马铃薯S病毒的分子鉴定与检测

An isolate of PVS, HZ00P1, was obtained from nature infected Solanum tuberosum from Hang-zhou, Zhejiang province. It was primarily identified by DAS-ELISA and host reaction tests. 3' end partial sequence of the virus isolate was cloned. Nucleic acid sequence of the cp gene and deduced cp amino acid se-quence alignments were compared with 16 other isolates registered in GenBank. The results showed that the 17 PVS isolates were divided into two groups. Among them, two Andean isolates were classified to group Ⅱ, HZ00P1 and the other 14 isolates were assigned to group Ⅰ. Compared with other PVS isolates in group Ⅰ, PVS HZ00P1 had 93.1%-98.1% and 95.9%-99.3% homologies of nucleotide sequence and deduced amino acid sequence respectively, whereas its similarities to the group Ⅱwere 81.4%-81.7% and 93.5%-93.9%. A survey of PVS occurrence in Zhejiang province was achieved by RNA spot hybridization (RSH). Among the 30 samples collected from different areas of the province, 26.7% were found to have the infection of PVS. It is concluded that PVS has become a common virus in Zhejiang province.     

马铃薯卷叶病毒分子鉴定及一步RT-PCR检测

病毒病的危害对马铃薯产量和品质构成较严重的影响.2003年初广东省阳东县田间约70%的植株呈现典型的马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)病症状.为此,笔者对其病原进行了分子鉴定,并建立了一步RT-PCR检测技术.     

马铃薯A病毒CP基因的克隆与序列分析

利用根据马铃薯A病毒 (PVA)外壳蛋白 (CP)基因序列设计合成的一对引物 ,以带毒植物总RNA为模板 ,RT-PCR扩增得到长 0.8kb的目的片段。将目的片段转入大肠杆菌并进行了序列测定。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较 ,发现其核苷酸同源性最高可达 99%。依据CP序列建立了PVA病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性做了分析     

侵染云南花魔芋的马铃薯Y病毒属病毒分离物的检测及分子鉴定

 YN80 was isolated from Amorphophallus rivieri Durieu showing mosaic and crinkle symptoms in Songming, Yunnan province. Flexuous filamentous particles were found in diseased leave sap and pinwheel inclusion bodies were found in the leave tissue. YN80 had positive reaction to universal antibody of Potyvirus by DAS-ELISA. 3'-terminal sequence of YN80 was cloned and sequenced. cp gene of YN80 consisted of 987 nt, encoded 328 aa (36.1 kDa). Sequence analysis showed that YN80 shared the highest identity (97.0%)with CP amino acid sequence of Dasheen mosaic virus (DsMV). These data indicated that YN80 was an isolate of DsMV. This is the first molecular identification of A. rivieri Durieu isolate of DsMV in China.     

福建省福清地区马铃薯病毒病病原的分子检测

2017年调查福建福清地区马铃薯病毒病的发生情况,以明确该地区马铃薯主要病毒病原。共采集了46份疑似感染病毒的马铃薯植株,提取总RNA,利用RT-PCR技术进行分子检测,结果表明,福清地区危害马铃薯的病毒有马铃薯Y病毒Potato virus Y(PVY)、马铃薯卷叶病毒Potato leaf roll virus(PLRV)、马铃薯S病毒Potato virus S(PVS),检出率分别为56.52%、17.39%和10.87%,以PVY检出率最高,说明PVY是危害该地区马铃薯样品的主要病毒病原。通过病毒复合侵染进行分析,发现该地区存在病毒复合侵染马铃薯现象。研究结果可为福清地区马铃薯种薯的引进和病毒病害防治提供参考依据。     

马铃薯4种病毒多重PCR检测体系的建立

我国马铃薯病毒主要有马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯卷叶病毒(PLRV),常发生复合侵染。根据GenBank中4种马铃薯病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长设计引物,通过RT-PCR扩增得到4种病毒CP基因全长片段,测序结果显示序列同源性96%以上;针对4种病毒CP基因的保守序列分别设计引物,在一个PCR体系中同步对4种病毒进行扩增,得到421、202、516、330bp的特异性条带,优化建立了能同步检测PVY、PVX、PVS和PLRV的多重RT-PCR检测体系。检测结果证明优化后的多重RT-PCR体系能在田间样品中快速、高效地检测出4种病毒。     

马铃薯Y病毒属三种病毒通用型单克隆抗体的鉴定

构建了马铃薯Y病毒属的大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、三叶草黄脉病毒(Clover yellow vein virus,CLYVV)的原核表达载体pET28-SMV CP、pET28-PVY CP和pET28-CLYVV CP,经IPTG诱导、表达和纯化,获得SMV、PVY和CLYVV的CP蛋白。采用ELISA方法,用9株实验室制备的单克隆抗体对含SMV、PVY、CLYVV的病毒汁液和纯化的重组CP蛋白进行检测分析。结果表明,9株单克隆抗体均识别SMV病毒,2D3、4F9、4G12和6E7单克隆抗体能够识别PVY病毒,4F9和4G12能够识别CLYVV病毒,但PVY、CLYVV病毒与抗体的亲和力低于SMV病毒;对于重组表达的衣壳蛋白:SMV、CLYVV与抗体2D3、4F9、4G12和6E7反应强烈,PVY与4F9和4G12抗体反应稍强。综上,本研究鉴定出能识别SMV、PVY、CLYVV的通用单克隆抗体4F9和4G12。     

广东省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析

番茄黄化曲叶病毒病是世界番茄生产上一种毁灭性病害,番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)是引起该病害的主要病原病毒之一。本文采用滚环扩增及基因克隆方法,获得了侵染广东佛山和肇庆番茄的TYLCV 4个分离物全基因组;它们均为2 781 nt,编码6个ORF,其中病毒链上编码AV1和AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。同源性比较结果表明,4个广东分离物基因组序列两两间同源性为99%以上;与已报道的TYLCV各分离物同源性在90%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在98%以上。系统进化分析显示,广东分离物与来自中国不同地区的TYLCV分离物亲缘关系较近,并聚类在一个分支。因此,侵染引起广东佛山和肇庆番茄黄化曲叶病的病毒应来自国内其他地区。本研究是对TYLCV广东分离物分子特征的首次报道。     

植物诱抗剂AHO联合茎尖培养脱除马铃薯S病毒和马铃薯Y病毒

研究了植物诱抗剂3-丙酮基-3-羟基羟吲哚(3-acetonyl-3-hydroxyoxindole, AHO)联合茎尖培养从试管苗中脱除马铃薯S病毒(PVS)?马铃薯Y病毒(PVY)的方法和效率?取PVS侵染的‘定薯3号’和‘定薯4号’以及PVY侵染的‘靖薯3号’和‘靖薯4号’的壮芽, 茎尖剥离后培养至4~5个叶片, 用100 mg/L植物诱抗剂 AHO水剂喷施试管苗, 每隔2 d喷施一次, 共3次, 末次喷施2 d后取茎尖剥离培养, 获得再生试管苗?用电子显微镜负染色?ELISA?荧光定量RT-PCR检测再生试管苗的带病毒情况?结果显示, AHO对4个品种的马铃薯试管苗生长无影响, 用AHO处理后再茎尖剥离培养, 脱毒率均高于未处理的对照; 检测结果还显示AHO处理的马铃薯再生苗的带毒量也低于未处理的对照, 且随处理次数增加带毒量下降?研究结果表明, 利用植物诱抗剂AHO联合茎尖剥离培养方法可以提高脱除PVS?PVY的效率, 获得无病毒核心苗?     

广东甘蔗引种基地甘蔗黄叶病毒分子鉴定

 甘蔗黄叶病1989年首先发现于美国夏威夷,当时不知其病原性质,称为甘蔗黄叶综合症。1990年以来,该病在世界多个蔗区发生,引起严重的产量损失^[1,2]。     

侵染广东甘薯的甘薯曲叶病毒分子检测与鉴定

甘薯曲叶病是广东甘薯的一种新病害,病株表现为叶片皱缩,向上卷曲,叶脉肿大等症状.PCR检测结果显示,所有病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒.通过滚环扩增方法获得了3个病毒分离物的全基因组.扩增产物克隆及序列分析结果表明,这3个病毒分离物基因组均仅含有DNA-A,具有菜豆金色花叶病毒属单组分病毒基因组典型特征;其大小分别为2 829 nt (JX286653、JX286654)和2 828 nt(JX286655).三者核苷酸序列同源率为96.0％～98.4％;与已报道的甘薯曲叶病毒19个分离物的同源率均大于89.0％.因此,引起广东甘薯曲叶病的病原被鉴定为甘薯曲叶病毒.本研究是首次在广东发现甘薯曲叶病毒.     

海南柑橘黄龙病发生分布调查及病原种类鉴定

本研究在海南全省范围进行了柑橘黄龙病的发生分布调查和病原种类鉴定,共采集了14个市县62处柑橘种植点的不同柑橘品种样品1227份。用柑橘黄龙病菌亚洲种和非洲种rpIA-rpIJ基因片段的通用检测引物A2/J5和柑橘黄龙病菌美洲种16S rRNA基因片段的特异检测引物GB1/GB3,对样品进行PCR扩增,发现海南柑橘黄龙病的病原为柑橘黄龙病菌亚洲种,检测样品中阳性率为79.01%,未发现柑橘黄龙病菌非洲种和美洲种。结果发现,柑橘黄龙病已分布在海南的琼中、澄迈、儋州、琼海等8个市县。同时选取海南澄迈、儋州、琼海等4个市县有代表性的甜橙、柚子、柠檬感染黄龙病的样品,扩增样品的rpIA-rpIJ基因A2/J5片段,进行序列比对和系统进化分析。序列比对结果发现,海南各地不同品种中的柑橘黄龙病菌rpIA-rpIJ基因A2/J5片段序列一致性为99.87%,序列十分保守。系统进化分析表明,海南各地不同品种的柑橘黄龙病菌都与黄龙病菌亚洲种聚集为同一进化分枝,与黄龙病菌非洲种和美洲种分属不同的进化分枝。本研究明确了海南柑橘黄龙病的发生分布情况和病原种类,对柑橘黄龙病的防控具有重要的理论意义。     

陕西韩城严重发生的小麦矮缩病病原鉴定与原因分析

2007年在陕西韩城发现一种新的小麦病毒病害,症状表现为严重矮缩、黄化、条斑和分蘖增多等,发病面积约0.07万hm²,病田减产达50%,严重地块甚至绝收。本研究通过对采集自我国陕西韩城的7个样品进行PCR鉴定、全基因组序列测定及比较,证实陕西韩城样品确是小麦矮缩病毒(WDV)侵染所致,并对发病原因及其流行趋势进行了分析。这是小麦矮缩病在我国麦田大发生的首次报道。     

浙江省马铃薯病毒病检测分析

马铃薯病毒病是影响马铃薯产量和品质的主要因素之一,其症状表现为花叶、黄化和卷曲等。2019年4月-5月,在浙江省湖州、杭州、绍兴、宁波、金华、台州和丽水等7个地市的主要马铃薯产区采集了具有典型病毒病症状的马铃薯样品,采用转录组测序和RT-PCR验证的方法进行病毒检测,共筛查并验证出6种马铃薯病毒,包括马铃薯X病毒Potato virus X(PVX)、马铃薯Y病毒Potato virus Y(PVY)、马铃薯S病毒Potato virus S(PVS)、马铃薯H病毒Potato virus H(PVH)、马铃薯M病毒Potato virus M(PVM)以及马铃薯奥古巴花叶病毒Potato aucuba mosaic virus(PAMV)。检测结果表明,在调查的这7个地市中每个地市都具有2种以上的病毒发生,其中PVH作为一种新鉴定的麝香石竹潜隐病毒属成员在除宁波以外的各地区都有发生;此外杭州市、湖州市以及绍兴市均检测出了PAMV。对检测到的PVS、PVH、PVM和PAMV外壳蛋白(coat protein,CP)序列进行系统发育分析表明,这些病毒均存在地域差异性。本研究为浙江省马铃薯病毒的防控奠定了重要基础。     

菊花绿变病植原体在中国的发生及分子鉴定

对内蒙古农业大学校园内表现花器绿变症状的菊花样品进行采集和DNA提取,应用植原体16S rRNA基因和rp基因的引物进行巢式PCR扩增,从感病样品中分别扩增得到了长度均约为1.2 kb的片段。序列一致性分析表明,菊花绿变植原体16S rRNA基因与翠菊黄化植原体匈牙利风信子株系(GenBank登录号MN080271)、印度玉米株系(KY565571)、印度繁缕株系(KC623537)和印度马铃薯株系(KC312703)的核酸一致性最高,为99.9%,rp基因序列与翠菊黄化植原体立陶宛洋葱株系(GU228514)的核酸一致性最高,为99.8%。基于16S rRNA基因和rp基因构建系统进化树时发现,菊花绿变植原体均与16SrI-B亚组成员聚为一起。16S rRNA基因相似性系数分析表明,菊花绿变植原体与洋葱黄化植原体(AP006628)的相似性系数最高为1.00,洋葱黄化植原体(AP006628)在分类上属于16SrI-B亚组。因此,我们可以确定该菊花绿变植原体属于16SrI-B亚组。这是我国首次报道菊花绿变病的发生。     

一个马铃薯X病毒分离物的外壳蛋白基因序列分析与株系鉴定

对山东省侵染马铃薯的一个马铃薯X病毒(PVX)分离物PVX—SD1的外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和序列分析。以提纯的病毒RNA为模板，应用RT-PCR扩增目的基因，通过常规的基因克隆法将扩增的CP基因导入pUC19载体，测序。结果表明，PVX—SD1的CP基因长719bp，可编码248个氨基酸；与Gen—Bank中报道的15个有代表性的株系或分离物相比较，核苷酸同源性在80．1％-99．7％，氨基酸同源性在89．8％-100％；与欧洲株系UK3仅1个核苷酸不同，同源性为99．7％，氨基酸同源性达100％，表明它们可能为同一株系，属于X^3组．