野蔷薇的DNA提取和RAPD反应体系的建立

以野蔷薇(Rosa multiflora)的冬末初春芽和夏初叶片为材料,研究了DNA的提取方法,并对影响随机扩增多态DNA(RAPD)的反应因素进行了优化.建立了适合野蔷薇RAPD的反应体系和反应程序,在20μL反应体系中,25ng模板DNA,2.0mmol/LMgCl2,0.2mmol/LdNTPs,1UTaqDNA聚合酶,0.1μmol/L引物.扩增程序为:94℃预变性4min,然后94℃变性45s,37℃退火1min,72℃延伸1min,37个循环,最后72℃延伸5min,4℃保存.     

硅胶干燥胡杨叶片DNA提取与RAPD反应体系的建立

以塔里木河流域胡杨(Populus euphratica)硅胶干燥叶片为材料,采用改进CTAB法提取胡杨基因组DNA,得到满足RAPD(Random amplif ied polymorphic DNA),随机扩增多态性DNA分析的胡杨基因组DNA。通过单因素优化试验,得到胡杨RAPD分析的最佳反应体系为:40 ng模板DNA,0.8 U rTaqDNA聚合酶,2.5 mmol/L Mg2+,0.3 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L随机引物,1×buffer缓冲液,ddH2O补足至10μL。扩增反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,38℃复性30 s,72℃延伸120 s,35个循环,最后72℃延伸7 min。     

桦褐孔菌ISSR-PCR反应体系优化与建立

采用改良CTAB法提取了桦褐孔菌总DNA,确定ISSR最适25 μL反应体系为模板DNA浓度15 ng·μL-1,dNTPs 浓度150 μmol· L-1,引物浓度25 μmol·L-1,Taq DNA聚合酶浓度2.0 U,Mg2+浓度1.4 mmol· L-1,10×buffer 2.5 μL,其余用ddH2O补足;确定ISSR扩增程序为:94℃预变性5 min,35个循环:94℃变性1 min、45℃～51℃退火1 min(退火温度因不同引物而定)、72℃延伸1 min,最后72℃延伸5 min,4℃保存.筛选出16条ISSR引物,并成功应用引物UBC842完成了21株桦褐孔菌的ISSR-PCR反应.     

正交设计对‘红阳’猕猴桃ISSR反应体系的优化研究

以‘红阳’猕猴桃及其杂交F1代为试材,通过正交设计对ISSR-PCR扩增反应的影响因子进行优化,初步确立了适合‘红阳’猕猴桃ISSR-PCR反应体系:总体积20μL,10×PCR buffer2.0μL,Mg2+0.75 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA 60 ng,引物1.25μmol/L,dNTPs 0.15mmol/L。扩增程序:94℃预变性7 min,94℃变性30 s,50~58℃退火45 s,72℃延伸2 min,45个循环,72℃延伸7 min。引物UBC841的最佳退火温度为58.5℃。应用该优化反应体系,用UBC835对35份杂交F1代DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化后的反应体系具有较高的稳定性。     

中国樱桃S-RNase基因PCR扩增技术体系的建立

通过对TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP、通用引物、模板DNA浓度等反应参数的系统研究,建立了中国樱桃S-RNase基因特异PCR扩增体系。该体系反应的总体积25μL,其中Taq酶1.25U,MgCl22.5mmol/L,dNTP0.15mmol/L,通用引物0.25μmol/L,模板DNA 50 ng。反应程序为:94℃预变性3 min;33个循环的94℃变性1 min,56℃退火45 s,72℃延伸1.5 min;最后72℃延伸10 min。利用优化的扩增体系在中国樱桃的不同品种中获得有效扩增,进一步证明了该体系具有良好的稳定性和重复性。     

羽衣甘蓝SRAP体系建立与优化

以羽衣甘蓝基因组DNA为模板,对相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAPPCR)体系的各影响因子进行了单因素梯度设置,并优化了反应程序,筛选和建立了可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳SRAP反应体系和程序。结果表明:羽衣甘蓝最佳SRAP-PCR反应体系总体积10μL,包含DNA模板50ng,1×buffer,dNTPs 0.20mmol/L,Taq酶1U,引物各0.60μmol/L。羽衣甘蓝最佳SRAP-PCR反应程序为94℃预变性5min,94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸30s,5个循环;94℃变性30s,50℃退火30s,72℃延伸30s,35个循环;72℃终延伸7min,4℃保存。经22个羽衣甘蓝F2群体单株对上述优化的反应体系和程序进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明该程序和体系能很好地满足羽衣甘蓝基因组SRAP扩增要求。     

刺梨ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以刺梨为试材,对影响ISSR．PCR扩增结果的主要影响因素包括Mg^2＋、TaqDNA聚合酶、dNTPs、引物、模版DNA的浓度及引物退火温度进行了优化筛选。确立了适合刺梨ISSR．PCR分析的最佳反应体系,即20μL反应体系中各组分浓度分别为：10×buffer 2．0μL,Mgz＋1．875mInoI／L。TaqDNA聚合酶1．0U,dNTPs0．1mmol／L,引物2．0μmol／L,模板DNA20ng。PCR扩增程序：94。c预变性5min,94℃变性1min,48℃退火温度45S,72℃延伸1min,34个循环,72℃后延伸6min。利用优化体系对3个刺梨品种进行体系稳定性检测,结果表明该优化体系的重复性和稳定性良好。     

新疆野生樱桃李SSR体系的建立及应用

为建立适宜新疆野生樱桃李的SSR分子标记技术体系,通过对PCR反应程序、反应体系(DNA模板量、引物浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶用量)以及退火温度进行了探索,建立了适宜野生樱桃李的SSR-PCR反应体系。结果表明:在25μL反应体系中,Mg2+1.0 mmol/L、引物0.5μmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、TaqDNA聚合酶1.0 U、模板DNA 30 ng、退火温度为60℃。SSR扩增程序:94℃预变性5 min,35个循环(94℃30 s,60℃1 min,72℃1 min),72℃延伸10 min,可筛选出稳定性好、多态性高的SSR引物。     

锦带花ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以锦带花幼叶为试材,提取锦带花基因组的DNA,并对其纯度、浓度进行检测,建立适合锦带花的ISSR-RCR反应体系.结果表明:DNA扩增效果良好,完全能满足进一步试验的需要.同时对锦带花ISSR-PCR反应体系中各个影响因素进行优化,建立了适合锦带花ISSR分子标记的最佳反应体系,即在20μL的反应体系中,含稀释浓度为3倍的DNA模板,0.20 mmol/LdNTP,稀释10倍体积高保真PCR缓冲液含(Mg2+)3.0 μL;1.00 μmol/L引物,1.25 U Taq酶.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52.0℃退火45 s,72℃延伸1.50 min,45个循环;最后72℃延伸5 min,4℃保存.应用该ISSR体系对3份锦带花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

枇杷属植物ISSR反应体系的建立和优化

首次通过正交实验,对影响枇杷属植物ISSR反应较大的Mg2+、Taq酶、dNTPs、引物、模板DNA浓度进行筛选,并对扩增反应程序进行优化。优化后的反应体系为:25μL反应体系中,含10×buffer2.5μL,Mg2+浓度2.0mmol·L-1,Taq酶1.5U,引物0.3μmol·L-1,模板DNA60ng,dNTPs0.15mmol·L-1。反应程序为94℃预变性5mim;94℃变性1mim,退火温度70s,72℃延伸1.5mim,40次循环;72℃延伸7mim,4℃保存。     

快速微量提取番茄DNA及SSR-PCR反应体系的优化

以番茄叶片为试材,采用改进的CTAB法,电钻研磨,提取过程中加入醋酸铜,设计4因素3水平的正交试验对PCR反应体系进行优化,同时利用梯度PCR对退火温度进行选择选择。结果表明:优化的10μL反应体系含:1×buffer,1.2 mmol/L Mg2+,1.5 mmol/L dNTPs,1.2μmol/L引物,0.75 UTaqDNA聚合酶,10 ng模板DNA。扩增程序为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,49.2℃退火30 s,68℃延伸30 s,共35个循环;最后72℃延伸8 min。优化的反应体系可以用于SSR分子标记机的研究,在所有SSR引物中基本都能有效扩增;改进的CTAB法提取的DNA纯度更高。     

菊花SSR-PCR反应体系的建立和优化

为快速确定菊花SSR反应体系,利用正交实验设计L16(45)对菊花基因组SSR-PCR反应体系的5个因素(模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和Taq酶)在4个水平上进行正交设计,筛选出适合菊花的最佳SSR-PCR反应体系,进一步利用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平。结果表明:建立菊花基因组DNA SSR-PCR反应体系为25μL:60ng模板DNA、2.0mmol/L Mg2+、0.1mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1UTaq酶。并对菊花引物进行梯度退火试验,其最佳退火温度在53.1℃;扩增程序是:95℃预变性5min;32个循环的94℃变性50s、53.1℃退火50s、72℃延伸50s;72℃延伸8min,4℃保存。该体系的建立为今后菊花SSR分析奠定了基础。     

SRAP分析体系的优化及在枇杷种质资源研究上的应用

以me7(5’-TGAGTCCAAACCGGTCC-3’)和em7(5’-GACTGCGTACGAATTCAA-3’)正反向引物组合对西班牙枇杷品种Javierin进行了SRAP分析体系的优化,结果表明,在25μL反应体系中,5种主要成分的适宜浓度或用量分别是:dNTPs0.3mmol/L,Mg2+2.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng,优化的扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min30s,5个循环;之后94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min30s,35个循环;最后72℃下延伸10min。并将该优化的体系在来自中国、西班牙、日本、意大利和美国的46份枇杷种质资源上进行了SRAP扩增的初步应用,经琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳均获得了清晰、重复性好的SRAP指纹图谱。     

干用辣椒RAPD-PCR反应体系及扩增程序的优化

以干用辣椒叶片为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的影响因素,包括Taq酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DTA浓度、退火温度、退火时间及循环次数等,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有Taq酶1.5 U、Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.6mmol/L、引物0.8μmol/L、模板DNA 60 ng.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性1 min,37℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,40个循环;最后72℃延伸5 min.该优化体系在干用辣椒RAPD分析中获得较理想的扩增结果,为应用RAPD技术对干用辣椒遗传多样性奠定基础.     

锥栗自然居群ISSR-PCR分析技术的建立

提取野生锥栗的基因组DNA作为ISSR-PCR模板,对反应体系中的模板用量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和TaqDNA聚合酶用量5个主要影响因素进行梯度试验,并对扩增程序中的退火温度与循环次数进行了探讨,初步确立了适合野生锥栗的ISSR-PCR分析技术体系,即25μL反应体系中,模板DNA40或50ng、Mg2+2.25mmol.L-1、dNTPs0.2mmol.L-1、引物0.2μmol.L-1、TaqDNA聚合酶1.0U;PCR扩增程序为:94℃预变性3min;然后94℃变性45s,(Tm+2～4℃)退火45s,72℃延伸2min,共32个循环;最后72℃充分延伸5min;1.5%琼脂糖凝胶电泳分离扩增产物。     

辣椒SSR反应体系的优化

本试验研究了辣椒SSR-PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响,同时进行了退火温度梯度和循环次数试验。优化后的反应体系为:总体积20μL,1.5μL模板DNA(25ng/μL)、1U Taq酶、0.375μmol.L-1引物、1.875mmol.L-1Mg2 、0.2mmol.L-1dNTPs、1XPCR buffer。扩增程序为:94℃预变性4min,94℃变性45s,58℃(以SSR005为例)退火45s,72℃延伸90s,35个循环,最后一个循环延伸增加为8min,4℃保存至电泳。     

山楂ISSR分析体系的建立和优化

为在DNA分子水平上对山楂种质资源进行分析奠定基础,对退火温度、循环次数、DNA模板质量、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶的种类和浓度等影响ISSR反应的因素进行研究,建立并优化了山楂的ISSR分析体系。优化的山楂ISSR分析体系为:采用改进的CTAB法或QIAGEN试剂盒法提取总DNA;PCR反应体积为20μL,内含1×PCR反应缓冲液(Promega公司),3.0mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTP,0.3μmol/L引物,0.5U Taq DNA聚合酶(天根公司),50ng总DNA;扩增程序为94℃ 3min;94℃ 30s,退火温度1min,72℃ 2min,38个循环,72℃ 7min。筛选出了10个适宜山楂遗传分析的ISSR引物。     

结球甘蓝SSR检测体系的建立及优化

摘,要：以结球甘蓝自交系15R(南宝)和14S（北黑大平头）为试材,建立了甘蓝SSR-PCR反应体系,并从 PCR反应组成、扩增程序等环节对SSR-PCR反应体系进行了优化。即10.00 μL反应体系组成为：1× Buffer(含20.00 mmol·L^-1 MgCl₂)、50.00 μmol·L^-1 dNTPs、0.40 U Taq DNA聚合酶、0.40 μmol·L^-1 SSR引物、1.00 μL DNA(60.00 ng·μL^-1),加ddH2O至终体积10.00 μL;对基本扩增程序作了改进,适 宜的扩增程序为：94 ℃预变性5 min后进行20个迫降循环,94 ℃变性45 s,60 ℃退火45 s,72 ℃延伸 1 min,每个循环降低0.5 ℃;再进行15个循环,94 ℃变性45 s,55 ℃退火45 s,72 ℃延伸1 min;72 ℃延伸10 min,16 ℃保存。对PCR产物的电泳检测采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（银染法）。     

河北核桃ISSR反应体系的建立

以3个河北核桃样品为材料,对ISSR反应体系中的主要影响因子DNA模板浓度、引物浓度、DNA聚合酶用量、退火温度进行优化筛选。最后确定河北核桃ISSR-PCR反应体系为20 L体系中含10×PCR Buffer(Mg2+Plus)2 L,d NTPs(各2.5 m M)1.6 L,DNA聚合酶1.0 U,引物25 M,模板DNA 50 ng。反应的基本程序为:94℃预变性5 min(1个循环),然后94℃变性30 s,52℃退火60 s,72℃链延伸60 s(32个循环),72℃延伸10 min(1个循环),4℃保持。不同引物间适宜的退火温度不同。通过对影响ISSR反应体系的主要因子进行优化筛选,建立了适合河北核桃ISSR分析的反应体系,为进一步开展河北核桃指纹图谱、遗传多样性及品种鉴定等的研究奠定基础。     

温郁金RAPD-PCR反应体系建立及条件优化

在提取纯化温郁金DNA的基础上,利用PCR扩增技术,对Mg2 、dNTP、模板DTA、引物、Taq聚合酶等反应条件进行优化,建立温郁金基因组DNA的RAPD-PCR最佳反应体系.结果表明:最佳条件是总体积为25μL,其中Mg2 (25mM)2μL,Taq 聚合酶(5 U/μL)0.3μL,引物浓度(20μM)1.0μL,模板DNA(5 ng/μL)1.0μL,dNTP(2.5 mM)2.0μL,10×PCRbuffer 2.5μL;PCR扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性35 s,36℃退火1min,72℃复性1.5 min,共42个循环;最后72℃延伸10 min,该研究得出的体系是温郁金RAPD-PCR的最适宜反应体系,具有省时、经济、简便以及扩增条带较清晰、稳定等特点,为今后温郁金的遗传多样性研究奠定了基础.