中,构建重组表达质粒pET-28NP,转化大肠杆菌BL21(DE3),在IPTG诱导下表达重组蛋白。【结果】测序结果表明,克隆的H9N2亚型AIV河南株NP基因全长为1497bp,包含1个完整读码框,编码498个氨基酸,与GenBank中不同来源、不同亚型的其他7株禽流感病毒NP基因的核苷酸同源性达到95%以上,氨基酸同源性达到98%以上。SDS-PAGE可检测到相对分子质量约为42 ku的重组蛋白。经1.0 mmol/L IPTG诱导5 h时,重组蛋白的表达量最高。Western blot分析表明,重组蛋白能够与H9亚型AIV阳性血清发生特异反应。【结论】NP基因非常保守,建立的表达系统能够表达NP蛋白且表达蛋白具有良好的免疫原性。     

牛病毒性腹泻病毒陕西株的分离与NS5b基因序列测定

【目的】分离并鉴定陕西省牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)。【方法】采集腹泻犊牛的肠系膜淋巴结,处理后接种于MDBK细胞,盲传,逐日观察是否有细胞病变产生。采用病毒蚀斑技术对病毒克隆纯化后,提取其RNA,进行RT-PCR鉴定。将扩增的NS5b基因克隆入pMD18-T载体中,采用碱裂解法小量提取质粒,并对质粒进行EcoRⅠ和SalⅠ双酶切、SalⅠ单酶切及PCR鉴定,对阳性克隆进行核苷酸序列测定及分析。采用病毒蚀斑试验测定分离毒株的半数组织培养感染量(TCID50)。【结果】盲传4代后细胞出现典型、规律的细胞病变。RT-PCR扩增出预期长度(360 bp)的基因片段,核苷酸序列分析结果表明,所扩增的基因为牛病毒性腹泻黏膜病病毒NS5b基因,其与BVDV VEDEVAC株NS5b基因核苷酸序列有99%同源性。BVDV陕西株的半数组织培养感染量(TCID50)为3.6。【结论】成功分离了牛病毒性腹泻病毒陕西株,为陕西省BVDV的防治提供了理论依据。     

上海郊区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因型分析

采用RT-PCR方法对2014年在上海郊区某奶牛场分离得到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV SHYB)进行基因组5'UTR、Npro和E2基因扩增,并对PCR产物进行克隆、测序和BLAST比对分析,构建系统进化树和进行SimPlot重组分析。结果表明:2014年上海郊区奶牛场感染的BVDV 5'UTR保守序列与猪源性BVDV-1m亚型的ZM-95病毒株高度同源,属BVDV-1m基因亚型,命名为BVDV-1 SHYB;紧接着BVDV-1 SHYB病毒株5'UTR序列后面的Npro基因与BVDV-1b亚型病毒株同源性高,在5'UTR基因的3'端与Npro基因连接处有基因重组位点。     

牛病毒性腹泻病毒RT—PCR检测方法研究

【目的】建立快速、简便、特异的检测牛病毒性腹泻病毒抗原的RT-PCR方法;【方法】根据已发表的牛病毒性腹泻病毒株(BVDV)5’端非编码区保守序列设计合成了两条引物,应用RT-PCR技术对两株BVDV标准株(OregonC24V and NADL)进行基因扩增,对扩增产物进行酶切鉴定。同时设猪瘟兔化弱毒疫苗株、轮状病毒株、MDBK细胞作对照;【结果】两株BVDV标准株均扩增出了长度为325bp的片段,扩增产物经酶切后形成长度为111bp和214bp两条片段,而对猪瘟兔化弱毒疫苗株、轮状病毒株、MDBK正常细胞扩增均为阴性,与预期结果一致。【结论】PCR检测方法可以快速准确地对牛病毒性腹泻-黏膜病作出诊断。该方法的敏感性可高达10-1TCID50。     

基于密码子偏性对应分析数据的牛病毒性腹泻病毒分型研究

【目的】牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分型对于阐明病毒的致病机理、分析其流行规律以及其进化意义重大,本文旨在探索一种基于密码子使用偏性的BVDV分型鉴定方法.【方法】应用CodonW计算102株不同BVDV病毒株基因组序列的相对同义密码子使用度(RSCU)等相关参数,并用Excel和STATISTICA软件对其中的对应分析数据进行统计分析,对BVDV毒株在密码子使用偏性方面的差异进行聚类,将结果与基于BVDV RNA聚合酶基因和5′非翻译区序列的分子进化树进行比较.【结果】分析表明,BVDV的对应分析数据分布相对集中于不同象限中,具有型特异性;密码子偏性表现高度的型内相似性,BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3分别聚集成一类,与分子进化树分析结果一致.【结论】结果提示,基于密码子使用偏性对应分析数据的聚类分析可以应用于BVDV的分型研究.     

牛病毒性腹泻黏膜病毒E2基因的原核表达与免疫原性分析

[目的]原核表达牛病毒性腹泻黏膜病毒(BVDV)E2基因编码蛋白。[方法]采用PCR方法从BVDV中扩增E2基因片段,与原核表达载体pET-32a连接,构建重组表达质粒pET-32a-E2,转化E.coli(Rosetta)感受态细胞,重组菌用1 mmol/L IPTG诱导表达E2蛋白,进行SDS-PAGE电泳,并用Ni-NTA亲和层析柱纯化目的蛋白,经Western blot分析鉴定免疫原性。[结果]重组质粒pET-32aE2经PCR及酶切鉴定证明构建正确,重组质粒能够在大肠杆菌中大量表达,表达产物的分子质量大小约为58 kDa,纯化后E2重组蛋白浓度0.521 mg/mL,Western blot分析表明,其能被BVDV阳性血清识别,具有很好的免疫原性。[结论]E2蛋白成功表达,为后续建立BVDV检测方法奠定了基础。     

犬埃立克体多表位融合抗原蛋白的免疫学特性研究

【目的】构建和制备具有较强抗原性的犬埃立克体(Ehrlichia canis)重组蛋白并研究其免疫学特性。【方法】利用ABCpred等在线软件预测分析犬埃立克体gp19、gp140和gp200等蛋白的优势线性抗原表位,构建多表位融合抗原基因E.canis-megp19及E.canis-megp-1,经PCR扩增后将其克隆至表达载体pET-32a(+)中,构建原核表达载体pET-32a(+)-E.canis-megp19和pET-32a(+)-E.canis-megp-1,经EcoRⅠ和XhoⅠ双酶切鉴定正确后转化至感受态细胞大肠杆菌BL21 (DE3)中,优化表达条件(IPTG诱导浓度、温度及时间),表达重组蛋白后检测其免疫原性。【结果】成功构建并合成了多表位融合抗原基因E.canis-megp19和E.canis-megp-1,其PCR产物在1.5%琼脂糖凝胶电泳后分别出现大小为414和429bp的片段;重组载体pET-32a(+)-E.canis-megp19和pET-32a(+)-E.canis-megp-1双酶切后得到了预期长度的目标片段;SDS-PAGE结果显示,当加入1.0mmol/L IPTG、37℃诱导8h后,E.canis-megp19及E.canis-megp-1重组蛋白均可大量表达,其分子质量分别为38和39ku;Western blot分析显示,该重组蛋白可被犬埃立克体阳性血清特异性识别,证实其具有良好的反应原性;小鼠免疫试验表明,该重组蛋白可诱导机体产生特异性抗体。【结论】制备的多表位融合重组蛋白能够高效地在大肠杆菌中表达且能够诱导机体产生特异性抗体。     

牛病毒性腹泻/黏膜病病毒河北分离株的生物学特性

【目的】了解牛病毒性腹泻病毒河北分离株HB株的特性,阐明牛病毒性腹泻/黏膜病致病机理,更好的控制BVDV感染、流行提供理论依据特进行此项试验;【方法】用理化学及生物学方法对BVDV河北分离毒株HB的特性进行检测,与BVDV准毒株OregonC24V株进行比较,分析了其理化性及生物学特性。电镜负染检查可见直径为40￣60nm有突起的圆形或近圆形的病毒颗粒,病毒在蔗糖中的浮密度为1.13￣1.14g/cm3。与牛病毒性腹泻-粘膜病病毒颗粒相似。毒力测定TCID50为10-4.5。理化学研究表明,该病毒对氯仿、乙醚、胰酶敏感;不耐酸、对碱具有较强的耐受性。牛病毒性腹泻/黏膜病病毒对56℃30min较敏感,56℃70min可使其完全灭活。血凝试验表明,该病毒对鸡、兔、猪和绵羊的红细胞均无血凝性;5-碘脱氧尿核苷(5,-IUDR)不能抑制病毒的增殖,核酸分型试验表明该病毒株基因组为RNA;病毒纯化后经SDS—PAGE电泳出现了5条主要结构蛋白带,与BVDV国际标准毒株OregonC24V株结果一致;【结论】河北分离株HB株为牛病毒性腹泻病毒。     

牛病毒性腹泻病毒石河子株E2基因的克隆及其表达载体的构建

应用RT-PCR方法从牛病毒性腹泻病毒(BVDV)新疆石河子分离株中扩增了E2基因,命名Shihezi 148(GenBank登录号:EU159699),扩增序列分析结果表明:Shihezi 148 E2基因长度为1121 bp,编码373个氨基酸残基;同源性分析表明,Shihezi 148与澳大利亚Bega株E2基因核苷酸同源性为88.32%,与中国changchun 184株的同源性为74.42%;通过基因重组技术构建了去除C端跨膜区的截短E2基因的原核表达载体pProEX HTa-E2和包括信号肽和全长E2蛋白的真核重组质粒pVAX1-E2。经过PCR、酶切及测序结果表明pProEX HTa-E2和pVAX1-E2重组表达载体构建成功。     

牛病毒性腹泻病毒Npro蛋白的原核表达及裂解效率

为了研究牛病毒性腹泻病毒N~(pro)蛋白的催化切割效率,首先扩增GSTZ毒株的N~(pro)基因,克隆至原核表达载体pET-28a(+)上,使其在表达菌E.coli BL21 (DE 3)中表达,确定正确的N~(pro)基因碱基序列,然后构建含有切割位点的pET-28a-N~(pro)-GFP重组融合质粒,在原核表达系统中研究N~(pro)蛋白的切割效率。结果显示,GSTZ毒株的N~(pro)蛋白成功地在原核表达系统中表达,重组融合蛋白质N~(pro)-GFP在原核表达系统中的切割效率约为60.28%。     

牛病毒性腹泻病毒E0基因原核表达载体的构建及表达

采用RT-PCR方法,利用牛病毒性腹泻病毒(BVDV)C24V株接种MDBK细胞,提取病毒RNA,扩增出BVDV-E0基因,将所得片段与pET-28a表达载体连接,转化至BL-21大肠杆菌中,筛选阳性克隆,鉴定后证明pET-28a-E0原核表达载体构建成功。经IPTG诱导后收集菌体进行SDS-PAGE和Western-blot鉴定,鉴定结果表明,目的蛋白在大肠杆菌中得以表达。     

一株牦牛源牛病毒性腹泻病毒毒株的分离鉴定及其遗传特性分析

通过病毒分离培养技术,从牦牛血清中分离获得一株致细胞病变的牛病毒性腹泻病毒(BVDV),命名为GSTZ毒株。经电镜观察,GSTZ毒株的直径在50～60 nm。按Karber法测算,该病毒滴度为5.0×10^6.5 mL^-1[以组织半数感染量(TCID₅₀)计]。利用反转录PCR(RT-PCR)测定GSTZ毒株的完整开放阅读框(ORF),全长11 691 nt,将其与参考毒株ORF在核酸序列和同义密码子使用模式等方面进行分析,确定GSTZ毒株在遗传学特性上属于基因1型家族成员。在GSTZ毒株的完整ORF中,A+U的出现频率要高于G+C,而且,病毒同义密码子的使用模式体现出对U/A结尾同义密码子使用偏嗜性高的遗传学特征。GSTZ毒株明显降低了使用含有CpG二联核苷酸的同义密码子的频率。这有助于降低病毒对宿主细胞免疫系统的刺激强度,从而促进病毒的复制增殖。研究成果可为进一步研究BVDV的相关分子机制提供试验材料,并为BVDV不同基因型的抗原关系分析与BVDV疫苗的研制奠定基础。     

牛病毒性腹泻病毒结构蛋白基因的克隆及其B细胞抗原表位的预测

[目的]以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据,应用生物信息学相关软件和方法,对BVDV结构蛋白( Structural Protein,SP)的二级结构的不同方面及其B细胞表位进行了预测,综合评价了BVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位,并计算出一些潜在的抗原位点.[方法]利用RT- PCR扩增法获得牛病毒性腹泻病毒结构蛋白序列,通过克隆、测序分析结构蛋白基因的基因组序列和蛋白序列,采用DNAStar Protean软件对结构蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行综合分析,并预测其B细胞的抗原表位分布.[结果]P14、gp48和gp53蛋白含有的细胞优势抗原表位较多,有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用.[结论]与已鉴定的B细胞抗原表位相比,试验所用方法预测的结果有较高的准确度,是一种较为先进的表位研究方法.     

鹿源牛病毒性腹泻—黏膜病病毒E_2基因的克隆与序列分析

对已发表的牛病毒性腹泻-黏膜病毒E2基因的核苷酸序列进行比较分析并设计引物,应用套武RT-PCR获得鹿源BVDV E2基因.测序分析结果表明:鹿源BVDV E2基因由1 122个核苷酸组成,编码374个氨基酸.与Oregon CV24、NADL、ZM-95、SD1、Osloss、S10、SH9、Changchun184、Shitara、Deer-GB1核苷酸和推导氨基酸同源性分析表明:鹿源DVBV分离株与Changchun 184株及Osloss株的同源性较高,分别为99.2%和92.8%;与日本Shitara株的同源性为71.2%;与国际标准毒株CV24的同源性为74.6%.     

西部散养肉牛病毒性腹泻病毒流行及遗传变异

【目的】牛病毒性腹泻病毒（bovine viral diarrhea virus,BVDV）是一种可导致养牛业出现重大经济损失的常见病原体。该文以中国西部散养肉牛为研究对象,拟通过血清学方法和生物信息分析,评估BVDV在中国散养肉牛中的整体流行状况,探究国内流行的BVDV基因多样性,为制定针对BVDV的合理防控措施和疫苗的研发提供理论依据与素材。【方法】2014-2015年分别从云南、新疆、甘肃和内蒙古4省（区）采集散养肉牛的血清样本共1 332份,利用BVDV抗体检测试剂盒进行检测,统计不同地区散养肉牛BVDV抗体阳性率。将抗体阴性的血清样本进行BVDV抗原检测,抗原阳性或可疑血清接种MDBK细胞,连续盲传五代分离病毒。根据BVDV 5'-UTR保守序列设计引物,经RT-PCR扩增5'-UTR序列并测序。利用Sequencher4.2、BLAST、ClustalX、MEGA5.2等软件对序列进行生物信息学分析,绘制流行毒株系统进化树,确定分离毒株的基因型。【结果】4省（区）散养肉牛BVDV整体抗体阳性率为33.93%。血清抗体阳性率从高到低依次为内蒙71.43%,新疆57.69%,甘肃第16.54%,云南10.0%。BVDV抗原整体阳性率为1.58%,新疆抗原阳性率最高。研究共分离13株BVDV流行毒株,分别命名为甘肃120、内蒙1369、伊犁霍清12953、伊犁霍清12960、伊犁霍清12981、博州精河13001、博州精河13023、博州精河13033、新疆奇台13041、新疆奇台13042、新疆奇台13191、新疆奇台13220、新疆奇台13251。进化树分析显示新疆地区散养肉牛中流行的主要是BVDV-1q和BVDV-1f,内蒙地区流行的主要是BVDV-1m,甘肃地区流行的是一种新的基因亚型BVDV-1u。【结论】通过血清学方法检测发现,虽然4个省（市、自治区）散养肉牛整体抗体阳性率低于国内平均水平,但情况却不尽相同。内蒙古和新疆抗体高阳性率表明BVDV在这些地区散养肉牛中已经广泛流行,必须采取适当措施将其危害性降到最低。从基于5'-UTR序列绘制的系统进化树可以看出,不同地区散养肉牛感染的BVDV基因亚型有所不同。总体看来,BVDV在散养肉牛中的分布呈现多样性,跨物种、跨地域传播和高突变性等特点,这些都使疫苗免疫策略面临严峻的挑战。研究通过对各地区散养肉牛的随机大量采样、检测和分析,客观评价BVDV在散养肉牛中的流行情况,为更好的制定预防策略提供参考依据。     

牛病毒性腹泻-粘膜病病毒地方株动物回归试验

【目的】自流产奶牛粪便及血液中分离得到的非细胞病变型牛病毒性腹泻-粘膜病病毒(BVDV),为了解分离毒株的特性,进行回归动物试验;【方法】将此分离毒回归2月龄健康犊牛,接毒25天后扑杀剖检,观察临床症状及病理变化。自犊牛体内采取脾、骨髓、肠淋巴结及血液接种MDBK细胞进行培养,分离病毒,进行细胞传代,将此细胞毒进行RT-PCR检测;【结果】犊牛表现为典型的急性病毒性腹泻症状和病变。自病料分离病毒经MDBK细胞盲传至第9代,均未出现细胞病变。将此细胞毒进行RT-PCR检测,扩增出相应的665bp的片段;【结论】将分离株接种易感犊牛以复制出BVD-MD病症,并从试验牛体内分离得到BVDV,从而进一步确证分离到的毒株属BVDV。     

宁夏部分地区犊牛7种腹泻相关病毒的检测及分析

【目的】调查分析宁夏地区规模化奶牛场牛腹泻相关轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛环曲病毒(BToV)、牛诺如病毒(BNoV)、牛星状病毒(BAstV)、牛库布病毒(BKV)的感染情况。【方法】用RT-PCR方法对采集自宁夏部分地区的6个规模化奶牛场共计81份犊奶牛腹泻粪便样本进行检测,同时扩增相关基因进行分析。【结果】81份样本中BRV阳性率为16.05%,BCoV阳性率为13.58%,BToV阳性率为2.47%,BKV阳性率为2.47%,BVDV、BAstV、BNoV均无检出。BRV和BCoV的混合感染率为3.70%,BKoV和BToV的混合感染率为1.23%。遗传进化分析表明宁夏地区流行的BRV有G6型毒株,并且BCoV毒株具有不同的遗传进化趋势。【结论】BRV、BCoV仍是宁夏规模化奶牛场内最主要的犊牛腹泻病毒,同时检测到BToV和BKV,丰富了宁夏地区牛腹泻病原谱,为宁夏地区奶牛腹泻的综合防治提供了依据。     

牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因克隆及序列分析

【目的】对牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因进行克隆及序列分析,为阐明本病致病机理,更好的控制BVDV感染、流行提供理论依据。【方法】以牛病毒性腹泻病毒河北分离株(HB-DCZ)基因组RNA为模板,扩增BVDVHB-DCZ株基因组NS2-3片段cDNA。将PCR产物克隆后进行PCR及双酶切鉴定。克隆产物进行序列测定及分析。【结果】HB-DCZcDNA体外扩增获得特异性条带,大小约为665bp,表明该分离毒株基因组中无插入序列。PCR产物克隆,提取重组质粒,扩增获得特异性的DNA条带,长度约为665bp,用EcoRⅠ和HindⅢ双酶切,获得两条DNA片段,长度分别为2600bp和702bp左右,与理论值相符。序列测定结果表明,克隆得到的NS2-3重要区扩增片段共665核苷酸,NS2-3重要区的蛋白质由208个氨基酸残基组成。HB-DCZ毒株NS2-3重要区核苷酸序列与已公开发表的BVDV其他毒株相比的同源性依次为184株99.1%,ZM195株97.4%,Osloss株92.3%,C_(24)V株77%,NADL株76.4%。HB-DCZ在NS2-3扩增区域中既没有外源序列的插入,也没有基因重组、重排或缺失,但存在某些核苷酸的替换。【结论】HB-DCZ与Osloss株、国内的184株、ZM195株遗传距离较近,与C_(24)V株、NADL株遗传距离较远。HB-DCZ株应为BVDVIb基因亚型。