鸭肌肉生长抑制素基因的多态性

为了研究肌肉生长抑制素基因(MSTN)在鸭群体中的遗传变异情况,本试验以莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭及北京鸭为材料,运用连接酶检测反应(PCR-LDR)的方法对MSTN基因5′-调控区C1024GSNP位点进行基因分析,并分析了该位点在群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况.结果表明:MSTN基因C1024G位点在7个鸭品种中均检测到CC、CG和GG 3种基因型.在连城白鸭、攸县麻鸭和高邮鸭中,基因型CC占优势,且以连城白鸭为最高(0.72);在莆田黑鸭和建昌鸭中,基因型CG占优势;在高邮鸭中,基因型GG占优势,而其他鸭品种中基因型GG比例均较低;在绍兴鸭中基因型CC、CG出现的频率相同.建昌鸭和北京鸭中等位基因G的频率高于等位基因C的频率,其他鸭品种中均为等位基因C的频率大于等位基因G的频率.莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、北京鸭和高邮鸭MSTN基因在1 024位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),仅建昌鸭不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05).     

中国部分家鸭PRL基因内含子核苷酸多态性分析

该研究旨在探讨中国重点保护鸭品种催乳素(PRL)基因内含子1和2的单核苷酸多态性(SNP)水平。利用PCR-SSCP和测序的方法检测了8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1和内含子2的单核苷酸多态性,分析了不同群体的等位基因频率和基因型频率,并对其遗传特性进行了统计。结果表明:所检测的8个地方鸭种在PRL基因内含子1上均呈现多态,比较测序结果发现位于PRL基因内含子1的383 bp位置有A/C突变;除连城白鸭外,其他各群体中等位基因A均为优势等位基因;除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。5个鸭种在PRL基因内含子2上存在多态,绍兴鸭、北京鸭和高邮鸭没有发现多态,位于PRL基因内含子2的2 297 bp和2 356 bp位置发生了A/T和G/T的碱基突变;除建昌鸭外,其他鸭群的等位基因D的基因频率较高,而且北京鸭、绍兴鸭和高邮鸭中只发现等位基因D。Hardy-Weinberg平衡适合性检验结果表明,各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。从各个品种的经济类型和群体基因型频率的分布情况来看,PRL基因多态性可能与品种受到的人工选择和自然选择有关。     

鸭催乳素基因内含子1 SNP分析

利用PCR-RFLP方法和DNA测序技术检测了江淮流域的高邮鸭、巢湖鸭、淮南麻鸭、荆江麻鸭和沔阳麻鸭5个鸭品种PRL基因第1内含子多态.结果表明:内含子1在1 326 bp处发生了T→C的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型.A等位基因的频率分别为0.285 7、0.287 9、0.228 6、0.166 7、0.283 3;B等位基因在江淮流域的5个鸭品种当中具有绝对优势;5个家鸭品种的多态性良好且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

鸭A-FABP基因多态性在品种和世代间的比较分析

为了解脂肪型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因在不同鸭品种、世代间的突变情况,以山麻鸭、巢湖鸭、金定鸭(3个世代群体)等9个鸭品种为材料,设计2对引物,用SSCP方法检测A-FABP基因多态性,比较不同鸭品种之间、金定鸭3个世代群体之间基因型、等位基因频率、群体遗传参数。结果显示,9个鸭品种中共形成A、B、C、D 4个等位基因,对不同基因型序列进行比较发现,在内含子1中有6个单核苷酸突变。在9个鸭品种中,B等位基因频率均明显高于A、C、D。大部分鸭品种之间基因型频率存在显著性差异,金定鸭3个世代群体之间基因型频率无明显差异。所有鸭品种的群体杂合度都在0.4以上,山麻鸭、攸县麻鸭、广西小麻鸭、金定鸭3个世代群体均为中度多态,其他鸭品种为高度多态。除山麻鸭和临武鸭外,其他鸭品种均处于HardyWeinberg平衡状态。可见,鸭不同品种中A-FABP基因具有丰富的单核苷酸多态性,采用小群保种方式,金定鸭A-FABP基因多态位点形成的基因型频率在世代间无显著性变化。     

生长素基因Ghrelin对高邮鸭产蛋性能的遗传效应

运用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测高邮鸭Ghrelin基因多态性,分析其对产蛋性能的遗传效应。结果表明:①Ghrelin基因内含子1的157 bp处发生了9 bp缺失,发现了AA、BB、AB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.24和0.76。B等位基因对产蛋数、开产体重表现为正效应,BB、AB基因型个体的产蛋数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。②内含子2的431 bp处发生了T→C的突变,发现了CC、DD、CD 3种基因型,C、D等位基因频率分别为0.41和0.59。C等位基因对开产体重具有正效应,CD基因型个体开产体重显著高于DD基因型(P<0.05)。③外显子3的909 bp处发生了A→G的突变,同时产生了苏氨酸→丙氨酸的变化,发现了EE、FF、EF 3种基因型,E、F等位基因频率分别为0.33和0.67。F等位基因对开产体重、蛋重、最大连产天数具有正效应,EF基因型个体的最长连产天数显著高于EE、FF基因型(P<0.05)。     

中国重点保护地方鸭品种资源的多样性分析

通过资源调查摸清了我国8个重点保护地方鸭品种(建昌鸭、攸县麻鸭、北京鸭、绍兴鸭、高邮鸭、连城白鸭、金定鸭、莆田黑鸭)的保种现状,并选用28个多态性较好的微卫星标记,对其进行了遗传多样性分析。结果显示,建昌鸭已经濒临灭绝,其他7个鸭品种均处于正常保种状态;28个微卫星位点的平均PIC为0.472,除APL23、APL79为中度多态外,其余26个微卫星均为高度多态;8个地方鸭品种中,有些品种有特异性片段和特异性缺失片段;群体平均杂合度建昌鸭最高(0.588),金定鸭最低(0.514)。8个地方鸭种被聚类为3个类群,类:攸县麻鸭、北京鸭和建昌鸭;类:绍兴鸭和高邮鸭;类:莆田黑鸭、金定鸭和连城白鸭。     

我国地方蛋鸭品种遗传结构及遗传分化

应用16对多态性较好的微卫星标记,结合PCR片段分析技术,对我国10个地方蛋鸭品种和1个引入蛋鸭品种进行了遗传结构和遗传分化检测。16个微卫星位点在11个蛋鸭品种中显示高度多态性。等位基因数、遗传杂合度和多态信息含量等参数表明:我国地方蛋鸭的遗传多样性较为丰富。Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出11个蛋鸭种群个体所属类别,并计算各个群体所属类别的基因组分数。Structure聚类图在K=3时将11个品种分为亚群Ⅰ(包括:荆江麻鸭、恩施麻鸭、三穗鸭、金定鸭和山麻鸭),亚群Ⅱ(包括:连城白鸭、绍兴鸭、微山麻鸭、莆田黑鸭和攸县麻鸭)和亚群Ⅲ(康贝尔鸭),这与11个蛋鸭品种的地理分布及形成历史相吻合。11个蛋鸭品种群体中均存在具有复杂遗传基础的个体,迁移个体只分布在恩施麻鸭、山麻鸭和攸县麻鸭群体中。     

我国部分地方蛋鸭品种鉴定

【目的】研究选取我国部分地方蛋鸭品种(攸县麻鸭、三穗鸭、金定鸭、麻旺鸭、绍兴鸭、荆江麻鸭、山麻鸭),对其5个微卫星位点进行多态性分析,利用Microsatellite-Toolkit分析软件和Excel表格,实现对7个鸭品种的初步鉴别。【方法】以这7种鸭为试验对象,对所选取的5个微卫星DNA座位进行STR分型测序,统计品种间有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(He),辅以各品种共有的基因型对7个鸭品种进行初步鉴别。【结果】STR分型检测结果发现5个微卫星位点共检测到62个等位基因,多态信息含量(PIC)介于0.29～0.622,其中,3个座位为高度多态位点(PIC0.50),2个座位为中度多态位点(0.25PIC0.50);7个鸭品种在微卫星座位的平均杂合度在0.27～0.61;有效等位基因数在1.330～2.762;聚类分析结果表明:金定鸭先与绍兴鸭聚为一类,再与荆江鸭聚为一类;山麻鸭与麻旺鸭聚为一类,攸县麻鸭与三穗鸭聚为一类;5个微卫星位点在7个鸭品种中均有共有基因型,统计不同位点共有基因型频率,绘制柱形图,从图中可以明显的看出7个鸭品种的基因型频率各不相同。【结论】可以通过所选微卫星标记的有效等位基因数,辅以各品种共有的基因型,从而达到初步鉴别7个鸭品种的目的。     

中国10个地方蛋鸭品种遗传多样性及动态保种的研究

通过资源调查,查明了我国11个地方蛋鸭品种的保存现状,发现文登鸭已濒临灭绝,其他10个蛋鸭品种均处于正常保种状态。利用筛选出的28个多态性较好的微卫星标记,对我国10个地方蛋鸭品种的遗传多样性进行检测。根据等位基因频率计算各群体的平均基因杂合度、多态信息含量和群体间的Ds遗传距离。结果表明:28个微卫星位点中有26个微卫星位点在10个鸭群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。10个鸭品种中,平均基因杂合度为0.514~0.617,各品种的杂合度均较高,最高的为三穗鸭,最低的是金定鸭;用UPGMA法对Ds遗传距离进行聚类分析,结果10个蛋鸭品种被聚为3类,福建省的山麻鸭、莆田黑鸭、连城白鸭聚为一类;湖北省的荆江麻鸭、恩施麻鸭和贵州省的三穗鸭聚为一类;山东省的微山麻鸭、湖南省的攸县麻鸭和浙江省的绍兴鸭聚为一类。根据调查结果及遗传多样性检测数据,分析了10个地方蛋鸭品种的保存状态,并提出了保护建议。     

中国蛋鸭品种资源的遗传变异

微卫星作为近年来应用较多的一种分子标记，可有效的进行基因鉴定和系谱分析，并可估算群体间的遗传距离。通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国13个地方蛋鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离。采用邻近法构建了NJ聚类图。结果表明：我国所有蛋鸭品种全部群体的平均杂合度较低，其遗传多样性相对贫乏，各保种场（区）要加强多样性的保护；各品种的平均多态信息含量的高低与群体平均杂合度的顺序完全一致；遗传距离的计算说明了13个品种的遗传距离较远。分化时间较长；13个地方蛋鸭品种被聚类为3个类，微山麻鸭、攸县麻鸭、淮南麻鸭、广西小麻鸭、荆江麻鸭聚为一类；巢湖鸭和恩施麻鸭聚为一类；福建省的鸭种连城白鸭、莆田黑鸭、金定鸭、山麻鸭与三穗鸭、绍兴鸭聚为一类。聚类结果的分析表明了各蛋鸭品种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布比较一致。     

巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性及其对屠体性状的影响

[目的]检测巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性（SNPs）,并分析其与巢湖鸭屠体性状的关系。[方法]以巢湖鸭为试验群体,采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测鸭生长素（Ghrelin）基因外显子的3SNPs,并将所发现的SNPs与胴体重、半净膛重和全净膛重等屠体性状进行相关性分析。[结果]巢湖鸭外显子3第54bp处发生G→A的沉默突变,检测到AA、BB和AB3种基因型,该突变位点对巢湖鸭胴体重影响极显著（P〈0.01）,对半净膛重和全净膛重有显著影响（P〈0.05）,BB基因型在胴体重、半净膛重和全净膛重上显著高于AA型和AB型（P〈0.05）。[结论]Ghrelin基因多态性与巢湖鸭的部分屠体性状存在显著相关性,对B等位基因进行选择将有利于提高巢湖鸭的屠体指标。     

鸭SCD1基因启动子多态性对血清生化指标的遗传效应

[目的]分析鸭SCD1基因启动子多态性与血清生化指标的遗传效应,揭示鸭SCD1基因启动子的生理调控机制,为今后开展畜禽SCD1基因研究及遗传标记选育提供参考依据.[方法]构建基因组DNA池,利用PCR-RFLP结合DNA直接测序技术检测鸭SCD1基因启动子区遗传变异情况,采用MegAlign寻找SNP位点,通过在线启动子分析软件预测SNP位点对鸭SCD1基因启动子g.952260~g.954527区域转录因子的影响,并以SPSS 19.0分析启动子酶切位点变异对父母代樱桃谷鸭血清生化指标的遗传效应.[结果]从樱桃谷鸭SCD1基因启动子g.952260~g.954527区域共检测到11个SNPs位点.其中,g.952323C>A和g.952661A>G位点突变分别致使原有转录因子D1和Sp1消失;g.952702A>G位点突变则产生新的转录因子TEC1;g.952591T>C、g.952868A>T、g.952869T>G、g.952971G>C和g.953301T>C突变区域无转录因子结合位点,也未产生新的转录因子结合位点;g.952873T>G和g.954401T>C位点突变未引起转录因子改变;g.954239C>T位点突变导致原有转录因子Sp1、Sp1、Tra-1和AP-2α改变为Sp1、Tra-1、ETF和Sp1.通过PCR-Bgl II-RFLP和直接测序比对分析,发现g.952868A>T和g.952869T>G双碱基突变造成原始序列AGT952868G952869CT突变成AGA952868T952869CT,而产生新的Bgl II酶切位点,共产生3种基因型:CC(2268 bp)、CD(2268+1659+609 bp)和DD(1659+609 bp),2个等位基因(C和D).CC基因型和C等位基因分别为优势基因型和优势等位基因,其频率分别为0.710和0.805;有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)分别为1.458和0.265,属中度多态位点;卡方(χ2)检验结果表明,Bgl II酶切位点突变所产生的基因型分布严重偏离哈代—温伯格平衡(χ2>χ20.01,P<0.01).Bgl II酶切位点变异与父母代樱桃谷鸭血清生化指标的关联性分析结果表明,总体上以DD基因型樱桃谷鸭的血清生化指标略优于其他两种基因型.[结论]樱桃谷鸭SCD1基因启动子g.952260~g.954527区域共筛查到11个SNPs位点,其中g.952868A>T和g.952869T>G位点变异产生新的Bgl II酶切位点,且该酶切位点变异可能对鸭血清生化指标有调控效应.     

鸭FMO3基因鱼腥味敏感位点的检测

畜禽产品的鱼腥味问题严重影响肉蛋奶产品的风味和人们对畜禽产品的接受能力,FMO3基因的突变会引发鱼腥味综合征。通过DNA池和测序技术检测导致鸡蛋、鹌鹑蛋产生鱼腥味的FMO3基因敏感位点在鸭中是否存在,寻找鸭蛋鱼腥味产生的原因。结果表明,在鸭FMO3基因第7外显子,共检测到6个SNPs,均为同义突变,在FATGY高度保守区未检测到碱基突变,即导致鸡蛋和鹌鹑蛋产生鱼腥味的FMO3基因敏感位点在鸭中并没有检测到。     

Molecular Cloning and Characteristics Analysis of ghrelin Gene in Asian Swamp Eel(Monopterus albus)

Ghrelin is an important signaling molecule linking reproductive and energy metabolism. In this study, ghrelin gene of Monopterus albus was cloned. Its structure and function were analysized preliminarily. By Rapid Amplification of cDNA Ends(RACE) technique, full-length cDNA and DNA sequences of ghrelin gene were obtained. The full-length ghrelin cDNA(GenBank accession no. JX122807) was 552 bp long, containing a 115 bp 5'-untranslated region, a 324 bp open reading frame and a 113 bp 3'-untranslated region. The full-length ghrelin DNA was 1 323 bp, consisting of three introns and four exons. The exon/intron junction sequences conformed to the GT/AG rule. Three introns were 594, 84 and 93 bp in length, respectively; four exons were229, 78, 112 and 133 bp in length, respectively. The results of amino acid sequence analysis showed that the deduced propreghrelin sequence of M. albus contained a signal peptide(SP) consisting of 22 amino acid residues, a mature peptide(MP)consisting of 19 amino acid residues and a C-terminal amino acid residue. Among them, the third amino acid of MP was serine(Ser~3) as the site for N-acylation and N-deacetylation reactions; the C-terminal amino acid residue sequence might contain a peptide hormone obestatin, which is a physiological antagonist of mature Ghrelin peptide. The homology and phylogenic relationships analyses of amino acid sequences suggested that propreghrelin of M. albus had high similarity to those of several Perciformes fishes; the propreghrelins of M. albus, Perciformes and Heterosomata fishes were clustered into a subgroup. The high conservatism of the gene structure and the amino acid sequences indicated that Ghrelin exerts important physiological functions and plays similar physiological mechanisms in vertebrates.     

绵羊Ghrelin基因的克隆和生物信息学分析

根据GenBank中报道的绵羊Ghrelin基因mRNA序列设计特异性引物,以甘肃肉用绵羊新品种选育群羔羊皱胃组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增出绵羊Ghrelin基因并克隆到pMD18-T载体中进行测序验证.用生物信息学软件预测其结构,并构建系统进化树,探讨了绵羊Ghrelin基因的生物学功能.结果表明:克隆的绵羊Ghrelin基因序列共409bp,包含完整的编码区序列,含有1个351bp的完整开放阅读框,编码116个氨基酸;Ghrelin蛋白分子质量为12 975.74u,理论等电点为4.70,信号肽切割点位于第23～24位氨基酸之间,整条多肽链表现为疏水性,是一种典型的跨膜脂溶性蛋白;Ghrelin基因编码产物的二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,主要位于胞外(包括细胞膜),作为一种激素参与机体胁迫应答、免疫应答和转录调控.     

鸭TYR基因序列的克隆与分析

根据鸡和鹌鹑的酪氨酸酶基因（TYR）保守序列设计1对引物,以半番鸭基因组为模板进行PCR扩增,将扩增出的序列进行克隆和测序,结果得到长为630bp的序列。序列分析表明该基因片段包含外显子1部分序列,与鸡、鹌鹑和孔雀的TYR基因分别有93．5％、94．3％和93．4％的同源性,充分显示了TYR基因在进化上的保守性;对扩增序列进一步研究发现第133处存在G／A突变。该基因部分序列的克隆,为进一步开展研究TYR基因多态性与鸭羽色的相关性研究奠定基础。     

巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的SNP检测及其与体尺性状的关联分析

[目的]分析巢湖鸭Ghrelin基因多态性及其与巢湖鸭体尺性状的关系。[方法]以巢湖鸭为试验材料,采用PCR-SSCP分析检测巢湖鸭Ghrelin基因外显子3的单核苷酸多态性,并将其与巢湖鸭体重、体斜长、胸深、胸宽和龙骨长等体尺性状进行关联分析。[结果]检测到3种基因型AA、BB和AB。巢湖鸭外显子3第54位发生了G→A的突变,该突变位点对巢湖鸭体重、胸深和龙骨长的影响达到极显著水平（P〈0.01）,对体斜长、胸宽和半潜水长的影响达到显著水平（P〈0.05）,对胫长和胫围的影响不显著（P〉0.05）。BB基因型的体重、体斜长、胸深、胸宽、龙骨长和半潜水长显著高于AA型和AB型。[结论]Ghrelin基因多态性与鸭的部分体尺性状存在显著相关性,且对B等位基因进行选择将有利于提高巢湖鸭的体尺指标。     

Cloning of Thymidine Kinase Gene of Duck Plague Virus Using Degenerate PCR

The DNA of duck plague virus （DPV） thymidine kinase （TK） gene was cloned and sequenced from a vaccine virus in the study. Degenerate oligonucleotide primers for the consensus site of herpesvirus UL24, TK, and glycoprotein H（gH） gene were used in the polymerase chain reaction （PCR） to amplify DNA product with 3 741-base-pairs （bp） in size. DNA sequence analysis revealed a 1 077-base-pairs （bp） open reading frame （ORF） encoding a 358 amino acid polypeptide homologous to herpesvirus TK proteins. The predicted TK protein shared 31.2, 41.3, 35.7, 37.4, and 28.4% identity with herpes simplex virus typel, equine herpesvirus type 4, Marek＇s disease virus 2, herpesvirus turkey, and infectious laryngotracheitis virus, respectively. Comparison of the amino acid sequences of other herpesvirus TK proteins showed that these proteins were not conserved on the whole, otherwise the portion of the TK proteins corresponding to the nucleotide binding domain and the nucleoside binding site were highly conserved among herpesvirus. Comparison with the amino acid sequences of the conserved nucleotide and nucleoside binding domains of other eleven herpesvirus TK proteins to the predicted DPV peptide confirmed its identity as the DPV TK protein.