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目的 研究广东佛山地区鸭圆环病毒(DuCV)流行毒株的遗传变异情况。方法 采用常规PCR方法,对采自广东佛山的3份阳性鸭组织样品中扩增Rep基因部分片段和Cap基因,进行核苷酸序列测序,并将Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列与30株参考序列进行同源性比较和遗传变化分析。结果 3份阳性样品分别扩增出相应的基因片段;Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列进化树和同源性分析显示,3株DuCV流行株与台湾株(AY3947213)在同一进化支,均属于DuCV-2型,与同分支的参考毒株相似性分别为97.2%~100%和96.9%~100%,2个基因型中Rep基因同源性高于Cap基因;氨基酸序列的变异分析表明,与中国台湾株(AY3947213)相比较,Rep部分氨基酸和Cap氨基酸分别发生相同位置的氨基酸置换和单独突变,Cap氨基酸突变位点多于Rep氨基酸。结论 研究测得的3株DuCV流行株均属于DuCV-2型,在广东地区有一定范围的流行,且CAP蛋白的变异程度高于REP蛋白,为鸭圆环病毒感染的监控和诊断提供了依据。 相似文献
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基因Ⅰ型草鱼呼肠孤病毒TaqMan Real-Time PCR检测方法的建立及应用 总被引:1,自引:1,他引:0
为了建立和应用可检测基因Ⅰ型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的荧光定量检测方法,实验根据基因Ⅰ型GCRV的S6保守序列,分别设计扩增目的条带661 bp普通引物(P1、P2)、扩增目的条带159 bp荧光定量引物(F1、F2)和一条探针;同时构建含有目的片段的PVAX1-S6作为标准质粒,10倍梯度稀释构建质粒拷贝数与Ct值的标准曲线(Y=-3.389X+38.076)。结果表明,此方法在3.9×107~3.9×101拷贝/μL之间相关性较好,R2为0.992,最小检测量为4拷贝/μL;且与基因Ⅱ型、Ⅲ型GCRV以及其他病原核酸无交叉反应。运用该方法检测16份草鱼出血病疑似样品,阳性结果为4份;而普通PCR检测仅2份显示阳性。本研究建立了针对基因Ⅰ型GCRV的荧光定量检测方法,具有高效、特异、灵敏、可重复性强的优点,适合于目前基因Ⅰ型GCRV的临床快速检测和病毒定量分析。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份疑似样本采用RT-PCR检测技术和生物信息学软件进行了ORF5基因和Nsp2基因序列比对和遗传变异分析。结果显示:252份样本中阳性样品为39份,阳性率为15.6%。对39份阳性样品克隆测序获得10条Nsp2基因阳性样品序列和5条ORF5基因阳性品序列;5株PRRSV ORF5基因毒株与GenBank中26株PRRSV参考毒株的ORF5基因之间的核苷酸序列同源性为79.7%~99.7%,10株PRRSV毒株Nsp2基因的核苷酸序列同源性为38.2%~92.2%,其中5株ORF5基因的GP5-5、GP5-7、GP5-10毒株为PRRSV-2型谱系1的毒株,99L、100L毒株为PRRSV-2型谱系5的毒株,分别与代表株NADC30和VR-2332亲缘关系最近;10株PRRSV毒株Nsp2基因均为PRRSV-2... 相似文献
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应用三重RT-PCR检测方法对2016年采自江西地区重要的水产养殖(苗种)场的50批草鱼样品和10份疑似草鱼出血病病例进行GCRV检测.结果显示,50批草鱼样品检出GCRV-Ⅱ型阳性样本5批,阳性检出率为10%;10份临床疑似病例检出GCRV-Ⅱ阳性样本6份,阳性检出率为60%,表明我省养殖的草鱼成鱼和草鱼苗种均携带有草鱼呼肠孤病毒(GCRV),且阳性率较高,需加强苗种的引种检疫;当前我省草鱼主养区域草鱼出血病的流行株主要以基因Ⅱ型为主,这对我省进行草鱼出血病精准免疫预防有很强的指导意义. 相似文献
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为了阐明引起急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease, AHPND)副溶血性弧菌的接合型质粒在对虾养殖环境中的遗传多样性,实验从中国5个沿海省份的虾场收集了100个底泥样品,以质粒上编码接合转移蛋白的保守基因为目标,利用PCR法检测相关质粒的存在情况,并对质粒进行测序。结果显示,100个样品中有39个样品含有质粒的接合转移蛋白片段。从100个底泥样品中分离出15株副溶血性弧菌,其中13株含有1~2个质粒。质粒序列测序结果显示,这些质粒可分为8种类型/谱型,其中7种不携带pirAB,但均含有编码接合转移的基因簇。根据分离副溶血性弧菌携带质粒的8种谱型,分别选择8株副溶血性弧菌进行凡纳滨对虾攻毒实验,发现这些菌株对凡纳滨对虾的毒性有显著差异,实验虾死亡率为15%~100%。只有pirAB阳性菌株会对实验虾产生AHPND症状,死亡率为100%。对质粒组成进行分析表明,质粒之间遗传物质交换频繁,大部分质粒的遗传组成都来自一个183 kb的超大质粒pVP2HP。综上,本实验通过探究对虾养殖场底泥中结合性质粒的多样性,增强了人们对副溶血性弧菌... 相似文献
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中国罗非鱼主养区无乳链球菌的分子流行特征及其传播方式 总被引:1,自引:1,他引:1
为分析2007—2015年中国罗非鱼主养区无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的分子特征和流行情况,分离并收集了248株罗非鱼源无乳链球菌。通过分子血清型、MLST、毒力基因和前噬菌体等分型方法对248株无乳链球菌进行了分子遗传特征分析。结果表明,229株无乳链球菌(92.3%)的分子血清型是Ⅰa型,其余19株均是Ⅰb型(7.7%)。MLST分析结果表明,所有Ⅰa型无乳链球菌都是ST7型,所有Ⅰb型无乳链球菌都是ST261型。毒力基因检测结果发现,229株Ⅰa-ST7型无乳链球菌的毒力基因型相同,即V1型;19株Ⅰb-ST261型无乳链球菌的毒力基因型相同,即V2型。前噬菌体检测结果表明,Ⅰa-ST7型无乳链球菌可分为两种前噬菌体基因型,分别是P1型(36株)和P2型(193株);Ⅰb-ST261型无乳链球菌的10个前噬菌体基因都是阴性,即P3型。根据以上4种分子分型方法可将248株无乳链球菌分为3种基因型,即Ⅰa-ST7-V1-P1型、Ⅰa-ST7-V1-P2型和Ⅰb-ST261-V2-P3型。2010—2011年主要流行菌株由Ⅰa-ST7-V1-P1型转变为Ⅰa-ST7-V1-P2型,其中Ⅰa-ST7-V1-P1型是2011年之前的主要流行菌株,Ⅰa-ST7-V1-P2型在2011年及之后成为主要流行菌株。研究表明,近年来我国罗非鱼源无乳链球菌发生了明显的遗传变异,同时,根据我国罗非鱼主养区无乳链球菌的流行特点,推测我国罗非鱼源无乳链球菌是通过苗种或水体等介质进行传播的,属于输入性传播方式。 相似文献
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为有效预防大口黑鲈双RNA病毒(largemouth bass birnavirus, LBBV),实验针对LBBV保守基因VP1设计特异性引物,构建重组质粒pMD-LBBV-VP1,通过优化PCR反应条件,提高检测方法的灵敏度和特异性,建立了大口黑鲈双RNA病毒的巢式RTPCR检测方法,并采用该方法对实验室2017—2020年收集的304株样本进行检测。结果显示,巢氏引物F1/R1、F2/R2最佳工作浓度均为4×10~(-12) mol,最佳退火温度分别为64.1℃和61.5℃,当巢氏RT-PCR扩增35个循环时,可以检测质粒最低浓度为4.15个/μL拷贝数,最低模拟样品浓度为10~2 PFU/mL,与第1轮PCR相比,灵敏度均提高了10 000倍,同时检测9种不同病毒,仅LBBV出现明亮特异性条带,在304个样品中,第1轮PCR检出阳性样品14株,检出率为4.60%,巢式RT-PCR检出阳性样品28株,检出率为9.21%;本实验建立的巢式RT-PCR检测方法灵敏度高且特异性好,可用于LBBV的早期检测及防控。 相似文献
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为了解高致病性猪蓝耳病在涪陵区生猪养殖场的抗体免疫保护率情况,以及为该区防治动物疫病提供科学依据,2010年—2012年对涪陵区25个集约化生猪养殖场进行了定点血清样品采集,分别采集了能繁母猪和仔猪的血清样品各500份,共1000份,然后利用免疫血清学抗体检测试验对蓝耳病抗体进行了血清学抗体检测及分析。结果表明:2012年400份血清样品中蓝耳病抗体阳性的血清有336份,阳性率为84%,2011年蓝耳病抗体阳性率为70%,2010年蓝耳病阳性率为55%,2012年与前两年血清抗体监测水平对比均有提高。 相似文献
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绵羊肺炎支原体(MO)是引起绵羊和山羊特别是羔羊增生性间质性肺炎的病原体,为了给建立快速诊断提供高免血清,采取当地发病羊病料培养并和标准株对照,10份病料组织中分离纯化得到2株支原体,经形态与培养特征、生化特性鉴定,并用绵羊肺炎支原体标准株Y98进行对照,证实2株支原体均为绵羊肺炎支原体。 相似文献
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广西罗非鱼链球菌病流行菌株PCR鉴定和PFGE基因型分析 总被引:2,自引:2,他引:2
为获知近年广西罗非鱼链球菌病流行菌种及其基因型变化信息,采用特异PCR方法对2006-2012年从广西发病罗非鱼分离获得的77株临床菌株进行鉴定,并通过脉冲电场凝胶电泳(PFGE)对2006-2011年分离获得的37株流行菌株进行基因型分析.结果显示,其中20株鉴定为海豚链球菌其余57株鉴定为无乳链球菌.2006-2007年获得的19株流行菌株中有18株为海豚链球菌(94.7%),仅1株无乳链球菌;2009-2012年分离的58株流行菌株中56株为无乳链球菌(96.6%),仅2株海豚链球菌.PFGE图谱聚类显示,海豚和无乳链球菌分别聚类为两个大分支,20株海豚链球菌共产生4种PFGE带型,带型相似度为83.9%~100%;17株无乳链球菌共产生5种PFGE带型,带型相似度为47.4%~100%.研究表明,广西罗非鱼链球菌病流行菌种已从过去(2008年前)以海豚链球菌为主转变为现在(2009-2012年)以无乳链球菌为主;流行菌株PFGE基因型存在多样性. 相似文献
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为获知近年广西罗非鱼链球菌病流行菌种及其基因型变化信息,采用特异PCR方法对2006~2012年从广西发病罗非鱼分离获得的77株临床菌株进行鉴定,并通过脉冲电场凝胶电泳(PFGE)对2006~2011年分离获得的37株流行菌株进行基因型分析。结果显示,其中20株鉴定为海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)其余57株鉴定为无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,S.agalactiae)。2006~2007年获得的19株流行菌株中有18株为海豚链球菌(94.7%),仅1株无乳链球菌;2009~2012年分离的58株流行菌株中56株为无乳链球菌(96.6%),仅2株海豚链球菌。PFGE图谱聚类显示,海豚和无乳链球菌分别聚类为两个大分支,20株海豚链球菌共产生4种PFGE带型,带型相似度在83.9%~100%之间;17株无乳链球菌共产生5种PFGE带型,带型相似度在47.4%~100%之间。研究表明,广西罗非鱼链球菌病流行菌种已从过去(2008年前)以海豚链球菌为主转变为现在(2009~2012年)以无乳链球菌为主;流行菌株PFGE基因型存在多样性。 相似文献
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致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是近年中国各地大规模流行的淡水养殖鱼类暴发性疾病的主要病原,本研究针对GenBank中登录的致病性嗜水气单胞菌的气溶素基因(hlyA)、溶血素基因(aerA)以及为气单胞菌属所特有的内参照基因16S rRNA保守区设计了3对特异性引物,通过进行多重PCR反应体系优化,多重PCR产物的测序鉴定与特异性和敏感性实验,试图建立一种检测致病性嗜水气单胞菌的多重PCR检测方法。对8株嗜水气单胞菌、16株相关菌株进行多重PCR检测,结果显示,非致病性分离株均未扩增出毒力基因hlyA和aerA,而致病性分离株则至少含有hlyA基因;对40份送检的水产动物样品进行多重PCR检测,结果与常规微生物学检测符合率为97.5%。多重PCR检测方法具有较高的敏感性与特异性,最低可检测模板量为10 ng的样品。该方法的建立对水产动物嗜水气单胞菌病的快速诊断和分子流行病学的调查有重要意义。 相似文献
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