香菇SRAP扩增体系的建立与优化

香菇(Lentinula edodes)作为1种可食用的大型木腐担子菌,因其味美、药用价值高而倍受国内外消费者的喜爱,产量仅次于双孢蘑菇。中国是香菇人工栽培的发源地,产量居世界第一位,有着丰富的香菇种质资源。这些种质资源是进一步培育优良菌种、深入开发利用香菇产品的基础。但有关这     

丝瓜SRAP反应体系的建立与优化

以丝瓜基因组DNA为模板,采用正交实验设计L16 (45),在4个水平上对影响丝瓜SRAP反应的Taq酶、Mg2+、模板、dNTP及引物等5个因素进行了优化,建立了丝瓜SRAP-PCR的最佳反应体系.利用18份丝瓜自交系材料来验证此反应体系,均可扩增出清晰、可辨的条带,可见该反应体系较稳定,适用于丝瓜SRAP标记的扩增.     

美国红枫SRAP反应体系优化

以美国红枫基因组DNA为模板,采取L16(45)正交实验设计,对影响扩增反应的5个主要因素进行优化。结果表明:在20μL反应体系中,各因素的最佳配比为Mg2+浓度1.5mmol/L,dNTPs浓度2.5mmol/L,引物浓度1.5μmol/L,模板DNA用量50ng,Taq DNA聚合酶用量0.5U。该体系的建立为SRAP技术在美国红枫分子辅助育种实践中提供了技术基础。     

安徽乌菜SRAP技术体系的优化

以合肥黄心乌为试材,利用正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度和模板DNA浓度进行5因素4水平的筛选分析,用me3-em3引物组合进行PCR扩增以确定最佳反应体系。结果表明,安徽乌菜SRAP-PCR最佳反应体系为:10×PCR buffer 1μL,Mg2+ 3.0mmol·L-1,dNTPs 0.2mmol·L-1,引物各0.5mol·L-1,模板DNA 4.0ng·μL-1,Taq聚合酶0.05U·μL-1,总体积为10μL。利用此反应体系对安徽乌菜进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定、可靠,可用于安徽乌菜的遗传分析。     

番木瓜DNA提取与SRAP反应体系优化

对番木瓜基因组DNA的提取及SRAP反应体系的模板、引物、dNTP、Taq聚合酶等条件进行了优化。结果表明,在20μL反应体系中,最优反应体系为模板DNA 40 ng,引物浓度0.4μmol/L,Taq聚合酶0.4 U/20μL,dNTPs 0.2 mmol/L。番木瓜的SRAP-PCR程序为94℃预变性4分钟;94℃变性1分钟,35℃复性1分钟,72℃延伸1.5分钟,5个循环;94℃变性1分钟,52℃复性1分钟,72℃延伸1.5分钟,35个循环;最后72℃延伸10分钟,4℃保存。     

芍药属SRAP反应体系优化与亲缘关系分析

以牡丹芍药杂交种‘东方金’和牡丹品种‘灰鹤’为试材,对SRAP-PCR反应体系和反应程序进行了优化,并利用优化的体系对芍药属65个品种进行了亲缘关系分析,以期建立稳定的芍药属植物SRAP分子标记技术体系。结果表明:芍药属植物的SRAP-PCR最佳程序为94℃预变性3 min;94℃变性30 s,37℃退火30 s,72℃延伸90 s,退火温度每个循环增加1℃,8个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸90 s,32个循环;最后72℃延伸7 min。20μL反应体系中各成分的最佳浓度依次为Mg~(2+) 2.5 mmol·L~(-1),dNTPs 0.2 mmol·L~(-1),Taq酶1 U、引物浓度0.3μmol·L~(-1)。16对引物对65份材料进行PCR扩增共扩增出了1 229个条带,均为多态性条带,多态性高达100%,芍药和杂种聚为一类,牡丹聚为一类,说明杂种与芍药亲缘关系更近。该研究建立的芍药属SRAP-PCR体系重复性好、稳定性强,适合芍药属植物SRAP的研究,为进一步研究芍药属植物种质资源遗传多样性、品种鉴定、分子标记辅助育种等方面奠定基础。     

均匀设计优化澳洲坚果SRAP反应体系

以澳洲坚果部分种质为试材,采用U25(55)均匀设计表,对SRAP-PCR反应体系中Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化。结果表明澳洲坚果25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL10×PCR buffer、1 UTaq DNA聚合酶、40 ng模板DNA、0.2 mmol/LdNTPs、0.2μmol/L引物和3.0 mmol/LMg2+。利用所确立的体系对部分澳洲坚果种质进行扩增的结果清晰可靠,多态性好。     

杨树SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以辽宁杨为材料,建立了杨树的SRAP-PCR扩增体系。利用单因素试验对影响扩增的5个组分进行了优化,确定在25μL反应体系中:Mg2+浓度为2.0 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、TaqDNA聚合酶浓度为1.0 U、引物浓度为0.3μmol/L、模板DNA浓度30 ng/μL。利用优化后的反应体系对17个杨树材料进行了多态性检测,结果表明:该体系能够很好的满足杨树基因组SRAP扩增的要求。     

香菇SRAP反应体系的优化

我国是香菇(Lentinula edodes)生产和出口大国,但生产上菌种混乱,同种异名、同名异种现象普遍存在。分子标记技术可用于菌种鉴别,在清理这种现象中发挥重要作用。目前常用的分子标记技术有RFLP(Restriction FragmentLength Polymorphism,限制性片段长度多态性)、RAPD(Randomly     

番茄SRAP-PCR反应体系建立与优化

利用正交实验设计L16(45)对番茄SRAP-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)在4个水平上进行优化试验研究。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:Mg2+dNTPs引物Taq DNA聚合酶模板DNA;建立的番茄SRAP-PCR最佳体系(25μL)为:Mg2+2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、dNTPs0.25mmol/L、引物0.4μmol/L、模板DNA 80ng。     

SRAP分析体系的优化及在枇杷种质资源研究上的应用

以me7(5’-TGAGTCCAAACCGGTCC-3’)和em7(5’-GACTGCGTACGAATTCAA-3’)正反向引物组合对西班牙枇杷品种Javierin进行了SRAP分析体系的优化,结果表明,在25μL反应体系中,5种主要成分的适宜浓度或用量分别是:dNTPs0.3mmol/L,Mg2+2.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng,优化的扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min30s,5个循环;之后94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min30s,35个循环;最后72℃下延伸10min。并将该优化的体系在来自中国、西班牙、日本、意大利和美国的46份枇杷种质资源上进行了SRAP扩增的初步应用,经琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳均获得了清晰、重复性好的SRAP指纹图谱。     

东部白松SRAP反应体系的建立和优化

以东部白松针叶DNA为模板,采取正交实验设计L16(45)对SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶,Mg2+,dNTPs,模板DNA,引物)在4个水平上进行优化试验。结果表明:确定东部白松SRAP-PCR最佳反应体系(20μL):Taq酶0.5 U,Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.15mmol/L,模板DNA 50 ng,引物0.1μmol/L。     

偃麦草SRAP-PCR反应体系优化

以偃麦草叶片DNA为模板,利用单因子和L16(45)正交实验设计对影响偃麦草SRAP-PCR反应效果的Mg2+、引物、dNTPs、DNA、Taq DNA聚合酶5种因素进行优化,并比较了不同退火温度对扩增反应的影响,通过综合比较分析建立偃麦草SRAP-PCR的优化反应体系。结果表明:优化的偃麦草SRAP-PCR总体系20μL中,Mg2+1.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,DNA 50ng,Taq DNA聚合酶0.75U,2μL 10×PCR buffer;Mg2+和引物浓度对扩增效果影响最大,DNA浓度影响最小;采用该体系对32份偃麦草进行验证,扩增结果清晰稳定,此体系的建立为利用SRAP分子标记进行偃麦草遗传多样性、抗性标记等研究奠定了技术基础。     

利用正交设计优化辣椒SRAP反应体系

为快速建立优化的辣椒SRAP反应体系,利用L9(34)正交表,探讨了Mg2+、dNTPs、引物和模板DNA4种主要反应成分的浓度变化对SRAP扩增结果的影响。结果表明:通过正交设计实验可高效建立优化稳定的辣椒SRAP反应体系;用该法建立的辣椒SRAP优化反应体系为:20μL反应体系中含10×PCRBuffer 2.0μL、Mg2+2.5 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L,上下游引物各0.4μmol/L、模板DNA10 ng,TaqDNA聚合酶1 U。     

猕猴桃SRAP-PCR体系的建立及品种资源亲缘关系研究

以猕猴桃属（Actinidia Lindl.）不同种幼嫩叶片为材料,建立了基因组DNA提取的改良SDS法,在此基础上采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,建立了适合猕猴桃SRAP分析的优化体系,即在20 μL总的反应体系中包括：DNA（40 ng ? μL-1）1 μL、Taq DNA酶（5 U ? μL-1）0.2 μL、dNTPs（2.5 mmol ? L-1) 1.4 μL、引物（10 μmol ? L-1）各1.5 μL、Mg2+（25 mmol ? L-1）2.0 μL、10× 缓冲液2.5 μL、ddH2O 9.9 μL。利用该体系对32份猕猴桃品种资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,结果表明14条引物共扩增出275个多态性位点,多态性百分率为100%,SRAP可以作为猕猴桃资源亲缘关系研究的有效标记;在遗传相似系数0.73水平处,供试材料可区分为4组,分别是中华猕猴桃、美味猕猴桃、黑蕊猕猴桃和毛花猕猴桃组。聚类结果表明中华猕猴桃与美味猕猴桃有着非常近的亲缘关系,毛花猕猴桃与中华猕猴桃之间的亲缘关系较远,黑蕊猕猴桃与美味猕猴桃之间亲缘关系可能较近。     

菊花SSR-PCR反应体系的建立和优化

为快速确定菊花SSR反应体系,利用正交实验设计L16(45)对菊花基因组SSR-PCR反应体系的5个因素(模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和Taq酶)在4个水平上进行正交设计,筛选出适合菊花的最佳SSR-PCR反应体系,进一步利用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平。结果表明:建立菊花基因组DNA SSR-PCR反应体系为25μL:60ng模板DNA、2.0mmol/L Mg2+、0.1mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1UTaq酶。并对菊花引物进行梯度退火试验,其最佳退火温度在53.1℃;扩增程序是:95℃预变性5min;32个循环的94℃变性50s、53.1℃退火50s、72℃延伸50s;72℃延伸8min,4℃保存。该体系的建立为今后菊花SSR分析奠定了基础。     

梅遗传多样性的SRAP分析

 为探明梅种质资源间的亲缘关系,利用SRAP标记对梅135份样品进行了遗传多样性分析。17个引物组合共扩增出124个位点,其中多态性位点为106个,多态位点比率87.5%。每个引物组合扩增位点数在4 ~ 12个之间,平均每个引物组合扩增位点数为7.3;通过NTSYS软件计算得到的样品间SM相似系数介于0.556 ~ 0.958,平均值为0.733,显示梅资源间存在一定的遗传差异;根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类分析将135份样品分为7组,聚类分析结果与梅种的形态分类系统基本相符。     

正交直观分析法和新复极差法优化苦瓜SRAP反应体系研究

以苦瓜为试材,采用正交直观分析法和新复极差法相结合的方法,对影响苦瓜SRAP反应体系的5种因素(dNTP浓度、模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度及Taq DNA聚合酶)4个水平进行优化筛选,以期优化苦瓜SRAP的PCR反应体系。结果表明:苦瓜SRAP分析的优化反应体系为20μL PCR反应体系中含有1×PCR buffer,250μmol/L dNTP,50ng模板DNA,1.2μmol/L引物,1.5mmol/L Mg2+,1.5UTaq DNA聚合酶。     

樱桃SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析

选取亲缘关系较远的3个不同基因型樱桃资源为试材,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于樱桃SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA75ng,dNTPs0.2mmol·L-1,Mg2+2.5mmol·L-1,引物0.3μmol·L-1,Taq酶1.0U,反应总体积20μL。采用优化的扩增体系,对45个樱桃种质材料进行了遗传多样性分析,筛选8对扩增清晰且多态性高的引物组合,检测位点共227个,其中多态性位点192个,占84.6%。应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),结果表明45个樱桃品种可分为欧洲甜樱桃和中国樱桃2大类,品种间遗传相似系数在0.52～0.98;其中中国樱桃与甜樱桃种间的相似系数最小,表明2类种质具有不同的遗传背景;而组群内的不同品种资源表现了较高的遗传相似性。SRAP分子标记的聚类分析揭示了樱桃品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。